При Марке Аврелии продолжалось расширение и укрепление бюрократического аппарата Империи, росло общее число государственных чиновников, укреплялось их общественное положение, разрабатывалась система почетных титулов и их иерархия. Особое значение император придавал укреплению аппарата судебной власти, усердно занимаясь различными судебными делами и активно подключая к судебной деятельности римский сенат, поручив его ведению многие дела, которые ранее входили в компетенцию императоров. Насколько глубоко внедрялись щупальца имперской бюрократии в государственные дела, показывает активизация деятельности кураторов общин — специальных чиновников (назначенных еще при Траяне), которые фактически стали полновластными руководителями органов местного самоуправления, хотя их официальной задачей была помощь местным городам в оздоровлении своих финансов.
В области внутренней политики Марк Аврелий следовал основным направлениям своих предшественников по поддержанию социального консенсуса и внутреннего мира в Империи. Отношения с сенаторским и всадническим сословиями при Марке Аврелии были самые доброжелательные. Нам не известно ни одного заговора на жизнь императора или же проявления какого-либо серьезного недовольства его политикой. По словам его биографа Юлия Капитолина, «никто из государей не оказывал сенату большего уважения. Оказывая честь сенату, он поручил многим бывшим преторам и консулярам решать дела частных лиц, чтобы благодаря занятию судебными делами возрастал их авторитет. Многих из своих друзей он ввел в состав сената со званием бывших эдилов и преторов. Многим сенаторам, обедневшим не по своей вине, он пожаловал звание трибунов или эдилов». Особое значение придавал император пополнению сената за счет наиболее богатых и авторитетных провинциальных аристократов. При нем в сенат было введено больше провинциалов, чем при каком-либо из прежних принцепсов, причем особенно возросло число провинциалов восточного и африканского происхождения. При Марке Аврелии сенаторы провинциального происхождения стали составлять не менее половины всего состава римского сената. Безусловно, столь целенаправленная политика по отношению к сенату преследовала не столько цель поднятия авторитета этого высшего органа как такового, сколько инкорпорацию сената в общую бюрократическую структуру государственного управления огромной Империи.
Как и его предшественники, Марк Аврелий понимал необходимость поддерживать римское неимущее городское население, раздавая ему денежные подарки, зерно и продукты с государственных складов. Не считая мелких раздач, за двадцать лет своего правления он 7 раз устраивал крупные выдачи, которые в целом составили приблизительно 850 денариев (около 3,5 тыс. сестерциев) на одного человека. Нельзя назвать эти раздачи очень щедрыми, но тем не менее они при всей их умеренности оказались достаточными, чтобы сохранять спокойствие и лояльность беспокойного римского люда по отношению к правящему императору и его политике. Так же как и при его предшественниках, сохранялся институт поддержки детей малообеспеченных родителей и сирот через финансирование так называемых алиментарных учреждений. Этот институт приобрел характер бюрократического учреждения с соответствующим штатом, во главе которого стоял руководитель сенаторского звания в ранге префекта, ему подчинялись прокураторы, входившие во всадническое сословие.
В целом внутреннее положение Империи при Марке Аврелии было относительно спокойным, хотя это не означало, что все социальные противоречия в сложном имперском обществе были разрешены. На протяжении всего своего правления Марку Аврелию пришлось не только решать проблему смягчения социальной напряженности через проведение умелой внутренней политики, но и применять силу оружия против недовольных инсургентов. Так, в 162 г. вспыхнуло восстание в Британии. В 175 г. произошло провозглашение императором наместника Сирии Авидия Кассия, которого поддержали оппозиционные центральному правительству круги восточных провинций и Египта. Несколько раньше, в 172 г., в Нижнем Египте разразилось сильное восстание египетских пастухов (их называли буколами), которых возглавил «пророк», видимо, местный священнослужитель Исидор (восстание буколов). Восставшие создали некоторую военную организацию, сумели разогнать местные гарнизоны и охранные римские отряды, и лишь прибытие в Египет легионов, вызванных из Сирии, смогло успокоить восставшее население.
