Вскоре потом русские вновь утвердились на Среднем Амуре, и по следующему поводу.
Илимский воевода Обухов отличался не только корыстолюбием и вымогательствами, но и насильством над женщинами своего уезда. Между прочим, он обесчестил сестру одного служилого человека, по имени Никифор Черниговский, родом из Литвы или Западной Руси. Пылая мщением, Никифор взбунтовал несколько десятков своих товарищей; они напали на Обухова под Киренским острогом на реке Лене и убили его (1665 г.). Избегая смертной казни, на которую были осуждены, Черниговский и его соучастники ушли на Амур, заняли опустелый Албазинский острог и возобновили его укрепления. Отсюда беглецы стали вновь собирать ясак с соседних тунгусов, которые вместе с другими туземными народцами, таким образом, очутились между двух огней; от них требовали ясак, с одной стороны, русские, с другой – китайцы. Ввиду постоянной опасности от китайцев Черниговский признал свою подчиненность нерчинскому воеводе и обратился в Москву с просьбой о помиловании. Благодаря своим заслугам он не только получил это помилование, но и утвержден албазинским начальником. Вместе с новым занятием среднего Амура и сбором ясака с окрестных племен возобновились, конечно, враждебные отношения со стороны китайцев. Эти отношения осложнились еще тем, что некий тунгусский князец Гантимур-Улан, вследствие несправедливо решенной китайцами тяжбы с его снохой, ушел из Богдойской (Маньчжурской) земли к Нерчинску при Толбузине, отдался со всем своим родом или улусом под высокую царскую руку и стал платить дань великому государю. Бывали и другие случаи, когда туземные роды, не стерня налогов и притеснений от китайских чиновников, били челом русским начальникам о принятии их в русское подданство. Китайское правительство изъявляло свое неудовольствие и готовилось к войне. А между тем русских служилых людей и казаков в том краю было очень малолюдно. Обыкновенно сюда присылались стрельцы и казаки из Тобольска и Енисейска, и они служили по очереди от 3 до 4 лет (с проездом). Кто из них пожелал бы служить в Даурии более 4 лет, тем прибавлялось денежное и хлебное жалованье. Преемник Толбузина тобольский сын боярский Данило Аршинский доносил тобольскому воеводе Петру Годунову, что в 1669 году приходило полчище мунгалов на соседних ясачных бурят и увело их в свои улусы; смотря на то, и ближние тунгусы отказываются платить ясак; а «поиску учинить некем»; в трех нерчинских острогах (собственно Нерчинский, Иргенский и Теленбинский) служилых людей всего 124 человека. Когда в следующем году из сибирских городов пришли 12 человек и подали заручную запись с просьбой записать их в нерчинские казаки, Аршинский очень охотно исполнил их желание. Русское правительство поэтому старалось уладить распри с китайцами помощью переговоров и посольств.
Чтобы войти в непосредственные торговые и политические сношения с Китаем, уже в 1654 году отправлен был гонцом в Камбалык (Пекин) тобольский сын боярский Федор Байков. Сначала он плыл вверх по Иртышу, а потом путешествовал по землям калмыков, по монгольским степям, у города Калгана вступил внутрь Китайской стены и, наконец, достиг Пекина. Но тут его ожидали неудачные переговоры с китайскими чиновниками, и, ничего не добившись, он той же дорогой вернулся обратно, употребив более трех лет на это путешествие. Но, по крайней мере, он доставил московскому правительству многие важные сведения как о самом Китае, так и о караванном пути к нему. В 1659 году попытка была возобновлена, и тем же путем ездил в Китай с царской грамотой сын боярский Иван Перфильев. Он имел более удачи, удостоился богдыханского приема, получил подарки и привез в Москву первую партию чая. Когда же возникли неудовольствия со стороны китайцев по поводу тунгусского князца Гантимура и албазинских действий Никифора Черниговского, нерчинский приказчик Данило Аршинский, в 1670 году, по приказу из Москвы, отправил для объяснений в Пекин гонцом сына боярского Милованова с несколькими служилыми людьми. Он поплыл вверх по Аргуни и по ее притокам; а затем маньчжурскими степями достиг Китайской стены и прибыл в Пекин. Посланцы были с честью приняты богдыханом и щедро одарены кумачами, камками и шелковыми поясами. Милованов был отпущен не только с ответной грамотой к царю Алексею Михайловичу, но и в сопровождении китайского чиновника (Муготея) со значительной свитой. По челобитью последнего Аршинский послал Никифору Черниговскому приказ, чтобы он, без указу великого государя, не воевал даур и дючер. Такое мягкое отношение китайского правительства к русским, по-видимому, объясняется смутами, все еще происходившими тогда в Китае. Второй богдыхан Маньчжурской династии знаменитый Канхи (1662–1722) был еще очень молод, и ему пришлось много бороться с мятежами и разными затруднениями прежде, нежели удалось упрочить свою династию и целость Китайской империи.
Поощренное успехом последнего гонца, московское правительство решило снарядить большое посольство в Китай, чтобы уладить споры о русско-китайских границах и тем предотвратить дальнейшие неудовольствия, возникавшие по поводу своевольных казаков, которые вооруженной рукой собирали дани с инородцев, считавшихся подвластными Китаю. Во главе такого посольства был поставлен переводчик Посольского приказа Николай Спафарий.
