Формирование политических воззрений Дубнова шло параллельно с эволюцией его научных взглядов. И в то же время политическая теория являлась продолжением его исторической концепции в отношении российского еврейства.
Взгляды Дубнова на историю евреев России отразили и его личный опыт, и трагедию целого поколения еврейской интеллигенции — крах иллюзий о возможности интеграции евреев в России, последовавший после погромов 1881-1882 гг. и ужесточения антиеврейского законодательства, в том числе сокращения пределов черты оседлости, выселения из Москвы, введения процентной нормы для поступающих в высшие учебные заведения и профессиональных ограничений. Все это заставило его с особым вниманием подойти к российскому этапу еврейской истории. Рассматривая историю евреев в России в контексте всемирной еврейской истории, Дубнов утверждал, что именно российское еврейство стало достойным наследником традиций великих еврейских общин древнего Израиля, Вавилонии и средневековой Испании. По его мнению, к началу XX в. евреи Западной Европы, добившись определенных успехов в деле эмансипации, принесли в жертву ассимиляции свое национальное самосознание. И только евреи России сохранили общинную организацию и национальную духовную жизнь. Дубнов постоянно противопоставлял состояние еврейских общин в странах Западной Европы и в России. Он утверждал, что «[...] на Западе кризис общины выразился в сокращении объема ее самоуправления, в тенденции свести ее к синагогальному приходу». Он связывал этот кризис с попыткой приспособить «былую автономию к новому строю, к эмансипации» (выд. С.Д.). Иную природу функционирования еврейской общины он находил в России, где «община должна была приспособляться к господствующему режиму гражданского бесправия». Другим важным научным открытием Дубнова стало его утверждение о неразрывной связи истории евреев Польши и Литвы с современным российским еврейством. Он писал: «...отделить историю евреев России от истории их в Польше и Литве — невозможно, потому что евреи всех этих стран составляют, при всем различии местных оттенков, одну культурно-бытовую единицу, имеют одно общее прошедшее... испытали и испытывают одни и те же судьбы».
Дубнов первым разработал периодизацию истории российского еврейства как части всемирной истории евреев. По его мнению, начало было положено в конце XI в., когда первые крестовые походы вынудили значительную группу евреев из Германии перебраться в Польшу и юго-западную Русь. По словам Дубнова, российское еврейство целиком «вышло из той немецко-польской еврейской массы, что за 800 лет создала оригинальную культуру, жила исторической жизнью, так как имела собственные общественные устройства, нравы и обычаи, занимала особое социально-экономическое место в жизни народов, среди которых она жила, и отличалась необыкновенной глубиной духовного, умственного развития».
Ученый выделил пять основных этапов истории российского еврейства:
Первый этап (1096-1264) — переселение из Германии в Польшу в связи с погромами начала крестовых походов. Создание общины и получение от короля Болеслава «привилегий», ставших на несколько веков правовым обоснованием еврейской жизни в Польше.
Второй этап (1264-1506) — время от получения привилегий до вступления на престол Сигизмунда I Августа. В это время произошел значительный численный рост общины, евреи стали важным звеном экономического быта энергично развивавшегося государства; богатая духовная жизнь еврейства проявилась, в частности, в создании общинной организации.
Третий этап (1506-1648) — от прихода к власти Сигизмунда I до начала украинской катастрофы — «хмельнинины». «Золотой век» польско-литовского еврейства. Евреи пользовались самоуправлением, укрепили свое экономическое положение. Ваад управлял всей национальной жизнью.
Четвертый этап (1648-1772) — гибель евреев Украины во время восстания Хмельницкого и во время других восстаний украинского казачества и войн между Речью Посполитой и Россией, бегство во внутренние районы Польши и экономический кризис.
Пятый этап (1772-1795) — потеря Польшей политической независимости, раздел Польши. Польские евреи, проживавшие на отошедших к России землях, становятся российскими подданными. С. М. Дубнов подчеркивал, что именно с 1795 г., с появления черты оседлости, начинается собственно история евреев России.
В своей периодизации, разработанной в 1893 г., ученый не учитывал историю ранних русско-еврейских контактов времен Киевской Руси, не рассматривал теорию о хазарском происхождении евреев доашкеназской эпохи. Он считал эти теории лишь гипотезами, не подкрепленными данными археологии и письменными источниками. Дубнов ограничился периодизацией истории польско-литовского еврейства до его вхождения в состав Российской империи, остановившись на 1795 г.: прежде всего, Дубнов в начале 90-х гг. XIX в. еще не приступил к всеобъемлющему исследованию истории евреев текущего столетия; а возможно, были на то и политические причины, ибо многие проблемы недавнего прошлого еще остро дебатировались в еврейской общественной жизни.
