Большое напряжение сил, вызванное борьбой за Малороссию, и особенно неудачный исход Чигиринских походов и войны с турками заставили Федора Алексеевича и его ближайших советников выдвинуть вопрос об улучшении ратного дела. В это время едва ли не самым влиятельным лицом при юном царе по высшим государственным делам является молодой боярин и воевода князь Василий Васильевич Голицын, человек, бывавший за границей, очень образованный по тому времени и сторонник западных обычаев, следовательно, близко подходивший в этом отношении к самому Федору Алексеевичу. В ноябре 1681 года царь назначил из думных людей род комиссии по вопросу о лучшем устроении ратного дела и во главе ее поставил именно князя Голицына; а для вящего рассмотрения сего вопроса в комиссию были призваны выборные от стольников, занимавших начальничьи места в войске, от рейтарских и пехотных полковников, стряпчих, жильцов, городовых дворян и детей боярских. В царском наказе для комиссии прямо было указано на последние военные неудачи, происходившие от нашей отсталости в сравнении с неприятелями, и поручалось «переменить на лучшее то, что показалось в боях неприбыльно».
Объявив этот наказ выборным людям, князь Голицын с товарищи спросил, какому ратному строению, по их мнению, пристойнее быть для стольников, стряпчих, жильцов, то есть для тех чинов и статей, к которым принадлежали сами выборные. Последние ответили, что следует расписать их не в сотни, а в роты и вместо сотенных голов пусть будут ротмистры и поручики, и притом «без места», а кому в каком чине укажет быть великий государь. Царь соизволил на эту меру. Составлены были именные списки ротмистров и поручиков. Выборные били челом, что они-то со своими родственниками расписаны, а знатных родов, каковы Трубецкие, Одоевские, Куракины, Репнины, Шеины, Троекуровы, Лобановы-Ростовские, Ромодановские и прочие, в этих списках нет, а потому пожаловал бы великий государь велеть, чтобы и тех родов молодые люди были здесь записаны, дабы впредь от них «в попреке и в укоризне не быть»; да и не одним молодым, а всем боярам, окольничим, думным и ближним людям быть в приказах, в полках, в городах, у посольских и всяких дел без мест, а где кому великий государь укажет, и чтобы впредь разрядом и местами не считаться, а разрядные случаи оставить и местничество искоренить.
Так прямо и просто подошли к главному вопросу выборные люди дворянского сословия; возможно предполагать, что он подсказан был председателем комиссии и с соизволения самого царя. Князь Голицын доложил государю челобитные выборных. Для обсуждения его Федор Алексеевич назначил соединенное заседание Боярской думы с Освященным собором на 12 января 1682 года. Тут, когда князь Голицин прочел челобитные выборных людей, царь обратился к патриарху и архиереям с горячим словом, указал на свою священную обязанность «устроять и укреплять православных христиан к лучшему состоянию», на вред, приносимый местничеством в военном деле, на старание его деда и отца ослабить этот вред безместием в походах, на конотопское и чудновское поражения и так далее. В заключение спрашивал мнения иерархов относительно челобитной выборных. Патриарх Иоаким от имени церковных властей ответил полным ее одобрением и благословением царю на отмену местничества. Затем государь спросил мнения бояр, всех думных и ближних людей. Получился тот же ответ и с их стороны. Федор Алексеевич объявил тогда совершенное уничтожение местнических счетов на будущее время; а чтобы закрепить это решение, приказал князю Михаилу Юрьевичу Долгорукову и думному дьяку Семенову принести из Разрядного приказа разные дела по таковым счетам и предать их огню в сенях Передней палаты. При сем сожжении присутствовали от лица государя упомянутые князь Долгоруков и Семенов, а от лица патриарха – все архиереи. Но родословные боярские книги царь велел хранить и указал иметь в Разряде общую родословную книгу, которую пополнить именами вновь выслужившихся родов при державе его деда и отца, кроме того, выписать в особые книги их службы из полковых росписей, посольских списков и десятен. Ослушников указа, то есть будущих местников, предписано наказывать лишением государской милости, «бесповоротным» отобранием поместий и вотчин. Тот же князь Долгоруков объявил этот указ на Постельном крыльце всем стольникам, стряпчим, дворянам и жильцам. Вопреки прежним московским обычаям, царь скрепил соборный приговор собственноручной подписью. За ним подписались патриарх и церковные власти, потом бояре и думные люди, а затем выборные люди.
