Фарисеи представляли интересы низшего и среднего жречества, законоучителей, писцов и мудрецов, и их взгляды пользовались широкой поддержкой основных масс иудейского населения. Его высшие слои, в том числе жреческая аристократия, активно поддерживали саддукеев. Эта группировка, в свою очередь, сплотилась вокруг новой царской династии. Само ее название, вероятнее всего, происходит от имени Цадока (Stem, М., 1981, 292), и этим они, по-видимому, подчеркивали законность Хасмонеев и преемственность их власти от времен первых Давидидов.
Все эти группировки были прежде всего религиозными и отличались друг от друга не только отношением к Учению и его устному толкованию, но и трактовкой многих библейских установлений, как, например, бессмертие души и посмертное воздаяние. Но все они существовали в рамках иудейской религии и принимали ее основные положения: последовательный и бескомпромиссный монотеизм, мессианство, богоизбранность Израиля, основанную на его договоре с Богом. Эти особенности иудейской религии вели к тому, что каждая группировка рассматривала свои взгляды как абсолютную истину, а все другие — как величайший грех, компромисс с которым невозможен. В результате религиозное движение неминуемо становилось политическим (а политическое — религиозным). Если ессеи вообще порвали связи с официальным иудейством и, уйдя в пустыню, объявили себя общиной, заключившей новый договор, Новый Завет, с Богом, и практически устранились от политической жизни, то фарисеи и саддукеи участвовали в ней довольно активно. Саддукеи поддержали Александра Йанная, в то время как фарисеи открыто выступили против него.
Мощное восстание, возглавляемое фарисеями, вспыхнуло в Иерусалиме. С помощью наемных войск, состоявших в основном из жителей Малой Азии, царь сумел подавить его, но после нового поражения Александра, на этот раз от арабов, мятеж вспыхнул с удвоенной силой. В боях с царскими наемниками погибло 6000 человек, но подавить восстание Александр так и не смог. Борьба перекинулась на остальную часть страны. Началась настоящая гражданская война, продолжавшаяся шесть лет, с 90 до 84 г. до н. э. (Амусин, 1979, 162). Не имея достаточных сил, чтобы справиться с царскими войсками, повстанцы обратились за помощью к одному из последних Селевкидов — Деметрию III, на какое-то время утвердившемуся в Сирии. Его армия вторглась в Палестину, и Александр, потерпев поражение, бежал в горы. Победа фарисеев была полной. Но вскоре положение изменилось. Армия Деметрия ушла в Сирию, а вокруг Александра собрались его сторонники, и он со своим новым войском обрушился на иудеев. Оставшиеся без поддержки Деметрия противники Александра были разбиты. Гражданская война закончилась победой Александра Йанная, но он был вынужден отдать Деметрию все свои заиорданские и аравийские владения.
Новые смуты в державе Селевкидов и укрепление в Иудее позволили Александру Йаннаю возобновить внешнюю экспансию. На этот раз его главным противником стал набатейский царь Арета III, который также весьма успешно использовал сирийские смуты и захватил Дамаск, окружив тем самым владения иудейского царя с трех сторон. Война с набатеями оказалась для Александра неудачной, и он был вынужден заключить с ними невыгодный мир. Однако этот мир дал ему возможность снова сконцентрировать свои усилия на завоевании средиземноморского побережья, которое, за исключением Птолемаиды и Аскалона, перешло под его власть. Арете удержать Дамаск не удалось, и Александр воспользовался некоторым ослаблением Набатеи, чтобы снова напасть на Заиорданье. Новая опасность для него возникла, когда власть в Сирии захватил Антиох XII, и чтобы обезопасить основную часть своего государства и особенно Иерусалим от селевкидского вторжения, Александр построил целую систему укреплений от побережья Средиземного моря севернее Яффы вдоль реки Йаркон и несколько дальше к востоку. Археологи раскопали остатки этой системы, иногда называемой "линией Йанная", состоявшей из рва, наблюдательных башен, фортов (Berlin, 1997, 38–39). Но укрепления не остановили Антиоха, когда тот вторгся в Палестину. И только гибель сирийского царя в битве с арабами избавила Александра от угрозы со стороны Селевкидов. Он этим тотчас воспользовался и возобновил свои завоевания, как по эту, так и по ту сторону Иордана. Там, при осаде одной из заиорданских крепостей, он и умер (Ios. Ant. Iud., XIII, 12, 2—15, 5; Bel. Iud., 1, 4, 2–8). Александр Йаннай, как и некоторые другие иудейские цари, по-видимому, мечтал о восстановлении древней державы Давида и Соломона, но достичь своей цели не смог, и значительная часть Палестины оставалась вне сферы его господства (Berlin, 1997, 40–41).
Александр Йаннай оставил двух сыновей — Гиркана и Аристобула, но власть захватила его вдова (которая была также вдовой Аристобула I) Александра Саломея. После смерти первого мужа она уже была распорядительницей престола, но тогда предпочла отдать его Александру Йаннаю, выйдя за него замуж. Теперь положение изменилось. При Александре царская власть настолько укрепилась, что с прежними традициями уже можно было не считаться, и Александра Саломея решительно взяла в свои руки верховную власть. Иосиф Флавий (Ant. Iud., XIII, 15, 5) рассказывает, что лежавший при смерти царь завещал своей вдове крепко держать престол и приблизить к себе фарисеев. Думается, однако, что это — более поздняя легенда, целью которой было оправдать захват царской власти женщиной (при наличии взрослых сыновей этого до сих пор не было в еврейских государствах) и изменение внутренней политики. Действительно, девятилетнее правление Александры Саломеи было временем торжества фарисеев. Поскольку женщина не могла принять первосвященнический сан, она сделала первосвященником своего старшего сына Гиркана, совершенно бесцветную личность, лишенную и энергии, и честолюбия, и государственных способностей. Оказавшись у власти, фарисеи начали преследовать своих противников-саддукеев с не меньшей энергией, чем это делали те в предшествующее царствование. Саддукеи оказали сопротивление, и их открыто поддержал Аристобул. В итоге царица была вынуждена пойти на компромисс: она добилась прекращения преследований соратников своего покойного мужа при условии, что они покинут столицу (на периферии им были предоставлены должности командующих гарнизонов).
