Сосланный в заточение, бывший патриарх Никон находился в приязненных отношениях с сим царским духовником, посылал ему подарки и при его посредстве подавал Алексею Михайловичу свои письма и челобитные. Хотя он и не добился возврата из своего заточения, однако последнее было смягчено, и Никон, верный своему строптивому характеру, нисколько не смирился. Он продолжал называть себя патриархом и бранить всех осудивших его, в том числе патриарха Иоакима; ни во что ставил состоявшего при нем пристава и монастырские власти, вообще вел образ жизни, не соответствующий монашеским обетам: сильно поил вином приходивших к нему крестьян и крестьянок, под видом лечения; иногда сам напивался допьяна; к церковной службе ходил редко, а за государя и патриарха не молился, истязал старцев, собственноручно наносил побои своим служкам, стрелял по птицам из пищали и тому подобное. Когда в Ферапонтов монастырь из Москвы приехал к нему дворянин с известием о кончине царя Алексея и с просьбой дать покойному письменное прощение, Никон прослезился и сказал: «Бог простит», но на письме прощения не дал. Доселе хотя и приходили в Москву доносы на зазорные поступки Никона, но им не давали ходу. Теперь доносы принимались охотно, и они участились. Патриарх Иоаким воспользовался обстоятельствами, чтобы смирить своего неукротимого противника, и наиболее важные из доносов представил на рассмотрение духовного собора. По соборному приговору, утвержденному молодым государем, летом 1676 года Никон ради исправления из Ферапонтова монастыря был переведен в Кириллов Белозерский, с приказом содержать его в более строгом заточении, не пускать к нему мирян, ни иноков, не давать ни бумаги, ни чернил и тому подобное. На оправдания Никона, объяснявшего все обвинения клеветой и несправедливостью, не было обращено внимания.
Подобно своему отцу, набожный молодой государь любил иноческий чин и искал с ним духовного общения. Но он нашел его не в виде самолюбивого, строптивого Никона, а в образе смиренного, добродушного Илариона, строителя Флорищевской пустыни в Гороховецком уезде.
Из числа близких к царю придворных чинов особое расположение его приобрели постельничий Иван Максимович Языков и комнатный стольник Алексей Тимофеевич Лихачёв со своим братом Михаилом. Первый в особенности сделался его любимцем, благодаря своему острому уму и приятным манерам. Он-то и указал на старца Илариона, который-де своим житием напоминает святых подвижников древнего времени. Федор Алексеевич пожелал было сам отправиться в пустынь, чтобы принять благословение от старца и просить его молить об исцелении своих болезней. Но Иларион на ту пору приехал в Москву ради некоторых монастырских нужд и пребывал у своего родственника, знаменитого царского иконописца Симона Ушакова. Призванный во дворец, он произвел сильное впечатление своим смирением и душеспасительными речами. После того Федор, тяготясь кипевшими вокруг него дворскими интригами, нередко вызывал в Москву Илариона и любил отдыхать душой в дружеской беседе с умным старцем. Сей последний не злоупотреблял царской дружбой и не пошел по стопам Никона, но по возможности уклонялся от прямого вмешательства в государственные дела и придворные отношения, ограничиваясь внушениями юному царю кротости, справедливости и долготерпения, что не помешало, впрочем, его возвышению по иерархической лестнице. В конце сего царствования мы видим Илариона уже владыкой Суздальским45.
Важнейшим делом внешней политики сего царствования было приведение к концу начатого Алексеем малороссийского вопроса.
Петр Дорошенко, завязавший переговоры о своей присяге московскому царю, все еще колебался, хитрил и сочинял разные условия для присяги, ожидая выручки от своих союзников турок и татар. Но именно этот союз делал его ненавистным малороссийскому народу. Жители Правобережной Украйны продолжали усердно из нее выселяться: часть их уходила на Волынь; но главный поток переселенцев устремлялся на левую сторону Днепра, вопреки всем усилиям Дорошенка тому воспрепятствовать. Правая сторона обращалась в пустыню. Положение ненавистного Дорошенка становилось все труднее, города отпадали один за другим. Только Чигирин с некоторыми из них еще держался его да непостоянный Серко с запорожцами показывал ему приязнь и поощрял к сопротивлению. Московское правительство старалось избегать нового кровопролития, сдерживало Ивана Самойловича, нетерпеливо желавшего стать гетманом обеих сторон Днепра, и приказывало лаской склонять Дорошенка к подданству. Наконец и московское терпение истощилось; надо было покончить с правобережным гетманом, пока не пришли к нему турки и татары. Воевода Ромодановский и гетман Самойлович получили приказ двинуть войска на левый берег и промышлять над Чигирином. Передовые их отряды, московский со стольником Григорием Косаговым и казацкий с бунчужным Леонтием Полуботком, в половине августа 1676 года подошли к Чигирину. Казаки Дорошенка попытались вступить с ними в бой; но скоро его прекратили по приказу своего гетмана. Местный старшина с толпой жителей и духовенство с крестами вышли из города и присягнули московскому царю. Сам Дорошенко с 2000 оставшихся у него казаков отправился за Днепр в стан Ромодановского и Самойловича и сложил перед ними гетманские клейноды, то есть булаву, знамя и бунчук, после чего принес присягу на верное подданство. Чигирин и некоторые другие сдавшиеся города были заняты царскими гарнизонами. С Дорошенко обошлись очень мягко. Сначала его оставили на Украине и водворили в Соснице (местечко Черниговского полка); но потом из предосторожности вызвали в Москву, где он удостоился видеть ясные государевы очи и был осыпан милостями. Его поселили здесь с семьей, дали ему двор и назначили обильное содержание. Дорошенко скучал по родине и неоднократно просил отпустить его на Украйну; но вместо Украйны царь потом дал ему воеводство на Вятке, с жалованием по 1000 рублей в год. Пробыв на воеводстве обычное трехлетье, Дорошенко возвратился в Москву. Царь пожаловал ему большое поместье (в Волоколамском уезде). Он прожил еще немало лет (f 1698 г.).
