Взаимные обвинения в измене, толки и пересылки Украйны с Москвой о выборе настоящего гетмана разрешились только в следующем, 1663 году. Государь послал окольничего князя Даниила Великого Гагина с указом всем властям, чтобы собрать большую черную раду, которая должна выбрать гетмана вольными голосами по старым войсковым правилам, утвержденным переяславскими статьями при Богдане Хмельницком. Эта рада собралась под Нежином. Несмотря на возражения взаимнопомирившихся Самка и Золотаренка, к участию в этой раде допущен был Брюховецкий со своими запорожцами, о чем хлопотал епископ Мефодий, который и сам прибыл на раду. Черная рада началась 17 июня. Одни закричали: Брюховецкого! Другие: Самка! Вопрос был решен силой, запорожцы и вообще сторонники первого бросились в драку на самковцев и одолели их. Самко протестовал против насильственного выбора своего противника и потребовал новой рады. На другой день, 18 июня, собрали раду опять. Тут Брюховецкий был выбран подавляющим числом голосов, ибо на его сторону успели перейти самковцы. Тогда Гагин утвердил его избрание, а епископ Мефодий в местной соборной церкви Св. Николая привел его к присяге на верность великому государю. Новый гетман ознаменовал свое торжество тем, что дал волю запорожцам побить некоторых полковников и заменить их людьми преданными. Мало того, он, вместе с Мефодием, испросил у московского правительства разрешение отдать на войсковой суд людей, обвиняемых в измене. Этот суд приговорил к смертной казни нескольких человек из старшины; в их числе потом были казнены Самко и Золотаренко. Несколько других обвиненных в оковах отправили в Москву. Самко и Золотаренко, конечно, не были образцами добродетели; но, как мы видели, они оказали немалые услуги Москве и ни в коем случае не заслуживали такой жестокой кары. Измена их не была доказана, и они погибли жертвой клеветы и злобы коварного Брюховецкого, которому великороссийское правительство выдало их так же неосновательно, как впоследствии Искру и Кочубея столь же коварному Мазепе. Вообще московские правители долгое время не могли разобраться в украинских отношениях и лицах и постоянно делали промахи как в выборе последних, так и в своих с ними поступках.
Брюховецкий первые годы своего гетманства, по-видимому, усердно служил Москве в борьбе с поляками и казаками-изменниками. Эта борьба велась большей частью мелкими партиями и осадами или обороной городов. Подущениями правобережного гетмана Тетери некоторые поднепровские города на левом берегу передались на его сторону, каковы Кременчуг, Поток и Переволочна; сюда явился его наказной гетман Петр Дорошенко; с русской стороны действовал небольшой конный отряд московского стряпчего Григория Косагова, с которым по временам соединялся Серко с горстью запоржцев и калмыков. Чтобы отвлечь татар от помощи полякам, они ходили также под самый Перекоп и в октябре едва не взяли татарскую крепость. Брюховецкий, подкрепленный воеводой Хлоповым, между тем отобрал изменившие поднепровские города. Но в это время в Москву пришла тревожная весть о том, что король собирает силы и снова зовет крымцев, чтобы лично напасть на Левобережную Украйну и отвоевать ее так же, как он почти отвоевал Белоруссию. И гетман Брюховецкий, и епископ Мефодий усилили свои просьбы о присылке большого войска для обороны Киева и всей Украйны. Мефодий еще дружит с гетманом и хвалит царю его службу, конечно надеясь с его помощью достигнуть митрополичьей кафедры; он только предупреждает о непостоянстве и шатости малороссийских жителей вообще. Коварный Брюховецкий, наоборот, уже подкапывается под Мефодия, находя его преданность Москве неудобной для своих стремлений к увеличению гетманской власти и своему личному обогащению. Он лицемерно изъявляет желание, чтобы на киевскую митрополию было поставлено лицо из московского духовенства; между тем втайне дает знать, что киевские монахи находятся в сношении с Тетерей, а старица Ангелина, которая учит грамоте дочь Мефодия, передает Тетере и полякам все, что услышит от своей ученицы. Он жалуется тоже на медленность князя Ромодановского, который не спешит с ним соединиться. «Приход королев на Украйну дело великое, – пишет он киевскому полковнику Дворецкому, – от них ничем не откупишься, а я своей лысой головой силы неприятельские не сдержу». Из Москвы дьяк приказа Тайных дел Башмаков привез подарки казацкой старшине; но в то же время потребовал от нее новой подписи переяславских статей, на которых присягал Юрий Хмельницкий. Гетман и старшина отговариваются военным временем, разорением страны и разделением ее после Юрия на две части. Особенно им не нравятся статьи о сборе городских и земских доходов в царскую казну и на жалованье Войску Запорожскому, так как эти доходы гетман и старшина обращали в свою пользу. 19 ноября, однако, на съезде в Батурине они подписали статьи. Но Башмаков продолжал предъявлять разные требования; между ними главное и обычное место занимало крепостное право, то есть обязательство впредь не принимать в малороссийские города московских служилых людей, боярских холопей и крестьян, а настоящих беглецов сыскивать и отправлять на прежние места; далее требовалось сделать перепись казакам, мещанам, крестьянам, их землям и угодьям, а также всем арендам и торговым дворам для обложения их оброком, запретить малороссиянам ездить в московские земли с вином и табаком, выдавать хлебные запасы на прокормление московским ратным людям в Малороссии и прочее.
