Некомпетентность турок во время войны с Россией и события, сопровождавшие вступление на престол султана Махмуда, заставили его сделать два вывода: во-первых, считать неоспоримым фактом то, что янычары столь же непригодны для решения задач по обороне рубежей Османской империи, сколь и опасны, когда сидят без дела в Стамбуле. Во-вторых, то, что власть провинциальных правителей превышает все разумные пределы. Столицу неоднократно охватывали массовые волнения, вызванные мятежами янычар 1809, 1810 и 1811 годов. Большинство тех, кто был призван на военную службу во время кампании 1811 года, дезертировали, причем как раз перед тем, как войска выступили из Стамбула, поэтому вскоре Махмуд ввел некоторые меры, направленные на укрепление дисциплины в корпусе янычар. Во время войны 1806–1812 годов аристократы из балканских провинций вели себя столь же недопустимым образом, как и янычары: хотя некоторые из них оказали правительству помощь, в которой оно нуждалось, другие, в особенности те, кто находился на Дунайском фронте, отказались сотрудничать и, не организовав никакой серьезной обороны, сдали территорию русским.
Махмуд унаследовал сложную проблему, связанную с господством в Египте Мехмеда Али, представителя провинциальной династии, который самым решительным образом сопротивлялся любым попыткам Стамбула восстановить центральную власть. Египет Мехмеда Али был ближе к полной автономии, чем все остальные полунезависимые территории Османской империи. Должно быть, Махмуд испытывал смешанное чувство зависти и смятения, наблюдая за тем, как этот бывший албанский солдат безжалостно подавляет оппозицию. Одним из его печально известных деяний было истребление военных, которые господствовали в Египте до того, как он там появился. В 1811 году были жестоко убиты 450 человек, собравшихся по случаю одной церемонии. Его сын Ибрагим-паша возглавил карательную экспедицию в Верхний Египет, где была убита еще тысяча военачальников, а налоговые округи, в которых они являлись откупщиками, были переданы египетскому казначейству.
Пример Мехмеда Али указывал на то, что централизация власти укрепляет государство. Реструктуризация финансовой системы Османской империи, начало которой в конце XVII века положило введение института пожизненных откупщиков налогов, способствовала увеличению численности крупных финансистов, причем как в Стамбуле, так и в провинциях. Провинциальные магнаты, через которых государство надеялось осуществлять снабжение и оснащение своих войск, в особенности начиная с конца XVIII столетия, когда оно вступило в период войн с Россией, слишком часто игнорировали центральную власть и действовали по собственному усмотрению, что имело непредсказуемые последствия для политики Стамбула. Еще султан Селим предпринял первые неуверенные шаги, направленные на восстановление центральной власти, но султан Махмуд предложил еще более решительные меры по изъятию у магнатов тех ресурсов, которые давали им власть. Он хотел облегчить то тяжкое бремя, которое возложили на крестьян откупщики налогов, и в то же самое время укрепить финансовые основы государства, перенаправив в центральную казну доходы провинций, которые прежде оседали в карманах представителей местных династий. Поэтому с 1813 года налоговые округи, которые выставлялись на продажу, могли купить только старшие администраторы той области, в которой они находились. Одним из аристократических семейств, которых удалось обуздать с помощью таких мер, была династия Чапаногуллары из центральной Анатолии: когда в 1813 году умер глава этой династии Сулейман-бей, его владения были переданы государственным чиновникам. Хотя в то время таким способом удалось покорить и некоторых других аристократов, в целом первая попытка лишить могущественных провинциалов источников средств оказалась не слишком успешной. Египетская модель была явно непригодна для империи с ее огромными территориями.
Мехмед Али укрепил свои позиции в Египте, и Махмуд был бессилен его сместить. Пост губернатора Фессалоник, предложенный ему в 1806 году, оказался недостаточно привлекательным, хотя в действительности Мехмед Али был просто необходим для того, чтобы восстановить поруганную честь Османской империи в Хиджазе, где экспансия ваххабитов была в равной степени нежелательна и для Мехмеда Али, и для центрального правительства. В 1811 году началась военная кампания, всю ответственность за проведение которой возложили на Мехмеда Али, хотя имелись некоторые сомнения в отношении того, насколько можно ему доверять, и не присоединит ли он к своим владениям Мекку и Медину. Кампания продолжалась до 1813 года, и к этому времени Мекку и Медину удалось отвоевать у ваххабитов. Сын Мехмеда Али, Ибрагим-паша, был назначен главнокомандующим вооруженными силами в Хиджазе. К 1818 году он захватил столицу саудитов Аль-Дирайя (ныне пригород Эр-Рияда) и сровнял ее с землей, а эмира саудитов отправил в Стамбул, где тот был обезглавлен. В качестве вознаграждения Ибрагима назначили губернатором Хиджаза.
В работах по истории Османской империи XIX века слишком часто говорится о возникновении национальных движений на Балканах как о неизбежном результате «плохого правления» турок в этом регионе и утверждается, что балканские христиане якобы столетиями оказывали героическое сопротивление османским завоевателям, ожидая, когда наступит подходящий момент, чтобы окончательно освободиться. Но такое мнение обходит стороной и сложные исторические процессы, которые привели к расчленению империи, и события, имевшие прямое отношение к формированию каждого из государств, появившихся на ее территории в XIX веке и в начале XX столетия. В данном случае важнее история того времени в целом, а не история сепаратистских националистических движений, участниками которых были христианские подданные, жившие на Балканах, входивших в состав Османской империи. Однако в исторических работах, появившихся в этих государствах, роль националистических движений настолько преувеличена, что мешает пониманию позднего периода империи.
