Сама ограниченность договоренностей, достигнутых между испанской короной и папством в 1482 году после диспута в Куэнке, предполагала необходимость альтернативного подхода. Такая возможность представилась, когда реконкиста приблизилась к завершению. Испанская корона, безусловно, заслуживала какого-то знакового поощрения за свои неутомимые усилия по изгнанию неверных, и что могло быть более подходящим поощрением, чем установление королевского Patronato – патронажа над всеми церквями – в отвоеванном эмирате Гранада? Теперь это стало первостепенной целью церковной политики короны, которая была успешно достигнута в 1486 году. Своей папской буллой от 13 декабря 1486 года Иннокентий VIII, которому требовалась помощь Фердинанда для защиты папских интересов в Италии, давал испанской короне право патронажа и назначения на все главные церковные должности во вновь завоеванном эмирате.
Получение королевского патронажа в Гранаде стало знаменательным достижением, поскольку являлось не только идеальным решением, которое Фердинанд и Изабелла надеялись постепенно распространить на все свои владения, но и практической моделью для церкви в Новом Свете. В течение двадцати лет после открытия Америки Фердинанд с поразительным умением маневрировал, чтобы добиться от папства абсолютного королевского контроля над всеми церковными учреждениями на заморских территориях. Воспользовавшись предполагаемым или реальным сходством между возвращением Южной Испании в лоно христианства и завоеванием Индий, он первым делом получил от папы Александра VI закрепленное в булле Inter caetera 1493 года эксклюзивное право испанской короны на христианизацию вновь открытых территорий. За этим в 1501 году последовала еще одна булла, уступавшая короне на постоянной основе право на всю десятину, собираемую в Индиях. Кульминацией стала знаменитая булла от 28 июля 1508 года, в которой Юлий II (который, как и его предшественники, остро нуждался в помощи Фердинанда в Италии) передавал испанской короне желанный всеобщий Patronato над церковью Нового Света, включавший в себя право королевского назначения на все церковные должности. За Patronato последовали дальнейшие уступки, предоставлявшие испанской монархии единоличную власть над церковью в ее американских владениях. Если не считать Гранады, ничего подобного в Европе не существовало. Но после конкордата 1516 года между папством и Францией Карл V в 1523 году получил от Адриана VI право назначать всех епископов в Испании, и самая главная цель церковной политики Фердинанда и Изабеллы была наконец достигнута на самом полуострове. Но споры по поводу внецерковного назначения на высшие должности и даже на должности рядовых священников продолжались вплоть до конкордата 1753 года. Вместе с тем в Новом Свете корона стала абсолютной хозяйкой и, фактически, сама осуществляла папскую власть. Ни один священнослужитель не мог поехать в Индии без королевского разрешения. В Новом Свете не было ни одного папского легата и не существовало никаких прямых контактов между Римом и духовенством Мексики или Перу. Корона обладала правом вето на обнародование папских булл и через своих вице-королей и чиновников постоянно вмешивалась во все тонкости церковной жизни.
Даже несмотря на то, что Фердинанд и Изабелла никогда не могли обеспечить себе абсолютный контроль над церковью в Испании, как это было сделано в Америке, на практике, если не в теории, они в значительной степени получили то, чего хотели. С помощью дипломатического давления они добились, чтобы на церковные должности в Испании больше не назначали иностранцев и чтобы папство согласилось позволить короне самой назначать епископов. Кроме того, они добились, чтобы апелляции по гражданским делам больше не отправлялись из chancilleria Вальядолида в Рим. И еще они навечно обеспечили короне достаточную степень контроля над богатствами церкви, чтобы лишить своих наследников любого финансового повода последовать примеру Густава Вазы или Генриха VIII, в ярости порвавших с Римом. В XVI веке поступления, полученные от церкви или посредством церкви, являлись чрезвычайно важной частью доходов короны. Среди этих поступлений можно выделить две постоянные составляющие доходов Католических королей. Первая – это так называемые tercias reales – треть от суммы всей церковной десятины, собираемой в Кастилии. Она веками выплачивалась короне, но всегда на временной основе, и только в 1494 году после буллы Александра VI права на нее были переданы короне навечно. Второй, и гораздо более ценной, составляющей стала cruzada. Буллы о cruzada возникли из необходимости финансирования реконкисты, для чего каждому мужчине, женщине или ребенку, желающему их купить, по фиксированной цене продавались индульгенции. Несмотря на то что в царствование Католических королей Reconquista закончилась, Фердинанду удалось добиться увековечения булл о cruzada в качестве источника королевского дохода, который в порядке вещей было использовать для целей весьма далеких от первоначальных.
