Меж тем дауры уже приступали к Албазину, который продержался до прихода Хабарова. На сей раз даурские князья оказали русским довольно сильное вооруженное сопротивление; последовал ряд боев, окончившихся поражением даур; пушки особенно нагоняли на них страх. Князья эти снова покинули свои городки и на конях бежали вниз по Амуру. Русские их нагоняли, отбивали у них скот и захватывали знатных аманатов. Наконец местные князья покорились и обязались платить ясак русскому царю. В этот поход Хабаров еще более укрепил Албазин, который сделался опорным пунктом русского владычества на Амуре. Кроме того, он основал еще несколько острожков по Шилке и Амуру. Он собирал царский ясак с туземцев и отправлял его в Якутск, прося о подкреплениях. Воевода Францбеков не замедлил прислать еще несколько партий. Кроме того, вести о богатствах Даурской земли привлекли сюда многих вольных казаков и промышленников. Собрав значительную силу, Хабаров летом 1652 года предпринял из Албазина поход вниз по Амуру и погромил прибрежные улусы, захватывая аманатов и собирая дань на имя великого государя. Он доплыл до впадения реки Шингала (Сунгари) в Амур и вступил в земли дючеров и ачан. Здесь в Ачанском городе он зазимовал; отряд его кормился рыбой, которая ловилась на железные крюки.
Местные князья, данники маньчжуро-китайского богдыхана, послали в Китай известие о нашествии русских и просили о помощи.
Около того времени, как известно, в Китае совершился важный политический переворот: туземная китайская династия Минг была низвергнута некоторыми мятежными военачальниками, с которыми соединились полчища маньчжурских татар, уже давно совершавших набеги на китайские земли. В Пекине водворилась маньчжурская династия Чинг (1644 г.) в лице богдыхана Хуан-чи. Но далеко не все китайские области признали его своим государем; ему пришлось их покорять, усмирять восстания и постепенно упрочивать свою династию. В эту именно эпоху и происходили походы Хабарова и вторжение русских в Даурию; их успехам немало способствовало тогдашнее смутное состояние империи и отвлечение ее военных сил по преимуществу в южные и приморские провинции. Известия с Амура заставили богдыханского наместника в Маньчжурии (которого Хабаров называет Учурва) отрядить значительное войско, конное и пешее, снабженное отчасти огнестрельным оружием, в количестве тридцати пищалей, шести пушек и двенадцати глиняных пинард, в которые насыпалось по пуду пороху; они подкидывались под стены и башни для взрыва. Огнестрельное оружие появилось в Китае благодаря европейским купцам и особенно миссионерам; водворившиеся там иезуиты ради своих миссионерских целей старались быть полезными китайскому правительству и лили для него пушки.
24 марта 1653 года казаки, зимовавшие в Ачанском городе, на утренней заре были разбужены пальбой из пищалей и пушек, – то было богдойское войско, которое соединилось с толпами дючеров и шло на приступ, предводимое князем Исинеем. По отписке Ерофея Хабарова, Исиней будто бы кричал своим людям, чтобы не жгли и не рубили казаков, а брали бы их живьем. Узнав от толмачей о таком приказе, говорит он, «яз Ярофейко и ясаул Андрей Иванов, и служилые люди, и вольные казаки, помолясь Спасу и Пречистой Владычице нашей Богородице и угоднику Христову Николаю Чудотворцу, промеж себя прощались и говорили: умрем, братцы казаки, за веру крещеную и порадеем государю царю Алексею Михайловичу всей Руси, и помрем мы казаки все за один человек, а живы в руки богдойским людям не дадимся». Судя по сей отписке, произошел бой поистине гомерический. Дрались от зари до солнечного заката. Маньчжуро-китайцы вырубили три звена из городской стены и пытались вломиться в город. Но казаки прикатили сюда медную пушку и начали бить в упор по толпе нападающих, в то же время направили на нее выстрелы из других пушек и пищалей и положили много народу. Толпа не выдержала и в беспорядке отхлынула прочь. Этим моментом воспользовались русские: 50 человек остались в городе, а 156, облаченные в железные куяки, с саблями в руках сделали вылазку и вступили в рукопашную свалку. Русские одолели, и богдойское войско побежало от города. Трофеями победителей были обоз в 830 лошадей с хлебными запасами, 17 скорострельных пищалей, имевших по три и по четыре ствола вместе, две железные пушки и восемь знамен. По словам отписки, неприятелей легло около 700 человек; тогда как казаки потеряли только 10 человек убитыми и около 80 было ранено, но последние потом выздоровели. Это побоище напомнило богатырские подвиги первых завоевателей Сибири, то есть Ермака и его товарищей, разрушивших царство Кучума.
Но обстоятельства тут были другие.