Так, путь, который привел к созданию современного греческого государства, весьма отличался от той прерывистой череды событий, в результате которой появилась независимая Сербия. Жители Пелопоннеса, несомненно, помнили антитурецкое восстание 1770 года, но в начале XIX века у России были другие заботы, и теперь она уже не провоцировала волнения среди своих православных единоверцев, живших в этом отдаленном и отсталом регионе Османской империи, а оказывала помощь только сербам. Тепеделени Али-паша, который с конца 80-х годов XVIII века властвовал в Янине, обладал почти полной независимостью на подконтрольных ему территориях, которые в момент его наивысшего могущества включали в себя значительную часть сегодняшней континентальной Греции и Албании. Эти территории отличались здоровой экономикой, а такие социально опасные явления, как пиратство и бандитизм, находились под постоянным контролем. И хотя он преследовал свои собственные цели и часто проводил независимую экономическую и внешнюю политику, в целом он занимал примирительную позицию в отношениях со Стамбулом. Поэтому, вопреки проводимой султаном Махмудом политике подавления провинциальных аристократов, правительство, проявляя осмотрительность, не спешило на него набрасываться: когда в 1819 году османские политики обсуждали этот вопрос, некоторые из них, обнаружив признаки надвигающегося восстания на Пелопоннесе и Эвбее, опасались, что в такой ситуации вступление в борьбу с Тепеделени Али грозит непредсказуемыми последствиями. Однако в 1820 году после долгих обсуждений в государственном совете султан объявил Тепеделени Али мятежником и направил против него войска, что побудило его поднять антитурецкое восстание в Греции и Албании. Стремившаяся подавить сопротивление Тепеделени Али султанская армия стала испытывать большие трудности, но оставив без внимания советы главнокомандующего войсками в этом районе, Ахмеда Хуршид-паши, правительство настояло на том, чтобы он выполнял только поставленную перед ним задачу, а не посылал войска для подавления беспорядков на Пелопоннесе. Эти беспорядки приобрели форму нападений на мусульманские общины и на символы власти Османской империи. Помимо этого в регионе усилился бандитизм.
Принято считать, что 1821 год знаменует начало движения за независимость Греции от Османской империи. Верное своей политике подавления балканских аристократов, правительство в Стамбуле, похоже, не понимало, какими опасностями грозит вакуум власти на местном уровне. Не понимало оно и того, что, бросив все свои силы на подавление Тепеделени Али, оно оставляет в своем распоряжении лишь немногочисленные войска, которые могло использовать для подавления волнений в других местах. Теперь 25 марта греки ежегодно отмечают свою независимость в память о том дне 1821 года, когда в знак открытого неповиновения османским властям митрополит Старых Патр Герман поднял крест в расположенном на севере Пелопоннеса Калаврите. Неудовлетворенный реакцией своих министров на этот бунт Махмуд в конце марта отправил в отставку великого визиря и шейх-уль-ислама. Правительство призвало православного патриарха Григория V отлучить мятежников от церкви и использовать ее влияние для восстановления порядка. Однако как только масштабы беспорядков на Пелопоннесе стали ясны, его незамедлительно повесили (в пасхальную среду, 22 апреля 1821 года) у ворот патриархата в Стамбуле. Считалось, что он лишился доверия, которое султан оказал ему как лидеру православных подданных империи. Это стало нарушением договоренности между султанами и патриархами, восходившей к эпохе правления Мехмеда Завоевателя.
В марте 1821 года Тепеделени Али-паша оказывал сопротивление османским войскам на западе Балканского полуострова, и адъютант русского царя, генерал и князь Александр Ипсиланти, который заявлял, что его предками были представители благородного византийского рода Комнинов, возглавил небольшую армию, которая перешла Прут и двигалась на юг в надежде получить поддержку со стороны антитурецких элементов в Молдавии и Валахии. Когда известие об этом дерзком походе достигло Стамбула, патриарх предал анафеме и самого Ипсиланти, и его сподвижников, объявив их «безбожными командирами, безрассудными перебежчиками и вредоносными изменниками». Но его все равно повесили. Османское правительство было обескуражено и приняло меры, направленные на то, чтобы разоружить православных греков, которые составляли немалую часть населения Стамбула и Эдирне, а также других крупных городов. Впрочем, в то же самое время султан издал указ, направленный на то, чтобы оградить греков от нападений мусульман. Ипсиланти удалось ненадолго взять в свои руки управление Молдавией, но Валахия находилась в состоянии хаоса (вызванного антибоярским восстанием под предводительством командира ополчения Тудора Владимиреску), а в конце июня его малочисленные войска были разбиты османской армией. Русское правительство не оказало ему поддержку, а сербский князь Милош Обренович (преемник Карагеоргия) не смог ответить на предложение о совместном противодействии туркам. На самом деле неизвестно, была ли экспедиция Ипсиланти скоординирована с беспорядками на Пелопоннесе, или же это был донкихотский поступок человека, мечтавшего о воссоздании на территории османских Балкан Византийской империи, в которой на смену исламу придет православное христианство.