После 2005 г. отношения между УСБО, ПБО и правительством вступили в новую фазу. Функции УСБО изменились, расширилась его миссия по защите и поддержке правительства Ахмадинежада и дальнейшему противодействию студентам, находящимся под влиянием оппозиции и диссидентам. Как писал один из лидеров USBO в 2007 году в тегеранской газете «Ресалат»: «Задача студентов Басидж – поддерживать правительство. Девятое правительство [т. е. правительство, сформированное после президентских выборов 2005 г.] – это правительство Басидж, и, как и Басидж, на сегодняшний день оно предпринимает смелые шаги для улучшения условий жизни страны и оказания ощутимых услуг». USBO взяла на себя любую роль, которую КСИР посчитает необходимой. Ссылаясь на захват студентами посольства США в Тегеране в 1979 г., командующий КСИР Мохаммад Али Джафари заявил: «Мы хотим создать ситуацию, при которой, если потребуется, USBO предпримет действия, аналогичные тем, что произошли 4 ноября 1979 г. «В этих условиях USBO потребовала проведения «второй культурной революции» в университетах для борьбы с такими группами, как Левое студенческое движение и Продемократическое либеральное студенческое движение. Утверждая, что университеты превратились в рассадник мысли, отклоняющейся от исламских идеалов, USBO стремится очистить университеты от диссидентских и оппозиционных элементов. Эта политика с энтузиазмом продвигалась во время первого срока Ахмадинежада (2005— 9 гг.), что привело к отчислению большого количества студентов и принудительной или досрочной отставке многих преподавателей университетов.
Присутствие членов PBO и USBO в правительстве быстро расширялось, особенно в органах, управляющих системой высшего образования. В 2005 г. члены ПБО Мохаммад Мехди Захеди и Камран Бакер Ленкорани были назначены, соответственно, министром науки, исследований и технологий и министром здравоохранения и медицинского образования. После этих изменений члены ПБО стали занимать руководящие посты в министерствах высшего образования и университетах, чтобы помочь ИРИ в ее миссии по исламизации университетов путем очищения вузов от оппозиции. По словам бывшего руководителя ПБО, в 2005 г. ПБО помогло Министерству высшего образования всего за двадцать четыре часа уволить деканов двадцати шести университетов и заменить их профессорами-басиджи. После этих назначений многие профессора-басиджи стали занимать должности деканов университетов, факультетов и кафедр, а также заместителей и руководителей высших учебных заведений.
В результате этих преобразований должности, освобожденные учеными-диссидентами, стали доступны членам Басиджа. Для осуществления этого процесса университетам было предложено направлять досье профессоров в Комитет по отбору профессоров (Хейат-е Гозинеш Осатд) для проведения тщательного расследования. Этот комитет, созданный после «культурной революции» 1980—87 годов, занимался проверкой идеологических убеждений профессоров, желающих поступить на работу в университеты, проверкой идеологической квалификации преподавателей и даже увольнением некоторых преподавателей, которые много лет преподавали в университетах. Как отмечает Фредерик Вери и его коллеги отмечают, что «в рамках политики, напоминающей университетские чистки начала 1980-х годов, многие преподаватели и администраторы университетов были сняты со своих должностей и заменены сотрудниками КСИР». По мере изгнания профессоров ПБО заменяла их своими членами и кандидатами в члены Басидж в соответствии с приказом режима. В некоторых отчетах даже приводится информация о том, как члены ПБО назначали своих супругов преподавателями в университетах. Как подчеркивала в 2010 г. официальная еженедельная газета КСИР, «режим должен сделать все, чтобы набрать новых профессоров, которые по идеологии являются лучшими». Чтобы гарантировать, что люди, которые практически не привержены идее тотальной опеки юристов (велайат-е мотлаг-е факих), больше не будут набираться, набор профессоров в университеты с момента прихода к власти сторонников жесткой линии в 2005 г. становится все более централизованным. В частности, за подбор профессорско-преподавательского состава в университетах отвечает Центр по набору преподавателей (Markez Jazab-e Aza-ye Heyat-e Elmi) при Министерстве высшего образования. Этот центр управляется членами PBO, а его нынешним начальником является предыдущий командир USBO. Члены ООБ также отвечают за выявление и выдвижение кандидатур аспирантов-басиджи, желающих стать преподавателями университетов. Фактически члены ПБО нашли поддержку у своих коллег на факультетах университета и не встретили противодействия со стороны комиссии по отбору профессоров. PBO давно использует эти механизмы включения и исключения, чтобы гарантировать свое постоянное присутствие в университетах.
«Чтобы завоевать университеты», правительство также приняло несколько законов, направленных на увеличение числа членов ЛБО на административных должностях в университетах. Например, в 2005 г. Высший совет культурной революции принял закон, согласно которому руководитель клубов ЛБО в каждом университете должен быть членом «культурного совета» университета. Этот совет отвечает за укрепление и углубление идеологических и интеллектуальных принципов студентов в соответствии с исламскими ценностями, а также за создание благоприятных условий для воспитания выдающихся людей. Круг его обязанностей достаточно широк, поскольку в его ведении находятся все культурные мероприятия в университетах, такие как издание информационных бюллетеней и проведение культурных церемоний. Интересно отметить, что в состав этого совета входит не только руководитель ПБО, но и руководитель УСБО.
