Училище продолжало функционировать в активном режиме, используя накопленный потенциал. Каждый год оно выпускало сотни хорошо подготовленных офицеров-инженеров для атомного флота страны. В училище действовал созданный профессорско-преподавательским составом уникальный автоматизированный информационно – обучающий комплекс, на базе которого функционировал региональный центр компьютерного обучения профессорско-преподавательского состава для других учебных заведений. По состоянию на 1992 год Севастопольское ВВМИУ представляло собой высококлассное военно-морское образовательное учреждение, осуществлявшее подготовку высокопрофессиональных специалистов для военно-морского флота по эксплуатации ядерных энергетических установок подводных лодок и надводных кораблей. Уровень организации учебного процесса и воспитательной работы в Севастопольском ВВМИУ позволял его выпускникам успешно решать сложные боевые задачи на самых современных кораблях и атомных подводных лодках.
Пройденный училищем путь наглядно подтверждает, что абсолютное большинство курсантов Севастопольского ВВМИУ с большой ответственностью относились к своему главному делу – учебе и преданности флоту, Родине. Среди выпускников училища Герои Советского Союза и России, лауреаты Государственных премий, доктора наук, профессора, адмиралы. Немало выпускников внесено в Реестр ветеранов подразделений особого риска.
За безупречную службу, высокие показатели в боевой подготовке и освоении новой техники более 1000 выпускников Севастопольского ВВМИУ удостоены высоких правительственных наград, трем выпускникам училища присвоено звание Героя Советского Союза, одному – звание Героя России. Адмиральских званий удостоены 29 выпускников училища. В послевоенный период в авариях и катастрофах наш флот потерял 20 подводных лодок, из них 10 – атомные, 5 из которых море взяло себе. Погибло свыше тысячи подводников, 55 из них – офицеры, выпускники Севастопольского ВВМИУ.
С начала 90-х, когда быстрыми темпами пошел процесс распада СССР, украинская сторона активизировала свои действия по односторонней приватизации объектов Черноморского флота, в том числе по переподчинению военно-морских училищ Министерству Обороны Украины.
28 июня 1992 года в Севастопольском ВВМИУ в торжественной, но внутренне напряженной обстановке проходил 39-й выпуск молодых офицеров флота – этот выпуск оказался последним в славной истории СВВМИУ, готовившего высококвалифицированных специалистов для современного атомного флота страны. 22 июля 1992 года газета «Флот Украины» опубликовала Приказ МО Украины «О мерах по выполнению военно-морскими учебными заведениями Указа Президента Украины от 5 апреля 1992 года №-209», которым предписывалось подчинить с 17 июля 1992 года СВВМИУ и ЧВВМУ им. П.С.Нахимова начальнику Управления военного образования МО Украины, а все Приказы Командующего Черноморским флотом, касающихся училищ, считать не имеющими юридической силы. 3 августа 1992 года в Ялте состоялась встреча Президентов СССР и Украины, на которой было подписано «Соглашение между Украиной и Российской Федерацией о принципах формирования ВМС Украины и ВМФ России на базе Черноморского флота бывшего СССР». Документ был полон недоговорок и общих фраз. 14 августа в Севастопольское ВВМИУ прибыл начальник Управления военного образования МОУ с сопровождающими лицами, которые, нарушая режим доступа в воинскую часть, пытались силовым давлением заставить заместителя начальника училища подписать все изданные по переподчинению документы, но получили отказ. В конце августа 1992 года в Севастопольское ВВМИУ прибыла делегация из Киева. Задача делегации – провести «переприсягание» офицерского состава. Несмотря на мощный психологический нажим и моральное давление, комиссии не удалось выполнить свою миссию – подавляющее большинство офицеров отказались принимать украинскую присягу.
7сентября 1992 года состоялось собрание офицеров Севастопольского ВВМИУ. 9 сентября в Доме офицеров флота Командующий Черноморским флотом провел сборы командиров соединений, кораблей и частей Севастопольского гарнизона, на котором снова были поставлены судьбы флота и военно-морских училищ. Собравшиеся приняли обращение, направленное в адрес президентов и министров обороны России и Украины, в котором говорится:
«… В течении 9 месяцев Краснознаменный Черноморский флот переживает один из сложнейших периодов своей двухсотлетней истории…
В результате односторонних действий представителей МО Украины достигнутая в августе договоренность торпедируется по многим пунктам, которые украинской стороной толкуются по-своему. Ярким подтверждением того являются провокационные действия комиссии МО Украины, цель которых – переподчинение Севастопольского Высшего Военно-Морского Инженерного Училища и Черноморского Высшего Военно-Морского Училища им. П.С.Нахимова…
Действия группы МО Украины носили характер силового захвата, откровенного игнорирования правовых и полного отсутствия элементарных этических норм взаимоотношений между военнослужащими. Используя посулы и прибегая к морально-психологическому нажиму, представители МО Украины пытались склонить личный состав училищ к принятию повторной присяги, настойчиво приглашая к сотрудничеству командный и профессорско-преподавательский состав, составляли списки лояльных лиц.