Полный успех этой меры, то есть действительное после нее прекращение местничества, показывает, что оно уже было вполне устаревшим обычаем и не соответствовало народившимся новым понятиям и нравам в самом русском обществе. Однако нельзя сказать, чтобы родовитое боярство без сожаления рассталось с сим обычаем. Оно, конечно, уступило решительному соизволению государя и влиянию его молодых советников. Возможно, что со стороны последних (а особенно князя В.В. Голицына) был употреблен какой-то дипломатический прием, чтобы отклонить или смягчить оппозицию родовитого боярства. На это намекает один дошедший до нас проект, явившийся, очевидно, не без связи с отменой местничества. Вскоре после этой отмены или одновременно с нею составлена была, по совету бояр, роспись наместничествам, на которые предполагалось разделить Московское государство, а наместничества эти распределить между членами Боярской думы, по степени их старшинства. Во главе росписи поставлен первый боярин как начальник судебного ведомства в царствующем граде Москве, соответствовавший византийскому Доместику фем (Δoμεδτιχoσ Θεματων). Потом следуют дворовый воевода или севастократор, наместник Владимирский, воевода Северского разряда, наместник Новгородский, воевода Владимирского разряда и так далее, всего 34 степени. В предыдущее время обыкновенно при отправлении посольских дел чиновникам давались титулы наместников того или другого города; но это был чисто поминальный почет. Теперь же как будто предполагалось с сими титулами соединить и действительное их значение. С одной стороны, по упоминанию при некоторых титулах соответствующего византийского чина тут видно влияние византийских воспоминаний. С другой – можно предположить вошедшее тогда в силу польское влияние и подражание польско-литовским воеводам и каштелянам, которые, будучи членами сената, в то же время стояли во главе и областного управления. Судя по некоторым данным, предполагалось связать с этим гражданским делением государства и его деление церковное или епархиальное, может быть, по образу польско-литовских епископов, которые уже по самому своему сану были членами сената. Но весь этот проект рушился, благодаря несогласию патриарха Иоакима, к которому он был представлен на рассмотрение. Патриарх указал на опасность, которая может угрожать царскому единовластию и самодержавию от постоянных и «великородных» наместников, и при сем напомнил бедственные времена разделения России на удельные княжения. Но уже сама легкость, с которой был после этого оставлен сей проект, свидетельствует, что царь и его ближайшие советники не придавали ему важного или серьезного значения.
Что касается отмены местничества, то подобное, столь долго существовавшее и вкоренившееся явление, разумеется, не могло легко и быстро исчезнуть из истории и время от времени потом напоминало о себе разными местническими случаями; но они были сравнительно редки и незначительны. С одной стороны, масса дворянского сословия, подобно польской шляхте, стремилась уровнять с собою в правах (демократизировать) боярскую знать; с другой – самодержавная власть все решительнее ставила службу и царскую милость выше знатной породы, чем подготовляла новый и очень разнообразный состав русской аристократии.
Рядом с делами собственно гражданскими правительству Федора Алексеевича немало причиняли забот и дела церковные, особенно успехи раскола. Еще и двадцати лет не прошло от его начала, а он уже распространился на отдаленные окраины государства, каковы в особенности донское казачество, Северное Поморье и Сибирь. На Дон уходили некоторые попы и чернецы, устраивали там, в глухих местах, приюты или пустыни, где служили по старым книгам и перед старыми иконами и смущали окрестных жителей хулою на новые иконы и новоисправленные книги. В Поморском краю было сильно влияние Соловецкого монастыря; после его погрома уцелевшие иноки рассеялись по всему краю и, как потерпевшие за правую веру, находили особое сочувствие среди населения. Сибирь, или собственно Тобольская область, манила расколоучителей своими удобствами скрываться от правительственного надзора в глухих, пустынных местах. Они строили там часовни, около них кельи; совершали церковные службы, за которыми не поминали царя, патриарха и своего местного митрополита; троеперстие проклинали, а четырехконечный крест на просфорах называли латинским крыжем, антихристовой печатью. Их проповеди и рассказы о чудных видениях привлекали многих людей в эти пустыни, где они и постригались. Тобольский воевода боярин Петр Васильевич Шереметев начал посылать ратных людей, чтобы захватывать расколоучителей с их последователями и предавать их гражданскому суду со всеми его суровостями. Но такие грубые меры возбуждали фанатизм среди раскольников и желание пострадать за правую веру: они сжигались еще до прихода ратных людей или запирались в каком-либо дворе, натаскивали туда пеньки, смолы, бересты и угрозою поджечь все это удерживали сыщиков от насилия. Случалось, что из такого добровольного заключения раскольники посылали на царское имя челобитные, в которых жаловались на притеснения от приказных и служилых людей; уверяли, что их напрасно называют еретиками и раскольниками, что они держатся старого благочестия, утвержденного апостолами, семью вселенскими и девятью поместными соборами. Ссылались при сем на подходящие изречения Святого Писания и Отцов Церкви, например: «аще и ангел с небеси благовестит вам иначе, анафема да будет» или «аще кто пребудет в правде, утвержденной вселенскими соборами, спасен будет, а кто отступит, погибнет вовеки» и тому подобное.