Наиболее отчетливое выражение признание папой Иоанном XXIII происшедших в мире изменений нашло в его последней энциклике (от 9 апреля 1963 года) «Pacem in Terris». Энциклика была новой и в том отношении, что она обращалась в духе экуменизма уже не только к духовенству, но и вообще к католикам, даже ко всем верующим. Экуменизм получил новое осмысление — как сближение и сотрудничество между различными христианскими конфессиями. Папа принял к сведению, что часть мира отказалась от буржуазного строя, и в связи с этим существенно изменилось положение церкви. Помимо признания социалистических стран де-факто он спроецировал на международную плоскость предложение о разрешении внутренних противоречий: единственно верный путь по отношению к капитализму и социализму — это следование государству Бога (Civitas Dei), посредством чего возможно сосуществование и сохранение мира. Папа Иоанн декларировал в этой энциклике, что, хотя атеизм идеологически неприемлем для христиан, но взаимодействие с любым движением, борющимся за мир, в частности и с коммунистами, не только возможно, но и необходимо. Тем самым Иоанн XXIII переступил ту границу, которую его предшественники установили вокруг церкви со времени появления идей социализма. Энциклика «Pacem in Terris» сделала возможным для Ватикана поиск контактов и связей с социалистическими странами, диалог с марксистами.
Важнейшим событием церковной политики Иоанна XXIII было установление 23 ноября 1961 года непосредственных отношений с Советским Союзом. Тем самым и в церковной политике началась эпоха смягчения напряженности. Первым ощутимым результатом нового курса был прием Иоанном XXIII 7 марта 1963 года дочери Хрущева и ее мужа Аджубея, являвшегося тогда главным редактором «Известий». Через пять недель после этого визита, вышла в свет энциклика «Pacem in Terris». Отказ от закоснелого антикоммунизма означал не сосуществование с марксистско-ленинской идеологией, а лишь терпимость по отношению к общественно-политическому строю, основанному на этой идеологии. Под знаком смягчения международной обстановки и мирного сосуществования «Pacem in Terris» провозгласила взаимодействие с миром, включая в это понятие уже и социалистический мир. Совместная деятельность в интересах мирного будущего человечества сделала возможным, что дух отвержения и предания анафеме потерпел поражение и в Ватикане. В энциклике «Pacem in Terris» Иоанн XXIII отказался от «связывания» судеб церкви исключительно с Западом и открыл путь для конструктивных переговоров с социалистическими странами.
Самым значительным событием в истории католической церкви был, несомненно, II Ватиканский собор (1962–1965), открывший новую эпоху в истории папства. По взглядам Иоанна XXIII, осуществление внутренней реформы — прерогатива не одного папы, но и вселенского собора. Генеральной репетицией вселенского собора стало заседание синода римской епархии, проходившее между 24 и 31 января 1960 года. Папа пожелал, чтобы этот местный собор выросшего до уровня митрополии Рима скорректировал пастырскую работу применительно к изменившимся условиям. Это было первым случаем в истории города, чтобы епископ Рима, папа, спрашивал на соборе мнение духовенства. Духовно-пастырская деятельность большого города требовала современной церкви; таким образом, римский синод стал моделью готовящегося вселенского собора.
После внезапного объявления о созыве вселенского собора Иоанн XXIII уже больше не колебался. 17 мая 1959 года он назначил первую комиссию по подготовке собора. Папа призвал епископов католической церкви, монашеские ордена, университеты внести свои предложения по повестке дня собора, по проблемам, подлежащим обсуждению на нем. 5 июня 1960 года папа по своей инициативе создал центральную подготовительную комиссию собора, которой подчинил десять профилированных комиссий и два секретариата, в задачу которых входила разработка проекта решений собора с учетом мнений, высказанных в огромной массе поступающих предложений. Комиссии под строгим контролем курии составили 73 проекта решений собора, которые были одобрены Центральной комиссией.
Папа нетерпеливо торопил, стремясь ускорить подготовку собора. Одной из причин этого было, несомненно, то, что уже тогда он уже был тяжело болен и знал о своем заболевании раком. Другой, пожалуй, еще более серьезной причиной было его намерение помешать курии саботировать собор. А целью консервативного направления, ссылавшегося на необходимость основательно подготовиться к собору, было поставить его — так же как в свое время сделал Пий IX — перед свершившимся фактом и низвести собор до уровня послушной машины голосования.
25 декабря 1961 года Иоанн XXIII своей апостольской конституцией «Humanae salutis» созвал собор, одновременно объявив I Ватиканский собор закрытым. Принципиальное значение этого акта состояло в том, что тем самым папа воспрепятствовал стремлению интегристов рассматривать этот собор как продолжение I Ватиканского и на этом основании проводить его в прежнем духе. На собор папа пригласил также и отколовшиеся христианские церкви. Открытие собора папа своим решением от 2 февраля 1962 года («Concilium») назначил на 11 октября 1962 года.
