Шиваджи возобновил военные действия в 1670 году. Маратхи снова разграбили Сурат и разгромили отряд моголов в упорном сражении. Перед смертью в 1680 году Шиваджи установил свой контроль над западным побережьем субконтинента от Сурата до Гокарна, за исключением португальских анклавов Даман и Гоа. Он также распространил свою власть на восток, в Карнатик, вплоть до крепостей Веллоре и Джинджи, расположенных рядом с французской колонией Пондишери (ныне Пудучерри) и британской колонией Форт-Сент-Дэвид (позднее Мадрас, ныне Ченнай). Он добился этих успехов благодаря постоянным набегам, смене союзов и враждебных отношений с Биджапуром и Голкондой, завоеванию крепостей и уклонению от сражений с превосходящими силами Великих Моголов. В 1674 году Шиваджи короновал себя как чатрпати (повелитель вселенной), что означало его притязания на независимый и абсолютный суверенитет. С момента воцарения Шиваджи до его смерти в 1680 году он расширил свои владения на юг и восток за счет Биджапура и Голконды.
Другие инициативы Аурангзеба в период с 1659 по 1679 год отражают его пуританский характер и преданность суннитскому исламу Шари. Они включали в себя отказ от солнечного календаря илахи, запрет на исполнение музыки при дворе и прекращение императорского покровительства музыкантам, изменения в придворных ритуалах, попытки подавить употребление алкоголя и проституцию, а в некоторых случаях и разрушение индуистских храмов. Как и мусульманские правители Индии на протяжении веков, он относился к индусам как к зимми, а не как к идолопоклонникам, но он нарушил модель Акбара, который не налагал на зимми предписания шариата. Шариат разрешает разрушать храмы при завоеваниях и запрещает строить и улучшать их в районах, находящихся под властью мусульман, но разрешает существующим храмам продолжать функционировать. Аурангзеб стремился применить это постановление, что означало разрушение новых храмов в Варанаси и других местах, а также преднамеренное разрушение храмов во время военных кампаний на имперской территории. Однако он не отдавал приказ о поголовном разрушении храмов по всей империи.
Хар Рай, седьмой сикхский гуру, продолжил неудачную привычку своих предков поддерживать не тех претендентов на могольский трон, будучи другом Дара Шукуха. Хотя Аурангзеб не предпринял никаких прямых действий против него, он держал его сына Рам Рая в качестве заложника, надеясь использовать его как инструмент для контроля над сикхами. Однако Хар Рай назначил своим преемником другого сына, Хари Кришена. Хари Кришен умер в 1664 году после восьми лет пребывания на троне и назначил своим преемником своего двоюродного деда Тегх Бахадура. Тех Бахадур завоевал преданность сикхов Пенджаба и вдохновил их на сопротивление могольской власти. Аурангзеб вызвал его в суд и, когда тот не ответил, арестовал, а затем казнил 11 ноября 1675 года. Преемником Тех Бахадура стал его сын Гобинд Сингх, последний из сикхских гуру. Неудивительно, что он стал злейшим врагом Моголов.
В 1679 году Аурангзеб вновь ввел джизью. Этот шаг свидетельствовал о его намерении править в соответствии с шариатом и вновь определить мусульман как правящий класс империи Великих Моголов. Не будучи ни попыткой склонить индусов к исламу, ни просто мерой по увеличению доходов, это решение, очевидно, вызвало широкое недовольство в Дели, где находился Аурангзеб в момент его введения, но его политические последствия, прямые и косвенные, неясны. Поначалу, по крайней мере в Дели, это вызвало протест и пассивное сопротивление выплате, по крайней мере на первых порах. Однако последовательность событий, известная как восстание раджпутов, не была реакцией на религиозную политику Аурангзеба.
Смерть в 1678 году Джасванта Сингха Ратхора, правителя Марвара и одного из самых выдающихся раджпутских мансабдаров того времени, без явного наследника положила начало кризису. Могольские правители традиционно следили за процессом престолонаследия в раджпутских княжествах и часто вмешивались в него, поэтому действия Аурангзеба не были неожиданными. Могольские войска заняли Марвар, что было обычным и временным шагом в наблюдении за передачей княжества новому радже, но в данном случае оккупация вызвала всеобщее недовольство. В конце концов Аурангзеб назначил на трон племянника Джасванта Сингха, хотя две жены Джасванта Сингха родили ему посмертных сыновей. Этот шаг вызвал широкое противодействие в Марваре, которое выразилось в возведении на престол малолетнего сына Джасванта Сингха — Аджита Сингха. Ратхорские повстанцы обратились за помощью к Ране Радж Сингху Сисодии из Мевара, самому авторитетному из раджпутских правителей, хотя и гораздо менее известному на службе у Великих Моголов, чем Джасвант Сингх. Хотя у него не было личных претензий к Аурангзебу, Радж Сингх опасался концентрации власти Великих Моголов в Раджастхане и поддержал повстанцев Ратхора. В ответ Аурангзеб предпринял масштабную экспедицию против сисодов и ратхоров. Моголы без труда разгромили войска Сисодии и Ратхора в полевых условиях, причем командовал ими сын Аурангзеба султан Акбар. Однако события приняли неожиданный оборот, когда 3 января 1681 года принц при поддержке повстанцев провозгласил себя императором.
