В конце концов Шах-Джахан укрылся в Ахмаднагаре. Малик Амбар радушно принял его. После поражения Шах-Джахана враждебность Нур-Джахан к Махабат-Хану перевесила ее потребность в нем. Когда Махабат-хан вернулся ко двору, он предпринял отчаянные действия для защиты своих интересов: устроил государственный переворот и вывел Джахангира из-под контроля Нур Джахан, похитив его. В конце концов Нур Джахан покорилась, а Асаф-хан бежал. Казалось, что Махабат-хан обеспечил контроль над империей и преемственность своему протеже Парвизу, но он не получил поддержки от других офицеров и ни от одного Джахангира. Нур Джахан организовала контрпереворот. Вскоре после этого Парвиз умер, оставив Махабатхана без претендента на трон. Он присоединился к Шах-Джахану в Ахмаднагаре. Нур Джахан оставался у власти до смерти Джахангира.
Когда 29 октября 1627 года Джахангир умер, Шах-Джахан находился в изгнании в Декане, а Шахрияр был при дворе. Асаф-хан перевесил баланс сил на сторону Шах-Джахана. Он возвел на престол свое орудие, Давар Бахша, сына покойного Хусрава, чтобы не показаться мятежником, бросившим вызов Шахрияру в отсутствие Шах-Джахана. Нур Джахан оказалась не готова к такому шагу, и войска Асаф-хана разгромили армию, собранную ею от имени Шахрияра. Практически все ведущие офицеры империи поддержали Асаф-хана. Шах-Джахан в сопровождении Махабат-Хана выступил в поход на север. До прибытия Шах-Джахана Асаф-хан сверг Давар-Бахша. Шах-Джахан был возведен на престол в Агре 28 января 1628 года и приказал казнить всех своих родственников мужского пола, кроме собственных сыновей. Асаф-хан и Махабат-хан, бывшие противниками в борьбе за власть, стали его главнокомандующими.
Правление Шах-Джахана состояло из трех этапов: с восшествия на престол по 1635 год, с 1635 по 1653 год и с 1653 года до его низложения в 1658 году. На первом этапе он решил ряд проблем, возникших после его воцарения и на восточных и деканских границах империи. Два высших офицера Джахангира, Хан-и Джахан Лоди, губернатор Декана, и Джуджар Сингх Бундила, правитель княжества Бунделкханд в центральной Индии, занимали влиятельные посты благодаря своим личным связям с Джахангиром. Хан-и Джахан бежал от двора, что означало мятеж, в Ахмаднагар в 1629 году. Его бегство привело к возобновлению военных действий между Моголами и Ахмаднагаром, в ходе которых он был пойман и убит. Джуджар Сингх в конце концов отверг неоднократные попытки Шах-Джахана примириться и в итоге был убит как мятежник в 1635 году.
На востоке Шах-Джахан имел претензии к колонии португальских ренегатов в Хугли в Бенгалии (через реку Хугли от современной Калькутты) за то, что они не поддержали его во время восстания, а также за то, что они порабощали мусульман и заставляли их принимать христианство. Моголы уничтожили колонию в 1632 году после длительной осады.
Войска Моголов также активно действовали на северных, северо-восточных и северо-западных границах империи и в центральной Индии, принуждая к покорности различных местных правителей и покоряя непокорные племена. Они отразили нападение Назр Мухаммад-хана, узбекского правителя Балха, на Кабул. В Декане Шах-Джахан стремился раз и навсегда уничтожить Ахмаднагар. Операции начались во время преследования Хан-и-Джахана. Сомнений в том, что Моголы добьются успеха, было мало, и многие вожди Деккана перешли на сторону Моголов. Среди них были и первые маратхи, поступившие на службу к Моголам. Сердцем царства Низам-Шахи теперь была великая крепость и город Даулатабад. Когда моголы начали осаду Даулатабада после захвата нескольких менее значительных крепостей, низам-шахи во главе с Фатх-ханом, сыном Малика Амбара, приняли суверенитет моголов. Во время этой кампании Мумтаз Махал, которая, как обычно, сопровождала Шах-Джахана, умерла в Бурханпуре 7 июня 1631 года после родов их четырнадцатого ребенка. Опустошительное горе Шах-Джахана способствовало его решению принять покорность Низам-Шахи и вернуться в Индостан в 1632 году. Вскоре после этого началось строительство ее великолепной гробницы, Тадж-Махала, которое продолжалось до 1659 года.
После ухода Шах-Джахана Адил-Шахи из Биджапура попытались получить контроль над Ахмаднагаром в качестве буфера против Моголов. Фатх Хан перешел на сторону моголов. Махабат Хан, командуя силами Моголов, осадил Даулатабад и заставил Фатх Хана сдаться, тем самым положив конец истории Ахмаднагара как независимого княжества. Несколько офицеров Низам-Шахи, включая вождя маратхов по имени Шахджи Бхонсле, продолжали сопротивляться. В 1634 году Махабат Хан осадил крепость Адил-Шахи в Паренде, но потерпел неудачу и вскоре умер. Шахджи и адиль-шахи продолжали оказывать давление на могольские войска. Однако в 1635 году император Великих Моголов лично вернулся в Декан. Он координировал операции против Шахджи и Адил-Шахи. Чтобы предотвратить катастрофу, Адил-Шахи договорились об урегулировании, предложив признание суверенитета Великих Моголов, дань и военное сотрудничество против Шахджи. Затем Шах-Джахан выступил против Голконды, которая согласилась на аналогичное соглашение. Ее шиитские кутб-шахи должны были называть в хутбе имя Шах-Джахана, а не сефевидского шаха. Моголы обещали защищать Голконду от Биджапура. Договоры с Голкондой и Биджапуром символически включили два уцелевших деканских княжества в состав империи Великих Моголов и обеспечили почти два десятилетия стабильности в Декане.
