После его пленения остатки руководства маратхов, включая его младшего брата и преемника Раджарама, были осаждены в крепости Райгарх, расположенной к юго-востоку от современного Мумбаи. Раджарам бежал оттуда и основал новую штаб-квартиру в Джинжи, на другом конце полуострова к северо-востоку от форта Сент-Дэвид и французской колонии Пондишери. Райгарх и множество других фортов маратхов на территории современной Махарастры пали под ударами моголов в 1690 году, но побег Раджарама не позволил этим победам стать решающими. Могольские войска начали осаду Джинджи, но не добились значительных успехов. В 1692 году другая могольская армия начала операции против крепости Панхала. Маратхи не смогли отбить у моголов крепости или разгромить могольские армии в полевых условиях. Но огромная продолжительность и стоимость осад, а также неспособность Моголов извлечь политическую выгоду из своих постоянных побед делали борьбу невозможной для победы любой из сторон.
Бегство Раджарама в Джинджи заставило Моголов ускорить свои усилия по покорению близлежащего региона, восточного Карнатика. Этот регион был разделен между Биджапуром и Голкондой, поэтому могольские войска уже действовали там. Присутствие Раджарама сделало восточный Карнатик (ныне южный Андхра-Прадеш и северный Тамилнад) центром операций. Моголы достигли Джинджи в 1691 году, приостановили осадные работы в 1693 году, возобновили их в конце 1694 года и, наконец, взяли крепость в том же году. С 1699 по 1705 год Моголы захватили восемь крупных маратхских крепостей, иногда с помощью массированных осадных операций, иногда с помощью подкупа. Но эти победы не положили конец сопротивлению маратхов. Хотя смерть Шамбхуджи лишила маратхов эффективного и единого руководства, она также лишила их лидера, который мог бы заключить мир. Хотя преклонный возраст Аурангзеба не сказывался на его энергичности до последних лет жизни, перспектива его смерти и борьбы за престол отвлекала его сыновей и офицеров от текущих операций; маратхи были такими же потенциальными союзниками в будущих конфликтах, как и врагами в нынешних.
В 1705 году Аурангзеб, очевидно, потерял надежду победить маратхов. Он перенес тяжелую болезнь и отошел от дел. Он стремился прежде всего предотвратить войну за престол между своими сыновьями и особенно защитить самого младшего и наименее способного, Кам Бахша, от гнева своих братьев. Он надеялся на мирный раздел империи. Он умер в отчаянии 21 февраля 1707 года. Борьба, которую он надеялся предотвратить, началась почти сразу.
Аурангзеб оставил трех сыновей: Султан Муаззам, правитель Кабула; Мухаммад Азам Шах, который поддерживал своего отца в войнах с маратхами; и Кам Бахш, который был правителем Биджапура. Каждый из них имел значительную личную поддержку, но две основные фракции офицеров не были связаны ни с одним из них. Асад-хан, визирь Аурангзеба, и его сын Зуль Фикар-хан возглавляли первую фракцию; Гази аль-Дин-хан Фируз-и Джанг, самый успешный полководец Аурангзеба, и его сын Чин Кулич-хан, который позже основал княжество Хайдарабад, возглавляли вторую. Характер группировок, а также их отличие от более ранних группировок среди офицеров Моголов подробно рассматривается в разделе этой главы, посвященном упадку. В отличие от предыдущих войн за престолонаследие, две фракции сохраняли собственные планы, а не просто поддерживали принцев. Фракция Фируз-и Джанга не принимала никакого участия в борьбе, ожидая, пока победитель сам придет к ним. Мухаммад Азам Шах находился всего в нескольких шагах от двора, когда умер его отец, и быстро вернулся туда. Он сразу же заручился поддержкой Асад-хана и предложил фракции Фируз-и Джанга большие стимулы, чтобы присоединиться к нему, но безуспешно. Азам отправился на север, чтобы противостоять брату, оставив свою артиллерию. Султан Муаззам получил в свое распоряжение императорские сокровищницы и артиллерийские парки в Лахоре и Агре. Два брата встретились в бою при Джаджу, недалеко от Самугарха, 18 июня 1707 года. Азам Шах был разбит и убит; Зуль Фикар Хан досрочно отозвал свои войска. Обе группировки приняли правление Бахадур-шаха.
Султан Муаззам получил титул Шах-Алам как принц и стал править как Бахадур-шах. За свое короткое правление он уладил конфликты с маратхами и сикхами, которые так долго мучили его отца. Он был эффективным правителем, но его успех был временным и поверхностным. Сначала он разобрался с Раджастаном и Пенджабом. В Раджастане Аджит Сингх воспользовался войной за престолонаследие, чтобы изгнать могольские войска из Джодхпура и заручиться поддержкой двух других важнейших раджпутских правителей — Джай Сингха из Амбера (внука Джай Сингха времен Аурангзеба) и Амара Сингха из Мевара. В Джодхпуре Аджит Сингх приказал разрушить мечети и запретил мусульманские молитвы. После двух лет могольских экспедиций и сложных политических маневров все три раджпутских князя получили право на управление своими княжествами в качестве ставленников Моголов. Бахадур-шах, по-видимому, считал возобновившееся восстание сикхов, расположенных ближе к Лахору/Дели/Агре, большей угрозой, чем раджпуты.
