Сразу после смерти царя Фёдора по городам Московского государства были разосланы грамоты от имени патриарха с требованием послать выборных людей в Москву на Земский собор. Первое заседание собора состоялось 17 февраля 1598 года.[16]
Документы собора дошли до нас почти полностью. Однако как раз обилие документов привело историков к разночтениям и, соответственно, к разным их толкованиям. Нет даже единства в числе участников собора. Н. М. Карамзин насчитал 500 избирателей, С. М. Соловьёв — 474, Н. И. Костомаров — 476, В. О. Ключевский — 512, а современная исследовательница С. П. Мордовина — более 600.
По мнению автора, дело в том, что в разные дни заседаний присутствовало разное число членов собора (посмотрите вечером по телевизору заседание Государственной Думы — сколько там пустующих мест!). Видимо, были и споры, кого из приехавших представителей городов считать полноправными представителями, а кого — нет. Даже если предположить, что какие-то документы собора были позже скорректированы, всё равно собор 1598 года был правомочным и легитимным.
По данным С. М. Соловьёва, на соборе из 474 человек 99 были духовными лицами, 272 человека — бояре, дворяне и дьяки, 33 человека — выборные от горожан, 7 стрелецких голов, 22 купца, 5 старост гостиных сотен и 16 представителей чёрных сотен.
Согласно официальным документам, собор открылся речью патриарха, который заявил, что после смерти царя Фёдора предложено было царство царице Ирине, но та не согласилась, и тогда просили её благословить брата, просили и самого Годунова. Борис также отказался, и тогда отложили дело на 40 дней, до приезда выборных. „Теперь, — говорил Иов, — вы бы о том великом деле нам и всему освящённому собору мысль свою объявили и совет дали: кому на великом преславном государстве государем быть?“ И, не дождавшись ответа, продолжал: „А у меня, Иова патриарха, у митрополитов, архиепископов, епископов, архимандритов, игуменов и у всего освящённого вселенского собора, у бояр, дворян, приказных и служилых, у всяких людей, у гостей и всех православных христиан, которые были на Москве, мысль и совет всех единодушно, что нам, мимо государя Бориса Фёдоровича, иного государя никого не искать и не хотеть“. На что советные люди громко ответили: „Наш совет и желание одинаково с твоими, отца нашего, всего освящённого собора, бояр, дворян и всех православных христиан, что неотложно бить челом государю Борису Фёдоровичу и, кроме его, на государство никого не искать“.
После этого на соборе началось перечисление прав Бориса Годунова на престол: „Царь Иван Васильевич женил сына своего, царевича Фёдора, на Ирине Фёдоровне Годуновой, и взяли её, государыню, в свои царские палаты семи лет, и воспитывалась она в царских палатах до брака. Борис Фёдорович также при светлых царских очах был безотступно ещё с несовершеннолетнего возраста, и от премудрого царского разума царственным чинам и достоянию навык. По смерти царевича Ивана Ивановича великий государь Борису Фёдоровичу говорил: божиими судьбами, а по моему греху, царевича не стало, и я в своей кручине не чаю себе долгого живота; так полагаю сына своего царевича Феодора и богом данную мне дочь царицу Ирину на бога, пречистую богородицу, великих чудотворцев и на тебя, Бориса. Ты бы об их здоровье радел и ими промышлял. Какова мне дочь царица Ирина, таков мне ты, Борис, в нашей милости ты всё равно, как сын. На смертном одре царь Иван Васильевич, представляя в свидетельство духовника своего, архимандрита Феодосия, говорил Борису Фёдоровичу: тебе приказываю сына своего Феодора и дочь Ирину, соблюди их от всяких зол. Когда царь Фёдор Иванович принял державу Российского царства, тогда Борис Фёдорович, помня приказ царя Ивана Васильевича, государское здоровье хранил, как зеницу ока, о царе Феодоре и царице Ирине попечение великое имел, государство их отовсюду оберегал с великим радением и попечением многих, своим премудрым разумом и бодро-опасным содержательством учинил их царскому имени во всём великую честь и похвалу, а великим их государствам многое пространство и расширение, окрестных прегордых царей послушными сотворил, победил прегордого царя крымского и непослушника короля шведского под государеву высокую десницу привёл, города, которые были за Шведским королевством, взял. К нему, царскому шурину, цесарь христианский, салтан турецкий, шах персидский и короли из многих государств послов своих присылали со многою честию. Всё Российское царство он в тишине устроил, воинский чин в призрении и во многой милости, в строении учинил, всё православное христианство в покое и тишине, бедных вдов и сирот в крепком заступлении, всем повинным пощада и неоскудные реки милосердия изливались, святая наша вера сияет во вселенной выше всех, как под небесем пресветлое солнце, и славно было государево и государынино имя от моря и до моря, от рек и до конец вселенной“.
В субботу, 18 февраля 1598 года, и в воскресенье, 19-го, в Успенском соборе в Кремле торжественно служили молебны, чтобы Бог даровал православному христианству по его прошению государя царя Бориса Фёдоровича.