Разрешение затянувшегося кризиса в Декане позволило Шах-Джахану обратить внимание на другие места. Под «другими местами» подразумевался северо-запад и особенно Кандагар, который оставался в руках Сефевидов с 1622 года. В 1636 году Шах-Джахан предложил союз с османами и узбеками против Сефевидов и предложил сефевидскому губернатору Кандагара взятку за сдачу города. Сначала из этой попытки ничего не вышло, но два года спустя она принесла неожиданные плоды. Губернатор, Али Мардан Хан, сдал город Моголам вместо того, чтобы подвергнуться вероятной казни от рук сефевидского правительства. Надеясь сохранить это удачное приобретение, не вступая в войну с Сефевидами, Шах Джахан предложил Шаху Сафи финансовую компенсацию и союз против узбеков. Сафи не хотел соглашаться на сделку, но османская угроза не позволила ему действовать. Овладение Кандагаром позволило Шах-Джахану приступить к завоеванию Центральной Азии — мечте его семьи со времен Бабура.
Условия в узбекских княжествах благоприятствовали шансам Моголов. Назр (или Надир) Мухаммад-хан, узбекский принц, напавший на Кабул в 1628 году, стал верховным ханом узбекских княжеств в 1641 году. Его политика вызвала широкую оппозицию, и в 1646 году он обратился к Шах-Джахану с просьбой о помощи против своих соперников. Шах-Джахан собрал большую армию под командованием своего младшего сына Мурада Бахша, чтобы завоевать Балх и Бадахшан и распространить власть Великих Моголов на север от Амударьи. Могольские войска без особого труда заняли Бадахшан и Балх, но Назр Мухаммад-хан стал опасаться своего могущественного союзника. Он бежал на территорию Сефевидов. Вместо того чтобы продолжать наступление через Амударью, Мурад Бахш вернулся в Индостан без приказа. Он оставил могольские войска в отдаленной и труднодоступной стране, без эффективного лидера, перед лицом рассеянного и мобильного противника. Шах-Джахан отправил на смену Мураду Аурангзеба, своего третьего сына и способного воина. Он прибыл в Балх как раз вовремя, чтобы встретить контрудар Абд аль-Азиз-хана, нового правителя Бухары. Моголы разгромили узбеков в битве 31 мая 1647 года. Эта битва, настолько малоизвестная, что не имеет названия, была, возможно, последним крупным сражением между пороховой империей и племенной конфедерацией; она очень напоминала триумф Фатиха Мехмеда над Узун Хасаном Аккюнлу в 1473 году. Несмотря на эту победу, Моголам ничего не оставалось, как отступить в Кабул, оставив Балх и Бадахшан узбекам. Народная этимология объясняет название гор Гиндукуш (убийца индусов) как указание на множество индусских войск, убитых в этой кампании.
В следующем году Аббас II вновь завоевал Кандагар. Шах-Джахан посылал экспедиции для возвращения города в 1649 и 1652 годах при Аурангзебе и в 1653 году при своем старшем и любимом сыне Дара Шукухе. Все три экспедиции потерпели неудачу; несмотря на победы над полевыми войсками Сефевидов, моголы не смогли взять крепость. Кандагар оставался в руках Сефевидов вплоть до восстания Гальзая. Таким образом, Моголам не удалось удержать ни одно из северо-западных завоеваний в правление Шах-Джахана.
В то время, когда Шах-Джахан был занят северо-западной границей, он начал строительство новой имперской столицы, примыкающей к существующему городскому центру Дели. Названная Шах-Джаханабадом и теперь называемая Старым Дели, она заменила здания Акбара в Агре в качестве символического центра империи, хотя фактическая столица всегда находилась там, где находился правитель. И Агра, и Лахор были тесными и доминировали над более ранними сооружениями Великих Моголов; Дели сохранял престиж традиционной мусульманской столицы и был крупным центром паломничества. Строительство началось в 1639 году; основными проектами стали цитадель, ныне называемая Красным фортом, и прилегающая к ней мечеть Джама. Шах-Джахан символически вошел в завершенный комплекс в 1648 году. Его строительная программа также включала Тадж-Махал, мраморные здания внутри форта Агры и усовершенствование императорского комплекса в Лахоре.
Эпоха стабильности в Декане закончилась в 1653 году. Аурангзеб, теперь уже губернатор Декана, нашел предлоги для вторжения в Голконду и Биджапур. В 1656 году Аурангзеб вторгся в Голконду и осадил столицу, но, не получив разрешения отца на ее завоевание, отступил. В том же году Биджапур пришел в беспорядок, и Аурангзеб попросил и получил разрешение на его аннексию. Однако в разгар успешных операций Шах-Джахан передумал, и Аурангзеб снова отступил, получив репарации и несколько пограничных округов. В 1652 году рана Джагат Сингх из Мевара начал ремонт крепости Читор, нарушив соглашение, которое Шах-Джахан навязал его деду тремя десятилетиями ранее. Масштабная экспедиция моголов разрушила ремонт, и Рана Радж Сингх, преемник Джагат Сингха, покорился без сопротивления.