Алексей Михайлович, слушавший заутреню в одной из дворцовых церквей, был крайне озадачен этим известием и наскоро созвал своих ближайших советников из бояр и духовных. В числе последних находились три митрополита: Павел Крутицкий, Паисий Газский и Афанасий Сербский. Все более или менее громко выражали свое негодование по поводу столь дерзкого, самовольного возвращения Никона на святительскую кафедру. По решению совета царь послал в собор Павла Крутицкого с боярами – князьями Никитой Одоевским и Юрием Долгоруким, окольничим Родионом Стрешневым и дьяком Алмазом Ивановым. Посланные объявили Никону, чтобы он немедля уезжал в свой монастырь, так как самовольно оставил кафедру и клялся вперед патриархом не быть. Никон отвечал, что он приехал по бывшему у него видению, и просил передать письмо государю. Бояре доложили о том Алексею Михайловичу и только с его позволения взяли письмо. Тут Никон рассказывал, что недавно было ему видение как бы во сне: в Успенском соборе явились ему усопшие архипастыри, в числе их свв. митрополиты Петр и Иона Московские; повелели ему воротиться на свой престол и пасти Христово стадо. К сему рассказу Никон присоединил примирительное послание к царю и всему его семейству. Но письмо это произвело обратное действие. Видению не поверили и еще более вознегодовали. Все три митрополита с теми же боярами отправились в собор и потребовали, чтобы Никон уезжал в свой монастырь немедля, то есть до восхода солнца, во избежание народного смущения. Горько обманувшийся в своих ожиданиях, Никон действительно поспешил выйти из храма, но не выпускал из рук посоха св. Петра митрополита и не слушал бояр, просивших оставить посох. По некоторым известиям, садясь в сани и неуместно применяя евангельское изречение, Никон сказал, что отрясает прах от ног своих. «А мы этот прах подметем», – будто бы заметил стрелецкий голова Артамон Матвеев. «Разметет вас сия метла», – ответил Никон, указывая на хвостатую комету, в то время являвшуюся на небе. Окольничий князь Дмитрий Долгорукий и тот же Матвеев проводили уезжавшего за ворота Земляного города. Прощаясь с ним, они сказали, что государь велел просить у него благословения и прощения. Никон на это ответил, что Бог простит, если смута случилась помимо царской воли, так как он приезжал в Москву не сам собою, а по извещению. Разумеется, слова его тотчас были доложены государю, и Алексей вслед за уехавшим послал Крутицкого митрополита Павла, чудского архимандрита Иоакима, окольничего Родиона Стрешнева и дьяка Алмаза Иванова.
Посланные нагнали Никона на остановке в селе Черневе, лежавшем на полпути между столицей и Воскресенским монастырем. Они царским именем потребовали от него, во-первых, отдачи посоха Петра митрополита, а во-вторых, объяснения, по каким вестям он приехал в Москву. Никон, по обыкновению, заупрямился и не хотел исполнить повеления. Послали к царю с донесением. От него получился новый приказ не выпускать Никона из Чернева, пока тот не исполнит требования. Никон и тут продолжал упорствовать еще несколько часов; наконец уступил просьбам и убеждениям, причем просил передать государю главные условия, на которых он соглашается признать имеющего быть избранным на его место другого патриарха, а именно чтобы вновь избранный обходился с ним как с равным и были бы оставлены ему (Никону) известные монастыри со всеми их имуществами и доходами. А посох и известительные письма (зюзинские) он вручил воскресенскому архимандриту, который отправился в Москву вместе с царскими посланцами. Таким образом, Никон выдал властям своего самого ревностного приверженца, тогда как, по условию, он должен был или возвращать или сжигать все зюзинские письма. Возникло новое следственное дело. Зюзина подвергли тщательному допросу и даже пытке; вымучили у него все подробности его сношений с Никоном; но писем к нему Никона он не мог предъявить, потому что добросовестно их жег. Бояре приговорили его к смертной казни; но царь помиловал от нее и велел сослать его на службу в Казань, отобрав поместья и вотчины. Жена Зюзина Мария умерла от горя во время следствия. Некоторые духовные лица, служившие посредниками в сношениях его с Никоном, подверглись ссылке или заточению. Допроса по этому делу не избег и сам Ордин-Нащокин; а ростовского митрополита Иону за то, что подходил к Никону под благословение, судили целым архиерейским собором; но ограничились тем, что отрешили его от местоблюстительства патриаршего престола, которое было передано крутицкому митрополиту Павлу.
