Есть основание полагать, что Сенге пользовался поддержкой и Зая-Пандиты, который, как пишет его биограф, полюбил Сенге еще тогда, когда тот сватался к дочери Очирту. Он почитал Сенге, как, «великого нойона», как преданного сына ламаистской церкви и как родственника.
Несмотря на все это, положение Сенге было весьма непрочным и борьба против него была еще далеко не закончена. Пользуясь ослаблением центральной власти в Джунгарском ханстве, от него начали отделяться кыштымы. Первыми на путь борьбы против кыштымной зависимости встали белые калмыки, правитель которых Кока Абаков говорил тобольскому представителю Д. Вяткину летом 1658 г.: «Ныне де он, Кока, завоевался с черными калмыками и з братьями своими». Кока возил Вяткина с собой, и тот 26 июля 1658 г. был свидетелем сражения, в результате которого «черные калмыки белых калмыков ево, Кокиных, улусных людей многих побили и разогнали». По всем данным, это сражение было далеко не первым между белыми и черными калмыками и тем более не последним. Об этом свидетельствует доклад томского воеводы в Посольский приказ от 14 сентября 1659 г., сообщавший о прибытии в Томск послов Коки Абакова, который просил защитить белых калмыков от ойратских князей. «И мы, холопи твои, — писали авторы отписки, — без твоего государева указу, в Белые Калмыки... ратных людей послать не смели потому, что ныне у нево, Коки, ссора с черными калмыки, и чтоб с ними ссоры не учинить. А посланцы, государь, ево перед нами, холопи твоими, словесно говорили, что он, Кока, с теми недрузьями своими, с черными калмыки, хочет управливатца. А у черных, государь, калмыков улусы великие, а по се число от них твоим государевым людей дурна никаково не бывало».
Правители белых калмыков были не единственными, кто взялся за оружие против домогательств ойратских князей. В 1661 г. татарское население Тарского уезда выступило с оружием в руках против дэрбэтского князя Ишкепа, вторгшегося в их пределы, и нанесло ему поражение. Тогда на татар пошел один из братьев Сенге Ончон, но и тот был разбит, причем сам Ончон едва спасся бегством в сопровождении шести оставшихся в живых воинов.
Наиболее тесные и регулярные связи с русскими властями в эти первые после смерти Батур-хунтайджи годы поддерживал лишь хошоутский Аблай-тайджи, владение которого лежало на тогдашних путях из России в Китай.
Он оказал гостеприимство и ряд услуг первому официальному русскому послу в Китай Ф. Байкову, благодаря чему пользовался в России некоторыми преимуществами по сравнению с другими ойратскими князьями. Его послы время от времени пропускались в Москву. В январе 1662 г. посол Аблая Ирки-мулла был принят в Посольском приказе в Москве, где сообщил, что владение Аблая находится в шести неделях езды от г. Тара, что в его распоряжении имеется 40 тыс., а в распоряжении его брата Очирту — 60 тыс. войска, что «была де у Облая-тайши ссора з братом Сейкулом-тайшею за отзывные улусные люди, только де ныне они живут в миру». В мае 1662 г. он получил для Аблая жалованную грамоту царя Алексея Михайловича.
Ирки-мулла правильно указал место обычных кочевьев аблаевых улусных людей, но основательно преувеличил численность войск своего повелителя, равно как и его брата Очирту. Что же касается сообщения о ссоре Аблая с братом Сейкулом, то оно, несомненно, является недоразумением. У Аблая, как известно, был всего один брат — Очирту, с которым он действительно годом раньше воевал. Кое-какие сведения об этой войне мы находим у Габан-Шараба в его «Сказании»; в биографии Зая-Пандиты о ней также имеются прямые указания. В разделе, посвященном действиям, противоречащим добрым ойратским обычаям, Габан-Шараб записал: «Цецен-хан и Аблай, родные братья, сражались друг с Другом». Зая-Пандита прилагал много усилий, чтобы примирить хошоутских правителей, как, впрочем, и других владетельных князей Джунгарии. Он проявлял большую активность, непрерывно разъезжая по стране, выступая в роли посредника и стараясь предотвратить вооружённые столкновения. Летом 1656 г. он жил в ставке Аблая, где в его присутствии состоялась встреча Аблая, сына Очирту — Галдамы и торгоутскога Дайчина, сына Хо-Урлюка. От Аблая Зая поехал к торгоутам, от торгоутов летом 1658 г. он прибыл к хошоутскому Очирту, весной 1659 г. оказался в ставке дэрбэтского владетельного князя Гомбо, летом 1660 г. присутствовал на чулгане хошоутских и чоросских князей, а осенью того же года с его участием состоялось непродолжительное свидание между хошоутскими Очирту и Аблаем.
