2 июня в Праге состоялось официальное открытие съезда, на который съехалось 340 делегатов (в том числе 237 чехов, 42 южных славянина, 60 поляков и русин и 1 русский), разбившихся на 3 секции: чехословацкую, во главе с Шафариком, польско-русинскую, во главе с участником революционного движения в Познани Карлом Либельтом, и южно-славянскую, во главе со Стаматовичем. Старшиной съезда был Палацкий. Уже с самого начала работ съезда внутри его секций и между ними возникли споры, в результате которых первоначально предложенную программу пришлось по инициативе Либельта сократить. Споры эти возникли по первому же вопросу — об отношении к Австрии. Чехами после бурных прений была принята австро-славистская точка зрения Палацкого, сформулированная им в «Письме во Франкфурт» от 11 апреля, явившемся ответом на приглашение принять участие в работах франкфуртского парламента. Она сводилась к трём положениям: 1) тенденции к объединению всех земель Германского союза грозят присоединением Чехии, вместе со всей Австрией, к Германии; 2) растущее могущество царской России грозит поглощением ею народов Юго-Восточной Европы, в том числе Чехии; 3) ввиду этого необходимо должна существовать сильная Австрийская империя как союз населяющих её народов, пользующихся одинаковыми правами и равной защитой закона. «Если бы Австрии не существовало уже с давних пор, мы должны были бы в интересах Европы, в интересах человечества постараться немедленно её создать».
Сербы, словенцы и хорваты требовали в первую очередь низвержения Венгрии, а потом и они присоединились к австро-славистской точке зрения чехов. Либельт же от имени польско-русинской секции требовал составления манифеста в демократическом духе и поддержки польских эмигрантов, выдвигая на первый план лозунг восстановления Польского государства. Вопреки лживым утверждениям буржуазной немецкой и венгерской прессы на съезде не была выдвинута идея государственного объединения всех славянских народов. В результате почти двух недель работы славянского съезда был принят манифест к европейским народам, высказавшийся за полное равноправие национальностей, за создание федеративной Австрии, осуждавший политику разделения Польши и выдвинувший проект созыва всеобщего европейского конгресса народов для разрешения всех международных вопросов. Дальнейшая деятельность съезда была прекращена событиями, происшедшими в Праге 12 июня.
Майская революция в Вене, заставившая императора удалиться в Инсбрук, усилила симпатии чешской демократии к венским революционерам. Проявления этих симпатий толкнули к сплочению реакционные и консервативные силы. Граф Лев Тун отказался подчиниться созданному в Вене правительству. Им был создан Временный ответственный правительственный совет, в который были приглашены Палацкий, Ригер, Браунер, графы Ностиц и Вурмбранд, Боррош и Штробах. Тун характеризовал их в письме к императору как людей благонамеренных, авторитетных, имеющих влияние на партии, а потому полезных для осуществления решений самого Туна. Вхождение руководителей Национального комитета в Правительственный совет на деле означало непризнание ими майской революции в Вене, ликвидацию Национального комитета и сосредоточение всей власти в руках графа Туна. Всё это вызвало возмущение в рядах революционно настроенной части чешской буржуазии и интеллигенции, образовавшей свой комитет, заседавший в одном из университетских зданий — Каролинуме. Этот комитет имел связи с венскими революционерами и польскими эмигрантами и опирался на чешский пролетариат, в среде которого росли революционные настроения. Экономический кризис в текстильной промышленности и увеличивающаяся безработица вызвали ряд стачек. В конце мая началась забастовка типографских рабочих, проходившая под лозунгом борьбы за повышение заработной платы. Возникли серьёзные волнения ситцепечатников, среди которых безработица была особенно сильна. Они выступали с требованием работы, хлеба и ограничения применения машин. Революционная ситуация в стране оказывала влияние на сельское население, которое повсеместно перестало выполнять феодальные повинности. Положение ещё более обострилось с назначением главнокомандующим князя Виндишгреца, сразу же начавшего стягивать к Праве войска. Это вызывало серьёзные опасения у пражской демократии, и 10 июня на собрании студентов Карл Сладковский призвал их к вооружению. Избранная на этом собрании депутация отправилась к замещавшему Виндишгреца эрцгерцогу Карлу-Фердинанду с требованием отмены военных приготовлений, удаления Виндишгреца и выдачи студентам 2 тыс. ружей, 80 тыс. боевых патронов и одной снаряжённой артиллерийской батареи. Эрцгерцог направил депутацию к Виндишгрецу. Прежде чем идти к нему, студенты обратились к населению Праги с воззванием, в котором обращали внимание на опасность, грозящую со стороны реакции, и просили о поддержке своих требований. Виндишгрец отверг требования студентов. В ответ на это на состоявшемся в тот же день в Святовацлавских купальнях собрании пражан Карл Сладковский призвал население требовать удаления Виндишгреца. Огромная масса народа, в том числе более 2000 рабочих, приняла участие в торжественном богослужении, состоявшемся на следующий день (12 июня) на Конской площади. После окончания службы пражане толпами пошли по улицам. Одна группа направилась к дворцу Виндишгреца для выражения протеста против его