Историографические разногласия распространяются и на преемственность Джахангира. Критики Акбара утверждают, что реакция благочестивых мусульман против программы Акбара привела к тому, что мусульманские офицеры сплотились вокруг Джахангира при условии, что он восстановит традиционное мусульманское правление, а сторонники программы Акбара поддержали Хусрава. Такая интерпретация не соответствует фактам. Подавляющее большинство офицеров поддержали Джахангира и приняли свое решение, основываясь на обычаях династии Тимуридов. Два офицера, поддержавшие Хусрава, сделали это потому, что имели близкие личные отношения с молодым принцем и, соответственно, рассчитывали получить от него высокий пост, но не были близки к Джахангиру. Джахангир также не внес существенных изменений в конституцию Великих Моголов. В своих мемуарах он положительно отзывается о сулх-и кулл и продолжал выступать в качестве духовного наставника некоторых своих офицеров, хотя и не следовал личным религиозным обычаям Акбара. Однако он освободил религиозных чиновников от прострации, и атмосфера при дворе изменилась в пользу шариата, суннитского ислама.
Шах-Джахан, однако, существенно изменил формулу своего деда. Он не выступал в роли духовного наставника офицеров. Уже через год после вступления на трон он прекратил практику прострации перед правителем, оставив ее для Бога в соответствии с мусульманскими обычаями. Что еще более важно, он временно вернулся к исполнению шариатского запрета на строительство новых немусульманских молитвенных домов. Он принял этот запрет в 1633 году в ответ на петицию мусульман Варанаси, которые жаловались на большое количество строящихся храмов, но ввел его на большей части территории империи. Армии Великих Моголов вернулись к практике разрушения храмов и идолов на вновь завоеванных территориях. Шах-Джахан также вернулся к традиционной политике мусульманских правителей, пытавшихся предотвратить браки между мусульманскими женщинами и индусами, и временно вновь ввел налоги для индуистских паломников. В 1637 году он резко отменил все эти изменения, за исключением придворных ритуалов, и вернулся к прежним обычаям Моголов. Однако, в отличие от своего отца и деда, он представлял себя как соблюдающего мусульманина. Шах-Джахан, по-видимому, решил вернуться к мусульманской монархии, но затем передумал. На протяжении большей части своего правления он не изменял конституционные порядки Акбара. Он правил в соответствии с сулх-и кулл, действуя лично как мусульманин, но не правя как мусульманин.
Однако Аурангзеб коренным образом изменил режим Моголов. Историки часто представляют его и Дара Шукуха как полярные противоположности, олицетворяющие две основные реакции мусульман на южноазиатскую среду. Аурангзеб выступает за партикуляризм или коммунализм, который подчеркивает необходимость сохранения и очищения ислама и создания общества, в котором ислам будет процветать. Дара является примером универсализма, принимая и стремясь понять индуизм и находя много общего между исламом и индуистскими идеями. В своих личных философиях Аурангзеб и его брат представляли эти две позиции. Аурангзеб представлял себя как хранителя ислама, осудил Дару как неверующего и казнил его как вероотступника. Он утверждал, что его суннитский ислам делает его более подходящим для правления, чем шиитский Шах Шуджа или синкретист Дара. Но борьба за престолонаследие не приняла форму войны между универсалистскими и партикуляристскими партиями. Среди сторонников Аурангзеба были и шииты, и раджпуты, и офицеры-маратхи. Нет никаких признаков того, что он завоевал поддержку обещаниями или ожиданиями изменения конституции Великих Моголов после прихода к власти; документальные свидетельства говорят об обратном.
Хотя кульминацией перестройки режима Моголов Аурангзебом стало повторное введение джизьи в 1679 году, он сразу же приступил к изменениям. Он ограничил использование календаря Иллахи и прекратил празднование традиционного иранского Нового года, Навруза. В 1668 году он запретил исполнение музыки при дворе и прекратил институт джарука. В 1669 году он прекратил церемонии взвешивания и приказал вернуться к шаритской политике запрета на строительство новых храмов и разрушения храмов, построенных вопреки запрету. Аурангзеб не приказывал массово разрушать храмы, а лишь обеспечивал соблюдение шариатских ограничений. Повторное введение джизьи в 1679 году ознаменовало завершение идеологической программы Аурангзеба. Некоторые из его мер выходили далеко за рамки возвращения к статус-кво Тимуридов до Акбара. Мусульманские правители праздновали Навруз со времен Аббаси и спонсировали музыкантов со времен Омейядов. Таким образом, монархия Аурангзеба стала ответом на критику предыдущих мусульманских режимов с точки зрения шариата. Его программа также соответствовала модели конфессионализации, хотя и более чем на столетие позже, чем аналогичные тенденции начались в Османской империи, Сефевидском царстве и в Европе. Программа Аурангзеба была гораздо менее сильной и всеобъемлющей, чем у его современников-маджлиси. Она не предполагала насильственного обращения в другую веру или попыток навязать определенное мусульманское вероучение. Однако покровительство Аурангзеба шари-суннитскому исламу, проповедуемому Шейхом Ахмадом Сирхинди за полвека до этого, существенно изменило мусульманскую идентичность и практику на субконтиненте.