Завоевание Даурии вовлекало нас в столкновение с огромной и могущественной по тому времени Китайско-Маньчжурской империей. Понесенное поражение возбудило жажду отместки; захваченные русскими языки из окрестных туземцев единогласно свидетельствовали о новых скопищах, которые собирались опять ударить на казаков и подавить их числом. Поэтому князьки отказывались платить ясак, и его приходилось брать силой или захватом в плен знатных людей (добрых мужиков, по выражению отписки). Хабаров не пошел далее вниз по Амуру в землю гиляков, а в конце апреля сел на дощаники и поплыл вверх. Дорогой он встретил посланное ему подкрепление из Якутска; так что у него было теперь около 350 человек. Но кроме опасности, грозившей со стороны Китая, приходилось бороться еще со своеволием и неповиновением собственных дружин, набранных из разного рода вольных и гулящих людей. Так, 136 человек, возмущенных какими-то Стенькой Поляковым, Костькой Ивановым и другими воровскими казаками, отделились от Хабарова и на свой страх поплыли вниз по Амуру ради добычи и зипунов, то есть принялись грабить туземцев, чем еще более отшатнули их от подчинения русскому царю и от уплаты ясака. По поручению из Якутска Хабаров должен был отправить несколько человек посланцами с царской грамотой к богдыхану. Но туземцы отказались проводить этих посланцев в Китай, ссылаясь на вероломство русских, которые обещали им мир и спокойствие, а теперь грабят их и убивают. В своих донесениях Хабаров прямо говорит, что необходимо прислать большое войско, если мы хотим утвердиться на Амуре, а что с такими малыми силами нам его за собой не удержать. Он указывал на многолюдство Китайской земли и особенно на то, что у нее есть огненный бой.
В следующем, 1654 году на Амур приехал дворянин Дмитрий Иванович Зиновьев с подкреплением, царским жалованьем и золотыми, которые были розданы в награду Хабарову и его товарищам в количестве 320 человек. Собрав ясачную соболиную казну, он воротился в Москву, куда взял с собой и Хабарова. Последний получил от царя звание сына боярского и назначен приказчиком Усть-Кутского острога на Лене. На Амуре после него начальствовал приказный человек Онуфрий Степанов. В Москве намеревались было отправить сюда по крайней мере трехтысячное войско. Но в это время началась война с поляками за Малороссию, и означенная отправка не состоялась. Предоставленный своим небольшим силам, Степанов совершал походы вниз и вверх по Амуру, собирал дани с дауров и дючеров и мужественно отбивался от приходивших им на помощь маньчжурских войск. Особенно сильные бои пришлось ему выдержать в марте 1655 года в новопоставленном Комарском остроге (пониже Албазина), к которому приступало богдойское или маньчжурское войско с пушками и пищалями, правильно разделенное на отряды с их разноцветными знаменами. Число этого войска вместе с полчищами восставших туземцев простиралось до 10 000; предводительствовал им князец Тогудай. Не ограничиваясь пальбой из пушек, неприятели бросали в острог стрелы с «огненными зарядами» и подвезли к острогу арбы с деревянными щитами, обитыми кожей и войлоком, нагруженные смолой и соломой, чтобы зажечь наружный частокол; кроме того, у них «были багры железные и всякие приступные мудрости» (по донесению Степанова). Три недели продолжалась осада острога, сопровождавшаяся частыми, особенно ночными, приступами. Укрепляясь постом и молитвой, русские мужественно оборонялись и делали удачные вылазки. Острог был хорошо укреплен высоким валом с деревянными стенами и широким рвом, вокруг которого шел еще частокол с какими-то потайными железными прутьями. Неприятели во время приступа натыкались на прутья и не могли подойти близко к стенам, чтобы их зажечь; а в это время били по ним пушками из нижних и верхних амбразур, устроенных в стене. Потеряв множество людей, богдойское войско не выдержало и отступило, пометав в воду часть своих огненных зарядов; но все еще значительное количество их, а также пороху и ядер осталось в добычу русским; на огненных зарядах оказались какие-то подписи; а ядра весили в полтора фунта и более. Донося в Якутск воеводе Лодыженскому о своих действиях, Степанов просил о присылке пороху, свинцу, подкреплений и хлебных запасов. Но просьбы его мало исполнялись; а между тем упорная война с маньчжурами продолжалась; туземцы, то есть дауры, дючеры и гиляки, отказывали в ясаке и нередко восставали, при случае захватывали и избивали небольшие партии русских служилых людей. Степанов посылал к ним значительные отряды или ходил сам. Русские обыкновенно старались захватить в аманаты кого-либо из знатных или начальных людей; тогда туземцы, чтобы его выручить, привозили ясак.
Летом 1658 года Онуфрий Степанов, выступив из Албазина на 12 дощаниках с отрядом около 500 человек, плавал по Амуру и собирал ясак и съестные припасы. Ниже устья Шингала, в земле дючеров, он неожиданно встретил сильное богдойское войско; оно представляло флотилию почти в 50 судов, снабженных «большим огненным нарядом», то есть многими пушками и пищалями. В происшедшем бою эта артиллерия дала неприятелю перевес и произвела большое опустошение среди русского отряда. Степанов пал с 270 товарищами; из оставшихся 227 человек одни спаслись бегством на судах, другие бросились на берег и ушли в горы. Часть богдойского войска двинулась вверх по Амуру на русские поселения. Наше владычество на среднем и нижнем Амуре почти утратилось; самый Албазин был покинут. Но на верхнем Амуре или на Шилке оно продолжалось благодаря крепким острогам, из которых выходили партии служилых людей для обычного сбора дани. В это время там действовал енисейский воевода Афанасий Пашков, который основанием Нерчинска упрочил русское владычество в Западной Даурии. В 1662 году Панкова сменил в Нерчинске тобольский сын боярский Иларион Толбузин.