В ночь с 18 на 19 мая на подворье у Шуйских собрались их сторонники. Из бояр были только трое Шуйских, а также М. В. Скопин-Шуйский. Присутствовали несколько окольничих, думных дворян и купцов, а также хорошо нам знакомый профессиональный заговорщик Крутицкий митрополит Пафнутий. Современники утверждают, что подлинным руководителем заговора был Михаил Татищев. Важную роль играл Пафнутий. Видимо, мы никогда не узнаем, что заставило Пафнутия порвать с Отрепьевым и Романовыми и перейти на сторону Шуйского.
Ночью были составлены два документа: крестоцеловальная запись князя Василия Шуйского и другая, «по которой записи целовали бояре и вся земля». Интересно, что, в отличие от всех других претендентов на царский престол — Годунова, Отрепьева и Романова, — составители записи посчитали излишним доказывать родство Василия Шуйского с родом Ивана Калиты. После ста лет холопства у московского трона Шуйские впервые вспомнили о своём происхождении. В крестоцеловальной грамоте гордо говорилось: «Божиею милостию мы, великий государь, царь и великий князь Василий Иванович всея Руси, щедротами и человеколюбием славимого бога и за молением всего освящённого собора, по челобитью и прошению всего православного христианства учинились на отчине прародителей наших, на Российском государстве царём и великим князем. Государство это даровал бог прародителю нашему Рюрику, бывшему от римского кесаря, и потом, в продолжение многих лет, до самого прародителя нашего великого князя Александра Ярославича Невского, на сем Российском государстве были прародители мои, а потом удалились на суздальский удел, не отнятием или неволею, но по родству, как обыкли большие братья на больших местах садиться.
И ныне мы, великий государь, будучи на престоле Российского царства, хотим того, чтобы православное христианство было нашим доброопасным правительством в тишине, и в покое, и в благоденстве, и поволил я, царь и великий князь всея Руси, целовать крест на том: что мне, великому государю, всякого человека, не осудя истинным судом с боярами своими, смерти не предать, вотчин, дворов и животов у братьи его, у жён и детей не отнимать, если они с ним в мысли не были; также у гостей и торговых людей, хотя который по суду и по сыску дойдёт и до смертной вины, и после их у жён и детей дворов, лавок и животов не отнимать, если они с ними в этой вине невинны. Да и доводов ложных мне, великому государю, не слушать, а сыскивать всякими сысками накрепко и ставить с очей на очи, чтобы в том православное христианство невинно не гибло; а кто на кого солжёт, то, сыскав, казнить его, смотря по вине, которую взвёл напрасно. На том на всём, что в сей записи писано, я, царь и великий князь Василий Иванович всея Руси, целую крест всем православным христианам, что мне, их жалуя, судить истинным, праведным судом и без вины ни на кого опалы своей не класть, и недругам никого в неправде не подавать, и от всякого насильства оберегать».
Позже некоторые историки будут утверждать, что в этой грамоте будущий царь ограничил самодержавие и усилил власть бояр. Казимир Валишевский даже пишет: «...весьма возможно, что на пороге XVII века в истории старой Московии был составлен конституционный договор». На самом же деле в записи нет ни слова об ограничении самодержавия, да ещё в пользу бояр. Наоборот, царь указывает, что он целовал крест на том, чтобы править, как правили его полновластные прародители, цари XVI века, и целовал он крест не боярам, а «всем людям».
В 6 часов утра 19 мая на Красной площади собралась огромная толпа. Бояре — конкуренты Шуйского — вышли на площадь и предложили избрать патриарха, который должен был стоять во главе временного правления и разослать грамоты для созыва советных людей из городов. Однако Шуйские успели подготовить свою команду. Сотни людей одновременно закричали, что царь нужнее патриарха, а царём должен быть князь Василий Иванович Шуйский, «не хотим никаких советов, где Москва, там и всё государство. Шуйский — страдалец за православную веру» и т. д.
Толпа, ведомая сторонниками Шуйских, вошла в Кремль. Откуда-то появился и сам князь Василий. Шуйского ввели в Успенский собор, где митрополит Пафнутий нарёк его на царство. После этого Шуйский выдал боярам индульгенцию, заявив: «Целую крест на том, что мне ни над кем не делать ничего дурного без собору, и если отец виновен, то над сыном ничего не делать, а если сын виновен, то отцу ничего дурного не делать, а которая была мне грубость при царе Борисе, то никому за неё мстить не буду».
Пафнутий отслужил молебен, и князь Василий Иванович стал считаться царём. Злые боярские языки говорили, что Василий Шуйский был не избран, а выкликнут царём.
Целуя крест в соборе, Василий Шуйский говорил правду. После его воцарения репрессий не последовало, если не считать ссылок нескольких наиболее рьяных сторонников самозванца. Так, князь Василий Михайлович Рубец-Мосальский был сослан воеводой в Корелу, Афанасий Власьев — в Уфу, Михаил Глебович Салтыков — в Ивангород, Богдан Бельский — в Казань. Других стольников и дворян также разослали по отделённым городам, у некоторых отобрали поместья и вотчины. Надо ли говорить, что репрессии и назначения на воеводские должности — это «две большие разницы».