20 февраля, в понедельник, после молебна патриарх с духовенством, боярами и множеством народа отправились в Новодевичий монастырь, где находились Борис и Ирина (инокиня Александра). Они со слезами молили Бориса принять престол, но получили отказ. Годунов отвечал: „Как прежде я говорил, так и теперь говорю: не думайте, чтоб я помыслил на превысочайшую царскую степень такого великого и праведного царя“.
Патриарх Иов опять призвал всех православных христиан на следующий день, во вторник, устроить празднество пречистой Богородице в Успенском соборе, а также по всем церквям и монастырям, после чего с иконами и крестами идти в Новодевичий монастырь. Иов призвал всех идти с жёнами и грудными младенцами и бить челом государыне Александре Фёдоровне и её брату, Борису Фёдоровичу, чтоб они оказали милость. Тут же Иов тайно договорился с духовенством о том, что если царица благословит брата своего на царство и Борис будет царём, то простить его и забыть, что он клялся в нежелании своём быть государем. Если же опять царица и Борис откажут, то отлучить Бориса от церкви и самим снять с себя святительские саны, сложить панагии, одеться в простые монашеские рясы и запретить службу по всем церквям.
21 февраля крестный ход двинулся к Новодевичьему монастырю. Навстречу ему, под звон колоколов, вынесли икону Смоленской Богоматери, за иконой вышел Борис Годунов. Он подошёл к иконе Богоматери и сказал громко со слезами: „О милосердая царица! Зачем такой подвиг сотворила, чудотворный свой образ воздвигла с честными крестами и со множеством иных образов? Пречистая Богородица, помолись о мне и помилуй меня!“ Борис долго лежал возле иконы и плакал, потом приложился к другим иконам, подошёл к патриарху и сказал ему: „Святейший отец и государь мой Иов патриарх! Зачем ты чудотворные иконы и честные кресты воздвигнул и такой многотрудный подвиг сотворил?“ Иов отвечал ему: „Не я этот подвиг сотворил, то пречистая Богородица с своим предвечным младенцем и великими чудотворцами возлюбила тебя, изволила прийти и святую волю сына своего на тебе исполнить. Устыдись пришествия её, повинись воле божией и ослушанием не наведи на себя праведного гнева господня“. В ответ Годунов только плакал.
После этого Иов пошёл в церковь, Годунов — к сестре в келью, а бояре и весь народ пошли в монастырь, а кому не хватило места в монастыре, стояли возле ограды. После обедни патриарх и всё духовенство, в священных одеждах, с крестом и иконами, пошли в келью к царице и долго со слезами били ей челом, стоя на коленях. С духовенством пришли и бояре, а дворяне, приказные люди, гости и весь народ, стоя по всему монастырю и вокруг монастыря, упали на землю и долго с плачем и рыданием вопили: „Благочестива царица! Помилосердуй о нас, пощади, благослови и дай нам на царство брата своего Бориса Фёдоровича!“ Наконец царица заплакала и сказала: „Ради Бога, пречистой Богородицы и великих чудотворцев, ради воздвигнутая чудотворных образов, ради вашего подвига, многого вопля, рыдательного гласа и неутешного стенания даю вам своего единокровного брата, да будет вам государем царём“.
Годунов с тяжёлым вздохом и со слезами сказал: „Это ли угодно твоему человеколюбию, владыко! И тебе, моей великой государыне, что такое великое бремя на меня возложили и предаёшь меня на такой превысочайший царский престол, о котором и на разуме у меня не было? Бог свидетель и ты, великая государыня, что в мыслях у меня того никогда не было, я всегда при тебе хочу быть и святое, пресветлое, равноангельское лицо твоё видеть“. Сестра отвечала ему: „Против воли божией кто может стоять? И ты бы безо всякого прекословия, повинуясь воле божие, был всему православному государству государем“. Тогда Борис сказал: „Буди святая твоя воля, господи“. Патриарх и все присутствующие пали на землю, благодаря Бога, после чего отправились в церковь, где Иов благословил Бориса на все великие государства Российского царствия».
Естественно, что в этой официальной версии много натяжек, но предложить и серьёзно обосновать иную версию событий пока ещё никто не смог.
26 февраля 1598 года Борис Годунов покинул Новодевичий монастырь и возвратился в Москву. Толпы народа вышли из города, чтобы встретить Бориса. Те, кто победнее, несли хлеб и соль, бояре и купцы — золотые кубки, соболей и другие дорогие подарки, подобающие «царскому величеству». Борис отказался принять дары, кроме хлеба с солью, и всех милостиво позвал к царскому столу.
В Кремле Иов проводил Бориса в Успенский собор и там ещё раз благословил на царство. Отслушав обедню в Успенском соборе, Борис пошёл в Архангельский, где, припадая к гробам великих князей Московских и царей, говорил со слезами: «Великие государи! Хотя телом от своих великих государств вы и отошли, но духом всегда пребываете неотступно и, предстоя перед Богом, молитву творите. Помолитесь и обо мне и помогите мне».
Из Архангельского собора Борис пошёл в Благовещенский, оттуда — в царские палаты, а затем поехал обратно в Новодевичий монастырь к сестре. Потом Борис вернулся обратно в Кремль к патриарху Иову, долго разговаривал с ним наедине, после чего простился с ним и со знатным духовенством на время Великого поста и поехал жить в Новодевичий монастырь.