Вернувшись в Россию, Мантаев поступил в аспирантуру московской Дипломатической академии. Знакомый Мантаева пишет, что поначалу его исламская жизнь протекала параллельно научной. Как рассказывают его друзья, «во время учебы в дипломатической академии Абу Зарр жил в студенческой гостинице академии. Будучи мусульманином, он вел уединенный образ жизни, отдалившись от кафирских загулов и похождений. Он был красивым мусульманином, и многие не могли поверить, что у него нет «романов». Дело доходило до того, что за ним следили девушки, пытаясь узнать, кто же в его сердце. Но все безрезультатно. Кафир не может понять, что сердце мусульманина занято любовью и боязнью Аллаха»[138]. Мантаев женился после окончания учебы, свадьба была исламской. В 2002 году защитил кандидатскую диссертацию по политологии. Темой диссертации был «Ваххабизм» и политическая ситуация в Дагестане». Диссертация выдержана во вполне взвешенном тоне. Мантаев в ней пишет, что причинами радикализации ваххабизма были как собственная политика ваххабитов по отношению к государственной власти и обществу, так и реакция на противодействие властей. В то же время он одним из первых политологов отмечает, что события 99го года были не вторжением чеченских боевиков в Дагестан, а внутренним противостоянием ваххабитов и дагестанских властей с «вовлечением в него соседней Чеченской Республики». В первой части работы, рассматривая истоки зарождения суфизма и ваххабизма, Мантаев критикует последователей и того, и другого течения. Со временем, пишет Мантаев, суфии стали претендовать на обладание скрытым знанием, якобы получая его непосредственно от Аллаха, принижая заслуги ученых, а также и сами науки, говоря: «Вы получаете знания от смертного к смертному, а мы — от Вечносущего». Суфии стали требовать полного раболепия от учеников, угрожая за малейшее неповиновение и несогласие с шейхом даже в мыслях прекращением получения от него какойлибо помощи. Сами же суфии стали позволять себе нарушения основных положений шариата, претендуя опятьтаки на знание тайного. В их среде получили распространение еретические идеи, наряду с фатализмом и полной социальной индифферентностью охватившие умы многих мусульман. Что касается ваххабитов, то важнейшая черта, объединяющая их с последователями во всем мире, и в частности в Дагестане — это непримиримость и абсолютное неприятие иного мнения. По любому вопросу они признавали свое мнение единственно правильным, а мнение остальных — абсолютно неверным, совершенно исключая возможность собственной ошибки. Во второй части Мантаев анализирует религиозные взгляды суфиев и ваххабитов на основе источников, в том числе арабских. Он приходит к выводу, что все без исключения спорные вопросы, расколовшие мусульманскую общину Дагестана, существуют уже несколько столетий и имеют место сегодня практически во всех странах мусульманского мира, причем каждая из групп приводит доводы из Корана и Сунны. Несмотря на слабость некоторых из них, обе точки зрения все же имеют право на существование. Третью часть Мантаев начинает с характеристики дагестанских ваххабитов, которых, на его взгляд, правильнее называть салафитами. Как пишет Мантаев, салафиты выступают против противоречащих исламу нововведений, укоренившихся, по их мнению, в сознании и религиозной практике кавказских мусульман. Источником вероучения они признают только положения Корана и Сунны, отвергая распространенную в Дагестане традицию «слепого» следования за мнением ученых. Главный объект их критики — суфии и культ «святых». В практике суфийских шейхов братств накшбандийа, кадирийа, шазилийа, открыто возобновившейся после снятия запрета на их деятельность, и в посещении «святых» могил салафиты видят признаки многобожия (ширк) и неверия (куфр). Они отрицают многие традиционные обычаи и обряды кавказских мусульман, такие как чтение Корана на могиле или в доме усопшего, чтение на похоронах талкина (букв. «наставление»), раздачу милостыни на кладбище и у могил «святых», пользование четками, амулетами, празднование мавлида — дня рождения пророка Мухаммада. Салафиты исключают существование в исламе помимо явного, умопостигаемого знания, воплощенного в шариате, еще какого—то скрытого, мистического знания, доступного якобы только шейхам и святым. Также не признают они и приписываемые шейхам способности чтения мыслей на расстоянии, совершения чудес. Не признают они и мистической способности святых выступать в роли заступников за мусульман перед Аллахом еще в земной жизни и отрицают правомерность молитвенного обращения к ним с просьбой о посредничестве (тавассуль). Салафиты также отрицают возможность передачи божественной благодати (баракат) через святых и шейхов или связанных с ними предметов (например, гробниц). Отсюда следует неприятие салафитами таких традиционных для дагестанского общества проявлений религиозности, как посещение гробниц известных святых. Важное место в учении салафитов занимает джихад — борьба за веру, участие в которой вменяется в обязанность каждому мусульманину. Не отрицая принятого в Дагестане толкования джихада как внутреннего самосовершенствования мусульманина, салафиты полагают, что внутренний «великий джихад» неотделим от войны с неверными — «малого джихада». Современных суфиев салафиты обвиняют в уклонении от джихада и поддержке антимусульманских режимов.
