Иван Неронов, узнав о ссылке трех друзей, в свою очередь написал из своего спасо-каменского заточения письмо к царю с ходатайством об осужденных и с мольбой прекратить опасный для церкви раздор. Духовник Стефан, очевидно по желанию благодушного Алексея Михайловича, попытался стать посредником, убеждал Неронова и его друзей смириться и покаяться, обнадеживая в таком случае прощением патриарха. Неронов отвечал обширным посланием, в котором доказывал, что, наоборот, Никон должен покаяться и просить у них прощения. Царь через того же духовника запретил писать к себе. Но упрямый и плодовитый протопоп одно за другим присылал свои полемические письма Вонифатьеву, рассчитывая, что он все-таки покажет их царю, и, кроме того, обращался с челобитьем о ходатайстве за осужденных друзей к царице Марье Ильиничне, которая благосклонно относилась к ревнителям, бывшим членам кружка, и, может быть, немало способствовала тому, что сам царь иногда заступался за них перед суровым патриархом. Видя, что пребывание на Кубенском озере не мешает Неронову сноситься со своими единомышленниками, вести устную и письменную полемику против церковных распоряжений патриарха, распространять ее в народе, Никон велел перевезти его на далекий север и заточить в Кандалакшский монастырь, там держать на цепи и не давать ему чернил.
Так мало-помалу возгорелась борьба между Никоном и прежними его приятелями, то есть ревнителями благочестия. Никон, как почитатель греков и киевских ученых, при исправлении церковных обрядов и обычаев встречает упорное сопротивление со стороны приверженцев русской старины, которые сами проповедуют улучшение народной нравственности и введение церковного благоустройства, но по чистоте православия Московско-Русскую церковь считают выше Греческой и Киевской и отрицают как ересь всякую даже мелочную перемену в установившихся обрядовых и вероисповедных правилах. Это представители крайней охранительной (консервативной) партии, которых выставила старая областная Русь, – люди упорные, стойкие и готовые на мученичество ради своих убеждений. Столкновение, как мы видим, вначале имело по преимуществу личный характер; но скоро перешло на общественную и принципиальную почву и благодаря неуступчивости и нетерпимости обеих сторон крайне обострилось.
Видя, какое охуждение и сопротивление со стороны ревнителей и их единомышленников встречает предпринятое исправление церковных обрядов и богослужебных книг, Никон решил придать этому исправлению авторитет высшей духовной власти, то есть соборной. По его просьбе весною 1654 года царь созвал в Москве Всероссийский церковный собор, под своим председательством, из митрополитов, епископов, игумнов и протоиереев, всего 34 духовных представителя, кроме царских думных людей. Тут Никон предложил ряд вопросов. Прежде всего, он обратил внимание собора на некоторые разногласия в служебниках московской печати с греческими и древними славянскими. Собор постановил исправить служебники согласно с сими последними. Затем шли вопросы о разных обрядовых отличиях русских от греков, например держать ли царские двери отверстыми от начала литургии до великого выхода, вопреки написанным уставам, которым следуют греки? Начинать ли литургию в 7-м и 8-м часу дня, как это у нас делается, или по уставу в третьем часу дня (9-й час пополуночи)? Продолжать ли освящение новых церквей без положений в них мощей свв. мучеников, вопреки правилу Седьмого вселенского собора? И так далее. На все эти вопросы собор отвечал, что надобно поступать по древним уставам, и затем все члены собора подписались под его решениями. Единодушие, господствовавшее на соборе, конечно, поддерживалось личным участием царя и особенно всем известной строгостью и энергией патриарха. Только один из членов собора, именно епископ Коломенский Павел, попытался выразить несогласие с постановлением о поклонах, тем самым постановлением, против которого уже возражали протопопы-ревнители; вероятно, и вообще он обнаружил свое к ним сочувствие. Никон обошелся с Павлом не только сурово, но весьма жестоко. Он заставил его осудить, снял с него архиерейскую мантию, подверг истязаниям и отправил в заточение; после чего Павел Коломенский, как говорят, впал в умопомешательство и погиб неизвестно где и как. Противники Никона не замедлили объявить его мучеником за истинную веру.
Меж тем Никон, не довольствуясь одобрением своих исправлений со стороны русской иерархии, хотел опереться и на авторитет восточных иерархов. Он отправил грамоту константинопольскому патриарху Паисию большей частью с теми же вопросами, которые обсуждались на Московском соборе, и с жалобой на противоречия епископа Коломенского Павла и протопопа Ивана Неронова. Прошел почти год, пока получилось от патриарха Паисия обширное ответное послание, написанное от имени всего освященного собора Константинопольского и в желательном для Никона смысле. Но еще прежде чем пришел этот ответ, именно летом 1654 года в Москву прибыли антиохийский патриарх Макарий и сербский митрополит Гавриил. Царь, как известно, тогда отсутствовал из столицы, находясь в польском походе. Тогда же разразилась страшная моровая язва; патриарх Макарий, как мы видели, провел это опасное время в Коломне и только в феврале следующего, 1655 года прибыл в Москву, где уже проживал сербский митрополит. Никон воспользовался их присутствием по вопросу об исправлении книг и обрядов. Выше, из приведенного описания Павла Алеппского, мы знаем, как московский патриарх 4 марта 1655 года в неделю Православия торжественно в Успенском соборе сокрушал иконы, написанные фряжским пошибом, и проповедовал против двуперстного крестного знамения. В том и другом случае он ссылался на предстоявшего патриарха Антиохийского, который принужден был тут же подтвердить его проповедь и удостоверить, что троеперстие господствует в восточных церквах, а также в Молдо-Валахии и в Малой России.
