По этим маршрутам перевозился широкий ассортимент товаров. Бенгалия экспортировала большое количество риса по рекам Ганг и Джумна в Агру и на кораблях в Южную Индию; у нее также были огромные излишки масла и сахара. Гуджарат, важнейший производственный регион, импортировал зерно как по суше, так и по морю. Мултан отправлял сахар по Инду и Рави в Лахор и вниз по реке в Тхатту. Разнообразие этой торговли и большие расстояния, которые она преодолевала, не означали, что ее масштабы были пропорционально велики. Специализированная каста, банджары, занималась перевозкой зерна по суше, часто в колоннах по 20 000 повозок с быками, для снабжения крупных рынков, но по современным меркам объем торговли был крайне мал. Сухопутная торговля осуществлялась в основном на повозках с быками, но лошади, верблюды и слоны также играли свою роль.
Торговля велась самыми разными купцами. Представители крупнейших рынков, таких как Сурат, были столь же богаты и искушены, как и их европейские современники. Многие из крупных купцов выступали в роли банкиров. Некоторые из них поддерживали тесные отношения с представителями правящего класса Моголов. Многие могольские офицеры и члены правящей семьи сами выступали в роли купцов, вкладывая таким образом государственные доходы в торговлю. Чиновники Моголов также использовали свою власть принуждения для извлечения прибыли из рынка, объявляя монополию на тот или иной товар и заставляя купцов приобретать лицензии на торговлю им или требуя, чтобы ремесленники выполняли заказы в первую очередь.
Мелкие купцы обычно действовали на ограниченной территории и торговали меньшим количеством товаров. Даже крестьяне в некоторой степени выступали в роли купцов, стремясь получить наилучшую цену за свой урожай. Сборщики налогов также должны были распоряжаться собранными товарами и, таким образом, также являлись частью торговой сети. Сложная банковская и кредитная система поддерживала индийскую торговлю. Купцы использовали векселя вместо наличных денег для многих сделок в междугородней торговле. Императорские чиновники выдавали займы из собственных средств и из контролируемых ими имперских фондов, часто используя свое положение для защиты прибыли. Ростовщичество было обычным делом, процентные ставки приближались к 30 процентам в месяц.
Эта торговая сеть и относительный порядок, который позволял ей существовать, сделали период правления Великих Моголов временем роста городов. Практически все крупные города, а не только фактические центры Моголов, росли в численности населения. Бывшие региональные столицы, такие как Ахмадабад в Гуджарате и Голконда в Декане, сохранили свое значение как столицы провинций и торговые центры. Моголы сознательно стремились поощрять восстановление старых городов и основание новых, таких как Шахаджаханпур, Музаффарнагар и Мурадабад, основанные офицерами Моголов. Основание города требовало относительно небольших инвестиций: возведение стены, ворот, рынка и обеспечение регулярного водоснабжения. Если такие инвестиции могли привести к появлению процветающего города, то и экономика в целом должна была быть процветающей.
Для историка экономики рост торговли между субконтинентом и Европой, а не развитие империи Великих Моголов, может быть главной темой XVI и XVII веков. Португальцы прибыли на субконтинент раньше Моголов: экспедиция Васко де Гамы достигла Каликута в 1497 году. Как объясняется в главе «Османская империя», португальцы стремились создать морскую империю, господствующую в Индийском океане. Они стремились установить контроль над ключевыми узловыми пунктами — Малаккским и Ормузским проливами, которые они захватили в 1511 и 1515 годах, и Джиддой, которую им не удалось взять в 1517 году, а также создать укрепленные торговые пункты на побережье Индии и в других странах. Эстадо да Индия, как стала называться португальская морская империя, стремилась установить монополию на перец, перенаправить торговлю этим товаром на маршрут вокруг Африки и доминировать в судоходстве. Их цели были не столько коммерческими, сколько, как говорит Нильс Стинсгаард, перераспределительными. Они стремились получать прибыль от налогов и лицензионных сборов, а не становиться купцами и брать торговлю в свои руки. Торговые суда в Индийском океане должны были приобретать лицензии на торговлю; превосходство португальских кораблей и оружия делало это возможным. Португальская власть, конечно, ограничивала деятельность коренных купцов побережья Индийского океана, но не прекращала ее, особенно из-за португальской коррупции и распущенности. Эштаду-да-Индия не использовала свою власть, чтобы положить конец торговле между Индийским океаном и Средиземноморьем. Поскольку их расходы были ниже, португальцы могли бы снизить цены на товары караванных купцов; вместо этого они позволили расходам караванных торговцев определять их цены.
