Уже в 1682 году, как скоро утихло в столице мятежное движение, поднятое стрельцами и раскольниками, иеродиакон Чудова монастыря Карион Истомин подал царевне Софье изложенную виршами просьбу о совершении дела, начатого ее братом. Однако просьба эта пока не имела успеха. Спустя с небольшим два года (в январе 1685 г.) то же ходатайство и также в стихах возобновил влиятельный при дворе Сильвестр Медведев, который, очевидно, рассчитывал стать во главе проектированного высшего училища. Но патриарх Иоаким отнюдь не желал поручить его своему латинствующему противнику. Делу грозила новая отсрочка, если бы случайно в том же 1685 году в Москву не приехали греческие наставники, о присылке которых просил восточных патриархов московский двор еще при Федоре Алексеевиче. То были два брата иноки Иоанникий и Сафроний Лихуды. Они происходили из знатной византийской фамилии, переселившейся на остров Кефалению, а образование свое получили в Венеции и Падуе, после чего занимали на родине должности преподавателей и проповедников. В Москве они встретили ласковый прием при дворе и нашли себе покровителя в лице князя В.В. Голицына, большого почитателя ученых людей. При его помощи в Заиконоспасском монастыре было выстроено обширное здание для будущей академии. В следующем, 1686 году высшее училище было торжественно открыто в присутствии патриарха и Освященного собора. Сюда были переведены ученики из типографской школы; кроме того, поступило в учение несколько десятков из дворян и детей боярских, из монахов, священников и прочих. Лихуды начали преподавать, отчасти на греческом, отчасти на латинском языке, обычные тогда науки, а именно: грамматику, пиитику, риторику, логику и физику.
Уже при самом начале своей московской преподавательской деятельности братья Лихуды принуждены были принять близкое участие в помянутом споре о времени пресуществления. Патриарх Иоаким воспользовался сими учеными греками, чтобы противопоставлять их латинствующей партии и ее главе Медведеву. Последний, обманувшись в своих расчетах на место блюстителя или ректора академии, очень недружелюбно отнесся к Лихудам и даже завел с ними тяжбу о земле, которая отошла от его монастыря под академию. Почти одновременно (1687 г.) Медведев в защиту своего мнения написал довольно обширное сочинение, озаглавленное «Манна» (собственно: «Книга о манне хлеба животнаго»); а Лихуды в опровержение сего мнения сочинили «Акос, или Врачевание, противополагаемое ядовитым угрызениям змиевым». Полемика не замедлила разгореться. Один из сторонников Медведева дьякон Афанасий против «Акоса» выпустил «Тетрадь на Иоанникия и Софрония Лихудов», а последние в ответ ему «Диалоги Грека учителя к некому Иисуиту». Эта полемика о священном таинстве Евхаристии – полемика письменная, а еще более устная – возбудила живейший интерес в московском обществе, которое своею чуткостью к отвлеченным вероисповедным вопросам напоминало общество византийское первой половины Средних веков. По современному свидетельству (книги «Остена», изданной под руководством Иоакима), не только мужчины, но и женщины принялись обсуждать момент пресуществления, заводить о нем собеседования и словопрения при всяком случае, даже на торжищах и на пирах, кстати и некстати («временно и безвременно»). «И от такого их нелепого любопрения прозябоша свары и распри, вражды и ересь хлебопоклонная». Так как сия последняя пришла в Москву вместе с некоторыми южнорусскими книгами (требник Петра Могилы, екзегезис С. Коссова, известный Литое той же эпохи и пр.), то патриарх Иоаким с вопросами о них обратился к малорусским иерархам, именно к киевскому митрополиту Гедеону Четвертинскому, черниговскому архиепископу Лазарю Барановичу и архимандриту Киево-Печерской лавры Варлааму Ясинскому. Но южнорусские иерархи или отмалчивались, или отвечали уклончиво. Мало того, когда «Манна» Медведева и полемика Лихудов были отосланы в Киев на обсуждение, то ученые киевские, угождая Софье и Голицыну, оправдали «Манну» и осудили ее противников. Возмущенный Иоаким обратился к восточным патриархам и от них получил подтверждение того, что мнение Лихудов о таинстве Причащения согласно с учением православной церкви. Иоаким созвал в 1689 году церковный собор, который предал анафеме хлебопоклонную ересь и осудил Медведева на заточение, хотя сей последний подал собору покаянное отречение от своей ереси. Но это произошло уже после падения Софьи и Голицына. Начавшееся влияние малороссийских иерархов и ученых на Великорусскую церковь и культуру вследствие означенного столкновения на время сократилось и притихло, но только для того, чтобы потом воспрянуть с новой силою51.
Сейчас мы упомянули киевских иерархов, именно митрополита Гедеона и архимандрита Варлаама.
