29 ноября 1777 года фельдмаршал Петр Румянцев назначил Суворова командовать Кубанским корпусом. Суворов, 5 января 1778 года принявший кубанский корпус, за короткое время сделал полное топографическое описание Кубанского края и серьезно укрепил кубанскую кордонную линию, бывшую, по сути, границей России и Турции. 23 марта 1778 года Суворов был назначен вместо Прозоровского командующим войсками Крыма и Кубани и 27 апреля прибыл в Бахчисарай. Он разделил Крым на четыре территориальных округа, протянул по побережью линию постов на расстоянии по 3–4 километра между ними. Русские гарнизоны размещались в крепостях и сорока укреплениях-рентраншементах, фельдшанцах, редутах, вооруженных 90 орудиями. Первый территориальный округ занимал земли: на севере Крымского полуострова – от Перекопа до Чонгара, на востоке – от Чонгара до Карасубазара, на юге – от Карасубазара до Черного моря, реки Булганак, на западе – от Булганака до Перекопа. Центр округа находился в Гезлеве. Второй территориальный округ занимал юго-западную часть Крыма: на востоке – от Карасубазара до Судака, на юге – по крымскому побережью от Судака до реки Булганак. Центр округа был в Бахчисарае. Третий округ находился в восточном Крыму и занимал территорию на востоке – от Геническа по Арабатской стрелке до Арабата, на юге-по побережью Черного моря. Центр округа находился в Салгирском ретраншементе. Четвертый территориальный округ занимал Керченский полуостров с центром в Еникале. За Перекопом была дислоцирована бригада генерал-майора Ивана Багратиона.
16 мая 1778 года Александр Суворов обратился к своим войскам со специальным приказом, по которому русские должны были «соблюдать полную дружбу и утверждать обоюдное согласие между россиян и разных званиев обывателей». Суворову также удалось заставить уйти из Ахтиарской бухты остававшиеся там турецкие военные суда, начав строить укрепления на выходе из бухты и запретив туркам брать на берегу пресную воду из реки Бельбек. Турецкие корабли ушли в Синоп. Чтобы ослабить Крымское ханство Суворов по совету Григория Потемкина содействовал переселению христианского населения из Крыма на новые земли азовского побережья и устья Дона, что вызвало ярость Шагин Гирея и местной татарской знати. С мая по сентябрь 1778 года из Крыма в Приазовье и в Новороссию было переселена тридцать одна тысяча человек.
Известна «Высочайшая грамота об устройстве христиан, выведенных из Крыма», подписанная Екатериной II 21 мая 1779 года:
«Божею поспешествующею милостью мы, Екатерина II, императрица и самодержица всероссийская, московская, киевская, владимирская, новгородская, царица казанская, царица астраханская, царица сибирская, государыня тверская и великая княгиня смоленская, княгиня эстлянская, и лифляндская, корельская, тверская, югорская, пермская, вятская, болгарская и иных государыня, и великая княгиня Новагорода, низовския земли, черниговская, рязанская, ростовская, ярославская, белозерская, удорская, обдорская, кондийская и всея северные страны повелительница и государыня иверския земли, черкасских и горских князей, и иных наследная государяня и обладательница.
… всему обществу, крымских христиан греческого закона, всякого звания всем вообще, и каждому особо наше императорское милостивое слово.
… рассмотрев посланное к нам от вас из Бахчисарая от 16-го июля сего года общее и на доброй воле основанное прошение о избавлении всех вас от угрожаемого ига и бедствия принятием в вечное подданство Всероссийской империи, соизволяем мы не токмо принять всех вас под всемилостивший наш покров и яко любезных чад успокоив под оным, доставить жизнь толико благоденственную, колико желание смертных и беспрестанное наше о том попечение простираться могут.
На подлинной подписано собственною ея императорского величества рукою тако:
Екатерина.»
В июле 1778 года у берегов Крыма в Феодосийской бухте с намерением высадить десант появился турецкий флот во главе с командующим турецким флотом Гассан-Газы-пашой, состоящий из ста семидесяти вымпелов. Турки прислали письмо с требованием запрета плавания русским кораблям вдоль крымского побережья, угрожая топить их в случае невыполнения ультиматума. Однако твердая позиция Суворова, заявившего в ответном письме, что он будет обеспечивать безопасность Крыма всеми доступными ему способами, не позволила туркам высадить десант. Турецкий флот ушел домой. Такая же попытка была повторена в сентябре 1778 года, но благодаря Суворову, укрепившему крымское побережье и приказавшему бригаде князя Багратиона войти в Крым и маневрировать с войсками по берегу соответственно движению турецких судов, турки не решились высадиться и ушли домой. Суворов докладывал своему командующему П.А.Румянцеву:
«Сего с 7-го турецкий флот, примерно до 170 больших и малых судов, облег крымские берега из-за Джавадинской пристани, заворотя балаклаву по разным местам, истинною силою в близости Кафы… Господина генерал-поручика князя Багратиона войск команды его с Козловским пехотным полком господин бригадир Петерсон, вперед его сиятельства прибывший в Крым, приблизился тогда к Кефе, а отряды 3-й бригады распространил на оба крыла под нужные заставы в сравнение турецким эволюциям. Его же сиятельству князю Багратиону сообщено было, чтобы он, высупя от Шангирея, перешед перекоп, расположился под Мамшиком на Черторлике в резерве.