Эти училища, готовящие специалистов-ракетчиков для всех родов сил флота и специалистов по атомным энергетическим установкам для кораблей, в том числе входящих в стратегические силы Содружества, в значительной мере уникальны и не имеют аналогов не только в СНГ, но и за его пределами… В связи с этим мы заявляем о необходимости исключения односторонних противоправных действий и обращаем внимание всех заинтересованных сторон на необходимость соблюдения Соглашений, подписанных Президентами…
Мы обращаемся к президентам и министрам обороны России и Украины: еще не поздно принять меры, направленные на сохранение севастопольских училищ, приостановку процесса их переподчинения. Мы надеемся на вашу мудрость, на взвешенный и благоразумный подход к проблемам и стратегическим силам…»
К сожалению, ситуация складывалась таким образом, что чаша весов стала склоняться не в пользу сохранения училищ. 12 сентября заместитель МО Украины официально объявил, что украинская сторона имеет планы реформирования севастопольских училищ и превращения их в Военно-Морской Институт ВМСУ, что 26 сентября первокурсники примут присягу. Стало ясно: училище ждет разгром, что в скором времени подтвердил ход событий.
Была предпринята еще одна попытка предотвращения процесса распада училищ. 20 сентября 1992 года офицерами училищ и командованием флота было организовано открытое собрание курсантов обоих училищ вместе с моряками Севастопольского гарнизона и жителями города. На этом собрании – митинге было единогласно принято следующее Постановление:
«1. Предложить Президенту России Б.Ельцину взять Севастополь под российскую юрисдикцию – в строгом соответствии с Указом Президиума Верховного Совета РСФСР №-1082 от 29 октября 1948 года об особом статусе базы Черноморского флота Севастополя как города прямого республиканского подчинения РСФСР и выделенного из Крымской области) – позже не отменявшихся и при передаче Крыма Украине особо не оговоренных.
2. Предложить командованию Вооруженных Сил СНГ и России предоставить обоим севастопольским высшим военно-морским училищам статус высших военно-морских учебных заведений, готовящих офицеров – специалистов сугубо для Стратегических Сил ВМФ России и СНГ…».
Москва молчала. Украинская сторона торопилась закрепить завоеванные позиции. В результате присягу принимали отдельно украинская и российская стороны. Все, кто принял российскую присягу, были сразу исключены из училища. Процесс «переприсягания» дорого обошелся Военно-Морскому Флоту России: только из Севастопольского ВВМИУ были потеряны для ВМФ РФ 1563 курсанта 1–5 курсов.
Украинская сторона на основе приказа министра обороны Украины от 25 июля 1992 года создало многопрофильное образование – Военно-морской институт ВМС Украины – конгломерат из пяти факультетов, созданных на основе объединения Севастопольского ВВМИУ, Черноморского ВВМУ им. П.С.Нахимова, Измаильского Центра и двух Севастопольских учебных отрядов ВМФ.
Севастопольское ВВМИУ влилось во вновь созданную структуру на правах факультета корабельной энергетики, призванного готовить офицерские кадры по следующим специальностям: дизельные энергетические установки надводных кораблей и подводных лодок; газотурбинные установки надводных кораблей; электроэнергетические системы надводных кораблей и подводных лодок; инженеры – водолазы по подводной технологии; инженеры – кораблестроители; атомные станции и установки.
Училище, качественно готовившее специалистов по ядерной энергетике, не в состоянии было быстрыми темпами перестроиться на подготовку такого широкого круга специальностей, на который размахнулось руководство ВМС Украины. Чтобы не растерять высококвалифицированные кадры педагогов-ядерщиков, профессорско-преподавательский состав стал добиваться создания в институте соответствующего специализированного факультета. С помощью Госкоматома и руководства украинскими АЭС удалось сформировать в структуре СВМИ факультет атомных электростанций. Было достигнуто временное соглашение между ВМС Украины и ВМФ РФ о том, что вновь созданные факультеты произведут еще два выпуска курсантов, не принявших украинскую присягу, за плату украинской стороне.
Однако эти соглашения и взятые на себя обязательства о полном и качественном выполнении учебных планов и программ по обучению курсантов, не принявших украинскую присягу, в дальнейшем неоднократно нарушались. Так, в одностороннем порядке было принято решение о проведении в январе 1993 года (вместо июня) ускоренного выпуска 5 курса, что лишало курсантов юридического права получения дипломов установленного образца о высшем образовании с присвоением военной квалификации. Все это, а также неприемлемые для ВМФ РФ условия оплаты обучения вынудили российскую сторону принять решение о переводе 16 специальностей профилей обучения в СВВМИУ и ЧВВМУ им. П.С.Нахимова во ВМУЗы, расположенные на территории России.