Такой компромисс, однако, не удовлетворил ни саддукеев, ни Аристобула. Последний после своего неудачного похода на Дамаск, воспользовавшись болезнью Александры, решился на выступление против собственной матери. Он бежал в одну из крепостей, где распоряжался его сторонник Галест, и поднял открытый мятеж. В скором времени к нему примкнули и другие начальники крепостей. Захватив большую часть крепостей и набрав значительное наемное войско, Аристобул практически стал хозяином положения. В разгар этих событий царица умерла, и вся власть официально перешла к Гиркану, который стал теперь не только первосвященником, но и царем. Его активно поддержали "старцы", т. е. старейшины иудейских родов, представлявшие в первую очередь нестоличное население Иудеи, где фарисеи традиционно пользовались большим влиянием, чем в самом Иерусалиме. И все же силы были неравными. В битве около Иерехона армия Гиркана была разбита, а сам он бежал в иерусалимскую крепость. Для ее осады сил у Аристобула было, видимо, недостаточно, да и бои в священном городе наложили бы на него позорное пятно, так что он пошел на переговоры. В итоге он добился отречения Гиркана от обоих постов — царя и первосвященника, но за это обещал ему не только жизнь и свободу, но и сохранение всего имущества и всех почестей, полагавшихся члену царского рода (Ios. Ant. Iud., XIII, 16, 1 — XIV, 1, 2; Bel. Iud., 1, 6, 1).
Однако мир в Иудее царил недолго. Официально воцарение Аристобула не устраивало сторонников Гиркана, среди которых выделялся его личный друг Антипатр, идумей, принявший иудейскую религию. Со времени Александра Йанная наиболее упорными врагами Иудеи были набатеи, так что эта страна стала естественным прибежищем всех противников правившего в Иерусалиме царя (Шифман, 1976. 24). Поэтому Антипатр и обратился именно к набатейскому царю Арете III с просьбой помочь Гиркану, обещая за это вернуть ему города, которые в свое время захватил Александр. Арета согласился, и Гиркан с Антипатром бежали к нему, а набатейская армия вторглась в Иудею и осадила Иерусалим. Не имея достаточных сил для сопротивления набатеям и сторонникам Гиркана, Аристобул обратился за помощью к римлянам.
В это время Помпей, успешно добивавший войско армянского царя Тиграна уже в самой Армении, решил вмешаться в сирийские дела. Он направил туда своего квестора (или уже проквестора) М. Эмилия Скавра с частью армии. Аристобул подкупил Скавра, и тот потребовал, чтобы Арета прекратил осаду Иерусалима и вообще очистил Иудею. Набатейский царь был умелым и здравомыслящим политиком. Он понял, что сил противостоять римлянам у него нет, и отступил от Иерусалима. Аристобул, желая окончательно решить проблему, двинулся вдогонку и разбил набатеев. Теперь дело решал Помпей. К этому времени он со всей своей армией прибыл в Сирию и захватил Дамаск. И оба брата решили добиваться благосклонности римского полководца.
После некоторых колебаний Помпей принял сторону Гиркана, который явно казался ему гораздо менее опасным, чем младший брат (WeiII, 1967, 431). Аристобул попытался лично убедить Помпея изменить свою позицию, но добился только собственного ареста, после чего римская армия подошла к Иерусалиму. Сторонники Гиркана сумели добиться того, чтобы им открыли ворота, но их противники укрепились в храме и не собирались сдаваться. Осада храма продолжалась больше двух месяцев. В результате римляне ворвались в храм. Многие его защитники пали в бою, причем их убийцами были не только римляне, но и соотечественники — сторонники Гиркана. Помпей торжественно вошел в захваченный храм и вступил в Святую Святых, особое помещение в храме, где, по преданию, обитал сам Бог и куда входить мог только первосвященник, да и то лишь в день пасхи. Помпей передал власть Гиркану. Обычно считается, что при этом Гиркан был лишен царского титула и сохранил только сан первосвященника (Beer, 1916, 2443; Грант, 1998, 243). Однако Иосиф Флавий (Ant. Iud., XIV, 5, 4–5) связывает ликвидацию иудейской монархии с деятельностью римского наместника Сирии Габиния в более позднее время. Видимо, Помпей все же сохранил за Гирканом, как и за некоторыми другими подчиненными правителями, официальное положение царя. При этом Иерусалиму была навязана дань, а его стены были срыты. Многие завоевания Александра Йанная, в частности приморские города, у Иудеи были отняты и включены в недавно образованную римскую провинцию Сирию (Ios. Ant. Iud., XIV, 1, 2–4, 4; Bel. Iud., 1, 6–7; App. Syr. 50). Территориальные захваты Помпея привели к тому, что фактически Иудея оказалась раздел