Базилика долго сохраняла свой первоначальный вид. В течение Средних веков она была расширена пристройками, но коренному переустройству не подвергалась; это было сделано уже Юлием II в начале XVI века. Древняя церковь имела в длину 500 пальм и в вышину 170 пальм; у нее было пять кораблей и один поперечный корабль, и оканчивалась она полукруглой трибуной, или абсидой. Перед входом в церковь находился атриум, или Парадиз, который имел 255 пальм в длину и около 250 в ширину и был окружен внутри колоннадой. В атриум вела широкая мраморная лестница. На площадке этой лестницы преемники св. Петра встречали преемников Константина, когда последние приходили молиться у гроба апостола или получать из рук папы императорскую корону.
Великая церковь строилась постепенно. Техническая сторона постройки была грубая и варварская; неотделанный фасад, абсида, наружные стены были построены из материала, взятого из других зданий; архитравы, лежавшие на колоннах, были составлены из старых обломков; сами колонны, числом 96, были античные колонны из мрамора и гранита, но имели неодинаковые капители и базы. Для порогов были взяты мраморные плиты из цирка, и на них можно было еще видеть остатки прежних надписей или языческих скульптур. Достойно удивления, что уже в самой древней базилике Св. Петра обнаруживается характер, свойственный поныне столь многим церквям Рима: язычество проступает в них заплатами из награбленного античного мрамора. Внутреннее пространство, в которое вели пять дверей пяти кораблей, было велико и производило внушительное впечатление. Из небольших полукруглых окон свет проникал в высокий, украшенный колоннами главный корабль и освещал необделанные стропила крыши; внизу он падал на пол, сложенный из кусков античного мрамора, и на голые и высокие стены, которые вначале не были украшены мозаикой. Главный корабль заканчивался величественной аркой, которая своей мозаикой, вероятно, напоминала, что надлежит проходить не аркой императоров, а аркой святых, перенесших кровавые битвы за веру. Дальше полный благоговения взгляд благочестивого христианина встречал алтарь, где над телом св. Петра возвышался небольшой храм из шести небольших порфирных колонн. Само тело находилось в золотом склепе, освещенном вечными лампадами, в том вызолоченном бронзовом гробе, в который оно было положено Константином. Биограф Сильвестра дает весьма важное по отношению к вопросу о постройке храма указание, что над гробом возвышался массивный золотой крест такой же величины, как гроб, и со следующими словами, вделанными в нем in niello:
Constantinus Augustus et Helena Augusta.
Hanc domum regalis simili fulgure coruscans aula circumdat.
Перспектива главного корабля заканчивалась абсидой, или полукруглой трибуной, составлявшей подражание тем трибунам гражданских базилик Рима, в которых находились кресло претора и места судей. Трибуна древней церкви Св. Петра была украшена символической мозаикой, представлявшей Константина, подносящего Христу и св. Петру изображение церкви. Здесь были начертаны древние стихи которые можно было прочесть еще в конце Средних веков:
Quod duce te mundus surrexit in astra triumphans
Hanc Constantinus Victor tibi condidit aulara.
Епископ Дамаз в 366 г. прибавил к базилике Св. Петра купель крещения, или баптистериум, мозаичную, но уже грубую, роскошь которой воспел Пруденций в нескольких стихах. Наряду с кратким описанием св. Павлиния, это единственные сведения, которые мы имеем о состоянии базилики при Гонории. Знаменитый епископ Нолы, такой же талантливой поэт, как Пруденций, принес в жертву языческую страсть к искусству, в которой он был воспитан, искреннему христианскому воодушевлению. Присутствуя при угощении бедных, которое, согласно шумному обычаю того времени, устроил в парадизе базилики богатый сенатор Алетий по случаю погребения своей жены Руфины, епископ в таких словах изобразил впечатление, произведенное на него церковью при этом случае: «Какую радость должен был почувствовать сам апостол, глядя на свою базилику, когда ты наполнил ее всюду несметной толпой бедных: и под высокой кровлей широкого и длинного среднего корабля; и вдали, где стоит апостольский престол, ослепляющий входящего в храм и вносящий в его душу радость; и там, где под той же кровлей, по обеим сторонам, простираются, как рук и, двойные портики; и там, где атриум переходит в притвор, где стоит купель, под сенью купола из массивной меди на четырех колоннах, которые мистически окружают источник воды, служащей для окропления рук и уст верующих. Такое украшение приличествует входу в церковь, так как уже перед дверьми должно быть явное указание на то, что происходит в церкви в священной тайне».