Нашествие короля между тем началось.
Ян Казимир успел собрать до 40 000 коронного войска вместе с казаками гетмана Тетери; к нему должно было присоединиться вспомогательное татарское полчище. С королем шли лучшие польские военачальники, каковы, кроме коронного гетмана Потоцкого, Чарнецкий и будущий король Ян Собеский. С ним же должны были соединиться литовские гетманы Сапега и Пац. После покорения всей Украйны Ян Казимир грозил идти на самую Москву. Но там знали о надвигавшейся опасности и, в свою очередь, придвинули к юго-западным границам войска, которые только можно было собрать; начальство над ними вручили Якову Куденетовичу Черкасскому с товарищи. На Украйне с гетманом Брюховецким соединился известный белгородский воевода князь Григорий Григорьевич Ромодановский.
Под Ржищевом польское войско перешло Днепр. Время года было выбрано неудачно для похода. Наступил уже ноябрь месяц, и стояла ненастная погода. Приходилось двигаться по глубоким черноземным грязям и топким болотистым местам; надежда найти достаточное продовольствие в плодоносной Украйне была обманута, лошади падали от бескормицы; жители, вместо ожидаемой покорности, враждебно относились к полякам; а союзные татары своей страстью к разорению и полону еще более возбуждали украинцев против поляков. Эти хищные союзники оказали им мало помощи, потому что встретили тут своих степных соперников, еще более свирепых и диких – калмыков. Около того времени поступившие под высокую руку московского государя калмыки прислали несколько тысяч своих наездников на помощь царским казакам. Эти темно-желтые устрашающие своим видом наездники искусно действовали стрелами, а еще лучше копьями, они особенно наводили страх на крымцев тем, что не давали пощады и не брали пленных, а убивали всякого попавшего в их руки. Татары в первое время так их боялись, что при встрече с ними не выдерживали и обращались в бегство. Притом Серко и Косагов с запорожцами и калмыками сделали набег на Крым, чтобы отвлечь татар, и действительно, часть последних вскоре оставила своих союзников и поспешила на защиту собственных улусов. Несколько незначительных городов (в насмешку называемых «курятниками») вначале сдались полякам; но тем окончились их успехи. Другие города, лучше укрепленные и вооруженные, пришлось брать осадой или приступом и терять много людей; а Ромодановский и Брюховецкий, по указу из Москвы, отступили к Путивлю; но постоянно тревожили неприятели мелкими отрядами, которые перехватывали партии фуражиров. Король дошел до Остра на Десне и здесь на некоторое время остановился. В январе 1664 года он двинулся далее и подступил к Глухову; французские инженеры, находившиеся в польской службе, тщетно обстреливали эту неважную крепость (отнесенную к разряду «курятников»); ее земляные валы, политые водой, покрылись ледяным слоем, по которому скользили ядра; а засевший в ней казацкий гарнизон мужественно отбивал отчаянные приступы; его одушевлению и стойкости немало содействовали своими увещаниями глуховские священники, с протопопом Иваном Шматковским во главе. Король упорствовал; Чарнецкий сам ходил на штурм, но крепость устояла. Пришло известие, что на помощь ей двигается гетман Брюховецкий с князем Ромодановским, а запорожский кошевой Серко вошел в Западную Украйну и успешно возмущает ее против короля. Последний со стыдом отступил от Глухова и двинулся на север; тут соединилось с ним литовское войско, предводимое Пацем и Полубенским. Затем следовали бесплодный поход Полубенского в Карачевский уезд и неудачная попытка самого короля на Новгород-Северский; мещане и казаки, убеждаемые пребывавшим здесь епископом Лазарем Барановичем, сохранили верность царю и усердно помогали московскому гарнизону выдержать осаду и бомбардировку города. Наступила оттепель и весенняя распутица. Ян Казимир, теснимый полками Ромодановского, Хлопова, П.В. Шереметева и Брюховецкого, отступил на Кричев и Могилев, а в мае воротился в Вильну. Куденетовича обвиняют в том, что он не умел совершенно уничтожить польское войско. Во всяком случае, широко задуманное, но плохо и не вовремя исполненное нашествие Яна Казимира на Восточную Украйну окончилось полной неудачей. Успеху обороны, как видно, много помогало местное православное духовенство. Кроме епископа Мефодия, Лазаря Барановича и глуховского протопопа Шматковского, в эту тяжелую годину выдвинулся еще нежинский протопоп Симеон Адамович, который не ограничил свою деятельность одним Нежином, а рассылал вообще по Украйне письменные увещания, чтобы горожане и казаки не склонялись на королевские прелести (т. е. льстивые грамоты).
Правобережное православное духовенство также старалось вновь возбудить движение против поляков и тем именно способствовало успеху Серка во время его вторжения в южную часть Западной Украйны. При его приближении местные горожане сами принимались истреблять ляхов и жидов. На сторону царя перешли полки Браславский и Кальницкий, поднестрянские города Могилев и Рашков, Уманский повет и прочие. Соединясь с Косаговым, Серко осадил Чигир