Сафи неожиданно умер 12 мая 1642 года, оставив после себя крепкую, хотя и уменьшившуюся империю. Его девятилетний сын, султан Мухаммад Мирза, занял трон 15 мая под именем Аббаса II, а Сару Таки все еще оставался у власти. Господство визиря продолжалось до 1645 года, когда кызылбашские офицеры успешно организовали заговор с целью его убийства с согласия Аббаса. Успех кызылбашей в устранении Сару Таки был последним; руководство кызылбашей больше не было в центре власти. Ни один офицер не доминировал в администрации, и молодой шах стал играть главную роль в управлении. Аббас II сохранил мощь сефевидских вооруженных сил и продолжил передачу провинций из ведения мамалыги в ведение хассов. До этого были переданы только внутренние провинции империи, но в правление Аббаса II под контроль короны перешли Хурасан и Азербайджан. Во время его правления Сефевиды добились своего последнего значительного военного успеха — отвоевания Кандагара у моголов в 1649 году. Возможно, именно огромные расходы на эту экспедицию и отсутствие сопоставимой цели, а не недостаток военной энергии, помешали дальнейшей экспансии в этот период. Оставалась фундаментальная экономическая слабость сефевидского режима, проявившаяся в его неспособности остановить постоянный отток специй. Ньюман считает эту проблему одним из двух главных вызовов, с которыми столкнулся Аббас II; вторым вызовом были продолжающиеся волнения, вдохновленные гулувом, или, скорее, волнения среди городских низов, страдавших от «комбинированного воздействия оттока специй, девальвации валюты и инфляции цен».[52] и вдохновленных гулувом. Несмотря на эти проблемы, нет достаточных оснований утверждать, что сефевидское предприятие стало значительно слабее при Сафи и Аббасе II. В 1662 году у Аббаса появились признаки изнурительной болезни, но он оставался активным до своей смерти в октябре 1666 года.
Правление двух последних Сефевидов продолжило тенденции, существовавшие при Сафи и Аббасе II. Старший сын Аббаса, также носивший имя Сафи, занял трон под именем Сафи II, а затем был провозглашен шахом Сулейманом 1 ноября 1666 года. Юный принц запаниковал, когда его вывели из гарема, опасаясь, что его убьют или ослепят. После этого случая он проявил мало положительных качеств. Он редко посещал заседания государственного совета, общаясь с государственными чиновниками через своих евнухов. Нити власти полностью перемещались внутри дворца. Западные авторы, описывающие его, изображают его алкоголиком и распутником, который чередовал скупость и распутство. Без королевского надзора сефевидская армия и гражданская администрация деградировали. Не было никакого контроля над коррупцией среди чиновников. Отсутствие серьезных внешних угроз и предварительная ликвидация внутренней фракционности позволили правлению пройти без серьезных потрясений, и границы оставались мирными. Однако фискальная слабость продолжалась, усугубляемая силами природы. В 1660-х и 1670-х годах империя пережила серию неурожаев, что привело к неоднократному голоду в регионах. Кроме того, в 1680 году в некоторых частях империи произошли серьезные вспышки чумы. Нехватка налогов, которую неизбежно вызвали эти события, стала серьезной нагрузкой на казну Сефевидов. Империя также испытывала внешнее давление со стороны узбеков, калмыков и казаков на своих северных границах.
В ответ Сулейман и его главный министр, Шейх Али Хан (курд-суннит), использовали различные средства для увеличения доходов и сокращения расходов, включая сокращение военных расходов, налог на экспорт серебра, агрессивное взимание налогов и штрафов за просрочку, а также попытки увеличить доходы от продажи шелка Голландской Ост-Индской компании, которая закупала материал у правительства, а не у частных поставщиков. Ни одна из этих мер не привела к существенным изменениям. Модель империи шелководства не могла существовать долго. Слишком большая часть богатства, которое поступало в Иран из Европы в обмен на шелк, продолжала идти на восток, в Индию и голландскую Ост-Индию, где в обмен на специи, лекарства, хлопчатобумажный текстиль и другие товары для поддержания благосостояния. У английской Ост-Индской компании и голландской Ост-Индской компании были альтернативные источники шелка в Бенгалии и Китае. Самым значительным действием Сулеймана стало назначение Мухаммада Бакира Маджлиси главным религиозным деятелем империи. Маджлиси стремился преобразовать сефевидское общество в полностью шиитскую среду и призывал к насильственному обращению всех нешиитов. Сведений о том, как эта политика осуществлялась на местах, мало. Но во времена Сулеймана военная и финансовая слабость не подрывала легитимность и устойчивость режима. Сулейман умер 29 июля 1694 года.