Так мирно и почетно окончил свое бурное поприще этот энергичный честолюбец, стремившийся идти якобы по стопам Богдана Хмельницкого и пытавшийся с помощью турок и татар сделать из Украйны хотя бы вассальное султану, но самобытное гетманство или государство, а в действительности явившийся ее злейшим врагом и доведший ее до полного упадка и разорения.
Удаление Дорошенко из Правобережной Украйны не прекратило причиненного им зла, то есть притязаний турецкого султана на ее подданство. Султан на место Дорошенко назначил бывшего в турецком плену Юрия Хмельницкого, с пожалованием ему титула не только гетмана, но и князя Малороссийского. Очевидно, турки рассчитывали на громкое и чтимое на У крайне имя его отца. Весной 1677 года в Подолии появились универсалы Юрия, которыми он возвещал о своем назначении и скором прибытии великих турецких сил. Особенно налегал он на Запорожье, где его посланцы вели переговоры с храбрым, но непостоянным атаманом Серком, который не переставал враждовать с гетманом Самойловичем. Серко колебался и не спешил соединиться ни с той ни с другой стороной. В начале августа большое турецкое войско, предводимое сераскиром Ибрагим-пашой, и Юраска Хмельниченко с небольшим отрядом казаков осадили Чигирин. Тут начальствовал московский генерал Трауернихт, который успел наскоро возобновить укрепления верхнего города или замка, где засел с царскими ратными людьми; оборона нижнего города была предоставлена казакам. Неприятель усердно обстреливал оба города, а также вел к ним траншеи и подкопы. Но осажденные делали удачные вылазки и рыли в своих валах пещеры навстречу подкопам, от чего последние при взрыве не причиняли много вреда. В это время воевода Ромодановский и гетман Самойлович успели соединиться и подойти к Днепру. Передовой их отряд переплыл реку и пробрался к городу мимо татар, пришедших с ханом на помощь туркам. После того турки и татары тщетно пытались помешать переправе наших главных сил. Последние 28 августа вступили в бой уже на правом берегу и поразили неприятеля. Попав в неудобное положение между гарнизоном с одной стороны и русскими войсками – с другой, Ибрагим-паша на следующий день зажег свой стан под Чигирином и поспешно ушел, не преследуемый победителями. Мусульманские историки говорят, что крымский хан Селим-Гирей, участвовавший в этом походе, на военном совете более других настаивал на отступлении от Чигирина. Султан Магомет IV, раздраженный этой неудачей, велел Ибрагима-пашу заключить в Еди-Куле (Семибашенный замок), а Селим-Гирея свергнуть с престола. На его место был посажен его двоюродный брат Мурад-Гирей.
Чигирин на сей раз отстояли; но не было никакой вероятности, чтобы турки оставили его в покое и не воротились еще с большими силами. Кроме того, предстоял неизбежный вопрос о запутанных отношениях самой Правобережной Украйны. По Андрусовскому договору она была уступлена полякам, и, хотя большая часть ее, с Дорошенко во главе, отпала от них и поддалась Турции, однако поляки не оставляли на нее своих притязаний. Потом, вследствие присяги Дорошенко московскому царю, Москва фактически завладела прибрежной полосой Тогобочной Украйны, а затем отбила нападение турок; но Польша упорно продолжала всю ее считать своим краем. А тут еще явный раздор Самойловича с запорожским атаманом Серко, который сам метил на гетманство. Поэтому в Москве тревожно смотрели на дальнейшую борьбу с могущественной Турцией и колебались принять какое-либо твердое решение. В Малороссию был отправлен умный московский дипломат, стольник Василий Тяпкин, чтобы сказать воеводе Ромодановскому и гетману Самойловичу милостивое царское слово за успешную оборону Чигирина, а главное, спросить их мнение, как поступить далее: держать ли Чигирин или его разорить и покинуть, особенно ввиду затруднений снабжать его хлебными и боевыми запасами и ратными людьми при постоянных неудобствах днепровской переправы? Оба, и воевода, и гетман, высказались за удержание Чигирина; в особенности Самойлович, стремившийся быть гетманом обеих сторон Днепра, горячо настаивал на том вместе с казацким старшиной, говоря, будто без Чигирина нельзя будет удержать и Киева. Когда же особый московский посланец спросил мнение Серко, тот, наоборот, советовал разорить и бросить Чигирин. В Москве, однако, приняли мнение гетмана и распорядились вновь укрепить город и приготовить все нужное для его обороны. Попытка склонить султана к миру оказалась тщетною. Посланный для того в Царьград стольник Поросуков даже не был допущен до аудиенции. Он обращался за советом к греческому патриарху. Последний советовал не уступать Украйны султану и приводил какое-то ходившее между турками пророчество о том, что они будут побеждены его царским величеством.