Не португальская мощь, а протестантская предприимчивость изменила торговлю в Индийском океане. Английская Ост-Индская компания (EIC) и Голландская Ост-Индская компания (VOC), образованные в 1600 и 1602 годах, нанесли поражение португальцам на море и стремились не только захватить торговлю пряностями, но и создать новые рынки для индийских товаров в Европе, в частности текстиля. Голландцы получили контроль над современной Индонезией — фактическим источником перца и других специй, но основали торговые станции, известные как фактории, и на субконтиненте. Англичане, лишенные возможности участвовать в торговле пряностями, сосредоточились на субконтиненте. В XVII веке компании в основном экспортировали в Европу индийские готовые изделия, в частности хлопок, и закупали их за деньги, в основном в Америке. Спрос на индийские ткани в Европе резко вырос в течение большей части XVII века. Компании также экспортировали индийские ткани в Индонезию, обменивая их на специи, и поставляли в Европу индийский индиго, шелк-сырец и селитру, а также другие товары.
Европейские купцы обосновывались в существующих торговых центрах, а также создавали новые. К 1616 году голландцы получили разрешение на эксплуатацию фабрик в Масулипатнаме в Голконде и Сурате в могольском Гуджарате. В 1615 г. английская Ост-Индская компания уговорила Якова I отправить сэра Томаса Ро в качестве посла к Джахангиру, и англичане основали торговые посты в Сурате, Агре, Бурханпуре, Патне и других торговых центрах. Завоевание Сефевидами и англичанами португальского Ормуза в 1622 году и изгнание Моголами португальцев из Хугли в 1633 году расширили сферу деятельности английских и голландских торговцев. В 1639 году EIC приобрела Мадрас у местного правителя, а в 1668 году — Мумбаи, уступленный Португалией Великобритании в 1661 году, у английской короны. Бенгалия, однако, стала центром европейской активности на субконтиненте. Будучи источником шелка-сырца и селитры, а также высокоценного готового текстиля, она также была житницей субконтинента. В 1660-х годах EIC открыла здесь несколько фабрик. Постоянные разногласия с местными чиновниками Моголов по поводу таможенных сборов вылились в короткую войну в 1687 и 1689 годах, но в 1691 году EIC наконец получила желаемую таможенную льготу, а в 1696 году — императорское разрешение на укрепление фабрики в том месте, которое стало Калькуттой. Морская мощь EIC и VOC могла заменить укрепления, поскольку они могли легко блокировать любой порт. С прибрежных фабрик европейская торговая деятельность распространилась вглубь страны и привела к экономическим изменениям. VOC не ограничилась покупкой узорчатых хлопчатобумажных тканей, права на торговлю которыми они получили в Мачхилипатнаме, а создала новый рынок для простой белой бязи, производство которой они организовали. В результате текстильная промышленность на Коромандельском побережье быстро развивалась. Этот пример показывает, как европейская торговля стимулировала промышленное производство в прибрежных регионах субконтинента. Участие голландцев и британцев привело к устойчивому экономическому росту в Бенгалии, как в производстве товаров, так и в текстильной промышленности. Европейские купцы часто предоставляли капитал индийским ткачам. Моголы получали значительные доходы от налогообложения как ткачей, так и купцов, а спрос европейцев на индийские товары неизбежно создавал новые рабочие места. Поскольку торговля создавала как рабочие места, так и чистый приток денег, она явно не вредила интересам Моголов и жителей их империи. Помимо положительных эффектов от роста европейской торговли, оценить изменения в экономике субконтинента и последствия правления Моголов довольно сложно. В течение нескольких лет историки предполагали, что массовый приток американского серебра вызвал на субконтиненте инфляцию серебра, сравнимую с европейской. Однако последние исследования поставили эту гипотезу под сомнение.
В условиях неопределенности денежной истории этого периода трудно сделать обобщение об экономических изменениях при Моголах и экономических последствиях режима Моголов. Различные секторы, регионы и группы населения в эпоху Моголов жили по-разному. В целом империя Великих Моголов процветала в период от Акбара до Бахадур-шаха. Хотя Моголы не установили и не смогли установить идеальный порядок в провинциях, в большинстве провинций они установили удовлетворительные порядки. По крайней мере, они поддерживали достаточный порядок для того, чтобы EIC и VOC могли торговать в империи в значительных объемах и делать значительные инвестиции, что, в свою очередь, стимулировало значительный экономический рост в некоторых провинциях, например в Бенгалии. Рост городов, включая создание новых городских основ, также означает экономический рост. Усилия Моголов по стимулированию как внутренней, так и внешней торговли явно имели положительный эффект. Сельские классы, которые могли получить прибыль от увеличения производства товарных культур, вероятно, процветали во времена Великих Моголов больше, чем крестьяне, производившие продукты питания. Если, как считают некоторые историки, приток спекулятивной валюты на субконтинент привел к росту монетизации сельской экономики, этот процесс мог привести к увеличению спроса на продовольствие со стороны сельских производителей, поскольку им было удобнее платить налоги монетой, чем натурой. Части империи, затронутые длительными войнами, особенно провинции Декана, в результате неизбежно обеднели, в некоторых случаях радикально. Однако нет достаточных данных, подтверждающих, что режим Великих Моголов неуклонно обеднял крестьянство за счет постоянного увеличения потребности в доходах.