Став царём, Василий Шуйский в присутствии всей знати, включая Романовых и Черкасских, заявил, что царь Дмитрий был чернецом Григорием, а в миру Юшкой Отрепьевым, служившим Романовым и Черкасским. Обратим внимание, ни тогда, ни потом Романовы даже не пытались опровергнуть это. довольно неприятное для них утверждение.
Для разоблачения самозванца из Галича Шуйский велел привезти мать и младшего брата Юрия Отрепьева. Их вывели на Лобное место, где они рассказали, что именно их Юшка назвал себя царём Дмитрием. Однако с момента появления самозванца они его ни разу не видели, и все их свидетельства были малоубедительны для народа.
Новому царю срочно потребовался и новый патриарх. Вполне логично было вернуть в патриархи Иова, находившегося в Старице. Но против кандидатуры Иова решительно выступили Шуйские, которые имели с ним давние счёты. Первоначально Шуйские хотели пропихнуть в патриархи Пафнутия, но это была столь одиозная личность, что против него ополчились большинство бояр и высшее духовенство. Не довольные Шуйским бояре и иерархи церкви решили возвести в сан патриарха митрополита Филарета. Почему-то никого не смущало, что всего лишь год назад он был простым монахом и в делах религии себя вообще никак не проявил. В вопросе с патриархом царю Василию пришлось уступить. Филарет был объявлен патриархом, об этом даже сообщили польским послам.
Но тут хитроумный Василий Иванович разыграл блестящую комбинацию. Он предложил канонизировать царевича Дмитрия. За что можно канонизировать больного и озлобленного ребёнка? — спросит читатель. А за что канонизировали первых русских святых — князей Бориса и Глеба? Те тоже ничего ни плохого, ни хорошего в своей жизни не успели сделать. Но, видимо, кому-то помешали, и их тоже зарезали при таинственных обстоятельствах. По одной версии, это сделал их брат Святополк, а по другой — опять же их братец Ярослав. А потом внуку Ярослава потребовались святые, чтобы сделать одного деда Мудрым, а другого — Окаянным.
Предложив канонизировать Дмитрия и перенести его останки из Углича в Москву, царь Василий одним выстрелом убивал трёх зайцев. Во-первых, согласно христианским верованиям, самоубийцу, даже невольного, нельзя сделать святым, поэтому всем придётся признать, что Дмитрий был зарезан, и этим скомпрометировать Годунова. Во-вторых, торжественное перезахоронение останков царевича, по мнению Шуйского, должно было покончить со слухами, что Дмитрий жив. В-третьих, такое важное мероприятие было поручено патриарху Филарету. Филарет должен был привезти прах царевича в Москву. Затем у гроба произойдут великие чудеса, и церковь объявит Дмитрия святым. И вот тогда произойдёт официальное возведение Филарета в патриархи и венчание на царство Шуйского.
Итак, царь Василий решил на время убрать Филарета из Москвы. Как ни странно, это совпадало и с желанием самого Филарета, поскольку тот хотел иметь алиби. Шуйский и Романов стоили друг друга. Шуйский хотел возвести на патриарший престол архиепископа Гермогена, за которым в Казань был послан гонец ещё 19 мая. Филарет же со своей стороны вкупе с Ф. И. Мстиславским готовил государственный переворот в Москве, имевший целью свержение царя Василия.
В заговоре против Шуйского участвовали многие представители знати. Естественно, что никаких протоколов заседаний они не вели, и конечная цель переворота — возведение на престол своего царя — вызывает у современных историков споры. По одной версии на престол должен был взойти кто-то из клана Романовых, по другой — Ф. И. Мстиславский, а третья версия была компромиссной — на престол должен был вернуться шутовской царь Симеон Бекбулатович, жена которого была родной сестрой Ф. И. Мстиславского.
Итак, Филарет отправился в Углич. Его сопровождали астраханский архиепископ Феодосий, бояре Иван Воротынский и Пётр Шереметев, брат инокини Марфы Григорий и племянник Андрей Нагие. А в воскресенье, 25 мая, в Москве начался бунт. По официальной версии, царь шёл к обедне и внезапно увидел большую толпу, идущую ко дворцу. Толпа была настроена агрессивно, слышались оскорбительные выкрики по адресу Шуйского. Как писал очевидец Жак Маржерет, если бы Шуйский продолжал идти к храму, то его ждала бы та же участь, что и Дмитрия. Но царь Василий быстро ретировался во дворец. Там он с плачем обратился к окружившим его боярам, что нет нужды затевать бунт, что если хотят от него избавиться, то, избрав его царём, могут и низложить его, если он им неугоден, и что он оставит престол без сопротивления. Потом, отдав боярам царский посох и шапку Мономаха, Шуйский продолжал: «Если так, выбирайте, кого хотите». Бояре растерялись, и никто не решился дотронуться до царских регалий. Растерянность можно объяснить и тем, что среди присутствовавших бояр не было кандидата на престол, который в тот момент занимался гробокопательством в Угличе.