Бабур оставил четырех сыновей — Хумаюна, Мирзу Камрана, Мирзу Аскари и Мирзу Хиндала, каждый из которых получил удел. Хумаюн получил трон Индостана, а Камран — Кабул, Кандагар и Пенджаб. Его правление с 1530 по 1556 год напоминало правление Бабура с 1494 по 1526 год: ему противостояли как могущественные внешние враги, так и угроза со стороны соратников Тимурида. Ему противостояли два крупных противника — новый афганский лидер Шир Хан (позже Шир Шах) Сур и Мирза Камран. Шир-хан был афганским офицером на службе у Лоди, но стремился получить власть в свои руки и изгнать Моголов из Индостана. Он добился обеих целей. Первые несколько лет своего правления Хумаюн потратил на попытки установить контроль над Индостаном и поглотить региональные королевства Гуджарат и Мальва. Это отвлекло внимание Шир-хана и дало ему возможность установить контроль над Бихаром и Бенгалией. Когда Хумаюн наконец вступил в бой с Шир Ханом, афганцы дважды разгромили моголов — при Чаусе 26 июня 1539 года и при Канаудже 17 мая 1540 года. Хумаюн бежал в Лахор, где встретились четыре брата. Вместо того чтобы объединиться против афганской опасности, они разделились. Мирза Камран сотрудничал с Шир-шахом, претендовавшим на трон Индостана, против Хумаюна. В конце концов Хумаюн бежал через Синд и Кандагар и укрылся у шаха Тахмаспа в Казвине в 1544 году. Мирза Камран управлял остатками царства Бабура из Кабула, а Шир-шах господствовал в Индостане.
Шир-шах умер в 1545 году. Шах Тахмасп предоставил Хумаюну небольшую армию. Он, очевидно, потребовал и получил взамен принятие Хумаюном шиитского ислама, а также ожидал, что Хумаюн уступит ему жизненно важную крепость и торговый центр Кандагар. Хумаюн взял Кандагар в 1545 году и Кабул в 1547 году, вернув себе неоспоримое первенство среди оставшихся в живых Тимуридов и в Афганистане. К 1552 году он окончательно ликвидировал угрозу со стороны своих братьев. В Индостане сын Шир-шаха Ислам-шах занял трон после смерти отца, но не был эффективным правителем. После его смерти в 1554 году за трон боролись три претендента. Этот разлад создал неоспоримые возможности для Хумаюна, который в декабре выступил из Кабула, разбил три афганских войска и 23 июля 1555 года взял Дели. Шесть месяцев спустя, 26 января 1556 года, он умер от ран, полученных при падении.
Джелал ад-Дин Мухаммад Акбар был возведен на трон правителя Индостана в Каланауре в Пенджабе 14 февраля 1556 года. Ему было менее четырнадцати солнечных лет, его сторонники слабо удерживали Пенджаб и область Дели-Агра, а неспособность его отца удержать империю, завоеванную его дедом, вряд ли могла вызвать доверие. Когда Акбар умер почти пятьдесят лет спустя, он был одним из самых могущественных и богатых монархов в мире. Империя Великих Моголов была его достижением. Однако вначале ему и его опекуну Байрам-хану Хан-и-Ханану (хану ханов; титул подразумевал первенство среди могольских офицеров) приходилось думать о выживании. По крайней мере, борьбы за престолонаследие не было: у Акбара было всего два близких родственника мужского пола — его малолетний брат Мирза Мухаммад Хаким в Кабуле и двоюродный брат, который не был известным человеком. Но у Акбара было множество других врагов. Наибольшая угроза исходила от афганских войск Сур, которые теперь возглавлял индусский полководец Химу. Химу разбил могольских губернаторов Дели и Агры, но 5 ноября 1556 года основная армия моголов встретила его войска в Панипате, на том же поле, где тридцатью годами ранее Бабур разбил Ибрагима Лоди. Обе стороны сражались упорно, но Моголы одержали победу. В течение двух лет Моголы избавились от претендентов из Сури и распространили свою власть на юг до Гвалиора и на восток до Джаунпура.
Байрам-хан управлял империей в качестве регента Акбара в течение четырех лет. Он укрепил власть Великих Моголов в западной и центральной частях Индостана и начал экспансию на юг и восток. Но его положение регента не продлилось долго: его власть раздражала его коллег и в конечном итоге Акбара. Молодой правитель сместил Байрам-хана в 1560 году. Махам Анага, его приемная мать, руководила режимом в течение следующего года, работая с различными офицерами. Офицеры, занимавшие высокие посты при Хумаюне, были особенно недовольны и подстрекали сына Махам Анаги, Адхам Хана, убить Шамс ад-Дина Мухаммад Хана Атгаха, мужа мокрой кормилицы Акбара и последнего кандидата Махам Анаги на пост главного офицера. После того как Адхам Хан убил Шамс ад-Дина Мухаммад Хана, Акбар приказал немедленно казнить Адхам Хана; Махам Анага умерла через сорок дней. С этого времени Акбар стал править сам.