Затем во время пребывания Макария в Москве Никон несколько раз созывал церковные соборы по обрядовым вопросам. Так, в конце марта 1655 года на соборе рассуждали о разных замеченных Макарием недостатках в русских обрядах: например, русские совершают литургию не на антиминсе, а просто на куске белого холста, из просфоры вынимают четыре частицы, а не девять, не раздают в церкви антидора, напрасно перекрещивают католиков и униатов при обращении в православие и так далее. На том же соборе рассмотрен и одобрен к печатанию новый Служебник, или чин божественной литургии, исправленный согласно с греческим текстом. Вместе со Служебником Никон велел напечатать и переведенную с греческого книгу «Скрижаль», или толкование на литургию и другие священнодействия. В феврале следующего, 1656 года при отправлении недели Православия в Успенском соборе антиохийский патриарх Макарий произнес проклятие на тех, кто не крестится тремя перстами; это проклятие повторили присутствующие тут митрополиты Сербский Гавриил и Никейский Григорий; мало того, по просьбе Никона потом проклятие было изложено на бумаге и подписано теми же тремя иноземными иерархами с прибавлением четвертого, новоприбывшего митрополита Молдавского Гедеона. В апреле Никон созвал новый церковный собор, на котором русские иерархи рассмотрели и одобрили своими подписями помянутую книгу «Скрижаль» и постановление о крестном знамении. В мае собор пересматривал вопрос о вторичном крещении католиков, так как русское духовенство неохотно отказывалось от сего последнего, и вопрос был решен только царским указом, который запретил перекрещивание. На следующих соборах рассматривались и многие другие обрядовые подробности, которые Никон направлял к согласию с Греческой церковью. После «Скрижали» были изданы Требник, также переведенный с греческого языка, Триодь постная, Ирмологий, Часослов, Евангелие напрестольное, Апостол, Псалтырь следованная и прочие. Некоторые из них были переведены с греческого, другие исправлены по древним славянским и греческим текстам. Новоизданные исправленные книги немедленно рассылались по церквам, причем Никон приказывал употреблять там сии книги, а старые отбирать. Эта крутая мера, конечно, возбудила много толков и неудовольствий. Наряду с исправлением книг и обрядов Никон, как мы уже видели, обратил строгое внимание на то, чтобы иконописание производилось по древним образцам, и преследовал так называемое фряжское письмо. Заботился он и о введении более стройного церковного пения, для чего призывал из Греции и Малороссии знатоков партесного напева и пения по нотам.
Меж тем Иван Неронов, сосланный в Кандалакшский монастырь, несмотря на более тесное заключение и запрещение иметь письменные принадлежности, сумел и оттуда присылать свои увещательные грамоты Стефану Вонифатьеву и другим лицам. Очевидно, приказ о его строгом заключении не соблюдался. С помощью своих почитателей он в августе 1655 года убежал и явился в Москву, где нашел приют у того же царского духовника и некоторое время проживал у него тайно от Никона, но с ведома самого государя. Только когда Неронов постригся в монахи под именем Григория и удалился в Спасо-Ломовскую Игнатьеву пустынь, Никон узнал о его местопребывании и послал своих детей боярских, чтобы схватить его. Но он спасся в одном соседнем селении, где крестьяне спрятали его и отказались выдать. Тогда Никон предал его соборному суду 18 мая 1656 года. В этом суде участвовал и антиохийский патриарх Макарий, который, как мы видели, около того времени уехал было из Москвы, но был возвращен с дороги. Собор, рассмотрев вины Неронова, отлучил его и вместе с ним предал анафеме всех его единомышленников, не покоряющихся церкви. Спустя несколько месяцев инок Григорий Неронов прибыл в Москву и добровольно предстал пред Никоном, когда тот из Крестовой палаты шел к обедне. Патриарх сначала не узнал попавшегося ему седого старца и спросил, кто он такой. «Я тот, кого ты ищешь, казанский протопоп Иоанн, в иночестве Григорий». По окончании литургии патриарх позвал его в Крестовую и тут много с ним беседовал.
Неронов объявил, что доселе не покорялся Никону, пока тот действовал единолично, но вселенским патриархам он не противится и под клятвой их быть не хочет, а потому признает перемены, ими утвержденные. Тут же старец несколько раз принимался уговаривать патриарха, чтобы он не был так жесток и грозен, что его называют лютым зверем, не святителем, а мучителем, что его все страшатся гораздо более чем самого государя, и так далее. Никон был тронут и отвечал: «Прости, старец Григорий, не могу терпеть» – и велел его поместить на Троицком подворье. Государь также был доволен раскаянием Неронова. По царскому желанию Никон вскоре за литургией в соборе произнес над старцем разрешительные молитвы и причастил его из собственных рук, причем оба они проливали слезы. А после обедни ради сего примирения патриарх устроил у себя трапезу, за которой много чествовал Григория. Мало того, когда потом Григорий говорил, что и старые русские служебники не охуляются греческими властями, то Никон благословил его совершать служение по новым или старопечатным книгам, по каким он хочет, и вскоре отпустил его в Игнатьеву пустынь. Приезжая в Москву, Неронов бывал у патриарха и пользовался его благосклонностью, хотя со своей стороны продолжал питать к нему нерасположение. Однажды, слыша за всенощной в Успенском соборе, что патриарх велел троить аллилуию, он стал умолять соборного протопопа с братией, чтобы не троили, и те послушали его, а Никон сделал вид, что этого не замечает