Главными средствами дезинфекции были огонь, вода, мороз. Также применялся известный на Руси издревле дым от сжигания можжевельника и полыни, которым окуривали дома и предметы. Вещи и одежда заболевших сжигались на кострах. Письма по пути следования передавали «через огонь»: с одной стороны от костра стоял гонец и выкрикивал содержание написанного, а на другой переписывали на новую бумагу. Перевозимые между городами деньги предписано было промывать в воде, а одежду «вымораживать и вытресать». Причем выполняться эти манипуляции должны были руками людей, которые «в моровых болезнях были», здоровые же должны были «ни к чему не касатца».
На пути в Калязин перед царской семьей перевезли тело умершей от чумы женщины. Было приказано наложить на этом участке дороги и вокруг нее дров, поджечь, а уголь с землей собрать и увезти подальше, после чего навезти другой земли издалека.
Эпидемия в столице достигла пика в конце августа – начале сентября. В это время царская семья переехала в Калязинский монастырь. В Москве, оставшейся без начальства и стражи, начались грабежи, прекратилась торговля, из тюрем бежали преступники, всюду лежали трупы, которые не успевали хоронить. Все ворота Кремля наглухо закрыли, оставив лишь одну калитку. Из-за смертей Пронского и И. В. Хилкова управление столицей без государева указа вынуждены были взять на себя И. А. Хилков и А. Иванов.
В донесении Троице-Сергиева монастыря сообщалось, что в монастыре и округе 417 человек умерло «с язвами», проболев 1–4 дня; «без язв», проболев 4–7 дней, – 848. Какая именно это была формы чумы – неясно, но точно не легочная, раз никто не упоминает в списке симптомов кровохарканье.
А чума вместе с беженцами уже пробралась в другие города.
1 августа первые случаи чумы замечены в Туле, 4 августа – в Торжке, 10 августа – в Калуге, 15 августа – в Звенигороде, 16 августа – в Ржеве и Суздале, 18 августа – в Соли Галичской, 23 августа – в Коломне, 31 августа – в Нижнем Новгороде, 1 сентября – в Шуе, Вологде, Костроме, Белеве и Мценске, 5 сентября – в Дедилове и Малоярославце, 6 сентября – в Кашине, в сентябре эпидемия началась в Городце, Ярославском, Тверском и Старицком уездах.
Данные по Нижнему Новгороду: «скорой смертью» умерло 1793 человека (947 с язвами и 846 без язв), «протяжной болезнью» – 58 человек (56 без язв и двое с язвами). Под продолжительной болезнью понимался срок от 4 дней. Современные исследователи предполагают, что под «протяжной болезнью без язв» параллельно чуме проходила какая-то другая болезнь, достаточно смертельная, чтобы ее тоже приняли за чуму (малярия, сыпной тиф или что-нибудь еще).
Таким образом, эпидемия охватила почти всю центральную часть России: на северо-западе не затронула Новгород Великий, но дошла до Старой Руссы, на западе достигла Ржева, на юге – Рыльского уезда и Шацка, на востоке – Нижнего Новгорода, на севере – Вологды, на северо-востоке – Соли Галичской. На юге она свирепствовала в Астрахани, Казани, на западе от Руси – в Великом княжестве Литовском и в Киеве, которые входили в состав Речи Посполитой. Там она дополнилась голодом, который, по свидетельству Яна Цедровского, был вызван увеличившимся количеством портивших хлеб полевых мышей. Цедровский писал, что моровое поветрие в княжестве Литовском объявилось в октябре 1653 года и продолжалось до 1658 года.
Патриарх Антиохийский Макарий III из-за чумы застрял в Коломне, где стал свидетелем страшных картин морового поветрия:
«Бывало, когда она [чума] проникала в какой-либо дом, то очищала его совершенно, так что никого в нем не оставалось. Собаки и свиньи бродили по домам, так как некому было их выгнать и запереть двери. Город, прежде кишевший народом, теперь обезлюдел. Деревни тоже, несомненно, опустели, равно вымерли и монахи в монастырях. Животные, домашний скот, свиньи, куры и пр., лишившись хозяев, бродили, брошенные без призора, и большею частью погибли от голода и жажды, за неимением, кто бы смотрел за ними. То было положение, достойное слез и рыданий. Мор, как в столице, так и здесь и во всех окружных областях, на расстоянии семисот верст, не прекращался, начиная с этого месяца, почти до праздника Рождества, пока не опустошил города, истребив людей.
В одну яму клали по нескольку человек друг на друга, а привозили их в повозках мальчики, сидя верхом на лошади, одни, без своих семейных и родственников, и сваливали их в могилу в одежде. Часть священников умерла, а потому больных стали привозить в повозках к церквам, чтобы священники их исповедовали и приобщили св. Таин. Священник не мог выйти из церкви и оставался там целый день в ризе и епитрахили, ожидая больных. Он не успевал, и потому некоторые из них оставались под открытым небом, на холоде, по два и по три дня, за неимением, кто бы о них позаботился, по отсутствию родственников и семейных. При виде этого и здоровые умирали со страха».