Однако интерес Католических королей к церкви не ограничивался финансовыми ресурсами, какими бы привлекательными они ни были. Вера Изабеллы была сильной, горячей и мистической, и она с большим беспокойством наблюдала за состоянием церкви. Церковь Испании страдала от всех злоупотреблений, которые принято приписывать Европе XV века: одновременное обладание несколькими доходными должностями, абсентеизм и низкий уровень знаний и морали, как среди монашества, так и среди белого духовенства. В частности, наличие любовниц считалось чем-то само собой разумеющимся и, вне всякого сомнения, потворствовало уникальной практике, существовавшей в Кастилии, где отпрыск священника мог наследовать ему, если его отец умер, не оставив завещания. Однако в некоторых подразделениях церкви, особенно в религиозных орденах, существовало серьезное недовольство господствовавшей распущенностью. Так, например, духовник королевы иеронимит Эрнандо де Талавера постоянно подталкивал ее к проведению тотальной реформы. Под руководством Талаверы королева посвятила себя работе по поднятию морально го и интеллектуального уровня духовенства. Когда практика назначения епископов стала достаточно широко применяться короной, моральные качества и образованность кандидатов перестали считаться несущественными деталями, а высокое социальное положение перестало быть основным критерием для получения епархии. В результате при Католических королях уровень испанского епископства существенно вырос, хотя некоторые из назначений, сделанных самим Фердинандом, оставляли желать лучшего. Кардинал Гонсалес де Мендоса, ставший в 1482 году преемником Каррильо в Толедо, едва ли соответствовал идеалу прелата «ново го типа», но его удивительная щедрость как патрона, несомненно, искупала существенные упущения в личной жизни. В 1484 году он основал в Вальядолиде колехио Санта-Крус, ставший образцом для других учреждений, призванных поднять уровень духовенства и выпускать более культурных священнослужителей. Кроме того, он, как никто другой, способствовал распространению в Кастилии «нового образования».
В то время как королева упорно трудилась, стараясь поднять уровень епископства и белого духовенства, набирало обороты движение по реформированию религиозных орденов. Так, орден францисканцев уже долгое время был разделен на фракции Conventuales и Observantes, желавшие вернуться к строгой простоте «Правила святого Франциска». Среди Observantes выделялась суровая фигура Франциско Хименеса де Сиснероса, которого королева считала ниспосланной Богом заменой ее духовнику Талавере, когда последний в 1492 году стал первым архиепископом Гранады. Уже в 1491 году Александр VI уполномочил Католических королей взять в свои руки реформу монашеских орденов, и два года спустя Сиснерос со свойственной ему энергией начал работу по их реформированию и продолжал руководить ею после назначения кардиналом в Толедо в связи со смертью в 1495 году кардинала Мендосы. Начав со своего ордена францисканцев, он принялся насаждать строгое следование Правилу и столкнулся с сильнейшей оппозицией. Францисканцы из Толедо, изгнанные из своего монастыря, устроили процессию и, подняв крест, распевали псалом In exitu Israel Aegipto, а четыре сотни андалузских фра предпочли принятие ислама и удовольствия семейной жизни в Северной Африке христианству, которое вдруг начало требовать, чтобы они оставили своих подруг. Тем не менее реформа медленно двигалась вперед. Она распространилась на доминиканцев, бенедиктинцев и иеронимитов, и к моменту смерти Сиснероса в 1517 году в Испании не осталось ни одного «монашеского» семейства.
Несмотря на то что в личной жизни поведение Сиснероса сильно расходилось с правилами его предшественника, в вопросе поддержки образования он стал достойным преемником Мендосы. Его решимость поднять культурный уровень Кастилии дала два крупных результата, которые самой Изабелле так и не довелось увидеть. Первый – это открытие в 1508 году университета в Алкала-де-Энарес для продвижения теологических исследований, второй – издание «Комплутенской Полиглотты» – первого печатного издания Библии, где в параллельных колонках были размещены тексты на греческом, иврите и латыни. Эти достижения особенно ярко характеризуют направление реформ Изабеллы, а именно стремление соответствовать требованиям времени. Сиснерос если сам, строго говоря, не был ученым, то уловил настоятельную потребность поставить на службу религии новые гуманитарные знания. Под его руководством реформы не отвергали «новое образование», а, напротив, использовали его в дальнейшей работе.
Общепризнано, что реформаторское движение при Фердинанде и Изабелле было всего лишь началом, и во втором и третьем десятилетии XVI века наблюдалось даже некоторое снижение уровня епископства, но как минимум кое-что, имеющее непреходящее значение, уже было достигнуто. Более того, своевременность этих реформ оказалась, возможно, даже важнее их результатов. Сиснерос способствовал приданию испанской церкви новой силы и энергии в тот самый момент, когда церковь повсеместно подвергалась серьезным атакам. В то время, когда над всем христианским миром носилось стремление к радикальным церковным реформам, правители Испании сами стали инициаторами этих реформ у себя дома и, таким образом, одновременно убирали некоторые из наиболее вредоносных источников недовольства и обеспечивали жесткий контроль над движением, которое могло с легкостью отбиться от рук. Здесь, как и во многих других сферах своей деятельности, Фердинанд и Изабелла проявили незаурядную способность брать на себя инициативу и придавать зримую форму неясно выраженным желаниям своих подданных.