Как показывает Мантаев, отвергание горских обычаев — адатов, а также большинства похоронных и поминальных обрядов, было первым, что стало восстанавливать дагестанцев против салафитов. Если вести теологические споры может далеко не каждый дагестанец, то эти обычаи знают все, придерживаются их и передают из поколения в поколение, считая их неотъемлемой частью ислама и своего народа. Поэтому все салафитские общины, появлявшиеся в любом дагестанском селе, вызывали неприятие на начальном этапе со стороны большей части населения, всегда подогреваемой духовенством, видевшем в салафитах конкуренцию и подрыв своего авторитета, и властью, видевшей в них прямую угрозу своему существованию. Плюс к тому внешний вид салафитов отличался от вида других мусульман (пышные бороды, бритье усов, укороченные брюки). Вдобавок большинство членов исламского джамаата составляла молодежь, что также вызывало ненависть к ним, опятьтаки в силу горского адата, согласно которому младший не имеет права спорить со старшим.
Мантаев описывает события противостояния 1999 года. Тогда вытесненный в Чечню лидер дагестанских ваххабитов Багауддин Магомедов, формируя Исламскую Армию Кавказа, сказал: «Смысл Джихада — устранить власть неверных и установить власть Аллаха… Мы не хотим кровопролития, но когда перед нами не остается других средств, мы вынуждены прибегнуть к нему». Мантаев выдвигает тезис, что давление на фундаменталистов является серьезным фактором, определяющим радикализацию их взглядов, и желание взяться за оружие оказывается своеобразной компенсацией за нанесенные в прошлом обиды. В конце апреля 1999 года Багауддин Магомедов объявил мобилизацию своих сторонников и в начале июля вошел в свой родной Цумадинский район Дагестана с целью установления на его территории исламского правления. Но в результате столкновения с федеральными войсками вынужден был отступить. 7 августа 1999 года Басаев и Хаттаб во главе отряда в 500 человек вошли в соседний Ботлихский район «для оказания помощи братьям по вере». Начавшиеся военные действия в Ботлихском районе руководство Дагестана использовало для уничтожения джамаата анклава Кадар, где в селах Карамахи, Чабанмахи и пр. действовало шариатское правление. Во время ботлихскоцумадинских событий руководитель карамахинцев Джарулла говорил, что не предпримет какихлибо попыток силовых действий в связи с происходящим в Дагестане, и отмежевался от террористов. Более того, карамахинцы послали в Цумаду своего представителя, который передал Багауддину, что карамахинский джамаат не сможет поддержать его оружием, так как связан договором с властями о ненападении. Однако руководство Дагестана решилось на уничтожение этого анклава, что рано или поздно все равно должно было случиться. Одновременно органами МВД и ФСБ была начата полномасштабная операция по ликвидации всех очагов исламского экстремизма в Дагестане. В результате сотни членов исламского джамаата были арестованы и брошены в тюрьмы. Те из них, кому удалось скрыться, ушли в глубокое подполье. Мантаев пишет, что боевики из числа дагестанцев были одержимы исключительно идеей. Самое опасное, что в условиях сохранения тяжелой социальноэкономической и общественнополитической обстановки эта идея всегда будет находить себе приверженцев. Мантаев приходит к выводу, что «ваххабизм», как правило, увлекает молодежь именно там, где существует массовая безработица, экономику поразил кризис, а в государстве вообще отсутствует сколько—нибудь выверенная религиозная политика. Применительно же к Дагестану здесь добавляется чудовищная коррупция и взяточничество властей, отсутствие какойлибо заботы власти о собственном народе, сосредоточение всех материальных и иных ресурсов в руках узкой клики правящей элиты и полное отсутствие законности в республике. Все это вынуждает не только молодежь, но и все остальные слои общества отвернуться от власти в поисках чистоты и справедливости, что они в полной мере находят в исламе. Проблема не может быть снята с повестки дня, пока не устранены основные причины возникновения «ваххабизма» в Дагестане. Силового решения не существует, так как радикальный исламизм представлен на уровне идеи, и в условиях тяжелой социальноэкономической и политической обстановки при дальнейшем росте религиозного самосознания и сохраняющейся религиозной безграмотности населения идеи радикального переустройства общества всегда будут находить себе приверженцев[139].
Как пишут друзья Мантаева, «ради Аллаха он оставил дипломатическую карьеру, поскольку для кафиров из дипакадемии молящийся человек не может работать на дипломатическом поприще. И это несмотря на то, что он блестяще защитил диссертацию по политологии в стенах этой же академии»