На торжественное открытие II Ватиканского собора в храм Святого Петра прибыло 2540 соборных отцов. Заседания собора проводились тоже в этом храме. II Ватиканский собор был самым многолюдным собранием в истории церкви. Впервые в истории церкви 18 некатолических церквей приняли приглашение папы. В своей речи при открытии собора 11 октября 1962 года Иоанн XXIII снова заявил, что задачей собора является соответствующее обновление церкви, ее разумная реорганизация, чтобы тем самым церковь продемонстрировала свое понимание развития мира и подключилась бы к этому процессу. Это был знаменательный момент открытия, момент прорыва. Обращаясь к решениям Тридентского и I Ватиканского соборов, папа высказал пожелание, чтобы результатом настоящего собора стала открытая миру церковь. Выход из изоляции и сепаратизма и приток свежего воздуха в древнее здание церкви могут осуществиться не путем прокламирования новых догм и тем более не путем осуждений, а посредством ясного и современного изложения соответствующих религиозных истин. Папа Иоанн неоднократно заявлял, что церковь располагает уже вполне достаточным количеством догм, дефиниций и суждений; задача собора не в отвергающем, непогрешимом осуждении, а в проведении конструктивных реформ. Действительно, II Ватиканский собор потому и стал эпохальным событием, что не принял ни одной новой догмы.
Первая сессия собора проходила между 11 октября и 8 декабря 1962 года. Председательствовали на заседаниях по очереди десять назначенных папой членов президиума. Некоторые заседания начинались с молитвы, попеременно на латинском и греческом языках. Положительную созидательную работу первой сессии парализовала борьба между поддерживаемой большинством курии консервативной партией интегристов и резко противостоящими ей епископами, принимающими реформаторские взгляды прогрессивных теологов. Успех партии реформ зависел от того, сумеет ли она вырвать из рук курии и консервативной партии руководство собором.
Путч произошел сразу же, на первом заседании, 13 октября 1962 года. Президиум собора предложил, чтобы в состав десяти комиссий собора, занимавшихся разработкой проектов решений и предварительным обсуждением их, были доизбраны и так уж находящиеся там в явном большинстве куриальные и консервативные церковники. Однако выступление прогрессистов во главе с кардиналами Беа и Сюэненсом увенчалось успехом. Французский кардинал Лиенар предложил на заседании отложить довыборы комиссий, поскольку «соборные отцы» еще недостаточно знают друг друга. Это предложение поддержал и кельнский архиепископ кардинал Франгс. Большинство собора приняло предложение оппозиции. Тем самым аджорнаменто одержало первую большую победу на соборе. Президиум отложил заседания собора. 16 октября на выборах список оппозиции собрал большинство голосов. Таким образом, в комиссиях (одна треть членов которых была назначена папой) было обеспечено соответствующее представительство прогрессистов.
Папа, болезнь которого быстро прогрессировала, внимательно следил за заседаниями собора по телевидению. 4 декабря он вдруг выступил с большой речью, в которой позитивно оценил ход заседаний собора, подбодрив тем самым прогрессистов. В это же время папа Иоанн произвел в кардиналы миланского архиепископа Монтини. Он настолько ценил заслуги нового кардинала, что видел в нем своего преемника. Вместе с тем Иоанн XXIII предупреждал кардинала Монтини, чтобы тот был выше соборных дискуссий и сохранял свою беспристрастность в интересах единства церкви.
На первую сессию собора было вынесено для рассмотрения пять проектов (схем): о литургии, об источниках откровения Божьего, о средствах информации, о единстве с восточными (православными) церквами и, наконец, проект структуры церкви, который носил название «De ecclesia» и был одной из главных тем собора. При обсуждении первых двух проектов возникла достаточно острая дискуссия между двумя основными направлениями. В конце концов все проекты вернули в подготовительные комиссии для доработки. Таким образом, на первой сессии ни по одному вопросу не удалось прийти к решению. После закрытия сессии — учитывая ее печальный опыт — созданная согласительная комиссия сократила число предварительных проектов с 73 до 17.
Однако папа Иоанн XXIII не дожил до продолжения собора. Мировое общественное мнение с неподдельным огорчением встретило весть о его кончине. 3 июня 1963 года папа Иоанн пал жертвой распространенной болезни нашего времени — рака. И все же основную свою цель Иоанн XXIII достиг: он вывел церковь из застоя. Тем самым «кратковременный папа» оставил весьма глубокий след в истории церкви, старомодный священник открыл путь для аджорнаменто.
После смерти Иоанна XXIII конклав действительно избрал папой «намеченного им преемника» — им стал кардинал Джованни Баттиста Монтини. Уже в течение ряда лет он считался наиболее вероятным претендентом на папский престол и сознательно готовился к этой задаче. Программой Павла VI (1963–1978) было практическое осуществление дела папы Иоанна, успешное завершение собора и воплощение в жизнь его решений.