Такая устоявшаяся система поддержки позволяет членам USBO и PBO занимать другие административные должности, например, в Дисциплинарном комитете (Komiteh-e Enzebati), который отвечает за наказание студентов, совершающих административные, политические и моральные нарушения. USBO и PBO имеют по представителю в каждом дисциплинарном комитете от студентов и преподавателей.
В условиях доминирующего присутствия Басидж в иранских университетах все члены этих комитетов, такие как декан университета и представитель Верховного лидера в университете, как правило, являются членами PBO или USBO. Комитет нанимает студентов в качестве связных и агентов комитета, которые собирают информацию о своих коллегах. Студенты-басиджи также работают в тесном контакте с комитетами «повелевающих правильное и запрещающих неправильное» (komiteh-e amr be maruf va nahy az monkar) – полицией нравов, черпающей свое вдохновение в исламском праве. В задачи этих комитетов входит «пропаганда культуры молитв и благословений, пропаганда сугубо личных качеств непогрешимых имамов, [и] углубление знаний исламских катехизисов». За последние пять лет эти комитеты стали особенно активно противостоять студентам и преподавателям, увольняя или исключая многих из них по различным причинам. По сути, эти комитеты являются самыми основными институтами давления на студенческих активистов.
В 2006 году вторым руководителем ПБО был назначен генерал Джафар Ягоби, которому предстояло реализовать новый План перемен и эволюции (Тарх-е Тахвол ва Таали). Одной из целей этого плана было расширение деятельности Бюро, включая исследовательскую деятельность в военной и оборонной областях. В результате Бюро играло важную политическую и управленческую роль в первой администрации Ахмадинежада – настолько, что, по словам министра высшего образования Ирана Мохаммада Мехди Захеди, правительство Ахмадинежада (2005—9 гг.) фактически было администрацией Бюро. Ахмадинежад приказал министрам и правительственным бюро использовать членов Бюро в качестве своих консультантов. В 2007 г. он также подчеркнул важность участия ПБО в разработке Пятого плана экономического развития. В свою очередь, ПБО заявила о своей полной поддержке администрации Ахмадинежада, поскольку считала, что его правительство является правительством басиджи и действует в соответствии с указами покойного аятоллы Хомейни и нынешнего Верховного лидера. Сто пятьдесят профессоров-басиджи сотрудничали с администрацией Ахмадинежада при подготовке Пятого плана экономического развития. Два года спустя, в феврале 2008 г., КСИР представил очередной «План перемен и эволюции», в котором дополнительные ресурсы были направлены на повышение качества подготовки басиджей в университетах. Основной целью этого плана было повышение идеологического образования членов Басидж и их предварительная подготовка к работе в правительстве. После этих структурных изменений в апреле 2009 г. третьим главой ПБО стал генерал Лотфали Бахатри, в то время заместитель Сил сопротивления Басидж, что позволило активизировать деятельность организации. По словам бывшего командира Басидж Ходжата аль-Ислама Хоссейн Таеб, Бахатри был назначен для ускорения набора иранских профессоров в Басидж, защиты исламского режима в «мягкой войне» и поддержки исламских ценностей в университетах.
Аналогичным образом, в обмен на сотрудничество USBO с консервативной платформой правительства Ахмадинежада, правительство оказывало USBO масштабную поддержку. В 2008–2009 гг. ИРИ предприняла серьезные усилия по расширению 40-процентной квоты приема басиджийских студентов в государственные университеты. USBO, которая раньше стремилась выглядеть как студенческая организация, открыто заявила о себе как о военизированной организации: «USBO имеет возможность изменить свой функционалистский характер и вступить в новую фазу защиты исламской революции, если революция окажется под угрозой со стороны превосходящих сил… Поэтому студент Басидж гордится тем, что является членом этого военизированного формирования».
Даже за пределами университетов влияние ПБО на режим возросло благодаря ее участию и проникновению в городские советы и парламентские выборы. Несколько видных членов ПБО, таких как Мехди Кучекзаде, Али Асгар Зараи и Насрин Солтанхва, были избраны в городской совет Тегерана в 2001 году и в парламент Ирана в 2003 году. Кроме того, всесторонняя поддержка режимом ПБО, включая многочисленные уступки, которые он предоставлял этой организации, привлекала в нее многих специалистов. Кроме того, бывшие руководители ПБО сегодня занимают руководящие посты, в том числе парламентарий и предыдущий глава ПБО Алиреза Закани, который был одним из главных сторонников правительства Ахмадинежада, и Мехрдад Базарпаш, предыдущий руководитель ПБО в Технологическом университете Шариф в Тегеране и нынешний вице-президент по национальным молодежным организациям.