Трое дворцовых служителей Марии Нагой — подключники Ларионов, Иванов и Гнидин — дали следующие показания: когда царица села обедать, они стояли «в верху за поставцом, ажно деи бежит в верх жилец Петрушка Колобов, а говорит: тешился деи царевич с нами на дворе в тычку ножом и пришла деи на него немочь падучая, да в ту пору, как ево било, покололся ножом, сам и оттого и умер».
Петрушка Колобов был старшим из четверых мальчиков, игравших с царевичем. Он повторил следственной комиссии то, что сказал подключникам через несколько минут после смерти царевича.
Показания Петрушки Колобова и остальных мальчиков подтвердили Мария Колобова, мамка Волохова и кормилица Арина Тучкова. Кормилица особенно убивалась о царевиче. В присутствии царицы Марии и Василия Шуйского она назвала себя виновницей несчастья: она того не уберегла, как пришла на царевича болезнь чёрная... и он ножом покололся... Кормилица была любимицей царицы Марии. Не её, а Василису Волохову царица била поленом над трупом сына, хотя обе были виноваты одинаково, обе недосмотрели за ребёнком.
Смерть царевича своими глазами видели семь человек. Позже отыскался и восьмой свидетель.
На допросе приказного Протопопова следователи установили, что он впервые услышал о смерти царевича от ключника Тулубеева, причём ключник рассказал о происшествии со всеми подробностями. Вызвали Тулубеева. Он сослался на стряпчего Юдина. Им устроили очную ставку, и дело сразу прояснилось. В полдень 15 мая Юдин стоял в верхних покоях «у поставца» и смотрел в окно, как мальчики играют в тычку. Трагедия произошла на его глазах. По словам Юдина, царевич играл во дворе в тычку и накололся на нож, и Юдин сам это видел. Потом он рассказал всё увиденное своим приятелям.
Но он знал, что царица Мария настаивала на убийстве, и поэтому счёл благоразумным уклониться от дачи показаний.
Показания всех главных свидетелей «углицкого дела» совпадают по существу, но индивидуальны по словесному выражению. Это доказывает их достоверность. Совсем другое впечатление вызывают показания второстепенных свидетелей, которых оказалось более сотни. Уж очень их показания стереотипны. Если несколько лиц пользуются одними и теми же оборотами, то сразу же возникает подозрение в ложности их показаний. Но появление штампов в следственном деле также можно объяснить. Допрос основных свидетелей, видевших трагедию собственными глазами, позволил нарисовать достаточно точную картину происшедшего. Остальные же свидетели знали о смерти царевича с чужих слов и не могли добавить ничего нового. Эти второстепенные свидетели в основном были дворовыми людьми — неграмотными, некультурными и косноязычными. Чтобы добиться от них вразумительных ответов, надо было потратить уйму времени. Но времени было мало, и поэтому члены комиссии фиксировали ответы второстепенных свидетелей с помощью стереотипа, заключённого в самом вопросе. В те времена в приказной практике такой приём использовался очень часто.
Ряд историков утверждают, что все свидетельские показания были получены под действием угроз. Факт жестоких преследований жителей Углича засвидетельствован многими источниками. Но репрессии на самом деле имели место не в дни работы следственной комиссии Шуйского, а много месяцев спустя. Комиссия же не преследовала своих свидетелей. Исключение составил лишь один случай, зафиксированный в следственных материалах. «У распросу на дворе перед князем Василием» слуга Битяговского «изымал» царицына конюха и обвинил его в краже вещей дьяка Битяговского. Эти обвинения подтвердились, и конюха с сыном взяли под стражу. На том и закончились все репрессии угличан в дни следствия.
Нарисованная следствием картина гибели царевича Дмитрия была на редкость полна и достоверна. Расследование практически не оставило места для неясных вопросов.
Наши историки традиционно опускают факт осмотра комиссией тела убитого царевича. А между прочим, члены комиссии сразу же по прибытии в Углич 19 мая первым делом отправились в Спасо-Преображенский собор. Их сопровождали мать, родные царевича и «все добрые граждане». Нагие подсуетились и подложили на тело Дмитрия окровавленный нож. Василий Шуйский лично, в присутствии десятков людей, собравшихся в соборе, брезгливо отложив нож в сторону, внимательно рассматривал лицо ребёнка, а затем его рану на гортани.
В субботу 22 мая в Спасо-Преображенском соборе митрополит Геласий совершил отпевание и со всеми подобающими царевичу почестями предал его тело погребению в этом же храме, который ещё в удельное время служил усыпальницей угличских князей.
Обратим внимание, труп ребёнка восемь дней лежал на открытом воздухе, а это по новому стилю с 25 мая по 1 июня, причём, по данным следственного дела, погода была тёплая. Риторический вопрос: что будет с трупом за восемь дней? Теперь предположим, что тело царевича пусть не благоухало, но, по крайне мере, не воняло. Это, естественно, должно было заинтересовать и Геласия, и местное духовенство, и найти какое-то отражение в следствии. Но, увы, тело разлагалось самым естественным образом.
