Это поражение самого авторитетного республиканца ясно показало, что республиканское движение обладает в римском обществе самой минимальной поддержкой. Во все более оформляющемся союзе с помпеянцами республиканцы играют только вторую роль. Они, и особенно Катон, еще пытаются вести самостоятельную политическую линию, но это им все меньше удается. Катон прекрасно понимал, что грандиозные успехи Цезаря в Галлии и связанный с этим невиданный рост его популярности в самом Риме (во многом связанный с элементарным подкупом) неминуемо приведут к новой гражданской войне. Не имея собственных сил для противодействия будущему нападению закаленной и уверенной в себе армии Цезаря, он не раз призывал Помпея хорошенько подготовиться к неминуемому отпору. Но Помпей в своей самоуверенности практически ничего не сделал для этого. И когда в январе 49 г. до н. э. Цезарь действительно перешел речку Рубикон, отделявшую находившуюся под его управлением провинцию Цизальпинскую Галлию от Италии, начав тем самым открытую гражданскую войну, никаких сил у Помпея не оказалось. Не имея возможности организовать цезарианцам сопротивление в Италии, Помпей покинул Апеннинский полуостров и перебрался на Балканский, а вместе с ним консулы этого года и большинство сенаторов. Катон сначала не хотел покидать Рим. Он еще надеялся на мирный исход событий и предложил обсудить условия, какие сможет выдвинуть Цезарь. Но события развивались стремительно, и Катон, поручив Марции, которую он снова взял в жены, смотреть за домом и дочерьми, тоже покинул Рим, но уехал сначала в свое поместье в Кампании, затем на юг Италии в Брутий, а оттуда на Сицилию, правителем которой он был назначен.
Очутившись на Сицилии, Катон начал энергично готовиться к обороне острова, может быть, надеясь, сделать из него оплот для борьбы с Цезарем. Он ремонтировал старые и строил новые боевые корабли, производил набор граждан в легион и провинциалов во вспомогательные части, и многие сицилийцы поддерживали его в этом. Но Цезарь не дал Катону времени для действенной организации обороны. Он направил на Сицилию армию под командованием Гая Скрибония Куриона, поручив ему очистить от врагов не только Сицилию, но и Африку. Уже в апреле 49 г. до н. э. авангард армии Куриона под командованием Гая Азиния Поллиона переправился через пролив и высадился в Мессене. Катон еще не был готов к отражению этого нападения, он надеялся на помощь Помпея, но так ее и не дождался. Понимая, что реального сопротивления он оказать не сможет, Катон покинул Сицилию и тоже переправился на Балканский полуостров, где концентрировались основные силы помпеянцев и республиканцев.
Помпей надеялся, что Катон сможет обеспечить ему азиатский тыл. Дело в том, что еще во время своего пребывания на Кипре Катон стал патроном этого острова, клиентом Катона признал себя и царь Комма-гены Антиох. Однако в новых условиях ни Кипр, ни Коммагена за Катоном не последовали. Успеха ему удалось добиться только на Родосе. Оставив там свою сестру Сервилию, вдову Лукулла, с маленьким ребенком, сам он поспешил в лагерь Помпея у города Диррахия на побережье Адриатического моря. В начале 48 г. до н. э. около Диррахия Помпей одержал победу, и Катон принимал в этом самое активное участие. Однако Помпей не использовал результатов победы. Цезарь сумел его перехитрить и, получив подкрепления, начать маневренную войну, двигаясь со своей армией в глубь полуострова. Помпей с основными силами последовал за ним, но у Диррахия оставил Катона с 15 когортами, т. е. приблизительное 7 тысячами воинов. Поэтому Катон не участвовал в битве при Фарсале, в которой Помпей был окончательно разгромлен.
Узнав об этом поражении, Катон переправился на остров Керкиру, где фактически распустил свое войско, предоставив всем воинам выбор либо остаться на Керкире, либо вернуться в Италию, либо вместе с ним отправиться на помощь Помпею. Решив, что бежавший после Фарсала Помпей скорее всего отправится в Египет, он с остатками своего отряда вышел в море и направился в эту страну. Но в пути, уже у африканских берегов, он встретил корабль, на котором жена и младший сын Помпея Секст возвращались из Египта, и от них узнал об убийстве Помпея. Видя, что больше в Египте ему делать нечего, Катон высадился в городе Кирене. Там он оставался недолго, ибо узнал, что все остатки антицезарианских сил собираются в провинции Африке[4]. Тогда, не дожидаясь весны, когда открывалась навигация, Катон с имеющимися у него силами двинулся по суше в эту провинцию. Преодолев довольно значительное расстояние в трудных условиях почти бездорожья и отсутствия городов, он соединился с основными силами антицезарианцев, которые теперь возглавлял бывший консул Сципион, командование которого признал и Катон.