Однако большие осложнения произошли в правление Марка Аврелия на внешних границах Империи. По иронии судьбы один из самых миролюбивых по своей натуре римских императоров, склонный к занятиям философией и риторикой, проявляющий большой интерес к проблемам образования, был вынужден почти все годы своего правления проводить в тяжелых войнах, которые угрожали Империи большими неприятностями. Вскоре после провозглашения императором Марк Аврелий был вынужден начать трудную войну с Парфянской державой. В 162 г. энергичный парфянский царь Вологез III направил свои войска в Армению и подчинил ее своему влиянию. Попытка римского наместника Каппадокии вытеснить парфян из Армении закончилась поражением римских войск у города Элегеи. Развивая свой успех, Вологез III переправился через Евфрат и захватил часть ключевой в системе римских владений на Востоке провинции Сирии. Положение становилось угрожающим для всей системы римской власти на Востоке. Нужно было срочно принимать решительные меры. В помощь восточной армии пришлось переводить часть рейнских и дунайских легионов, вынужденно ослабляя дунайскую и рейнскую границы. Во главе сильной военной группировки был поставлен соправитель Марка Аврелия Луций Вер, а его помощниками были назначены лучшие полководцы Империи Авидий Кассий и Стаций Приск. Парфяне были вытеснены из Сирии и Армении, а римские войска оккупировали большую часть Месопотамии, включая парфянские столицы Селевкию и Ктесифон. Однако закрепиться в захваченной Месопотамии римлянам не удалось, население их не поддержало. К тому же в Месопотамии в это время вспыхнула эпидемия чумы, которая была занесена и в римскую армию. Римляне спешно покинули Месопотамию, понеся большие потери от эпидемии и от парфян. Более того, отступающие римские войска занесли страшную болезнь на территорию восточных провинций, откуда она распространилась в Италии, а затем и в некоторых западных провинциях, свирепствуя в Империи до середины 180 г., опустошая города и поселения. Несмотря на эти неудачи, римлянам удалось заключить с Парфией довольно выгодный мирный договор, по которому к Империи отходила Северная Месопотамия, а Армения признавалась входящей в сферу римских интересов (166 г.)
Мирный договор был подписан очень своевременно, поскольку уже вскоре после его заключения сложилась угрожающая обстановка на дунайской границе и в районе среднего течения Дуная. Здесь в течение столетия обосновались германские племена маркоманов и квадов, принадлежащие к конфедерации свевов. До времени Марка Аврелия они находились в сложных отношениях с Империей, но в целом признавали верховенство римского императора. К середине 160-х годов сложившиеся отношения изменились. К этому времени римлянам пришлось ослабить оборону дунайских границ в связи с переводом части дунайских войск на восточный фронт. К тому же маркоманы воспользовались тем, что пришли в движение некоторые сарматские племена, в частности языги, роксоланы, костобоки, и стали угрожать римским владениям на Дунае. Вожди маркоманов посчитали момент благоприятным, чтобы освободиться от зависимости, с одной стороны, а с другой — поживиться за счет богатых римских провинций. Уже в 166 г. маркоманы вторглись в провинции Паннонию, Норик, Рецию и через альпийские проходы проникли в Северную Италию вплоть до Аквилеи. Опасность могла угрожать Средней Италии и даже столице Империи. Пришлось принимать лихорадочные меры для отражения маркоманской угрозы. В Северную Италию и Паннонию были переброшены дополнительные воинские контингенты, втом числе и с восточного фронта. Был произведен набор дополнительных войск, в том числе из среды гладиаторов, в легионы второй раз после 2-й Пунической войны были зачислены отпущенные по этому случаю рабы, которых стали называть волонтерами (во времена Ганнибала такие воины из бывших рабов назывались волонами). Римская армия была пополнена за счет разбойничьих шаек, промышлявших в горах Далмации и Дардании. Спешные приготовления к отражению нашествия маркоманов и сарматов проводились в весьма неблагоприятной обстановке — чума, крайний недостаток средств в казне, опустошенной тратами на парфянскую кампанию. В этих условиях, по словам биографа Марка Аврелия, «чтобы не накладывать тяжелого бремени на провинциалов, он ...устроил на форуме божественного Траяна аукцион дворцовых вещей, где, кроме одежд, бокалов и золотых сосудов, он продал статуи великих мастеров». Огромную римскую армию, как в дни самых серьезных опасностей, возглавили оба царствующих императора. Применяя военную силу и дипломатическое искусство, римлянам удалось оттеснить варваров от Аквилеи, а затем из Северной Италии. Развивая успехи, они в 169—175 гг. изгнали варварские дружины из пределов придунайских провинций, перешли Дунай и установили свое господство в исконных землях, занимаемых издавна маркоманами, квадами, сарматами вне пределов римского лимеса. Чтобы обезопасить границы Империи по среднему Дунаю, Марк Аврелий стал разрабатывать планы по созданию на территории современной Моравии и Восточной Венгрии римских провинций Маркомании и Сарматии. Однако эти планы оказались нереализованными. Императору пришлось срочно оставить маркоманский фронт и отправиться на Восток для подавления мятежа наместника Сирии Авидия Кассия.
Отсутствием императора воспользовались придунайские племена и возобновили свои нападения на придунайские провинции. В 177 г. император вновь должен был вести так называемую 2-ю маркоманскую войну. В целом эта кампания оказалась довольно успешной, варварские нападения были отражены, обстановка на границе стабилизировалась. Во время этой военной кампании Марк Аврелий заболел, скончался в 180 г. в г. Виндобонне (совр. Вена), передав власть своему сыну Коммоду, находившемуся вместе с ним в военном лагере, хотя Коммод уже несколько лет считался полномочным соправителем и носил так же, как и его отец, становящийся официальным титул Августа.