Павел Алеппский, сын Макария III, который тоже был с отцом в путешествии в Московию, в своих записках писал о внезапных смертях, что стоит, бывало, человек и вдруг моментально падает мертвым; или: едет верхом или в повозке и валится навзничь бездыханным, тотчас вздувается как пузырь, чернеет и принимает неприятный вид.
Случаи, когда с виду здоровые люди умирали мгновенной смертью, отмечали и другие свидетели. Сейчас известно, что таким образом может протекать легочная чума.
В октябре-ноябре, когда похолодало, эпидемия пошла на спад. И.А. Хилков сообщал Никону и царской семье, которые уже было хотели уехать из Нерли в Новгород, что с 10 октября моровое поветрие в Москве стало утихать. Некоторые источники пишут о второй половине ноября. В первых числах декабря в Москву прибыл Б.М. Хитрово с заданием узнать и записать, сколько в городе находится мертвых и живых. Подсчет вел дьяк Кузьма Мошнин. К 17 декабря он завершил работу. В декабре царю сообщили о том, что морового поветрия в Москве больше нет и «в рядах сидят, торгуют», но он решил повременить с приездом.
Считается, что 12 октября чума прекратилась в Шуе, 13 октября – в Казани, к 18–23 октября – в Вологде, к 19 октября – в Ярославле, к 6 декабря – в Соли Галичской, к 25 декабря – в Коломне. В Галиче пик эпидемии пришелся на 23 ноября – 12 декабря.
3 февраля 1655 года в Москву прибыл Никон. Он описал вид опустошенного безлюдного города: «Непрестанно плакал смотря пустоты Московския, пути и домов, идеже преж соборы многие и утеснение, тамо никаково, великия пути в малу стезю и потлачены, дороги покрыты снеги и никем суть не следими, разве от пес. Ох, ох!»
И только 10 февраля в Москву приехал царь Алексей Михайлович.
И хоть эпидемия почти полностью утихла, но оставшиеся кое-где очаги спровоцировали новую вспышку. Летом 1656 года моровое поветрие объявилось в низовьях Волги. Узнав об этом, власти немедленно приказали окружить пораженные районы заставами и никого через них не пускать. Возможно, это было сделано слишком поздно, поскольку сообщение со столицей занимало несколько дней, но как бы то ни было чума вскоре уже распространилась на Казань, Смоленск и другие области. Москву в этот раз не затронула. Новая вспышка была намного менее страшной, чем в 1654 году, хоть и затронула более 35 городов и территорию в 30 000 кв. км. Есть сведения, что чума появлялась в Вятке и низовьях Волги и в 1657 году.
Народ видел в эпидемии наказание Божие за грехи, поэтому и путь к спасению видел в вере. Проводились крестные ходы с чтимыми иконами и мощами, молебны, паломничества, закладывались церкви. Набожность русского народа в это бедственное время отметил патриарх Антиохийский Макарий III: «Подлинно, этот народ истинно христианский и чрезвычайно набожен, ибо, как только кто-нибудь, мужчина или женщина, заболеет, то посвящает себя Богу: приглашает священников, исповедуется, приобщается и принимает монашество, [что делали] не только старцы, но и юноши и молодые женщины; все же свое богатство в имущество отказывает на монастыри, церкви и бедных. Хуже всего и величайшим гневом Божиим была смерть большинства священников и оттого недостаток их, вследствие чего многие умирали без исповеди и принятия св. Таин».
Во время моровых поветрий было распространено строительство обыде́нных храмов. Вологду чума покинула после того, как 18 октября для утоления гнева Божиего горожане возвели деревянную Спасообыденную Всеградскую церковь. Спустя четыре дня в такой же короткий срок местный иконописец по желанию вологжан написал икону Всемилостивого Спаса. В Ростове обыденная церковь Всемилостивого Спаса на Торгу появилась по обету после прекращения морового поветрия.
Никон послал воеводе Пронскому икону Казанской Божией Матери, которая должна была защищать москвичей от чумы. Связывали прекращение эпидемии с чудотворными иконами в нескольких городах: принесение Югской иконы в Рыбинскую слободу, Седмиозерной – в Казань, молебны перед Боголюбской иконой в Угличе, написание новой иконы Богоматери в Шуе, которая была позднее названа Шуйско-Смоленской иконой, вмешательство Толгской и Смоленской икон в Ярославле. В Москве, по преданию, многие люди выздоровели благодаря заступничеству от иконы Грузинской Божией Матери. Спасение Твери в 1655 году приписывают мощам князя Михаила Ярославича, а спасение Бежецка – иконе Николая Чудотворца. Известны случаи, когда общины в челобитных царю упрашивали его прислать чудотворные реликвии, например крест с мощами.
Установить точное количество погибших невозможно, в итоге каждый историк называет свое предположительное число. Тем не менее чуму 1654–1655 годов называют самой крупной эпидемией XVII века в России.
Современники-иностранцы в своих записках говорили о нескольких сотнях тысяч погибших от эпидемии при том, что население всего государства составляло чуть более 7 миллионов. Английский дипломат У. Придо 15 августа 1655 года писал, что в течение последнего года не менее миллиона человек стали жертвами чумы. С. Коллинз, врач царя Алексея Михайловича, приехавший в Россию уже после эпидемии, писал, что от нее в стране погибло 700–800 тысяч человек. Другие авторы того времени пишут о числах от 70 до 480 тысяч.