Аурангзеб эффективно справился с угрозой. Умело используя дезинформацию, он оттолкнул от себя большинство раджпутских сторонников султана Акбара, оставив принца слишком слабым для борьбы. Рана Джай Сингх, сменивший своего отца Радж Сингха, сдался Аурангзебу на щедрых условиях. Султан Акбар и небольшой отряд мятежных ратхоров в конце концов нашли убежище у сына и преемника Шиваджи, Шамбхуджи, в Декане. Ситуация в Марваре оставалась неурегулированной до 1699 года, когда Аджит Сингх поступил на императорскую службу, но имела лишь местное значение.
После разрешения раджастанского кризиса Аурангзеб отправился из Аджмера в Деккан, куда прибыл в начале 1682 года. Он оставался там в течение оставшихся двадцати пяти лет своего правления и жизни, пытаясь установить порядок и власть моголов, а также покорить маратхов. Шамбхуджи воспользовался тем, что Аурангзеб отвлекся на Раджастан, и совершил набег на окрестности двух главных могольских центров в Декане — Бурханпура и Аурангабада. Союз султана Акбара с Шамбхуджи создавал возможность союза Маратха-Биджапур-Голконда, в котором принц обеспечивал моголам легитимность. Некоторые историки считают, что султан Акбар мог получить широкую поддержку могольских офицеров, которые не одобряли религиозную политику Аурангзеба, его отношение к раджпутам и экспансионистскую политику в Декане. Но свидетельств значительной поддержки принца среди правящего класса Великих Моголов мало.
Аурангзеб начал энергичные действия, как только достиг Декана, но столкнулся с теми же проблемами, которые до этого преследовали могольские армии в Декане. Маратхи по-прежнему не могли противостоять Моголам в полевых условиях, но их нападения на линии снабжения Моголов затрудняли проведение длительных кампаний, особенно осад. С 1682 по 1684 год могольские армии одерживали непрерывный поток мелких побед и взяли под контроль значительную часть территории маратхов, не изменив при этом стратегической ситуации. В это время Аурангзеб переключил свое внимание с маратхов на Биджапур.
Аурангзеб ожидал, что Адил-Шахи, которые теоретически были подчиненными правителями, поддержат его против Шамбхуджи, но Адил-Шахи боялись Моголов больше, чем маратхов. Когда они не отреагировали на его приказ, Аурангзеб начал операции против Биджапура, надеясь также усилить давление на Шамбхуджи. Адил-шахи сдали свою столицу, город Биджапур, 12 сентября 1686 года после двадцатидвухмесячной осады. Проблемы со снабжением, а не трудности самой осады, затянули ее. Осаждающие были близки к голодной смерти. Голконда, последнее оставшееся автономное мусульманское княжество в Декане, пала 21 сентября 1687 года. Как и в Биджапуре, голод и болезни нанесли осаждающим тяжелый урон.
Завоевание города Биджапур и форта Голконда не привело к тому, что Моголы автоматически получили эффективный контроль над всем Биджапуром и Голкондой. Провинциальные администрации Адил-Шахи и Кутб-Шахи были раздроблены; Моголам пришлось восстанавливать порядок и управление на большей части территории, ставшей двумя новыми провинциями. В некоторых частях Биджапура и Голконды, особенно на побережье Хайдарабада, им это так и не удалось. Борьба за утверждение власти Великих Моголов над новыми завоеваниями накладывалась на продолжающуюся войну с маратхами.
Хотя Аурангзеб оставался в Декане с 1687 по 1707 год, конфликты в других частях империи требовали внимания. Помимо продолжающихся мелких беспорядков в Марваре, существовало еще несколько проблем. Крестьянство джатов в районе Агры и Матхуры, возглавляемое местными землевладельцами, бросило вызов власти Великих Моголов еще во времена Шах-Джахана. Длинная серия экспедиций против них в период с 1680 по 1705 год не смогла положить конец беспорядкам. Были небольшие восстания в Малве и Бихаре. Важнее было то, что Гуру Гобинд Сингх начал собирать армию и превращать недовольство сикхов моголами в воинствующую веру. В 1686 году его растущее могущество встревожило местных вождей, которые до сих пор укрывали его. Он победил их в битве и стал лидером регионального восстания против власти Моголов. Они разгромили первую карательную экспедицию, посланную против них, но затем покорились, чтобы избежать второго имперского вторжения. Моголы не предприняли никаких карательных мер против Гобинд Сингха в это время. Следующие двенадцать лет он посвятил укреплению своей власти в горной стране между Джумной и Сатледжем, построил ряд крепостей и придал сикхской вере ту форму, которую она сохранила до сих пор. Рост могущества сикхов вновь заставил местных заминдаров обратиться за помощью к Моголам, и между Моголами и сикхами вновь начались военные действия. Военные действия продолжались до самой смерти Аурангзеба.
Однако последние двадцать лет жизни Аурангзеба прошли под знаком маратхских войн. Долгая, мучительная борьба, изобилующая бесплодными победами Моголов, делает эффективное повествование чрезвычайно трудным. Борьба началась достаточно хорошо, но даже успех не помог Моголам. Взятие Шамбхуджи в 1689 году не положило конец сопротивлению маратхов.