ремя самом значительном городе Дальней Испании, вспыхнуло восстание. К восставшим присоединились и часть легионов и вспомогательных единиц. При этом одни восставшие объявили себя сторонниками Помпея (даже после его смерти), другие утверждали, что они — цезарианцы, но выступают против Кассия. Дело дошло до настоящей гражданской войны. С помощью мавританского царя Богуда Кассий сумел удержать некоторые позиции, но положение было тяжелым. В дело вмешался проконсул Ближней Испании Марк Эмилий Лепид. Он выступил посредником между Кассием и восставшими и на некоторое время успокоил провинцию. Цезарь же счел за благо вообще Кассия отозвать и прислать ему на смену Гая Требония. Кассий отплыл из Испании, но его корабль попал в зимнюю бурю и погиб вместе с неудачливым наместником.
Однако спокойствие в Дальней Испании продолжалось недолго. По-видимому, Требонию удалось успокоить провинцию только на очень короткое время. Теперь все недовольные, а также ранее взбунтовавшиеся солдаты, боявшиеся наказания, открыто заявили о своем присоединении к помпеянцам. В Новом Карфагене, который, правда, находился в Ближней Испании, но у самых границ с Дальней и поэтому во многом разделял симпатии и антипатии этой провинции, в 47 г. до н. э. даже стали чеканить монету с именем Гнея Магна, т. е. покойного Помпея. Правда, уже в том же 47 г. цезарианцы в этом городе, вероятнее всего, все же взяли верх. Но Кордуба и некоторые другие города долины реки Бетис остались непримиримыми врагами Цезаря. Во главе восстания встали богатый житель Кордубы Тит Квинций Скапула и римский всадник Квинт Апоний. Не надеясь на собственные силы, они обратились к Сципиону, командовавшему войсками в Африке, с просьбой прислать им помощь. Присоединение к помпеянскому делу южной части Испании резко расширяло фронт антицезарианской борьбы, и Сципион, разумеется, откликнулся на эту просьбу. Он направил в Испанию часть армии во главе с Гнеем Помпеем младшим. Этим он достигал нескольких целей. С одной стороны, он оказывал военную поддержку своим сторонникам в Испании и усиливал этот новый фронт борьбы с Цезарем, а с другой — отсылал туда старшего сына Помпея, который мог бы стать его опасным соперником.
Приморские районы Испании были в отличие от долины Бетиса настроены процезариански, и поэтому Гней Помпей не высадился сразу на южном побережье Пиренейского полуострова, а направился на Балеарские острова. Ими он овладел практически без труда; только город Эбес оказал ему сопротивление, но и оно было довольно быстро сломлено. И только укрепившись на островах, Гней, еще на некоторое время задержавшийся там из-за болезни, решил переправиться на полуостров, а для начала овладеть Новым Карфагеном, еще совсем недавно так выразительно проявившим свои пропомпеянские настроения. Но к этому времени сторонники Цезаря там победили, и город оказал сыну Помпея упорное сопротивление. Туда к нему явились восставшие во главе со Скапулой, который, оттеснив Апония, стал главой помпеянцев в Испании, и признали Помпея своим верховным главнокомандующим.
Тем временем в битве при Тапсе помпеянцы были разгромлены, и Цезарь овладел Африкой. Нумидия была превращена в римскую провинцию, а остатки помпеянцев перебрались на юг Испании и влились в армию Гнея Помпея. Среди них был и Секст Помпей. Сципион и Юба погибли, так что теперь у старшего сына Помпея соперников не было.
Вначале Цезарь не придал особого значения испанским событиям. Но скоро положение приняло нежелательный для него оборот. Справиться с помпеянцами своими силами его наместники в Испании Квинт Фабий Максим и Квинт Педий не могли и стали просить Цезаря как можно скорее явиться в Испанию самому и с большими силами. И в самом конце 46 г. до н. э., несмотря на трудности зимнего времени, Цезарю пришлось отправиться в Испанию. В январе 45 г. до н. э., передвигаясь со своей обычной быстротой, он уже был на театре военных действий. Еще до этого Помпей, предвидя появление Цезаря и, видимо, не чувствуя особой поддержки на побережье, отступил в долину реки Бетис, где у него имелась сильная опора, особенно в Кордубе. После некоторых стычек и осад отдельных городов Цезарь приступил к осаде Кордубы. Помпей же, полагая, что Цезарь зимой никаких активных действий не предпримет, практически ничего не сделал для организации обороны. В Кордубе со своим отрядом находился Секст, а Гней с основной армией почти беспорядочно двигался по долине Бетиса, дабы не дать отпасть от него как можно большему числу городов. 17 марта 45 г. до н. э. произошла последняя битва этой гражданской войны. Она разворачивалась около небольшого города Мунды недалеко от Кордубы. Долгое время ни то, ни другое войско не могло одержать победу, и лишь смелый рейд мавританской конницы во фланг помпеянской армии решил дело. Армия Помпея младшего была полностью разгромлена.
Вар и Лабиен погибли в этой битве. Гней был ранен и бежал в приморский город Картею. Однако в этом городе после долгих споров победили сторонники Цезаря, так что укрепиться там Помпей не смог. Тогда с отрядом еще верных ему воинов Помпей захватил несколько кораблей, чтобы уйти из Картеи, но картейцы помешали ему выйти из гавани. Высадившись снова на берег, Гней с отрядом стал пробираться внутрь материка. Цезарь направил отряд во главе с Цезеннием Лентоном на его поиски. Лентон сумел обнаружить убежище, где прятался Помпей. В завязавшейся схватке Гней Помпей младший был убит.
