Тем энергичнее воспользовался Цезарь представившимся вскоре случаем атаковать главными силами пехоты неосторожно отделившийся легион Помпея. Однако атакованные храбро сопротивлялись, и правый фланг Цезаря вместе с конницей сбился с пути в местности, много раз служившей лагерем для различных отрядов и испещренной вкривь и вкось валами и рвами; вместо того чтобы поддержать левый фланг в атаке на легион Помпея, он попал в узкую траншею, которая вела от одного из прежних лагерей к реке. Таким образом, Помпей, поспешивший с пятью легионами на помощь своим войскам, наткнулся на два крыла неприятельского войска, совершенно разъединенные; одно из них было в безвыходном положении. Когда солдаты Цезаря увидели приближающихся врагов, они в паническом страхе бросились назад; если дело ограничилось потерей тысячи лучших солдат и если армия Цезаря не потерпела полного поражения, то этим она была обязана только тому, что и Помпей не мог свободно действовать на изрытой местности и, кроме того, опасаясь военной хитрости, сдерживал сначала свои войска.
Но все же это были тяжкие дни. Цезарь не только понес очень чувствительные потери и лишился своих укреплений — результата четырехмесячной гигантской работы, — но благодаря последним боям он был отброшен к тому же самому пункту, с которого начал. От моря он был оттеснен решительнее, чем когда-либо, после того как старший сын Помпея Гней частью сжег, частью увел после смелого нападения немногие военные суда Цезаря, стоявшие в гавани Орика, а вскоре после того поджег и оставшийся в Лиссе транспортный флот; вследствие этого Цезарь лишился всякой возможности получить морем из Брундизия дальнейшие подкрепления. Многочисленная конница Помпея, избавленная теперь от стеснявших ее оков, распространилась по окрестностям и грозила сделать невозможным для Цезаря и без того трудное снабжение войска продовольствием. Смелая попытка Цезаря — не имея кораблей, пойти в наступление против господствующего на море, поддерживаемого флотом врага потерпела полную неудачу. До сих пор он находился перед неприступной оборонительной позицией неприятеля и не в состоянии был направить сильный удар ни против Диррахия, ни против неприятельского войска, теперь же от Помпея зависело при самых благоприятных условиях перейти в наступление на противника, и без того стесненного в средствах продовольствия. В войне намечался поворот. До этого времени Помпей, по-видимому, играл в военную игру без твердого плана и организовывал оборону в связи с каждым направленным против него нападением; порицать его за это нельзя было, так как проволочка в войне давала ему возможность обучать своих рекрутов, стягивать резервы и все больше развивать превосходство своего флота на Адриатическом море.
Цезарь был разбит не только тактически, но и стратегически. Это поражение, правда, не имело тех последствий, которых не без основания ждал от него Помпей: немедленного и полного распадения армии вследствие голода и мятежей не допустила необычайная военная энергия ветеранов Цезаря. Однако все же казалось, что только от противника зависит пожать полностью плоды своей победы, доведя до конца преследование.
Помпей мог теперь перейти в наступление, и он на это решился. Ему представлялось три различных пути, чтобы сделать свою победу плодотворной; первый и самый простой состоял в том, чтобы не отставать от побежденной армии и преследовать ее в случае отступления. Далее, Помпей мог оставить в Греции Цезаря с его отборными отрядами и, как это было уже давно подготовлено им, отплыть с главной армией в Италию, где настроение умов было решительно антимонархическое и где военные силы Цезаря после отправки лучших войск и их храброго и надежного начальника к греческой армии были очень незначительны. Победитель мог, наконец, направиться и внутрь страны, соединиться с легионами Метелла Сципиона и попытаться захватить стоявшие там войска Цезаря, который немедленно по прибытии второго транспорта частью отправил сильные отряды в Этолию и Фессалию добывать продовольствие для армии, частью двинул по Эгнатиеву шоссе в сторону Македонии отряд в два легиона под начальством Гнея Домиция Кальвина, который должен был преградить путь корпусу Сципиона, приближавшемуся по той же дороге из Фессалоник, и по возможности разбить его отдельно. Уже Кальвин и Метелл подошли друг к другу на расстояние немногих миль, как вдруг Сципион неожиданно направился к югу и, быстро перейдя через Галиакмон (Ядша-Карасу) и оставив там свой обоз под надзором Марка Фавония, вторгся в Фессалию, для того чтобы с превосходными силами атаковать занятый покорением страны вновь набранный легион Цезаря во главе с Луцием Кассием Лонгином. Лонгин отступил через горы в Амбракию к отряду, посланному Цезарем в Этолию под начальством Гнея Кальвизия Сабина, и Сципион мог только преследовать его своей фракийской конницей, так как Кальвин угрожал его резервам, оставленным близ Галиакмона под предводительством Фавония, готовя им ту же участь, которую Сципион замышлял приготовить Лонгину. Таким образом, Кальвин и Сципион снова встретились близ Галиакмона и долго стояли здесь друг против друга.