Во время правления Махама Анагаха началось расширение империи. Мальва, региональное королевство к югу от Дели-Агры, погрузилось в хаос под властью Баз Бахадура, известного как музыкант-новатор, но не как политический лидер. Весной 1561 года экспедиция Моголов завоевала провинцию. Позже в том же году могольские войска под командованием Али Кули-хана Хан-и-Замана, губернатора Джаунпура, разгромили афганскую атаку на этот город, который составлял восточную границу империи. В 1562 году Акбар совершил свое первое паломничество в святилище Хваджа Муин аль-Дин Чишти в Аджмере в Раджастане — обычная практика мусульманских правителей, стремящихся утвердить свою легитимность. В это время он заключил свой первый союз с раджпутским князем, раджой Бихара Малом из княжества Амбер (недалеко от современного Джайпура). Чтобы показать, что он признает суверенитет Акбара, Бихара Мал предложил Акбару в жены свою дочь. В период с 1561 по 1563 год Моголы также взяли ряд мелких крепостей и добились подчинения нескольких небольших княжеств. Когда правитель Мальвы попытался завоевать Кхандеш, самое маленькое из княжеств Декана, он был разбит Баз Бахадуром, который затем вновь занял Мальву. Баз Бахадур сдался карательной экспедиции Моголов.
Когда Акбар сам возглавил правительство, его главным политическим и военным подчиненным стал Муним-хан, чагатаец, который был одним из главных офицеров Хумаюна. Он получил титул хан-и ханан. Первым финансовым министром Акбара стал Итимад-хан, занимавший аналогичный пост при Сурах. Экспансия продолжалась. В 1563 году могольским экспедициям сдались два княжества — Бхатх, или Панна, недалеко от знаменитых храмов Кхаджурахо, и страна Гаккар в Пенджабе. Моголы также завоевали часть великого раджпутского княжества Марвар, включая его столицу Джодхпур. В случаях с Гаккаром и Марваром один из членов правящей семьи княжества поступал на службу к Моголам и добивался помощи в изгнании своего родственника с трона.
В 1564–1567 годах Акбар столкнулся с серьезным вызовом — восстанием узбеков. Речь идет об узбеках из рода шайбани, родственниках правителей узбекских княжеств. Их предводитель, Хан-и Заман, был губернатором Джаунпура и, таким образом, защищал восточную границу империи от афганской угрозы из Бихара и Бенгалии. Один из самых важных офицеров Чагатая, Хан-и Заман не стремился свергнуть Акбара; его недовольство касалось условий службы офицеров Акбара. Многие другие чагатайские офицеры, в том числе Муним Хан-и Ханан, симпатизировали узбекам. Акбар неоднократно пытался найти с ними компромисс, но восстание не прекращалось до тех пор, пока Хан-и Заман не был убит в бою 9 июля 1567 года, более чем через два года после первого похода Акбара против него. Вместо Хан-и-Замана Акбар назначил Муним-хана губернатором Джаунпура. Этот шаг удалил лидера чагатаев и офицеров, служивших Хумаюну, из центра политической активности.
В течение тех же трех лет Акбар столкнулся с двумя угрозами со стороны других Тимуридов. Мирза Мухаммад Хаким вторгся в Пенджаб в 1566 году, возможно, потому, что его советники полагали, что он получит поддержку узбеков. Акбар поспешил на северо-запад из Агры, и его приближения оказалось достаточно, чтобы оттеснить брата в Кабул. В следующем году, во время последней фазы узбекских беспорядков, сыновья Мухаммад Султан Мирзы подняли восстание в Пенджабе. Мухаммад Султан Мирза, потомок сына Тимура Умара Шайха и, таким образом, дальний кузен Акбара, служил при Бабуре и Акбаре; его сыновья последовали его подданству. Весной 1567 года они подняли восстание в Пенджабе, затем присоединились к Хану-и-Заману и в конце концов бежали в Мальву, а затем в независимое княжество Гуджарат. Восставшие мирзы снова беспокоили Акбара в 1568 году, во время завоевания Гуджарата в 1572–1573 годах и еще раз в 1577 году. В конце концов Акбар помиловал последнего мятежника.
Далее Акбар выступил против сисодов из Мевара. Даже после победы Бабура над Раной Сангой при Кханве Сисодии оставались самой престижной индуистской династией и знаменосцами индуистского суверенитета. Их столица-крепость Читор была одной из самых сильных на субконтиненте. Если Акбар сможет смирить рану Удай Сингха, другие раджпутские правители могут покориться. Надеясь выманить Удай Сингха на битву, он подошел к Читору с небольшой армией. Но Удай Сингх бежал, оставив Читор готовым к осаде. Акбар отправил за раной полевые войска; моголы неоднократно разбивали войска Сисодии, но не смогли захватить Удай Сингха. Хотя рана не подчинился Акбару, сомнений в превосходстве Моголов больше не оставалось. Основные силы осаждали крепость в течение четырех месяцев и в конце концов взяли ее штурмом. Триумф Моголов в Читоре способствовал завоеванию в 1569 году двух других крупных крепостей — Рантхамбора, расположенного между Агрой и современным Джайпуром, и Калинджара близ Аллахабада.
Между завоеваниями Читора и Рантхамбора Акбар предпринял еще один важный шаг. Он разогнал по домам членов своей приемной семьи, известной как Атга Кхайль. Акбар дал высокие должности сыну и братьям Шамс ад-Дина Мухаммад-хана Атгаха, своего приемного отца, убитого Адхамханом. Им принадлежала практически вся провинция Пенджаб. В 1568 году Акбар призвал своих приемных дядей ко двору и назначил им новые джагиры (земельные наделы, на языке Великих Моголов) в разных областях империи. Это мирное рассеивание мощной группировки свидетельствовало о растущей личной власти Акбара.