Теперь на ход войны оказывали воздействие события, происходившие далеко за пределами Османской империи. Шансы на успешный исход весьма щекотливых мирных переговоров, инициатором которых был Вильгельм III, зависели от того, как поведет себя изменчивая фортуна по отношению к каждому из участников или потенциальных участников этого конфликта. Вскоре после знаменательной победы австрийцев под Белградом французский король Людовик XIV вторгся в Пфальцграфство, нарушив перемирие 1684 года, согласно которому он клятвенно обещал в течение двадцати лет сохранять мир с императором Леопольдом. Возобновление с октября 1688 года войны с Францией в Западной Европе (войны, которая получила множество названий, таких как Война Аугсбургского союза, Война Великого альянса, Девятилетняя война или Война короля Вильгельма) отвлекло ресурсы Габсбургов от войны с Османской империей, поскольку теперь воевать надо было с двумя непреклонными противниками на двух отдаленных друг от друга фронтах.
10 апреля 1689 года шатры султана были поставлены на равнине Эдирне. Поскольку мирные переговоры, которые вел Зульфикар-эфенди, не слишком продвинулись вперед, Сулейман II столкнулся с необходимостью сдержать свою клятву и, встав во главе османских войск, заслужить титул «Гази». Государственная казна была до некоторой степени пополнена, суровые законы о мобилизации были обнародованы, Йеген Осман-паша и его сподвижники были ликвидированы, а волнения в Анатолии подавлены. Участие султана в военных действиях должно было восстановить уверенность в том, что империя в состоянии уцелеть, но, в то же самое время, являлось отчаянной мерой, направленной на то, чтобы сохранить честь и удержать территорию в ситуации надвигавшейся катастрофы. Вместе с армией султан прибыл в Софию, где занимавший пост губернатора араб Реджеп-паша был назначен главнокомандующим армией. До него эту должность занимал Йеген Осман-паша. Было редкостью, если не беспрецедентным случаем, чтобы араб занимал столь высокую должность. Подобное предубеждение к арабам выразил и Дефтердар Сары Мехмед-паша, который в своих хрониках тех лет пренебрежительно высказывается о происхождении Реджеп-паши, но все же указывает на то, что он прославился своей храбростью. По мнению Дефтердара Сары Мехмеда, проблема состояла в том, что как раз тогда, когда армии был так нужен мудрый и способный главнокомандующий, на эту должность назначили человека, у которого не было хороших отношений с войсками, который не обращался к ним за советом, перед тем как начать действовать, и не задумывался о последствиях своих действий.
События 1689 года показали, что фанфары по поводу «участия» султана в кампании не могут скрыть того факта, что хотя Габсбургов и теснили в других местах, но возможности обороны Балкан стали хуже, чем когда-либо прежде. 12 мая было подписано соглашение о создании новой западной коалиции против французов (в которую вошли Австрия, Англия и Нидерланды), и о своем присутствии на сцене европейской политики решительно заявил король Вильгельм. Этот Великий альянс пришел на смену Аугсбургскому союзу, заключенному в 1686 году между императором Леопольдом и некоторыми из германских князей. Зульфикар-эфенди требовал новых инструкций, соответствующих изменившимся обстоятельствам, и с этой целью отправил в Эдирне своего представителя. Теперь турки склонялись к тому, чтобы принять условия мира, предложенные Габсбургами, и Зульфикар-эфенди получил указание попытаться убедить императора вернуться в Белград и дать согласие на то, чтобы новая граница между империями проходила по линии Сава — Дунай. Помня о той решимости, с которой все участники Священной лиги отвергали возможность заключения сепаратного мира, турки были готовы признать завоевания Венеции на побережье Ионического моря и в Далмации, а также удовлетворить выдвинутое Речью Посполитой требование снести крепость Каменец. Однако в сентябре 1689 года новый французский посол при султанском дворе, маркиз Кастанье де Шатоне, энергично блокировал любую возможность подписания соглашения между Османской империей и Священной лигой, взамен предлагая союз между Османской империей и Францией. Усмотрев в этом шанс восстановить свое былое положение, турки снова лишили себя открывшейся было возможности заключить мир.
Между тем новый главнокомандующий двигался со своей армией на север. Когда в конце августа они подошли к Белграду, пришло известие о том, что впереди вражеские войска. Араб Реджеп-паша приказал своим подчиненным преследовать противника, но враг изменил направление движения, и ночью преследователи попали под вражеский огонь. Оказавшись в дубраве, они потеряли возможность маневрировать и не могли сражаться. Поэтому, бросив тяжелое снаряжение, они побежали назад по дороге, которая вела в Ниш. Реджеп-паша уже не мог ни скоординировать передвижения своих войск, чтобы собрать полезные сведения о противнике, ни даже навести дисциплину среди своих солдат. Они отказались производить перегруппировку в Нише и стали отходить к Софии, чтобы там выразить свое недовольство великому визирю Текирдаглы Бекри Мустафа-паше. Последний удар был нанесен в конце сентября, когда Ниш пришлось отдать австрийским войскам, которые воспользовались тем, что османские войска не сумели защитить мост через бурную реку Нишаву. Разгром под Нишем ускорил массовую миграцию мусульман на юг, через Балканы в Малую Азию, начало которой положило падение Белграда в 1688 году. Теперь она усугубила процесс внутренних перемещений населения, вызванных войной и мятежом.