действий, но была расстреляна солдатами. Это послужило поводом к восстанию. На улицах города возникли сотни баррикад, на которых рабочие, ремесленники, мелкая буржуазия и революционная интеллигенция вступили в сражение с войсками Виндишгреца. Восстание вспыхнуло стихийно. Оно не явилось осуществлением определённого плана и не имело единого руководящего центра. Революционные элементы не были к этому моменту достаточно организованы и подготовлены. Во главе сражавшихся на баррикадах отрядов были Иосиф Фрич, Карл Сладковский, Карл Сабина, которые вместе с другими представителями революционной буржуазии и интеллигенции возглавляли радикально-демократическое крыло в чешском движении 1848 г. Весть о событиях в Праге привела в волнение провинцию. Руководители повстанцев понимали важность и необходимость поддержки сражавшихся пражан со стороны провинции и предприняли попытку превратить восстание в общечешское. Для этой цели в окрестные города и деревни были с самого начала восстания отправлены делегаты, среди них Пётр Фастер, братья Шульц и другие, а накануне поражения восстания в деревню выехал и Иосиф Фрич. Несколько вооружённых крестьянских отрядов общей численностью свыше 80 тыс. человек пытались пройти в Прагу на помощь восставшим. Но это оказалось невозможным. Виндишгрец в первый же день восстания стянул к Праге все соседние гарнизоны, вызвал стоявшие по деревням полки и утром 14 июня начал ожесточённую бомбардировку Праги. Эти же войска не допустили в город провинциальные отряды. У Беховищ произошло серьёзное сражение, в котором один из таких отрядов был разгромлен войсками.
Бои в городе продолжались 5 дней. Правительственным войскам приходилось сражаться за каждую улицу, за каждую баррикаду. Особенно ожесточённо сопротивлялось рабочее и ремесленное население района Праги Подскалье. Восстание приняло такой серьёзный характер, что напугало чешских либералов и консерваторов. Они сделали попытку выступить посредниками между восставшими и Виндишгрецем, чтобы добиться прекращения борьбы. Однако эта попытка, инициаторами которой были Палацкий и Шафарик, не имела успеха ввиду нежелания Виндишгреца принять главное требование повстанцев об удалении его с поста главнокомандующего. Наиболее радикально настроенные делегаты прекратившего уже свои заседания славянского съезда пытались предпринять шаги к объединению усилий восставших, к созданию единого руководящего центра. Но предпринятая 15 июня мораванами Бедржихом Блоудеком и Франтишком Захом, словаком Людевитом Штуром и русским Бакуниным попытка создать такой центр была обречена на неудачу, так как силы восставших уже иссякали в неравной борьбе. В результате нескольких ожесточённых бомбардировок города и кровопролитных уличных боёв Виндишгрецу удалось к 17 июня сломить сопротивление революционеров и добиться их капитуляции. С поражением восстания было немедленно введено осадное положение, начались повальные аресты участников восстания, стала действовать военная комиссия. Власти воспользовались ситуацией для репрессий не только против радикалов и демократов, но и против либералов. Был распущен Национальный комитет, а вслед за ним и Временный правительственный совет. Все виды гражданского ополчения были разогнаны, все ранее дававшиеся императором и правительством обещания забыты и похоронены.
Июньское восстание в Праге представляло собой кульминационный пункт революционного движения в Чехии в 1848 г. и явилось для Австрии фактически единственным (кроме Вены) вооружённым выступлением пролетариата, буржуазии и радикальной интеллигенции. Оно имело весьма существенное значение для всей дальнейшей политической жизни Чехии.
В результате восстания в значительно более определённой форме обнаружились те направления и тенденции в чешском обществе, которые были скрыты до этого времени за общими лозунгами борьбы за исторические права земель чешской короны. Мы уже раньше видели, как отошли от движения немцы. Теперь раскол определился и в чешском политическом лагере. Этот раскол привёл к возникновению двух борющихся между собой партий: национально-либеральной и радикально-демократической. Среди членов национально-либеральной партии были Ф. Палацкий, Ф. Ригер, К. Гавличек, П. И. Шафарик, А. М. Пинкас, Ф. Браунер, В. Гобблер, В. Томек, К. Эрбен, И. Иречек и др. Политическая программа и практическая деятельность этой партии имели своей главной целью воспользоваться разгромом революционно-демократических сил и направить происходящее в различных классах чешского общества движение в общее русло борьбы за автономию земель чешской короны в рамках империи Габсбургов. Представители этой партии, вошедшие в собравшийся вскоре в Вене рейхсрат, выступали при обсуждении конституционных и других вопросов за избирательное право, основанное на цензе, за двухпалатную систему, за выкуп феодальных повинностей. Сосредоточив своё внимание исключительно на работе в законодательных органах, они осуждали всякую революционную деятельность. Занимая в рейхсрате позицию реакционную, выступая против революционной Вены и Венгрии, эти чешские политики справедливо заслужили суровую оценку истории. Они оказались перед дилеммой: или опереться на широкие народные массы, или перейти к сотрудничеству с монархией против революции в расчёте на то, что монархия осуществит автономию Чехии, Моравии и Силезии и некоторые другие их стремления.