Во время пребывания Суханова в Молдо-Валахии у него произошло вероисповедное столкновение с греками; хотя он был послан именно за тем, чтобы удостоверить чистоту их православия.
В марте 1650 года, проезжая из Ясс в столицу Валахии Терговище, где тогда находился патриарх Паисий, старец Суханов остановился на ночлег в одном сербском подворье святогорского Зографского монастыря. Тут сербский игумен рассказал, как незадолго до того на Афоне в этом именно монастыре греческие монахи набросились на одного старца-сербина за то, что он крестился двумя перстами. Старец в доказательство своей правоты сослался на старинную сербскую рукопись и на книги московской печати (Кириллова книга, Псалтырь и пр.). Греки объявили двуперстие ересью и сожгли московские книги вместе с сербской рукописью; едва не сожгли и самого старца. Игумен, рассказав это событие, жаловался вообще на греков, на их гордость и вражду к славянам, над которыми они хотят всегда властвовать. На Арсения Суханова эти речи и самый рассказ о сожжении московских книг произвели сильное впечатление. Проживая в Терговицком греческом монастыре в ожидании совместного с патриархом Паисием отъезда в Иерусалим, он несколько раз вступал с греками в горячие прения о вере. Они начались с вопроса о перстосложении для крестного знамения. Арсений отстаивал двуперстие, которое водворилось на Руси со второй половины XV века и было подтверждено Стоглавом. Оно же господствовало в Малой России и в Сербии. А греческие монахи, с самим патриархом во главе, называли такой обычай еретическим и защищали триперстие, называя его исконным и настоящим в христианской церкви. В действительности оба способа употреблялись в ней в различное время и у разных народов. Сами греки в X–XII веках употребляли двуперстие, которое от них перешло отчасти и к славянским народам. Поэтому спор, не имея под собой твердой исторической почвы, не приводил ни к какому решительному выводу. Среди терговицких греков находился ученый дидаскал Паисий Лигарид; патриарх потребовал, чтобы он в писаниях Св. Отец отыскал доказательства в пользу триперстия; но Лигарид отказался и даже склонился на сторону Суханова. Прения не ограничились одним перстосложением, а коснулись и других обрядовых сторон. Между прочим, русский монах упрекал греков за то, что они крестятся не троекратным погружением, а чрез обливание или окропление, что они молятся в одной церкви вместе с еретиками армянами, римлянами и прочими; вообще указывал на порчу греческих церковных преданий во времена турецкого ига и ставил русское православие выше греческого. Но в Москве, куда опять ездил Арсений по делу вора Тимошки и где доносил о своих прениях, не одобрили его неприязненного к грекам отношения и приказали быть сдержаннее.
Не дождавшись отъезда патриарха Паисия, Арсений Суханов весною 1651 года без него отправился в Царьград, а оттуда морем в Египет, где беседовал с александрийским патриархом, и только осенью сего года он достиг Иерусалима. Здесь он пробыл более полугода, в ожидании праздника Светлого Воскресения, так как имел от царя поручение главным образом проверить чудо явления Святого огня в Великую субботу. Повинуясь московскому внушению, Арсений теперь держал себя смирно по отношению к грекам и особенно к патриарху Паисию, вернувшемуся в Иерусалим. Но он продолжал тщательно наблюдать за греческими обрядами и обычаями и вести свои записки, которые потом сделались известны под именем Проскинитарий. В последнем он откровенно говорит о многих церковных нестроениях и беспорядках, особенно поражается недостатком благочиния и опрятности в храмах. Он подробно рассказывает о выходе патриарха из часовни Гроба Господня с пуками горящих свеч и зажигании их у народа, но ничего не говорит о самом чуде, то есть о явлении огня внутри часовни. Вероятно, свои наблюдения на этот счет он сообщил изустно в Москве, куда отправился уже не морем, а сухим путем через Грузию. Тут ему удалось посетить Мцхетский храм, где хранился хитон или Риза Господня; но самой Ризы он не видал, а ему показали только место, где под столбом будто бы она была положена. Задержанный на дальнейшем пути тарховским шамхалом, а потом ожиданием в Терках весенней навигации по Каспийскому морю и Волге, он только в июне 1653 года воротился в Москву, где и подал описание своих странствований и своих наблюдений царю и новому патриарху Никону. Сей последний, успевший сделаться открытым грекофилом, не придал значения тем сообщениям Суханова, которые были не в пользу греческого духовенства на Востоке; зато поспешил воспользоваться теми замечаниями сухановского Проскинитария, которые свидетельствовали в пользу греков.
Так, последний указывал, что в греческом богослужении господствует единогласие, то есть поют «ожидая друг друга», тогда как у нас пели и читали в несколько голосов; что по окончании службы первый из церкви выходит отправлявший ее иерей, игумен или сам патриарх, уже после него выходят духовные и миряне, а по выходе он оборачивается и осеняет народ общим благословением; что в греческих церквах отсутствует древний амвон, который, по словам греков, у нас «всю церковь заслонил».
После сего сообщения началось и у нас уничтожение амвонов. А особое внимание Никон обратил на водворение вообще строгого церковного благочиния.
