В апреле 58 г. до н. э. Катон в сопровождении нескольких друзей отплыл из Италии. Его пребывание в Азии продолжалось более двух лет. Сделав остановку на Родосе, он затем направился в Византий, где сумел примирить враждующие группировки и добиться возвращения в город изгнанников. А прежде чем отправиться на Кипр, он послал туда сначала некоего Канидия с приказом Птолемею не оказывать никакого сопротивления, обещая взамен не только безбедную жизнь, но и почетное жречество богини Афродиты в кипрском городе Пафосе, около которого богиня, по мифу, и родилась. Затем, не очень-то Канидию доверяя, он направил на остров своего племянника Брута. Канидий и Брут провели предварительную черновую работу, связанную с оценкой имущества царя. Задача Катона была облегчена тем, что Птолемей, узнав о лишении его царства, не решился сопротивляться и покончил жизнь самоубийством. После этого Катон мог с легким сердцем вести работу по передаче в римскую казну его богатств. Огромное количество ценных изделий, в том числе предметов искусства, он продал на аукционах, превращая все это в наличные деньги. Только статую знаменитого философа Зенона, основателя стоицизма (кстати, уроженца Кипра) Катон не стал продавать. Все изделия он старался продать за самую высокую цену, чтобы привезти в казну как можно больше денег. Позже многие его упрекали в чрезмерно завышенной цене. Так, он продал какой-то роскошный вавилонский ковер за немыслимую цену в 800 тысяч сестерциев. Катон прекрасно справился со своей задачей, переслав почти без ущерба эти богатства в Рим, и они значительно пополнили государственную казну, но книги, в которые были тщательно внесены все финансовые расчеты и отчеты, погибли на пути в Италию, что дало позже повод врагам Катона обвинять его в нечестности, несмотря на ясную всем вздорность такого обвинения. Сам Катон, боясь, как бы что-либо не пропало при выгрузке, сошел с корабля только после того, как все деньги и другие ценности были доставлены на место. Сторонники Катона устроили ему демонстративно пышный прием, в котором с удовольствием участвовала и римская толпа.
Когда Катон возвратился в Рим, политическая обстановка там стала для него еще более неблагоприятной. Начавшееся было охлаждение между триумвирами на какое-то время было преодолено их свиданием в Луке, где, в частности, было решено, что Помпей и Красе будут избраны консулами на 55 г. до н. э., а затем получат желаемые ими провинции. Катон решительно выступил против этого сговора и приложил все силы, чтобы Помпей и Красе не были избраны. Более того, он выставил собственную кандидатуру в преторы на тот же год и убедил мужа своей сестры Порции Люция Домиция Агенобарба соперничать с триумвирами на консульских выборах. Но на выборах Катон потерпел поражение: в обстановке насилия, когда Катон попытался защитить Агенобарба, он даже был ранен. Помпей и Красе были избраны, а Катон, принципиально не прибегавший ни к каким незаконным средствам, тем более к насилию, провалился, и вместо него претором был избран сторонник триумвиров Публий Ватиний, активно поддержанный Цезарем.
Популярность Катона падала, да и столь долгое отсутствие в Риме не могло не сказаться. Уже в древности говорили, что им больше восхищались, чем за ним следовали. Сказывались и особенности характера самого Катона. У него были друзья и даже подражатели, но еще больше было врагов. Своей моральной несгибаемостью, которая порой сочеталась с излишним подозрением других в нечистоплотности, и демонстративным законопослушанием он многих оттолкнул от себя, даже своих сторонников. Так, во время пребывания на Кипре он сумел поссориться со своим лучшим другом Мунацием, и только жена Катона Марция сумела их примирить. Чрезвычайно обижался на Катона Цицерон. Когда Клодий сумел настоять на изгнании Цицерона, Катон ничем ему не помог, а когда оратор вернулся из изгнания и вместе с друзьями разрушил медные доски с постановлениями, принятыми по инициативе Клодия (в том числе и об изгнании Цицерона), Катон во всеуслышание заявил, что хотя он не считает деятельность Клодия ни полезной, ни здравой, в самом его избрании нет ничего противозаконного и нельзя унижать должность народного трибуна. Это вызвало огромное недовольство Цицерона. И уже позже, когда Цицерон, будучи наместником Киликии, одержал ряд побед в войне с парфянами и просил у сената назначить торжественные моления в честь этих побед, Катон, воздав самому Цицерону хвалу, счел назначение таких молений невозможным и добился отклонения его просьбы. Такое поведение Катона тем более возмутило Цицерона, что тот настоял на подобных молениях в честь своего зятя Бибула, перед которым парфяне просто (правда, непонятно почему) отступили. Впрочем, Цицерон в целом весьма высоко ценил Катона, и периоды охлаждения их отношений сменялись временами тесной дружбы.
Много толков в Риме возбудили и семейные дела Катона. Дело в том, что он уступил просьбе своего более старшего по возрасту сторонника и одного из лучших ораторов своего времени Квинта Гортензия Портала, влюбленного в Марцию, и согласился на развод с ней и ее замужество с Гортензием, правда, только при условии согласия на это отца Марции Филиппа. А когда позже Гортензий умер, оставив Марции довольно большое наследство, он снова взял ее в жены, хотя она была еще беременна от Гортензия.