Этот Спафарий был ученый грек, долгое время пребывавший в Молдавии и находившийся на службе у молдавского господаря Стефана-Георгия, которому он служил и после его изгнания и был его резидентом при шведском дворе. По смерти господаря Спафарий побывал в Турции, откуда и приехал в Москву в 1671 году с рекомендательными грамотами от иерусалимского патриарха Досифея и греческого драгомана Высокой Порты Панагиота; это были уважаемые в Москве деятели православного Востока, служившие ей сообщением всяких более или менее важных сведений о турецких делах. Московское правительство благосклонно отнеслось к Спафарию и назначило его в Посольский приказ переводчиком языков греческого, латинского и волошского. Этим приказом заведовал тогда А.С. Матвеев, который приблизил к себе ученого переводчика, любил беседовать с ним и поручил ему учить своего сына Андрея по-гречески и по-латыни. Когда же вскоре потом, по настояниям Досифея и Панагиота (и не без участия Спафария), известный латинофрон Паисий Лигарид был удален из Москвы, то его дело, то есть переводы греческих и латинских книг, поручено Спафарию; ему же отдали и самые хоромы, которые занимал Лигарид. Своею усердной книжной деятельностью Спафарий обратил на себя внимание самого Алексея Михайловича, особенно после того, как в 1673 году посвятил ему свой перевод греческого сочинения «Хрисмологион, или Даниила пророка откровение на сон Навуходоносора о четырех монархиях». Естественно поэтому, что выбор чрезвычайного посланника в Китай остановился именно на Спафарии, и тем более, что вместе с дипломатическими делами на него возлагались ученые географические работы по описанию Сибири и ее путей, а также проект торговых сношений с Китаем. Поэтому с ним были отпущены разные астрономические инструменты и компасы, человек, знавший землемерие и умевший писать чертежи, китайский лексикон, описание Китайского государства и так далее. Для подарков богдыхану были посланы с ним соболя и живые кречеты.
Первоначально предполагалось направить посольство тем путем, которым ходил в Китай Байков. Но известия о междоусобиях в калмыцких степях заставили выбрать более северный путь, то есть на Енисейск, Байкал и Даурию.
В начале мая 1675 года Спафарий с большой посольской и конвойной свитой поплыл на нескольких дощаниках из Тобольска вниз по Иртышу, потом поднялся вверх по Оби до ее правого притока Кети, а Кетью до волока, которым добрался до Енисейска. Пробыв здесь дней десять, посольство поплыло по Енисею и по его притоку Верхней Тунгуске или Ангаре, вытекающей из Байкала. Плавание это было очень трудное и опасное по причине многочисленных порогов и шивер. Только к половине сентября оно добралось до озера Байкал, которое с большими затруднениями по причине бурь переплыло в самом узком его месте (называемом Култук) и вошло в устье Селенги. В начале октября оно остановилось в Селенгинском остроге, который лежал на краю Сибири, на пограничье с монгольской степью. Соседние кочевые монголы вели торговлю с русскими казаками, пригоняя на продажу коней, верблюдов и всякий скот, а также китайские товары и покупая у русских их товары и соболей. (Впоследствии в том краю образовался Кяхтинский пограничный торг.) Спафарий хвалит эту местность, указывая на ее довольно теплый климат, плодородие, обилие садов, лугов и рыбы. Главный тайша над соседними монгольскими князьями или тайшами назывался Саин-хан; а начальный жрец над буддийскими ламами назывался Кутухта-лама, который живет с несколькими тысячами лам около великого идольского капища, похожего на город и построенного китайскими мастерами.
В монгольские улусы посланы были служилые люди, которым не без труда и дорогой ценой удалось закупить вьючных коней и верблюдов у подозрительных кочевников. После того Спафарий отправился из Селенгинска сухим путем через даурские долины и горы. Вперед посольства всегда посылались в следующие острожки вестовые люди, которые предупреждали начальников о приготовлении всего нужного для дальнейшего пути. В первых числах декабря он прибыл в Нерчинск; а отсюда двинулся далее в Китай по пути, проложенному Миловановым и в сопровождении сего последнего. Его же Спафарий послал наперед себя в Пекин, чтобы известить богдыхана о приближении большого русского посольства. Около половины января 1676 года оно достигло Хинганского хребта и вступило в пределы Китайского государства. Здесь была ему первая встреча со стороны китайцев. Но вследствие разных задержек от них только в мае этого года русское посольство вступило в Пекин, то есть уже при преемнике Алексея Михайловича. Там оно подверглось разным притеснениям и проволочкам. Мандарины прежде богдыханского приема потребовали у Спафария царскую грамоту для предварительного просмотра; на что он не соглашался. Так как посредником в переговорах служил один иезуит, то посланник сообщил ему латинский перевод царской грамоты. Мандарины не хотели принять перевода; наконец согласились на том, что подлинную грамоту Спафарий привезет прямо во дворец. Ее взяли и отнесли к богдыхану. После чего посланник был допущен перед лицо его китайского величества, и тут принужден творить низкие поклоны, но не был удостоен никаким вниманием. Только во время второго приема богдыхан соблаговолил, при посредстве переводчиков-иезуитов, спросить его о здоровье и возрасте царя. Во время переговоров мандарины ставили посольству на вид разные вины с русской стороны, особенно нападения казаков на китайские пределы, требовали выдачи Гантимура и так далее. Даже китайские торговцы со своей стороны притесняли посольство, покупая у него русские товары и продавая ему свои по ценам, которые назначали, стакнувшись между собой. Целое лето оно прожило в Пекине и наконец было отпущено ни с чем, даже без богдыханской ответной грамоты, так как Спафарий не соглашался на обычные высокомерные китайские выражения, унизительные для царского достоинства.