Трудно сказать, как отнеслись к Катону те, кто собрался в Африке. С одной стороны, он стал в известном смысле символом непримиримой вражды к Цезарю и воплощением борьбы за свободу против тирании, а именно под этим лозунгом противники Цезаря и вели с ним войну. Но с другой, он был слишком принципиальным, слишком неуживчивым, к тому же обладал недостаточным военным опытом, а в условиях войны именно военный, а не политический опыт играл важнейшую роль. В Африке собрались те, с кем прежде Катон упорно враждовал, среди них был и Сципион. Помпеянцы дорожили возникшим союзом с нумидийским царем Юбой, а Катон в духе старых римских представлений относился к «варварам» если не презрительно, то весьма настороженно и подозрительно. Поэтому, оказав прибывшему Катону всяческое внешнее почтение, руководители борьбы вскоре «сослали» его, назначив комендантом города Утики.
Это назначение, конечно, не было чисто формальным. Старинная финикийская колония, основанная, по преданию, еще в конце XII в. до н. э., Утика в то время играла роль провинциальной столицы и занимала важное стратегическое положение. Ее сохранение было важно для врагов Цезаря, но в самом городе существовала довольно сильная процезаревская «партия», в основном опиравшаяся на рядовые слои горожан. Катон же, опираясь в основном на живших в Утике и окрестностях римских граждан, из которых он составил свой совет, а также на бежавших в Африку сенаторов и их сыновей, начал укреплять город в предвидении возможного нападения цезарианцев. Но для этого было необходимо нейтрализовать сторонников Цезаря. Сципион предложил сделать это весьма радикально, просто перебив всех взрослых мужчин. Катон, понимая, что эти убийства лишь приведут к обострению отношений с местным населением, воспротивился, хотя и согласился с изгнанием цезарианцев из города.
Когда 6 февраля 46 г. до н. э. в битве при Тапсе Цезарь одержал новую победу, полностью разгромив и почти уничтожив армию своих противников, в Утике началась паника. Совет, составленный Катоном, выступил против него. Попытки Катона навести порядок и сделать из Утики оплот для спасшихся после сражения при Тапсе не удались. Не сумел он также уговорить местных рабовладельцев освободить рабов, чтобы из них составить новое войско для борьбы с Цезарем. Катон понял, что сопротивление Цезарю он оказать не сможет. Для него, который всю жизнь посвятил защите римской свободы, по крайней мере так, как он ее понимал в староримском духе, победа Цезаря означала не только политическое поражение, но и конец жизни, ибо он не мыслил своей жизни под властью Цезаря, которого считал наглым тираном. Поэтому, убедившись в бессмысленности дальнейшего сопротивления, он распустил стоявшее в Утике войско и организовал его отплытие из города. После этого Катон покончил с собой, вонзив меч себе в живот. Его старший сын Марк, а также несколько друзей и врач попытались было его спасти: воспользовавшись тем, что раненый потерял сознание, они вложили на место выпавшие внутренности и зашили рану. Но, придя в себя, Катон разорвал зашитую рану и скоро умер, не дожи в до 49 лет. Жители Утики независимо от своей партийной принадлежности воздали покойному погребальные почести, восхищаясь не только непреклонностью, но и уникальной честностью, так отличавшей его от всех остальных деятелей того времени. Даже Цезарь высказал сожаление по поводу его смерти.
Гибель Катона, пожалуй, в еще большей степени, чем жизнь, сделала из него символ неукротимого свободолюбия, в своем стремлении к свободе не останавливающегося ни перед чем, даже перед собственной смертью. Мертвый Катон оказался для Цезаря еще более страшным врагом, чем живой. Цицерон написал сочинение «Катон», в котором восхвалял погибшего, и это сочинение получило широкое распространение в римском обществе. Цезарь был вынужден ответить тем же, написав и выпустив в свет памфлет «Антикатон», в котором собрал все негативное, что было можно, включая самые нелепые, но все же иногда ходившие сплетни о своем мертвом противнике. Это сочинение Цезаря до наших дней не дошло, ибо большой популярностью в обществе не пользовалось. Даже сторонник Цезаря Саллюстий воздал хвалу Катону, который, по его словам, лучше желал быть честным на самом деле, чем слыть таковым, и который чем меньше искал славы, тем большей она была. И позже Катон не был забыт. Естественно, что все те, кто считал себя противником тирании, восхваляли его. Лукан в своей поэме «Фарсалия», написанной приблизительно через 110 лет после гибели Катона, сделал его одним из положительных героев; ему же принадлежит знаменитый афоризм: «Победитель любезен богам, побежденные милы Катону». Но и сторонник установившегося принципата Веллей Патеркул подчеркивал, что Катон был ближе к богам, чем к людям, совершал справедливые поступки, потому что не мог поступать иначе, был вовсе лишен людских пороков и являлся хозяином своей судьбы. Не меньше ценили Катона и более поздние поколения.
Цезарь пощадил сына Катона Марка. Но позже тот принял участие в последней войне республиканцев уже после смерти Цезаря под командованием своего двоюродного брата Брута и погиб при их разгроме. Старшая дочь Катона Порция первым браком была замужем за Бибулом, а затем стала женой того же Брута, хотя тот и был ее двоюродным братом.