Когда Наджм ад-Дин умер в 1509 или 1510 году, Исмаил назначил на его место другого таджика, амира Яр Мухаммада Ахмада Хузани. Известный как Наджм-и Сани (второй Наджм), он стал доминирующей фигурой в сефевидской администрации и в 1512 году спровоцировал первый кризис в правлении Исмаила. Исмаил назначил его командующим армией, отправленной в Хурасан, чтобы противостоять вторжению узбеков под командованием Джани Бег Султана. Под его началом служили кызылбашские офицеры, назначенные в провинцию. Осенью 1512 года сефевидская армия, поддерживаемая Бабуром и его сторонниками, осадила Гуждуван. Когда осада затянулась, а припасов стало не хватать, Наджм-и Сани отказался от совета своих подчиненных отступить. Когда узбеки атаковали, вожди кызылбашей оставили его, а сам он был захвачен в плен и казнен. Из источников ясно, что кызылбаши возмущались властью, влиянием, богатством и высокомерием Наджм-и Сани. Они не хотели подчиняться ему на основании его назначения на высокий пост шахом, считая себя независимыми вождями, а не приспешниками правителя. Именно этот вопрос, а не этническое соперничество само по себе, стал причиной постоянных столкновений между кызылбашскими вождями и таджикскими чиновниками в истории Сефевидов до правления шаха Тахмаспа. Хотя таджикские вакили не имели титула визиря, они функционировали так, как обычно функционировали визири, а лица, носившие титул визиря, занимали подчиненное положение.
После смерти Наджм-и Сани Исмаил назначил вакилем амира Наджм аль-Дина Абд аль-Баки, одного из помощников Наджм-и Сани, который также занимал должность садра; он был убит при Чалдиране. Следующий вакиль, Мирза Шах Хусайн Исфахани, занимал этот пост в течение девяти лет. После великого поражения Исмаила вакиль остался во главе администрации, но его должность была фактически визирем. Его власть, естественно, вызвала недовольство кызылбашей. В 1523 году он был убит кызылбашским офицером, с которого он пытался взыскать крупный долг в казну. Это событие усиливает впечатление, что столкновение между кызылбашами и таджиками касалось условий взаимоотношений между шахом и его офицерами.
Были ли они слугами правителя, подлежащими как наказанию, так и награде, занимающими должность и статус по его желанию, или независимыми вождями, ритуально подчиненными правителю, но служащими ему по своему усмотрению? Преемник Мирза-шаха Хусайна на посту вакиля ранее служил визирем и продолжал занимать эту должность.
В период господства кызылбашей в первые годы правления Тахмаспа титул вакиля носил вождь первостепенного племени. Этот титул отражал статус главенствующего вождя как фактического правителя империи. Глава администрации, хотя и носил титул вакиля, не обладал большой властью. Административным последствием появления Тахмаспа стало возрождение гражданской бюрократии. Масум Бег Сафави сыграл в ней ключевую роль. Потомок брата шайха Хайдара, он занимал пост вакиля с 1550 или 1551 по 1569 год. Он придерживался среднего курса между таджикской и кызылбашской программами, что было характерно для большей части правления Тахмаспа. Должность курчибаши также стала более заметной. Севиндук Бег Афшар занимал этот пост с 1538 или 1539 года до своей смерти в 1561 или 1562 году, несмотря на изменчивость племенной политики в эту эпоху. С исчезновением религиозного вызова в империи должность садра вернулась к своему прежнему статусу управления землями и средствами, выделенными религиозному учреждению.
Беспорядочный период последней болезни Тахмаспа, короткое правление Исмаила II и неэффективное правление Мухаммада Худабанды означали возвращение к доминированию кызылбашей и хаосу в управлении. Исмаил II наделил значительными полномочиями своего визиря Мирзу Салмана. Мирза Салман возглавлял силы централизации, сначала в союзе с Махд-и Уля, затем с Хамза Мирзой, пока кызылбашские амиры не потребовали его отставки в 1583 году. Мирза Салман последовательно стремился к усилению власти своего благодетеля Хамза Мирзы и часто обвинял кызылбашских офицеров в нелояльности. Те, в свою очередь, обвиняли его в превышении власти и положения, например, в том, что он участвует в военных делах, а не ограничивается таджикским управлением, и в том, что у него неподходящая военная свита. Хамза Мирза выдал его кызылбашскому руководству, которое казнило Мирзу Салмана. Он обвинял кызылбашей не в измене в смысле помощи османам или узбекам, а в том, что они были более преданы себе, чем шаху и наследнику. Осуждение кызылбашами узурпации Мирзой Салманом военного статуса имеет не только этническое содержание; они выступают против передачи военных активов, которые должны быть исключительной собственностью кызылбашей, чужаку. Если бы Мирза Салман оказался носителем турецкого языка, не связанным с кызылбашской конфедерацией, его, вероятно, постигла бы та же участь с другим риторическим обоснованием.