Лишь спустя 15 лет ученый вновь вернулся к разработке периодизации. В 1911 г. в статье Главные процессы в новейшей истории евреев он определил общие тенденции истории евреев в XIX в. По его мнению, они характеризовались регулярной сменой эпох: эпоха первой эмансипации сменялась первой реакцией, эпоха второй эмансипации — второй реакцией. Дубнов тесно связал ход еврейской истории в странах Западной и Восточной Европы с развитием политических процессов, с демократическими революциями и контрреволюциями, подъемом национальных движений, распадом одних и созданием других государств, на территориях которых проживало европейское еврейство. Он довел историю российского еврейства до 1914 г. В многотомных трудах Всеобщая история евреев, Новейшая история еврейского народа, в статьях, эссе и документальных публикациях он постоянно подчеркивал неразрывную связь истории евреев России с историей евреев других стран и историей народов, среди которых евреи жили. Дубнов первый из историков предпринял комплексное исследование экономической, социальной, политической и культурной жизни народа. Конечно, сегодня можно отметить и недостатки в его работах. Например, некоторую политическую ангажированность, субъективные оценки отдельных событий и личностей, сглаживание внутренних разногласий в еврейской среде. Но нужно помнить, что ученый работал в условиях расцвета антисемитизма и в годы обострившегося политического противостояния, как в российском обществе, так и в еврейском.
Связь между историческими исследованиями Дубнова и его политической теорией прослеживается особенно отчетливо при сравнительном анализе дубновской интерпретации истории Кагала и созданной им теории автономизации.
Апофеозом национального строительства в польско-русской диаспоре XVII — первых десятилетий XIX в. Дубнов считал Кагал и видел в нем проявление «широкого внутреннего самоуправления, [...] которое делает нам честь». Ибо, по его убеждению, «пользоваться внутренним самоуправлением и известной общественной независимостью могут только народы более или менее культурные, одаренные самобытными духовными качествами и умеющие сами устраивать свою жизнь на собственных началах». Кагал для него — это социально-политический институт, основанный на национальном инстинкте самосохранения. Он «всею силою своей власти отстаивал интересы евреев и те ничтожные человеческие права, которые из милости или за деньги, были дарованы им разными властями».
В 1891 г. Дубнов предпринял попытку реабилитировать Кагал. Без восстановления исторической справедливости в отношении этого главного общинного органа не могла быть воссоздана объективная картина еврейской жизни. Как известно, в работах антисемитской направленности Кагал подвергался особенно яростным нападкам. После опубликования Я. Брафманом знаменитой Книги Кагала даже некоторые еврейские историки выступили с критикой этого института. Дубнов, напротив, стремился дать этому явлению научное объяснение, опираясь на подлинные Книги Кагала — пинкасы. Полемизируя со своими противниками-евреями, он писал: «И знаете ли, чем вызвано такое предубеждение? Опасением, что обнародование старины, преимущественно кагальных пинкасов, побудит юдофобскую печать усилить свои крики о кагале, о еврейском Status in statu [...] И так думают многие, от которых зависит святое дело спасения от забвения нашего прошедшего».
Дубнов рассматривал Кагал как символ сохранения традиции солидарности, без которой евреи не могли бы выжить в эпоху средневековья. При этом он был далек от идеализации этого института, считая, что в годы правления Николая I государственная антиеврейская политика «извратила сущность Кагала и он из органа служения обществу был превращен в орган господствующий над ним, у гнетающий его орудиями грубой полицейской власти». В массовом сознании неприятие государственной политики (рекрутский набор, маесовые выселения из сельской местности, попытки насильственной ассимиляции с помощью реформы системы еврейского образования и т. д.) автоматически экстраполировалось на Кагал, как на инструмент, на невольного проводника этих мероприятий.
Политические потрясения начала XX в. потребовали переосмысления роли и значения общины — наследницы Кагала. И теперь, по мнению Дубнова, общество созрело до понимания «[...] неотъемлемого исторического права устраивать свою внутреннюю общинную жизнь, растить нашу национальную культуру, организовываться в союзы сообразно нашим потребностям, и, конечно, требованиям времени». Так из исторической концепции рождалась политическая теория.
В начале XX в. С. М. Дубнов говорил: «Сущность историзма в том, чтобы прошлое воспринимать с живостью текущего момента, а современность мыслить исторически». Дубнова-историка нельзя отделить от Дубнова-политика. В 1880-е гг. XIX в. его политические взгляды, главным образом, выражались во множестве публицистических выступлений на страницах еврейской печати. Это, в первую очередь, статьи, направленные против набиравшего силу палестинофильства и эмиграционного движения, против ужесточения антиеврейского законодательства и новых тенденций в теории русского антисемитизма. Первыми попытками Дубнова выработать собственное отношение к политическим и идейным процессам в еврейской среде и определить место евреев в общероссийском либеральном и демократическом движении, стали работа «Какая самоэмансипация н