Падение Ниша стало причиной того, что Реджеп-паша был казнен. Теперь, когда Белград был защищен новой передовой базой, австрийцы сумели взять несколько османских крепостей на Дунае, самой западной из которых был Петроварадин. Открыв новый фронт в Валахии, где им было оказано лишь незначительное сопротивление, австрийцы продвигались в направлении Бухареста до тех пор, пока их не вытеснили силы воеводы Константина Бранковену. Советники султана рекомендовали монарху отойти из Софии в Пловдив, а оттуда в Эдирне. Помимо прочего, при очевидном попустительстве местного православного крестьянства, австрийские войска совершали рейды по тылам Османской империи, углубляясь на юг вплоть до городов Скопье и Костандил, в Македонии. Если балканские мусульмане, пытаясь обезопасить себя, отступали в центральные районы Османской империи, то православные пытались найти убежище за передовыми линиями австрийских войск. Серьезную озабоченность османского правительства вызывало нелояльное поведение тех подданых-христиан, которые не стали защищать укрепленные позиции.
25 октября 1689 года состоялась встреча духовных иерархов, которые пришли к заключению, что нужно вернуть Фазыла Мустафа-пашу (который в это время служил на Хиосе) и назначить его великим визирем. Во время мятежа, который ускорил смещение Мехмеда IV, шейх-уль-ислам Деббагзаде Мехмед-эфенди продемонстрировал свои симпатии к Фазылу Мустафе тем, что отказался дать фетву, которая бы санкционировала его казнь. Подобно своему брату, Фазылу Ахмед-паше, Фазыл Мустафа был духовным лицом, прежде чем он стал представителем военно-административной элиты. В 1656 году, когда гражданские беспорядки угрожали разорвать империю на части, государственные деятели высших рангов обратились к помощи представителя клана Кёпрюлю, поручив ему спасти османские владения, и вот теперь в Эдирне, собравшись в шатре у султана, который дал им аудиенцию, все они выразили единодушное мнение. На этот раз замена великого визиря прошла гладко — Текирдаглы Бекри Мустафа-паша хорошо послужил империи на австрийском фронте, и ему позволили удалиться в свои владения. Но в отличие от своего предшественника, Фазыл Мустафа-паша не поддался искушению заключить мир, воспользовавшись посредническими услугами, которые пытались навязать голландцы и англичане. Вместо этого он начал приготовления к предстоящей кампании, в ходе которой он собирался вернуть османской армии военное счастье.
Придя к власти, Фазыл Мустафа-паша, как прежде это делал его отец, Кёпрюлю Мехмед, принял жесткие меры, сняв с должностей или предав казни всех тех государственных чиновников прежнего режима, которых сочли несоответствующими требованиям новой власти, а вместо них назначил своих людей. Командование армией на австрийском фронте было поручено главнокомандующему янычар Коджа Махмуду-аге, в надежде на то, что он вдохновит своих собственных подчиненных, которые снова раскроют свои легендарные бойцовские качества. В стиле, который напоминал прежние времена, отличавшиеся большей дисциплиной, в корпусе янычар была проведена полная перекличка, в ходе которой имена погибших янычар удалялись из списков, чтобы их товарищи не забирали себе жалованье тех, кого уже нет. Чтобы более эффективно и рационально провести мобилизацию, личный состав других корпусов также прошел перерегистрацию и было установлено их точное местонахождение. Были вызваны войска из Египта и других североафриканских провинций, а военно-морским силам было приказано держать флот наготове, чтобы отразить нападение Венеции. Как и год назад, была объявлена всеобщая мобилизация мусульманского населения.
Радикальным решением, принятым для того, чтобы удовлетворить потребности в живой силе, необходимой армии для проведения кампании 1690 года, стал призыв членов оседлых и кочевых племен Анатолии и Румелии. Были призваны пять тысяч человек из туркменских и курдских племен юго-восточной Малой Азии. Их появление на австрийском фронте обеспечивалось таким нововведением, как назначение гаранта, который нес финансовую ответственность в том случае, если они не прибывали в Эдирне на смотр новых войск. В Румелии был выбран другой подход: чтобы получить освобождение от некоторых налогов, которые обычно с них взыскивались, кочевники должны были принимать участие в военных действиях. В давние времена племена, жившие в балканских провинциях, служили в качестве вспомогательных войск, но начиная с правления Мехмеда II их стали использовать как воинов. Теперь из этих воинов, которых называли «сынами завоевателей», надо было сформировать более или менее регулярные подразделения. Закрепившееся за ними название служило напоминанием о той роли, которую их предки сыграли во время колонизации Балкан.