Воцарение шаха Аббаса в 1588 году, по-видимому, ознаменовало возвращение к ситуации начала правления Тахмаспа, когда доминирующий кызылбашский офицер занимал должности вакиля и амира аль-умара. Казнь бывшего покровителя молодого правителя, муршида Кули-хана Устаджлу, два года спустя навсегда покончила с претензиями кызылбашей на политическое господство. При Аббасе ни один из чиновников не доминировал над другими; шах оставил главенство за собой. Четыре офицера — курчибаши, кулларакаси, туфангчибаши и великий визирь, получивший теперь титул садр-и азам (в соответствии с османской практикой) или итимад аль-даулах (опора государства), — контролировали управление. Курчибаши перестали ассоциироваться с доминирующим племенем, поскольку такового не было. В течение большей части правления Аббаса этот пост занимал Иса-хан Сафави, внук вакиля Тахмаспа, что полностью вывело его из-под контроля кызылбашей. Должность амир аль-умара фактически перестала существовать; этот термин использовался в основном для обозначения важных провинциальных губернаторов. Аббас превратил всех офицеров, включая кызылбашских вождей, в своих собственных функционеров. Проблемы и конфликты, доминировавшие в политике и управлении Сефевидов, отошли на второй план.
Переход большей части империи из-под юрисдикции мамалыги в ведение хасса касался прежде всего управления провинциями. Но так же, как это изменение имело военные последствия, поскольку переклассифицированные земли поддерживали кюрчи, гхуламов и мушкетеров вместо кызылбашских солдат, оно повлияло и на центральную администрацию. Мамалыкские провинции, управляемые кызылбашскими губернаторами, практически не платили доходов центральному правительству и, таким образом, в основном находились вне его компетенции и его гражданской бюрократии. Провинции Хаса, однако, были исключительной сферой деятельности центральной администрации. Таким образом, Аббас значительно повысил значение гражданской бюрократии и ее главы.
После смерти Аббаса созданная им система управления оставалась в силе, хотя и без изменений, вплоть до падения династии. Произошли три основных изменения: отстранение правителей (за исключением Аббаса II) от повседневного управления, рост влияния дворцовых чиновников и усиление роли улама, как внутри, так и вне официальных должностей. Увеличилась власть визиря и численность гражданской бюрократии. Напряжение между гражданской и дворцовой бюрократией стало одной из главных особенностей сефевидской политики. Дворцовая бюрократия всегда была многочисленной и влиятельной; кроме того, она имела гораздо лучший доступ к самим правителям, а зачастую и более тесные отношения с ними. Главный придворный чиновник, ишик-акаси-баши, подчинялся великому визирю и контролировал всю придворную челядь, включая евнухов, привратников и других придворных чиновников. В его обязанности входило два основных компонента: дворцовое управление и придворный протокол. Главный евнух гарема, носивший титул ишик-акаси-баши гарема, или капучи-баши, подчинялся ишик-акаси-баши. Евнухи играли особенно важную роль во время долгого правления шаха Сулеймана, который всю свою жизнь до воцарения провел в гареме и редко покидал его после. Гаремные чиновники стали посредниками между реальным правительством и правителем.
У сефевидского царского дома был еще один важный компонент, контролируемый назиром-и буютатом (начальником царской мастерской). Назир-и буютат представлял правителя в качестве художественного мецената и промышленника. Исмаил и Тахмасп поддерживали огромные художественные заведения. В первые годы правления Тахмаспа в императорских мастерских была создана самая известная иранская иллюминированная рукопись — потрясающая «Тахмасп Шах-намах». Во второй половине правления Тахмаспа сефевидское покровительство искусству сократилось, хотя царский патронаж не прекратился полностью, и представители элиты гуламов стали важными культурными меценатами в провинциях. Однако королевская мастерская продолжала выпускать широкий ассортимент изделий до конца правления Сефевидов. Во времена правления шаха Султана Хусайна существовало тридцать три различных мастерских. Они производили одежду, обувь, ковры, изделия из металла и другие товары для придворного потребления, а также поставляли продукты питания.
Рост религиозного истеблишмента и его политического влияния часто рассматривается как часть упадка Сефевидов, и этому есть некоторое оправдание. Для шаха Султана Хусайна религиозные вопросы были таким же отвлекающим фактором, как дела гарема для его отца, Сулеймана. Но институциональные изменения заслуживают отдельного рассмотрения. В дополнение к стандартным религиозным должностям кази (судьи) и садр (распорядителя религиозных пособий) были созданы две новые должности — муллабаши и диван-беги. Шах Султан Хусайн, очевидно, создал должность муллабаши для Муллы Мухаммада Бакира Маджлиси в знак признания его статуса как ведущего шиитского божества. Должность диван-беги, которая появилась значительно раньше, можно перевести как «господин главный судья». Будучи главным магистратом и апелляционным судьей империи, диван-беги обладал юрисдикцией в отношении преступлений, караемых смертной казнью, в столице империи, а также осуществлял апелляционный и административный контроль над провинциальными судами, а также рассматривал гражданские дела. В его юрисдикцию входили как нормы шариата, так и административное или обычное право; в вопросах шариата его консультировал садр.