По смерти знаменитого Иннокентия Гизеля преемником ему местное духовенство выбрало игумна Пустынно-Никольского монастыря Варлаама Ясинского (1684 г.). Киево-Печерская лавра как ставропигия считалась в непосредственной зависимости от цареградского патриарха, который обыкновенно и ставил ей архимандрита. Но гетман Самойлович по сему поводу, вместо цареградского, обратился к московскому патриарху за благословением на выборы и за утверждением избранного. Это был первый шаг к церковному подчинению Киева Москве. Теперь предстояло сделать второй, гораздо важнейший, по поводу выборов митрополичьих. Киевская кафедра вдовствовала уже десятый год при номинальном местоблюстительстве престарелого Лазаря Барановича. Усердный к православию, гетман Самойлович указывал на происходившие отсюда церковные нестроения в Малороссии и обращался в Москву с просьбой о разрешении выбрать митрополита, притом искренне преданного московским властям. Патриарх Иоаким начал действовать в согласии с гетманом и известил его о царском разрешении и своем благословении на сии выборы.
Около того времени в гетманской резиденции Батурине, именно в Крупецком монастыре, поселился луцкий епископ князь Гедеон Святополк-Четвертинский (Четвертинские вели свой род от великого князя Киевского Святополка II). Он был поставлен на епископскую кафедру митрополитом Дионисием Балабаном. Так как Луцкая епископия находилась в польских пределах, то ему пришлось бороться с папистами, которые всеми способами принуждали его к унии. Наконец, не стерпев гонения, он покинул свою паству и удалился на левую сторону Днепра под защиту православного казацкого гетмана. Как архиерея смиренного и непритязательного, его-то и наметил властолюбивый гетман кандидатом на митрополию; но пока хранил о том молчание. Снесясь с черниговским архиепископом, киево-печерским архимандритом и игумнами важнейших малороссийских монастырей и получив от них письменное благословение, Самойлович устроил в Киеве выборы, на которые представителем своим прислал войскового есаула Ивана Мазепу с четырьмя полковниками (черниговский Василий Борковский, переяславский Леонтий Полуботок, киевский Григорий Карпов и нежинский Яков Журавский). Для сих выборов в киевском Софийском храме собрались игумны, протоиереи и священники. Председательствовал архимандрит Ясинский, так как не ладивший с гетманом архиепископ Баранович не приехал. Мазепа и полковники постарались сообщить под рукой духовенству о гетманском желании, которое и было исполнено: 8 июня 1685 года единогласный выбор пал на епископа – князя Гедеона Четвертинского. Осенью новоизбранный отправился в Москву, в сопровождении нескольких игумнов и протопопов (в числе их был игумен Выдубецкий Феодосий, впоследствии черниговский владыка, ныне причтенный к лику святых). Здесь Гедеон и был посвящен в сан митрополита патриархом Иоакимом (8 ноября). Московское правительство согласилось подтвердить права и вольности малороссийского духовенства, считать киевского митрополита первым между русскими митрополитами, в суды его не вступаться и прочее. Так мирно и беспрепятственно совершилось подчинение древней Киевской митрополии московскому патриарху, благодаря в особенности тому обстоятельству, что Гедеон был чужд эгоистическим стремлениям своих предшественников к самостоятельному, независимому положению. Но дело не могло считаться оконченным, пока от цареградского патриарха не получилось формального на то согласия. Московские хлопоты по сему поводу начались в Константинополе еще в предыдущем году, а потом продолжались и после посвящения Гедеона. Патриарх Иоаков отклонял решение вопроса, ссылаясь то на болезнь великого визиря, то на необходимость спросить совета других патриархов. Наконец затруднения были устранены с помощью щедрой раздачи соболей и золотых, но уже при патриархе Дионисии, вскоре сменившем Иокова, и с согласия самого султанского правительства. Московским посланцам выданы были грамоты от имени вселенского патриарха и его синода на отделение Киевской митрополии и подчинение ее московскому патриарху (1686 г.). Турецкое правительство, угрожаемое тогда австро-польским союзом, старалось отвлечь Москву от сего союза, а потому охотно исполнило ее просьбу относительно киевской кафедры.
Однако туркам не удалось отвлечь Москву от направленного против них союза.
Радение гетмана Самойловича об устройстве церковных дел на Украине и старания о теснейшей ее связи с Москвой (для чего предлагал несколько тысяч великорусских семей переселить в главные украинские города) тем более заслуживают внимания истории, что в это время его постигло сильное семейное горе.
Гетман породнился со знатной боярской фамилией Шереметевых; один из членов сей фамилии, Федор Петрович, женился на его дочери Пелагее Ивановне. Но брак не был счастливым. Отец Федора известный боярин Петр Васильевич, при своей гордости и тщеславии, отличался еще и скупостью, так что давал скудное содержание сыну. А при недружелюбных отношениях отца с всесильным князем Голицыным сын не пользовался щедростью и со стороны правительства. Гетман с женой очень огорчался, смотря на нужду, которую терпела в Москве их дочь. Желая иметь ее ближе к себе и снабжать хозяйственными запасами, он стал хлопотать о том, чтобы зятя его назначили воеводой в Киев. Желание его было исполнено; но недолго пришлось родителям утешаться близостью дочери. Пелагея Ивановна Шереметева скончалась в марте 1685 года, вскоре после родов; а спустя месяца три умер и старший любимый сын гетмана Семен, полковник Стародубский. Патриарх Иоаким и сам В.В. Голицын прислали гетману сочувственные письма, которыми старались утешить его в несчастье.