Было бы, конечно, ошибкой предполагать, что примирительная деятельность была единственной целью бесконечных разъездов Зая-Пандиты. Его биограф рассказывает, что в 1647 г. Очирту-тайджи спросил Заю: «По какой причине вы всюду езлите?». На что тот ответил: «Первой причиной является распространение святого учения, второй — собирание даров и пожертвований с целью отблагодарить Далай-ламскую, казну, оказывавшую мне великие милости в годы моего учения». Действительно, разъезжая по ойратским владениям, Зая проповедовал ламаизм, искоренял шаманизм, организовывал обучение грамоте на основе составленного им нового алфавита, переводил сам и поручал грамотным ламам переводы канонической литературы с тибетского на монгольский язык и, наконец, собирал в огромных количествах дары и пожертвования скотом, драгоценными металлами и другими ценностями. И тем не менее, если Джунгарское ханство после смерти Батур-хунтайджи не развалилось совершенно в результате всеобщей войны феодальных правителей друг против друга, то этим оно в немалой степени обязано личным усилиям и влиянию Зая-Пандиты.
Однако попытки Зая-Пандиты примирить Очирту и Аблая не имели успеха. Война стала неизбежной. Зимой 1660 г. Очирту-Цецен-хан с 30-тысячным войском выступил в поход против своего брата, находившегося в долине р. Аягуз. Зая-Пандита и другие деятели церкви попытались еще раз убедить Очирту воздержаться от войны. «Склоняюсь перед вашими советами, — сказал Очирту, — пусть Аблай приедет на свидание». Но Аблай на примирение не пошел. И тогда в первом летнем месяце года быка (1661) на берегу р. Эмель войска двух братьев вступили в бой. Армия Аблая насчитывала тоже 30 тыс. воинов: на его стороне, кроме того, воевали его двоюродные братья, дети хошоутского Хундулен-тайши.
Но и к Очирту подошло подкрепление в лице чоросского Сенге и хойтского Солтон-тайджи. Равенство сил обусловило затяжной характер операций. Очирту-Цецен-хан построил укрепленный лагерь. В конце концов Аблай, преследуемый войсками брата, стал отходить. При переходе через перевал Хамар-Дабан его группировка понесла крупные потери; вынужденный перейти к обороне, Аблай начал отступать к построенному им на Иртыше городу-монастырю, известному в русских документах под названием Аблай-хит и торжественно освященному Зая-Пандитой в 1657 г. В этом городе Аблай был осажден армией противника, державшей его в осаде около полутора месяцев. Осажденные терпели большой урон от болезней, косивших людей и скот. Мать Аблая (она же мачеха Очирту) Сайхан-Чжу, выйдя из осажденного города, направилась к Очирту и стала его убеждать мириться с Аблаем. В результате ее посредничества состоялось новое свидание враждовавших братьев, после чего в лагере победителей начались длительные совещания, на которых обсуждался вопрос о том, что делать с Аблаем. В конце концов, преодолев разногласия, решили вернуть ему в нетронутом виде все его владения, все захваченное у него имущество и всех пленных. Так закончилась война Очирту-Цецен-хана и Аблай-тайджи, которую, видимо, и имел в виду посол последнего Ирки-мулла в разговоре с чинами Посольского приказа в Москве в начале 1662 г.
Важно отметить зафиксированное источником отношение ойратских народных масс к этой войне. Не имея возможности влиять на политику своих правителей, трудящиеся ойраты с тем большей радостью встречали окончание войны и возвращение к мирной жизни. Так было и в данном случае. Армия Аблай-тайджи и население осажденного Аблай-хита с восторгом встретили весть об окончании войны. Биограф Зая-Пандиты пишет: «Во время свидания Аблая с Цецен-ханом Галдама с 4—5 человеками поехал, в осажденный монастырь. Так как многие простые люди перенесли много страданий, то приезд Галдамы без войска был для них счастьем. Все радовались, говоря: «Взошло солнце веселья!».
Прошло восемь лет после смерти Батур-хунтайджи. Эти годы были, как мы видели, заполнены борьбой двух главных группировок ойратских феодалов за власть — группировки чоросского Сенге, прямо поддержанного хошоутским Очирту-тайджи и косвенно Зая-Пандитой, и группировки старших братьев Сенге, поддержанных хошоутским Аблай-тайджи. В результате побед, одержанных на полях сражений, положение Сенге к середине 60-х годов окрепло. Пришло время восстановить нормальные отношения с Русским государством, так как посольские отношения с начала 50-х годов фактически прервались. За это десятилетие в города Сибири лишь изредка приходили посланцы того или иного местного ойратского владетельного князя, а из сибирских городов посылались ответные посольства, имевшие весьма ограниченное, чисто местное значение. Обмен послами со ставкой хана Джунгарии полностью прекратился.
И вот осенью 1664 г. в Томск прибыл сначала купеческий караван, а затем и послы от Сенге, от его дяди Чохура-убаши и от «кутухты». Как выясняется из документов, этим «кутухтой» был не кто иной, как младший брат Сенге Галдан, впоследствии вошедший в историю под именем Галдан-Бошокту-хана. Русские архивные материалы позволяют установить, что Галдан родился в 1645 г. и в детстве был посвящен в духовное звание, почему, вероятно, и стал именоваться «кутухтой». Таким образом, имя Галдана впервые стало известно в России в 1664 г., когда ему было около 20 лет.
Указанное ойратское посольство во главе с Ирка-Чечень-Янзаном, как его именуют русские документы, по поручению пославших его правителей просило о возобновлении посольского обмена и о разрешении ойратам торговать в Томске. В ответ на посольство томский воевода И. Бутурлин направил к хану Джунгарии Сенге, к Чохуру и к «кутухте» сына боярского Василия Бубенного.