Убедясь в том, что ему не избежать суда восточных патриархов, Никон со свойственной ему дерзостью вздумал предварительно и непосредственно обратиться к сим патриархам, чтобы расположить их в свою пользу и возбудить против своих врагов. Он написал им грамоту, для которой нашел и грека-переводчика. В этой грамоте Никон представил обозрение своего дела, или столкновения с царем, но, конечно, таким образом, что сам он был во всем прав, а царь во всем виноват. При сем темными чертами изображались действия против него бояр и архиереев, в особенности Паисия Лигарида. В заключение он выражал надежду, что патриархи праведно рассудят его с царским величеством. Чтобы переслать списки с грамоты по назначению, Никон воспользовался пребыванием в Москве гетмана Брюховецкого в конце 1665 года. С помощью подкупленного казака в многочисленную свиту возвращавшегося на Украйну гетмана под видом пленника из города Львова был замешан Никонов двоюродный племянник Федот Марисов, служивший в числе его боярских детей. Однако в Москве скоро о том проведали, и царь послал гетману приказ схватить Марисова. Последний, не успевший еще покинуть Украйну, действительно был взят и привезен в Москву. Содержание перехваченных грамот, наполненных тяжкими обвинениями против Алексея Михайловича, сильно его взволновало и уничтожило всякую возможность примирения с Никоном.
Вторичное посольство на Восток иеродиакона грека Мелетия в значительной степени увенчалось успехом. Он убедил к поездке в Россию двух патриархов, Паисия Александрийского и Макария Антиохийского, а кроме них, еще синайского архиепископа Ананию и трапезундского митрополита Филофея. Эти четыре иерарха со своими свитами съехались в Закавказье, в городе Шемахе. Отсюда весною 1666 года они на корабле, присланном из Астрахани, поплыли Каспийским морем, в сопровождении Мелетия. В Астрахани они были встречены торжественно архиепископом, воеводой и всем народом с иконами и хоругвями. Затем Волгой путешественники поднялись до Симбирска; откуда поехали в столицу сухим путем. Везде принимали их и провожали с великими почестями. Гости-патриархи до того увлеклись преувеличенными почестями, что преувеличили и свое значение, стали принимать от жителей челобитные и по ним решать дела, например расстригать попов и дьяконов, прощать сосланных и тому подобное. От Мурома их провожал царский любимец – стрелецкий голова Артамон Матвеев. Только в начале ноября путешественники добрались до Москвы, где устроены были для них самые торжественные встречи. 4 ноября происходил царский прием в Грановитой палате, за которым следовал роскошный пир. Государь выражал большую радость о прибытии восточных патриархов, из которых Макария Антиохийского он узнал и полюбил еще в первый его приезд28.
С прибытием двух восточных патриархов в Москве составился такой большой духовный собор, какого не было ни прежде, ни после. Кроме патриархов, здесь присутствовало несколько греческих митрополитов и архиепископов; все русские иерархи Московского государства были налицо, в том числе черниговский Лазарь Баранович и Мстиславский Мефодий, как блюститель Киевской митрополии. Рядом с архиереями в соборе участвовали многие архимандриты, игумны, протопопы и другие духовные лица.
Этот большой собор прежде всего занялся делом Никона. Первое посвященное ему заседание происходило 7 ноября 1666 года в Столовой палате дворца, в присутствии государя и с участием Боярской думы. Достоинство верховных судей в этом деле было предоставлено восточным патриархам; а потому суд начался подачей им отдельных сказок или выписей о проступках Никона и одной пространной записки или обвинительного акта, составленного, по-видимому, Паисием Лигаридом, который служил для патриархов главным переводчиком и вообще явился наиболее деятельным членом собора, а потом и его историографом. Патриархи занялись подробным изучением дела. После первого были и еще два заседания, так сказать, предварительные, то есть посвященные обсуждению компетенции данного собора и различным справкам. Только три недели спустя после его открытия решено было от имени патриархов и всего сонма послать Никону позыв лично явиться перед святейшим собором. С таким поручением в Воскресенский монастырь 29 ноября приехали псковский архиепископ Арсений и два архимандрита. Верный своему строптивому характеру, Никон не сразу исполнил требование, а начал с того, что не признавал для себя авторитета патриархов Александрийского и Антиохийского, так как он будто бы имел святительское поставление от Константинопольского; а затем хотя не отказывался от поездки в Москву, но не определял времени. Посланные немедля отправили донесение о его ответе, а сами объявили Никону, что без него не вернутся в столицу. Тогда он начал собираться в путь и сборы эти обставил особой торжественностью.
На следующий день бывший патриарх после заутрени исповедался у своего духовника, совершил над собою таинство елеосвящения, помазал елеем и всю братию; отслужил литургию по чину патриаршему, произнес длинное поучение, говорил о терпении, с которым должно переносить всякие испытания, и вообще ясно давал понять, что он идет на страдания и беседует с братией в последний раз. Тщетно архиепископ Арсений и его товарищи побуждали Никона ускорить отъезд. Он обращался с ними надменно; только к вечеру приказал подать сани и простился с обитателями монастыря, преподав им свое последнее благословение уже за воротами, на так называемой горе Елеонской. Поезд был конвоируем стрельцами. Перед Никоном ехал верхом его поддьяк Иван Шушера с большим крестом в руке.