Помпей мог выбрать один из этих планов, Цезарю же не оставалось выбора. После упомянутого выше неудачного сражения он начал отступление к Аполлонии; Помпей последовал за ним. Переход от Диррахия к Аполлонии по трудной, перерезанной многими реками дороге был нелегкой задачей для разбитой армии, преследуемой неприятелем, тем не менее искусное руководство ее полководца и поразительная способность солдат к трудным переходам заставили Помпея через несколько дней прекратить преследование как совершенно бесполезное. Теперь он должен был выбрать между италийской экспедицией и походом внутрь страны. Как ни выгоден и соблазнителен был первый план, сколько голосов ни высказывалось за него, Помпей все-таки предпочел не жертвовать корпусом Сципиона, тем более что этим походом он надеялся захватить отряд Кальвина. Кальвин стоял в это время на Эгнатиевой дороге близ Гераклеи Линкестидской, между Помпеем и Сципионом, и после того как Цезарь отступил к Аполлонии, находился дальше от него, чем от главного войска Помпея, и к тому же был в полном неведении и о том, что совершилось при Диррахии, и о своем собственном положении, так как после диррахийских успехов вся страна склонилась на сторону Помпея и гонцы Цезаря всюду были задержаны. Только когда главные силы неприятеля приблизились к нему на расстояние нескольких часов пути, Кальвин узнал от самих неприятельских аванпостов о положении вещей. Тем временем Цезарь беспрепятственно достиг Аполлонии. Немедленно после диррахийской катастрофы он решил по возможности перенести борьбу с побережья внутрь страны, чтобы устранить решающую причину неудачи своих прежних усилий, а именно, неприятельский флот. Поход в Аполлонию имел только одну цель, — доставить раненым безопасный приют там, где находились склады Цезаря, и выплатить солдатам содержание. Как только это было сделано, Цезарь двинулся в Фессалию, оставив гарнизоны в Аполлонии, Орике и Лиссе. В Фессалию же двинулся и отряд Кальвина; здесь Цезарь мог легче, чем в Эпире, получить те подкрепления, которые прибывали из Италии — теперь уже сухим путем через Иллирию, — а именно, два легиона под предводительством Квинта Корнифиция. Поднимаясь по трудным тропам долины Аоя и перейдя через горную цепь, отделяющую Эпир от Фессалии, Цезарь достиг Пенея; туда же был направлен и Кальвин; соединение двух армий произошло, таким образом, кратчайшим путем, наименее доступным для нападений неприятеля. Оно состоялось близ Эгиния, недалеко от истоков Пенея. Первый фессалийский город, перед которым появилось соединенное теперь войско Цезаря, Гомфы, запер перед ним свои ворота; он был быстро взят штурмом и предан разграблению; испуганные этим, остальные города Фессалии покорялись, как только перед их стенами появлялись легионы Цезаря. За этими переходами и сражениями и благодаря, правда, не очень обильным, запасам, имевшимся в области, прилегавшей к Пенею, исчезли последние следы и воспоминания пережитых тяжелых дней. Таким образом, диррахийские победы доставили победителям немного прямых результатов. Помпей с его громоздкой армией и многочисленной конницей не мог последовать в горы за своим быстро двигавшимся врагом; как Цезарь, так и Кальвин спаслись от преследования и, соединившись, находились в полной безопасности в Фессалии. Может быть, самое лучшее для Помпея было бы без дальнейшего промедления отправиться теперь со своими главными силами морем в Италию, где успех едва ли был сомнителен. Однако на первое время только часть флота двинулась к Сицилии и Италии. В лагере коалиции дело с Цезарем считали окончательно решенным боями при Диррахии; оставалось только пожинать плоды победы, т. е. встретить и захватить разбитую армию. Место прежней осторожной сдержанности заняла заносчивость, еще меньше оправдываемая обстоятельствами; никто не обращал внимания на то, что преследование, собственно, не удалось, что надо было готовиться к тому, чтобы встретить в Фессалии вполне отдохнувшую и реорганизованную армию, что было далеко не безопасно, удалившись от моря и отказавшись от поддержки со стороны флота, следовать за противником к выбранному им полю сражения. Было решено сразиться с Цезарем во что бы то ни стало и для этого настигнуть его как можно скорее и возможно более удобным путем. Катон взял на себя начальство в Диррахии, где находился гарнизон из восемнадцати когорт, и в Керкире, где было оставлено триста военных судов. Помпей и Сципион направились к нижнему Пенею: первый, двинулся, по-видимому, по Эгнатиевой дороге до Пеллы, а оттуда — по большой дороге на юг, второй же — от Галиакмона через олимпийские проходы, и они встретились близ Лариссы.
К югу от Лариссы, в равнине, расстилающейся между Киноскефальскими холмами и Офрисским горным хребтом и пересекаемой притоком Пенея Энипеем, стоял Цезарь на левом берегу этой реки, близ города Фарсала; против него на правом берегу Энипея, на склонах Киноскефальских высот, разбил свой лагерь Помпей