Хотя характер и масштабы конституционных изменений Аурангзеба не вызывают сомнений, их политические последствия вызывают серьезные споры. Некоторые историки утверждают, что религиозная политика Аурангзеба привела к краху власти Великих Моголов на том основании, что она стала причиной или, по крайней мере, помешала разрешению трех конфликтов, на которые пришлась вторая половина его правления. Каким бы правдоподобным ни казался этот аргумент, он не работает по нескольким причинам. Борьба с маратхами, раджпутскими повстанцами и сикхами была тремя отдельными войнами с уникальными и не связанными друг с другом причинами. Они явно не отражали общего индуистского сопротивления политике Аурангзеба или нежелания включать немусульман в правящий класс Великих Моголов. Как показал М. Атхар Али четыре десятилетия назад, этнический состав правящего класса Великих Моголов не претерпел существенных изменений во время правления Аурангзеба. Если бы не конкретная причина, вызвавшая смерть Джасванта Сингха без живого наследника, восстание раджпутов могло бы и вовсе не произойти. Как следует из приведенного ниже раздела об упадке Моголов, Аурангзеб стремился не уничтожить маратхских или раджпутских лидеров, а включить их в состав империи. В конечном итоге оба случая превратились в неразрешимые споры об условиях инкорпорации.
Хотя Моголы избавились от концепции коллективного суверенитета, они не разработали механизм упорядоченного и предсказуемого престолонаследия. Теоретического трактата по этому вопросу не существует, но практика подсказывает следующие принципы: Одновременно мог быть только один государь, после его воцарения на трон могли претендовать только его прямые потомки по мужской линии, и каждый из них имел на него равные права. В отсутствие принципа определения престолонаследия — обычная ситуация для монархий на протяжении всей истории — все решалось обстоятельствами и политикой. По мере того как история Моголов продолжалась, принцы сами становились все более вовлеченными в процесс престолонаследия. Ведущие офицеры империи возвели Акбара на престол без особых споров; он был еще подростком и приближенным ко двору, когда Хумаюн внезапно умер. Его брат Мирза Мухаммад Хаким был еще младенцем и находился в далеком Кабуле. Оба принца не играли активной роли. Во всех трех последующих случаях вопрос о престолонаследии становился актуальным задолго до фактической смерти действующего правителя. Будущий Джахангир восстал в 1600 году и занял трон в 1602 году; хотя формально он примирился с Акбаром, он сохранял отдельное учреждение в Аллахабаде, пока его брат Даньял не умер в 1604 году. Он вернулся ко двору, очевидно, опасаясь маневров сторонников Хусрава, но подавляющее большинство офицеров поддержало его, и он вступил на престол с благословения Акбара. Хусрав бросил ему вызов только потому, что раджа Ман Сингх и хан Азам Мирза Азиз Кука, два ближайших доверенных лица Акбара, поддержали его, надеясь сохранить за собой то положение, которое им обеспечили их личные отношения с Акбаром. Хусрав бежал от двора в следующем году, очевидно, опасаясь, что отец исключит его из числа наследников. Более поздние принцы действовали из аналогичных побуждений.
В более поздних случаях некоторые или все принцы становились ведущими офицерами. Шах-Джахан был инициатором войны за престол, но не смог обеспечить свое престолонаследие, столкнувшись с комбинацией Асаф-хана, Нур-Джахан и Махабат-хана и полководческим искусством последнего. Возможно, он не стал бы бунтовать, если бы Нур Джахан не стремилась обеспечить престол своему зятю Шахрияру, чтобы сохранить собственное положение после смерти мужа. Когда сам Шах-Джахан заболел, четверо его сыновей стали ведущими офицерами империи. Почти все высшие офицеры царствования умерли; четверо сыновей стали губернаторами крупных провинций, а Дара Шукух доминировал в центральной администрации. Таким образом, для разрешения спора не существовало иного механизма, кроме войны. О преемственности Аурангзеба я рассказываю в разделе, посвященном упадку.
Таким образом, доктрина царствования и общественного устройства Моголов претерпела глубокие изменения в ходе истории империи, и эти изменения имели столь же глубокие политические последствия. Отказ от доктрины коллективного суверенитета и модификация системы уделов совпали с изменениями в Османской и Сефевидской империях. Без этих базовых изменений ни одна из трех империй не смогла бы избежать раздробленности, от которой в итоге пострадало большинство тюрко-монгольских династий. Это была неотъемлемая часть реформ Акбара, наряду с отменой шариатских ограничений для немусульман, чтобы они могли стать частью правящего класса империи, и разработкой придворных ритуалов, которые выводили правителя из категории мусульман. Ни один другой важный мусульманский правитель не отказывался от соблюдения шариата так, как это сделал Акбар. Его решени