Дальних подозрений в татарах, но и в светлейшем хане, не примечено.
Реченного 7-го, 8-го и 9-го числа турецкие разьездные корабли и иные суда непрестанно оказывались вдоль берега близ российских укреплений разноместно. Против того чинил господин бригадир маневры свои с потребнейшим благоразумием, тако ж и протчие ему подчиненные военначальники.
10-го числа требовали у него турки сходить на берег для прогулки – отказано под карантином; нескольким чиновным посидеть на керченской бирже – отказано; набрать на суда пресной воды-отказано; той воды несколько боченков с полною ласковостью отказано. Не дождавшись моего ответа, вдруг начали они стрелять во всем флоте сигналы и надувши паруса, отплыли в открытое море из виду вон; разные их суда с пунктов берега примечены уклоняющиеся к Константинополю. Вслед за их правым крылом отряженный господином контр– адмиралом и кавалером Клокачевым, флота капитан Михнев, с пятью кораблями прибыл в Кафинскую бухту…
Посему впредь о происходящем не оставлю вашему сиятельству в покорности моей доносить.
Генерал-порутчик Александр Суворов.»
10 марта 1779 года Россия и Турция подписали Анайлы-Кавакскую конвенцию. Россия должна была вывести свои войска из Крымского полуострова и, как и Турция, не вмешиваться во внутренние дела ханства. Турция признала Шагин Гирея крымским ханом. Турция подтвердила независимость Крыма и право свободного прохода через Боспор и Дарданеллы для русских торговых судов. Российские войска, оставив шеститысячный гарнизон в Керчи и Еникале, в середине июня 1779 года ушли из Крыма и Кубани. Суворов рапортовал Румянцеву:
«В сходство прежних моих вашему сиятельству донесений, Крымского корпуса войски сего числа последние через перекопскую линию перешли и следуют к Шангирейскому ретраншементу, а передовые полки уже через Днепр переправились и располагаются для смотру инспекторского при Кизикермене». Суворов получил новое назначение в Астрахань.
Не смирившись с потерями по Кучук-Кайнарджжийскому мирному договору, Оттоманская Порта стремилась вернуть в полной мере Крымское ханство и земли Северного Причерноморья. Очередное восстание крымских татар, спровоцированное Турцией осенью 1781 года во главе с братом Шагин Гирея – Батырь Гиреем и крымским муфтием, было подавлено, но после серии казней начался новый бунт, вынудивший Шагин Гирея бежать в русский гарнизон в Керчь. При поддержке Турции в Феодосии новым крымским ханом был провозглашен Махмут Гирей. Корпус русской армии генерал-поручика де Бальмена, сформированный в Никополе, взял Карасубазар, разбив войско нового хана, возглавленное его братом Алим Гиреем. Махмут Гирея взяли в плен. Потемкин вновь назначил Суворова командующим войсками в Крыму и на Кубани. Шагин Гирей, восстановленый крымским ханом вернувшись в Бахчисарай, вновь начал казни, вызывая очередной мятеж. Екатерина Великая своим повелением посоветовала ему добровольно отказаться от ханства и передать Крым России, на что Шагин Гирею пришлось согласиться. В февpале 1783 года Шагин Гирей отрекся от престола и манифестом Екатерины II от 8 апреля 1783 года Крым вошел в состав Российской империи.
Манифест Екатерины II от 8 апреля 1783 года.
«О принятии полуострова Крымского, острова Тамана и всей Кубанской стороны под Российскую державу.
В прошедшую с Портой Оттоманскую войну, когда силы и победы оружия Нашего давали нам полное право оставить в пользу Нашу Крым, в руках наших бывший, Мы сим и другими пространными завоеваниями жертвовали тогда возобновлению доброго согласия и дружбы с Портою Оттоманскую, преобразив на тот конец народы татарские в область вольную и независимую, чтобы удалить навсегда случаи и способы к распрям и остуде, происходившим часто между Россиею и Портою в прежнем татар состоянии… Но ныне… по долгу предлежащего нам попечения о благе и величии Отечества, стараясь пользу и безопасность его утвердить, как равно полагая средством, навсегда отдаляющим неприятные причины, возмущающие вечный мир между империями Российскою и Оттоманскою заключенный, который мы навсегда сохранить искренне желаем, не меньше же и в замену и удовлетворение убытков Наших, решилися Мы взять под державу Нашу полуостров Крымский, остров Таман и всю Кубанскую сторону».
По приказу Г.А.Потемкинв войска Суворова и Михаила Потемкина заняли Таманский полуостров и Кубань, а войска Де Бальмена из Кизикермена вошли в Крым. С моря руские войска прикрывали корабли командующего Азовской эскадрой вице-адмирала Клокачева.
По распоряжению Екатерины II сразу же после присоединения Крыма, к полуострову был направлен фрегат «Осторожный» под командованием капитана II ранга Ивана Михайловича Берсенева для выбора гавани у юго-западного побережья. Осмотрев в апреле 1783 года бухту у поселка Ахтиар, расположенный недалеко от развалин Херсонеса-Таврического. И.М.Берсенев рекомендовал ее в качестве базы для кораблей будущего Черноморского флота. Екатерина II своим указом от 10 февраля 1784 года повелела основать здесь «военный порт с адмиралтейством, верфью, крепостью и сделать его военным городом». В начале 1784 года был заложен порт-крепость, названный Екатериной II Севастополем – «Величественным городом».