Лидер сикхов, Гуру Гобинд Сингх, участвовал в борьбе против могольского губернатора Сирхинда Вазир Хана в последние годы правления Аурангзеба. Вскоре после Джаджу он посетил Бахадур-шаха, надеясь заручиться его поддержкой в борьбе с Вазир-ханом. Прежде чем Гобинд Сингх смог договориться с Бахадур Шахом, его убили убийцы, вероятно, агенты Вазир Хана. Его смерть положила конец линии десяти сикхских гуру и положила начало новой эре сикхского сопротивления могольской власти под руководством его агента Банды, который мобилизовал крестьян-джатов Пенджаба. Сикхские войска начали крупные операции в ноябре 1709 года и разгромили Вазир-хана в мае 1710 года. В течение нескольких месяцев они господствовали в Пенджабе, за исключением Дели, Лахора и нескольких других городов. Банда принял титул падишаха (императора) и отчеканил монеты, тем самым заявив о своем суверенитете. Бахадур-шах двинулся на север, чтобы устранить эту угрозу, но умер в Лахоре 27 февраля 1712 года, так и не успев вступить в бой с сикхами.
Ситуация с маратхами с самого начала была неподконтрольна Бахадур-шаху. Сразу после смерти Аурангзеба Азам Шах позволил Шауджи, сыну Шамбхуджи, который воспитывался в качестве заложника при дворе Великих Моголов, уехать и бороться за лидерство в маратхах против своей тети Тары Бай, вдовы Раджарама, действующей от имени своего сына Шиваджи. Когда Бахадур-шах прибыл на юг, чтобы противостоять Кам Бахшу, он наградил Шахуджи высоким чином в обмен на его сотрудничество. Когда Бахадур-шах вернулся на север, он назначил Зуль Фикар-хана губернатором Декана. Зуль Фикар Хан, чья фракция последовательно поддерживала компромиссный мир с маратхами, предложил Шахуджи заключить соглашение, по которому последний становился губернатором Декана с 35-процентной долей доходов провинции. Тара Баи сделала встречное предложение, потребовав лишь 10 процентов доходов. Бахадур-шах отказался выбирать, и до конца его правления армии маратхов, хотя бы формально связанные с Шахуджи или Тара Баем, опустошали большую часть южных и центральных провинций империи. Незадолго до смерти Бахадур-шаха Дауд-хан Панни, исполнявший обязанности губернатора Декана, предоставил Шахуджи желаемые условия, но это соглашение не оказало существенного влияния. Моголы потеряли эффективную власть в Декане.
Смерть Бахадур-шаха оставила брешь, которую ни один Тимурид так и не заполнил. Только один из четырех его сыновей, Мухаммад Азим аль-Шан, продемонстрировал способность управлять страной. Он умело помогал своему отцу в 1707 году и накопил значительное богатство и власть, будучи губернатором Бенгалии. Однако на более поздних этапах Зуль Фикар-хан стремился сосредоточить власть в своих руках и не хотел иметь способного императора. Зуль Фикар-хан объединил трех слабых братьев против Азим аль-Шана, планируя разделить империю между ними, а себя сделать общим визирем. Коалиция победила Азим аль-Шана, и 12 марта 1712 года Зуль Фикар-хан возвел на престол старшего сына Бахадур-шаха, Джахандар-шаха. Но Джахандар-шах оставался на троне всего десять месяцев. Смена императора, однако, означала меньше, чем изменения в империи. Моголы потеряли контроль не только над Деканом, но и над большей частью северной части страны. Система доходов разрушилась; центральное правительство больше не получало больших доходов от провинций.
Вызов Джахандар-шаху и Зуль-Фикар-хану бросил Фаррухсияр, сын Азим аль-Шана, который стал губернатором Бенгалии вместо отца. Военную поддержку ему оказывали саййид Хусайн Али Хан Бараха и саййид Абдулла Хан Бараха, известные как братья Саййиды. Они стали губернаторами Бихара и Аллахабада как клиенты Азим аль-Шана и имели значительные военные связи в этих областях от своих родственников. Фаррухсияр пообещал им ведущие должности в империи в обмен на их поддержку в захвате трона и отмщении за отца. Без труда победив Джахандар-шаха и Зуль-Фикар-хана, они приказали казнить их, а также многих других ведущих офицеров и ослепить трех наиболее способных принцев Моголов, включая одного из сыновей Фаррухсияра. В борьбе за власть остались только Фаррухсияр и братья Сайиды.
Фаррухсияр правил в течение шести насыщенных событиями лет. Он пытался, в конечном счете безуспешно, вырвать эффективный контроль над правительством у братьев Сайидов, а они стремились сохранить власть. Эта борьба доминировала в политике и мешала управлению, переплетаясь с борьбой с маратхами, сикхами и раджпутскими повстанцами. В конце концов могольские войска одержали победу над сикхами, во многом благодаря тому, что многие сторонники Банды дезертировали. Фаррухсияр приказал публично казнить Банду и около семисот его сторонников в Дели в марте 1716 года. В конце февраля 1719 года братья Сайиды окончательно свергли Фаррухсияра и заменили его молодым Рафи ад-Дараджатом, сыном Рафи уш-Шана, еще одного сына Бахадур-шаха. Их противники возвели на престол Нику-Сияра, внука Аурангзеба от мятежного Акбара. Сайиды разгромили и убили Нику-Сияра, но вскоре после этого Рафи ад-Дараджат умер от естественных причин. Цареубийцы возвели на престол его брата, Рафи ад-Даулаха. Он также умер через несколько месяцев.