Около своего баптистерия епископ Дамаз поставил кафедру, которая, по преданию, уже со II века получила значение истинного престола Петра. Этот замечательный престол, древнейший трон, на котором восседали сначала скромные епископы, а затем могущественные папы, властвовавшие над землями и народами, существует поныне. В XVII веке Александр VII приказал вделать его в бронзовое кресло, которое было поставлено в трибуне собора на четырех медных фигурах отцов церкви. Во время юбилея апостола в июне 1867 г. престол этот был в первый раз по истечении двухсот лет вынут из своей оболочки и публично выставлен в боковом пределе. Это — древнее переносное кресло (sella gastatoria), сделанное из дуба, теперь уже сгнившего; в кресле заметны позднейшие поправки из акациевого дерева. Передняя сторона кресла украшена брусками из слоновой кости, на которых, в виде арабесок, представлены маленькие фигуры борющихся животных, кентавров и людей, и дощечками также из слоновой кости, на которых выгравированы изображения подвигов Геркулеса как символ геркулесовской работы древнего папства мировой истории. Первоначально этих дощечек не было на кресле; они явились, очевидно, уже позднее как украшение; некоторые из них укреплены даже кверху ногами. Нет сомнения, что эта знаменитая кафедра принадлежит если не апостольскому времени, то очень отдаленной древности. Мнение, что кресло это было Sella curulis сенатора Пудента, есть плод досужей фантазии.
В течение Средних веков вокруг собора Св. Петра постепенно создался как бы венец из часовен, церквей, монастырей и домов клира и пилигримов, и Ватикан стал священным городом христианства; но при Гонории к базилике примыкали немногие здания. Древнейшим из них был пристроенный к трибуне Templum Probi — надгробная часовня знаменитого сенаторского рода Анициев, раньше других в Риме принявших христианство.
Этот род был знаменит со времени Константина и, сравнительно с другими сенаторскими фамилиями, пользовался именно в последние времена римской империи такой славой, что даже еще в позднейшую эпоху Средних веков имя Анициев было окружено легендарным культом. Этот род в особенности содействовал христианской метаморфозе Рима. Владея самыми обширными латифундиями в Италии и во многих других провинциях империи, Аниции занимали высшие должности в государстве в продолжение более чем двух столетий. Они распались на несколько фамилий, как то: Алении, Авхении, Пинчии, Петронии. Максимы, Фаусты, Боэции, Пробы, Бассы и Олибрии были все из рода Анициев. В IV в. главой этого рода был Секст Аниций Петроний Проб, владевший несметными богатствами и достигший всех общественных почестей; в 371 г. он был консулом одновременно с императором Грацианом и 4 раза префектом; это был последний великий римский меценат. И он, и его жена Фальтония Проба, отличавшаяся большим умом, объявили себя христианами; само крещение Проб, бывший другом епископа Амвросия, принял незадолго до своей смерти.
Тело великого сенатора было положено его семьей в часовне, Templum Probi, еще раньше выстроенной им самим, в саркофаге, который сохранился доныне, так же как и более древний и более красивый саркофаг Юния Басса 358 г. Императорская фамилия так же воздвигла себе мавзолей рядом с собором Св. Петра. Вероятно, этот мавзолей был выстроен самим Гонорием, который велел похоронить в нем обеих своих жен, Марию и Термантию, дочерей Стиликона. Мавзолей не существует более, но в позднейшее время были найдены саркофаг и останки императрицы Марии.
В общем древняя базилика Св. Петра представляла при Гонории большое, вытянутое в длину здание со стенами, сложенными из кирпича, и с крестом на фронтоне; последний возвышался над двором, окруженным колоннами и походившим на монастырский двор. Видя эту некрасивую постройку, язычник-римлянин не мог не улыбаться тому, что она служит местом поклонения хранимому в золотом ящике телу еврейского рыбака, и не мог не сделать сравнения между ней и стоявшим вблизи мавзолеем императора Адриана, великолепной ротондой из двух ярусов колонн над кубической глыбой мрамора, украшенной статуями и, казалось, презрительно смотревшей на чуждую надгробную церковь. Находившийся поблизости цирк был разрушен; его развалины имели печальный вид каменоломен; рядом с христианской церковью, на разрушенном гребне цирка, возвышался еще высокий обелиск Калигулы. Таким образом, апостольский собор должен был производить на зрителя довольно странное впечатление, но для христианина этот собор был символом победы христианской религии, водворившейся на развалинах язычества. И уже при Феодосии старшем к Св. Петру направлялись толпы пилигримов, по преимуществу в июне, когда праздновалась память св. Петра и св. Павла. Как и ныне, путь пилигримов шел через мост Адриана, мост, по которому народы двигались больше, чем по какому-либо другому в мире. Но едва прошло еще столетие, и роскошные сооружения языческого Рима были забыты, а внуки тех римлян, которые со злобой смотрели ни возникавшую базилику, подымались на коленях по ее ступеням, чтобы повергнуться ниц у сверкающей золотом гробницы того галилейского рыбака, который в новом капитолии Рима, в Ватикане, стал более могущественным властителем мира, чем древний Зевс.