Секст Помпей, находившийся в Кордубе, в битве при Мунде не участвовал. Узнав об ее исходе, он понял, что долго продержаться в городе не сможет. И он посоветовал кордубцам самим договариваться с Цезарем об условиях сдачи, а сам, раздав своим всадникам имевшиеся у него деньги, с небольшим отрядом верных людей ушел в горы. Секст предпочел покинуть Дальнюю Испанию и перебраться в Ближнюю, где у его отца со времен войны с Серторием имелась обширная клиентела. Его базой стала территория племени лацетанов, откуда он стал совершать набеги на соседние районы. В скором времени к нему присоединилось довольно большое количество самого разного народа, недовольного Цезарем или, скорее, его чиновниками в Испании. Некоторые прибыли к нему даже из Африки, как местный царек Арабион, лишенный своего трона сторонниками Цезаря. Из всех этих людей Секст набрал не менее пяти легионов, с которыми и вел войну с цезарианцами. Помпей даже стал чеканить собственные монеты, на которых помешал свое имя в форме Секст Магн (Великий), подчеркивая свое происхождение от великого отца; он присвоил себя также прозвище Пий (Благочестивый), что должно было указывать на то, что он воюет ради памяти Помпея. Изображенному на монетах богу Янусу были приданы портретные черты Гнея Помпея. Обеспокоенный Цезарь направил против него войска во главе со своим легатом Гаем Карриной. Но Помпей помнил уроки своего брата. Он избегал открытого сражения и прибегнул к тактике партизанской войны, внезапно нападая на войска Каррины и постоянно истощая их этими нападениями. Цезарю пришлось сменить командующего своими войсками. В 44 г. до н. э., незадолго до своей смерти, он назначил в ранге проконсула наместником Дальней Испании Гая Азиния Поллиона, а Ближней — Лепида. В основном военные действия против Помпея вел Поллион, но тоже не очень удачно. Помпею удалось захватить ряд городов и укрепить свое положение.
Когда в Испанию дошла весть об убийстве Цезаря, Секст Помпей стал действовать более решительно. Что же касается военачальников Цезаря, то Лепид больше был занят делами в Италии и Риме, а Поллион, не зная, как повернутся дела, более или менее выжидал. Воспользовавшись этим, Помпей выступил открыто. Он захватил Новый Карфаген и Барию и вторгся в Дальнюю Испанию, где тоже захватил ряд городов, в некоторых из них он даже стал чеканить свои монеты. Все довольно нерешительные попытки Поллиона остановить его не удались. Но и сам Помпей, по-видимому, долго не мог решить, что ему делать, ибо обстановка в республике была очень нестабильна. Наконец, он счел за благо не столько добиваться власти вооруженным путем, сколько вернуть себе положение в обществе, а затем уже легальным путем начать путь к той же власти. Поэтому уже в июне 44 г. до н. э. Помпей направил письмо консулам этого года Марку Антонию и Публию Корнелию Долабелле с предложением распустить свою армию в обмен не только на легальное возвращение в Рим, но и на возвращение ему всего отцовского имущества, ранее конфискованного Цезарем. Антоний поручил вести переговоры Лепиду. И вскоре было достигнуто соглашение. По его условиям Помпею выделялось из казны то ли 50, то ли даже 700 (по разным источникам) миллионов сестерциев в возмещение за конфискованное имущество. А через некоторое время он был назначен командующим морскими силами республики и ему было официально поручена охрана морского побережья. На этих условиях Помпей покинул Испанию и в начале 43 г. до н. э. перебрался в Массалию на юге Галлии. Там его застали посланцы сената, которые просили его помощи в войне с Антонием. Но Помпей не захотел вмешиваться в эту войну. Он оставался в Массалии во главе довольно сильного флота, насчитывавшего больше сотни кораблей.
Но скоро положение радикально изменилось. Был создан второй триумвират, и триумвиры (Антоний, Октавиан и Лепид), овладев Римом, по примеру Суллы ввели проскрипции, и одним из первых в проскрипционном списке стоял Секст Помпей. Разумеется, в этих условиях никакие переговоры с владыками Рима были невозможны. Сам Секст некоторое время еще питал надежды договориться если не со всеми триумвирами, то по крайней мере с Октавианом, упирая на то, что проскрипции были направлены против убийц Цезаря, а он, Секст, в этом деле не участвовал, так как в то время находился в Испании. Но эта надежда исчезла очень быстро, ибо ни один из триумвиров договариваться с Секстом не хотел. Тогда, не питая никаких надежд удержаться на юге Галлии, Помпей со своим флотом двинулся на Сицилию. Вместе с ним туда отправился и ряд его испанских сторонников, среди которых видное место занимал Люций Аппулей Дециан.
Он высадился на северо-восточном побережье острова и, не встретив сопротивления, овладел этим побережьем. По иронии судьбы наместником Сицилии был в это время человек, носящий то же родовое имя — Авл Помпей Вифинский. Он заперся со своими войсками в Мессине и отказался впустить туда Секста. В ответ на это тот стал опустошать окрестности и препятствовать подвозу в Мессину продовольствия. Под угрозой голода Помпей Вифинский согласился на переговоры. Было заключено соглашение, по которому оба Помпея должны были на равных разделить командование и вместе управлять Сицилией. Но, разумеется, если это соглашение и выполнялось, то недолго. Вскоре под предлогом заговора, который якобы составил Помпей Вифинский, тот был убит, и теперь уже официально вся власть над островом сосредоточилась в руках Секста Помпея.