Придворные Сулеймана выбрали его старшего сына, султана Хусайна, в качестве преемника. Он занял трон под этим именем 6 августа 1694 года. Чрезвычайно набожный, он получил прозвище Мулла Хусайн. Его благочестие отвлекало его от управления страной, но не мешало ему пить. Маджлиси остался на посту и продолжил свою политику. Шах совершал массовые паломничества, в 1706 году отправившись в Кум и Мешхед со свитой в 60 000 человек. Появление новых военных угроз на востоке не вызвало значительной реакции. Когда в 1698–1699 годах племена белуджей подняли восстание, совершив набеги на Йезд и Кирман и почти дойдя до Бандар-Аббаса, у сефевидского двора не было армии, которую можно было бы послать против них. Султан Хусайн призвал Гургин-хана, также известного как Гиорги XI, грузинского князя, собрать армию. С тех пор как Аббас I установил сефевидский суверенитет в Грузии, Сефевиды управляли регионом через принца, выбранного из одного из двух царских домов. Гургин-хана недавно сместили с поста правителя, потому что он стал слишком могущественным; очевидно, его власть была чрезмерной, потому что у Сефевидов было так мало своих собственных сил. Назначенный губернатором Кирмана, Гургин-хан разгромил белуджей и сохранил за собой этот пост. В 1704 году, когда угроза со стороны белуджей вновь появилась в провинции Кандагар, султан Хусайн назначил туда Гургина хана, и тот добился такого же успеха. Политика грузина в Кандагаре, в том числе притеснение афганцев-суннитов, вызвала сопротивление афганцев-галзаев, доминирующей племенной группы в этом районе, под руководством их лидера Мир Увайса. Гургин-хан без труда разгромил восстание и отправил Мир Увайса в плен в Исфахан. Но в столице афганский лидер оказался более опасным противником, чем в поле, так как завоевал расположение Шах-Султана Хусайна и получил разрешение вернуться в Кандагар.
В 1709 году Мир Увайс устроил переворот в Кандагаре и убил Гургина хана. Антигрузинская фракция при дворе откладывала карательную экспедицию в течение восемнадцати месяцев; затем две отдельные экспедиции не смогли вытеснить Гхалзаев. Мир Увайс правил Кандагаром до своей смерти в 1715 году. Его преемником стал брат Мир Абд аль-Азиз, который хотел договориться с Сефевидами, но был свергнут своим племянником Махмудом, имевшим большие амбиции. Афганцы Абдали, соперничающая группа, проживавшая в основном в Хурасане, дали Махмуду шанс. Как и Гальзаи, они изгнали сефевидские власти и разгромили ряд карательных экспедиций. Советники султана Хусайна, обеспокоенные событиями на востоке, заставили его в 1717 году перенести свой двор из Исфахана в Казвин. Но шах оставался в Казвине в течение трех лет, не предприняв ни одной экспедиции против Абдали и Гальзаев. Наконец Махмуд вывел галзаев на поле боя, но не против бессильных Сефевидов, а против своих абдальских соперников как предполагаемых слуг шаха. Когда Махмуд разгромил абдалов, султан Хусайн наградил его титулом Хусайн Кули Хан и признал его правителем Кандагара.
Через год Махмуд напал на Кирман. Местные зороастрийцы, недовольные преследованиями, открыли ворота города для галзаев. Махмуд пробыл в Кирмане девять месяцев, отбирая у населения продовольствие и припасы, а затем вернулся в Кандагар. В 1721 году он снова повел свою армию на запад и взял Кирман, но городская цитадель была укреплена, а у галзаев не было осадной техники. В конце концов Махмуд принял взятку от гарнизона, чтобы отказаться от осады, но повел свою армию на запад, к Исфахану. Приближение Махмуда вызвало панику. Шах Султан Хусайн предпочел не готовиться к осаде, а предложить сражение за пределами города. Две армии встретились в Гюльнабаде, за пределами Исфахана, 7 марта 1722 года. Хотя силы Сефевидов значительно превосходили по численности разношерстную афганскую армию, отсутствие дисциплины и координации привело к ошеломляющей победе афганцев. Сефевиды не смогли прогнать афганцев, а афганцы не смогли прорвать городские стены. Так началась осада Исфахана.
Испытание длилось семь месяцев. Голод и каннибализм стали обычным явлением; погибло 80 000 человек. Махмуд подавил несколько экспедиций помощи. Шах Султан Хусайн отправил своего сына Тахмаспа из города, чтобы тот организовал еще одну попытку, но безрезультатно. Тысячи людей погибли, пытаясь выбраться из города. 20 октября Шах Султан Хусайн Сефеви сдал свой трон и королевские знаки отличия Махмуду. Ему пришлось одолжить у Махмуда лошадь, чтобы выехать на сдачу; императорские конюшни были опустошены в поисках продовольствия. Режим Сефевидов закончился. Власть в Иране вернулась к племенам.
Престиж Сефевидов, конечно, не угас. Сефевидские претенденты не исчезали со сцены в течение пятидесяти лет. Но быстро стало ясно, что они никогда не будут больше чем претендентами. Бывший шах был казнен в 1726 году; Тахмасп стал марионеткой кызылбашских вождей, сначала Фатх Али-хана Каджара, а затем Надир-хана Афшара. Надир-хан изгнал Гальзаев из Исфахана и возвел там Тахмаспа на престол, но через три года сверг его с престола в пользу своего малолетнего сына Аббаса. В 1736 году Надир-хан сверг молодого мальчика и сам взошел на трон под именем Надир-шаха. В 1740 году он казнил двух свергнутых правителей и еще одного сефевидского принца.