Результаты следствия в Угличе были рассмотрены 2 июня 1591 года на церковном соборе в Москве. Собор единодушно утвердил приговор:
«И патриярх Иев со всем освящённым собором, слушев углетцкого дела, и сказу митрополита Галасеи, и челобитные городового приказщика Русина Ракова, говорил на соборе.
В том во всём воля государя царя и великого князя Фёдора Иоанновича всея Руси: а преже сего такова лихова дела и такие убойства стались и крови пролитье от Михаила от Нагово и от мужиков николи не было.
А перед государем царём и великим князем Фёдором Иоанновичем всея Руси Михаила и Григория Нагих и углетцких посадцких людей измена явная, что царевицю Дмитрею смерть учинилась божьим судом, а он, Михайло Нагой, государевых приказных людей: дияка Махаила Битяговского с сыном, и Микиту Кочалова, и иных дворян, и жильцов, и посадских людей, которые стояли за Михаила Битяговского и за всех за тех, которые стояли за правду и разговаривали посадцким людем, что они такую измену зделали, — велел побити напрасно, умышленьем, зато, что Михайло Битяговской с ним, с Михаилом с Нагим, бранился почасту за государя, что он, Михайло Нагой, держал у себя ведуна Ондрюшу Мочалова и иных многих ведунов.
И за то великое изменное дело Махайло Нагой з братьею и мужики углечане по своим винам дошли до всякого наказанья. А то дело земское, градское, в том ведает бог да государь царь и великий князь Фёдор Иоаннович всея Руси, всё в его царьской руке, и казнь, и опала, и милость, о том государю как бог известит.
А наша должная молити господа бога, и пречистую богородицу, и великих русских чюдотворцов Петра, и Алексея, и Иону, и всех святых о государе царе и великом князе Фёдоре Иоанновиче всея Руси и о государыне царице и великой княгине Ирине о их государьском многодетном здравии и о тишине межусобной брани».
На основании патриаршего приговора царь Фёдор приказал схватить Нагих и угличан, «которые в деле объявились», и доставить их в Москву.
Ещё раз отмечу, репрессии в Угличе начались только после вынесения соборного приговора, а до этого комиссия Шуйского никого и пальцем не тронула. Есть и ещё любопытная деталь, которую почему-то игнорируют наши историки. Многие «активисты» Нагих, как, например, тот же холоп Михаила Нагого Тимофей, до завершении следствия бежали из Углича. Угличане, оставшиеся в городе, были наказаны в соответствии со степенью участия в убийствах. Всего было наказано несколько десятков человек, одним отрубили голову, другим отрезали язык, а остальных сослали в Сибирь. Был «наказан» даже колокол в церкви у Спаса, в который бунтовщики ударили в набат. Колокол публично высекли плетьми, отрубили ухо, вырвали язык и отправили в Сибирь, где он был записан «первоссыльным неодушевлённым».
Братьям Нагим заодно с убийствами у Угличе навесили поджоги домов в Москве летом 1591 года. По совокупности преступлений их разослали «по городам». Марию Нагую «за недосмотрение за сыном» отправили в Николовыксинскую пустынь (монастырь), где она была пострижена под именем Марфы. Позже её перевели в Горицкий Воскресенский женский монастырь на реке Шексне.
Собственно, на этом угличская история и закончилась. О смерти царевича Дмитрия все забыли, тем более что в сентябре 1591 года царица Ирина вновь понесла. На сей раз ей удалось доносить ребёнка. Если бы ей удалось родить здорового сына, то об инциденте в Угличе в многотомной «Истории России» Соловьёва остался бы один абзац. Но, увы, 26 мая 1592 года у царя Фёдора родилась дочь, названная Федосьей. Она часто болела и умерла 25 января 1594 года. Через несколько лет и её сделают жертвой «коварного» Бориса.
В начале 90-х годов XVI века власть Бориса Годунова значительно возрастает. Если в 1584—1586 годах он был «первым среди равных» бояр, то к 1593 году он становится неограниченным властителем. К 1595 году официальный титул Бориса Годунова приобрёл следующий вид: «Царский шурин и правитель, слуга и конюший боярин и дворовый воевода и содержатель великих государств — царства Казанского и Астраханского». Такого титула никто и никогда не имел и не будет иметь в Московском государстве.
Борис Годунов стал крупнейшим землевладельцем в России. В начале 1587 года царь Фёдор пожаловал Бориса богатейшей вотчиной Вагой, а затем Комарицкой и другими волостями. Борис, как конюший и правитель, бесконтрольно распоряжался всей казной Московского государства.
Усилению власти Бориса способствовали также его успехи во внешнеполитических делах.
В январе 1590 года многочисленное русское войско двинулось к шведской границе. При войске находился сам царь Фёдор Иоаннович. Воеводами были: в большом полку — князь Фёдор Мстиславский, занимавший после ссылки отца первое место между боярами; в передовом полку — князь Дмитрий Хворостинин. При царе, в звании дворовых или ближних воевод, находились Борис Годунов и Фёдор Никитич Романов.
Русские войска взяли крепость Ям. Князь Хворостинин разгромил у Нарвы двадцатитысячное шведское войско под командованием Густа