Однако все эти перипетии не мешали активной политической деятельности Катона. Потерпев поражение на преторских выборах, Катон тем решительнее продолжал выступать против своих противников, среди которых видное место занимали Клодий и верный помпеянец Авл Габиний. Когда в 52 г. до н. э. Клодий был убит в стычке с отрядом своего соперника Тита Анния Милона и Милон был за это привлечен к суду, Катон, как и Цицерон, выступил на защиту Милона. Народный трибун 55 г. до н. э. Гай Требоний, выполняя договоренности, достигнутые триумвирами в Луке, предложил законопроект, по которому Помпей назначался наместником обеих испанских провинций, а Красе — Сирии с правом вести войну. Катон решительно воспротивился этому. Выступая в сенате, он прибег к своему излюбленному оружию — обструкции, выступая с длиннейшей речью, пока Требоний на основе своего трибунского права на некоторое время не арестовал его. А когда этот вопрос был перенесен в народное собрание, Катон пытался убедить народ в невозможности принять решение, ибо в это время гремел гром, что считалось римлянами неблагоприятным предзнаменованием. Но все было напрасно, и предложение Требония было принято и стало законом. В конце 55 г. до н. э. Катон все-таки сумел взять реванш: он был избран претором на следующий год. Удалось ли ему преодолеть сопротивление Помпея или, наоборот, его избрание произошло при тайном согласии Помпея, сказать невозможно. Не исключено, что уже тогда Катон, полагая, что Цезарь представляет гораздо большую опасность для республики, пошел на сближение с Помпеем; недаром он именно тогда предупреждал Помпея, что тот сажает себе Цезаря на шею. Но в любом случае это сближение, несомненно, имело место.
Это, правда, не помешало Катону в качестве претора проявить самостоятельность и обычную для него щепетильность при разборе различных судебных дел. Одним из самых громких было дело Марка Эмилия Скавра, который ранее был офицером Помпея и оставлен им в качестве правителя Сирии. Позже Скавр был избран претором, после претуры управлял Сардинией, а в 54 г. до н. э. возвратился в Рим. Управлял он своей провинцией скверно и после возвращения по просьбе провинциалов был обвинен в вымогательстве. Из-за болезни Катона дело несколько раз откладывалось, но в конце концов суд состоялся. Скавра защищали лучшие судебные ораторы, в том числе Цицерон, и на его стороне были симпатии народа. Он был оправдан, но вслед за тем снова обвинен вместе с другими кандидатами в консулы за подкуп избирателей и должностных лиц. Теперь Катон был беспощаден, и Скавр был приговорен к изгнанию. Еще яснее самостоятельность Катона проявилась в деле Авла Габиния, который был верным соратником того же Помпея. Он был сначала обвинен в нанесении ущерба величию римского народа за то, что без разрешения правительства вмешался в египетские дела и восстановил на египетском троне Птолемея XII, а затем и в вымогательстве, ибо получил оттого же Птолемея большие суммы денег. Напрасно Габиния активно защищали Помпей и Цицерон, жители Александрии свидетельствовали в его пользу, а Птолемей писал в Рим, что он лишь оплатил Габинию военные расходы. Габиний был осужден и в декабре 54 г. до н. э. был вынужден отправиться в изгнание.
Сближение республиканцев, возглавляемых Катоном, с Помпеем и его сторонниками, дало свои результаты в конце 53 и в начале 52 г. до н. э. В это время в Риме царила анархия. Соперничающие кандидаты в консулы на 52 г. будущий тесть Помпея Квинт Цецилий Метелл Сципион, еще один помпеянец Публий Плавций Гипсей и Тит Анний Милон своей борьбой и сопровождающими ее насилиями довели до того, что никакие выборы провести было невозможно. Клодий, старый соперник Милона, пользовавшийся в это время большой популярностью и бывший фактически лидером популяров, активно поддержал Гипсея и Сципиона. И Милон, и Клодий возглавляли настоящие вооруженные отряды, которые при каждой встрече жестоко схватывались друг с другом. Вовремя одного такого столкновения в январе 52 г. до н. э. Клодий был смертельно ранен и вскоре умер. Милон был обвинен в убийстве. На его защиту выступили Цицерон, Гортензий и другие видные оптиматы. Активное участие в защите Милона принял и Катон. Тем не менее Милон под давлением собравшейся толпы был все же осужден и отправился в изгнание. Это, однако, не остановило насилия. Положение становилось все серьезнее. В этих условиях Бибул предложил сенату избрать Помпея единоличным консулом без коллеги, и Катон, к удивлению присутствующих, тотчас поддержал это предложение. И в конце февраля 52 г. до н. э. Помпей в условиях по существу чрезвычайного положения был избран единоличным консулом, хотя позже и взял себе коллегу. В том же году Катон выставил свою кандидатуру в консулы на следующий год, но потерпел поражение.