Против разных церковных беспорядков и общественных пороков, как известно, давно уже действовал помянутый кружок ревнителей благочестия, образовавшийся по почину царского духовника, благовещенского протопопа Стефана Вонифатьева. Между прочим, этот кружок ратовал в пользу единогласия. Еще Стоглавый собор запрещал говорить псалмы и каноны по нескольку одновременно. Несмотря на это запрещение, в церквах по-прежнему службы совершались в несколько голосов: один пел, другой читал, третий говорил ектении, не обращая внимания на других и стараясь даже их перекричать. При таком беспорядке народ не только не получал молитвенного настроения, но и вел себя в церкви очень неблагоговейно; многие разговаривали, пересмеивались, расхаживали по храму и тому подобное. Так как многогласием достигалась скорость службы, а где служба совершалась скорее, туда и молящихся приходило больше, то приходские священники даже соперничали друг с другом этой скоростью. Протопоп Стефан и его друг Федор Ртищев первые установили в своих домовых церквах единогласное и согласное пение. По их примеру оно было введено в Казанском соборе Иваном Нероновым, одним из членов того же кружка. Вместе с тем ревнители старались поднять совсем упавшее церковное проповедничество. Но такие нововведения встретили себе многих противников среди белого духовенства, не желавшего расстаться с укоренившимися привычками. Сам патриарх Иосиф не особенно сочувствовал им, очевидно недовольный кружком за самовольное и резкое вмешательство в церковные порядки и в назначение духовных властей; а потому он пытался передать вопрос о единогласии вместе с некоторыми другими вопросами на усмотрение константинопольского патриарха. Но по настоянию Вонифатьева и его друзей перед царем (в том числе Никона) на соборе 1651 года единогласие было сделано обязательным для всех церквей. Вообще Иосиф под конец своего патриаршества совсем разошелся с кружком ревнителей, которые укоряли патриарха в недостатке усердия и энергии при исправлении всяких церковных непорядков и самого духовенства, страдавшего разными пороками и, между прочим, сильно распространенным пьянством. Иосиф бил челом царю на резкие и бранные нападки Стефана Вонифатьева, но безуспешно. Очевидно, кружок сего последнего имел более силы; а потому Иосиф в конце концов принужден был перед ним смириться и не раз выражал опасение, что его низведут с патриаршества.
Уже при сем патриархе, как мы видели, началось печатание книг, вновь исправленных не только при помощи старославянских текстов, но и греческих подлинников. Никон с особым рвением продолжал такое исправление. Во главе справщиков Московского печатного двора теперь находились два монаха: известный нам киевский ученый Епифаний Славинецкий и Арсений Грек. Последний прибыл в Москву в свите помянутого выше иерусалимского патриарха Паисия, своим книжным образованием и особенно знанием языков обратил на себя внимание и по просьбе государя был оставлен в Москве ввиду царского намерения учредить греко-латинскую школу. Потом патриарх Паисий на обратном пути из Москвы прислал царю грамоту; в ней извещал, что он не знал Арсения, который пристал к нему в Киеве, но что теперь узнал о нем нечто весьма предосудительное, а именно: во время своих странствий Арсений в Риме принял унию, а в Константинополе обасурманился. По приказу царя Арсения Грека подвергли строгому допросу. По сему допросу и по сознанию на исповеди духовнику оказалось, что он действительно был в унии, чтобы попасть в латинское училище, и потом был насильно обасурманен; но что давно уже раскаялся, получил разрешение от духовной власти и воссоединился с православною церковью. Тем не менее его послали на исправление в Соловецкий монастырь; там он пробыл три года и своим поведением удостоился добрых отзывов от соловецких властей. Никон уже в начале своего патриаршества воротил Арсения Грека в Москву, поручил ему свою библиотеку и сделал справщиком при исправлении и печатании книг. Этот Арсений Грек вместе с Епифанием, не довольствуясь исправлением по новым греческим книгам, напечатанным в Венеции и Англии, по всей вероятности, и навели Никона на мысль о приобретении для того старых греческих рукописей и в возможно большем количестве; причем указали, конечно, на Афон, в монастырях которого их сохранилось более чем где-либо.
Для исполнения такого дела царь и Никон выбрали того же старца Арсения Суханова, недавно воротившегося из своего странствия на Восток. Спустя четыре месяца после этого возвращения, в том же 1653 году Суханов отправился на Афон за покупкой рукописей, для чего щедро был снабжен от царя казной, денежной и соболиной. Одних соболей было отпущено с ним на 3000 рублей (более 40 000 на наши деньги). Он вез с собой также патриаршие грамоты к афонским монастырским властям. С трудом Арсений провез свою дорогую кладь сквозь Малороссию, где продолжались военные действия. Прибыв в Молдавию, только что подвергшуюся большому разорению от междоусобных и казацких войн, он в Яссах между торговцами не нашел покупателей для государственных соболей. Его выручил из затруднения воевода Стефан (преемник сверженного Василия Лупула), который и купил соболей, желая угодить царю Алексею Михайловичу. Когда Суханов достиг Афонской горы и вручил протату и старцам афонским богатую царскую милостыню вместе с патриаршими грамотами, то встретил самый благосклонный прием. Ему позволили самому рыться в монастырских библиотеках и выбирать рукописи. Суханов в течение двух месяцев усердно работал, осмотрел почти все афонские библиотеки и выбрал до 500 ценных рукописей; многие из них считали за собой по нескольку сот лет, а одно Евангелие имело древность более 1000 лет. Самое большое количество их (с лишком 150) пришлось на долю Иверского монастыря, который пользовался в Москве особой милостью патриарха Никона и около того времени получил здесь для своего подворья Никольский монастырь, близ Кремля в Китай-городе. Потом по количеству приобретенных рукописей следуют: Лавра Св. Афанасия, Ватопедский, Св. Филофея, Св. Дионисия, Пантократор, Дохиариа, Есфигменский, Ставро-Никиты, Ксиропотам, Хиландар, Русик и прочие. Более всего, конечно, было рукописей, содержащих писания Святых Отцев, богослужебные и канонические книги, но немало рукописей и светского содержания, то есть грамматические и риторические, а также сочинения языческих классиков. Было приобретено и некоторо