В эту эпоху успехи унии замедлились. Православные вступили с нею в более активную борьбу и громко заявляли, что Ипатий Потей, как ослушник своего владыки константинопольского патриарха, отлученный от церкви, не может быть епископом Владимирским, а тем менее митрополитом Киевским, и потому необходимо поставить настоящего, православного митрополита, чтобы Русская церковь не оставалась без своего законного архипастыря. Даже в среде униатского духовенства произошли некоторые отпадения и возвращение к православию. Особенно много хлопот Потею наделали виленские архимандрит Сенчило и протопоп Жашковский.
Родом виленский мещанин Самуил Сенчило был монахом Супрасльского монастыря. Вместе с его настоятелем князем Масальским он противился введению унии, за что был изгнан патроном этого монастыря Иеронимом Ходкевичем. Вскоре потом он раскаялся и был принят в Троицкий Виленский монастырь, где своим смирением снискал расположение Потея. Последний возвел Сенчила в сан архимандрита и поручил ему управление как монастырем, так и всеми его имуществами и землями; ибо, с согласия и с помощью короля, униатский митрополит добился того, что виленские бурмистры были устранены от всякого вмешательства в это управление (1605 г.). Около того же времени во главе белого виленского духовенства появился Варфоломей Жашковский. Родом галичанин, он состоял безженным священником в городе Ярославле Перемышльской епархии. Уличенный в любовной связи, он был местным епископом отлучен от священства; после разных скитаний принял унию и обратился к покровительству Потея. Как бойкого, красноречивого проповедника, Потей возвел его в достоинство протопопа Пречистенского собора и наместника своего над виленским белым духовенством, взяв с него письменное обязательство не изменять ему, митрополиту, и унии.
Но вскоре сам Потей изменил своему доверию к сим двум лицам и возвысил над ними своего нового любимца, Иосифа Велямина Рутского.
Этот Рутский, которому судьба готовила большую роль в истории унии, был происхождением из Московской Руси, сын воеводы Вельяминова, подобно Курбскому передавшегося неприятелям во время войны Ивана Грозного с Сигизмундом Августом (1568 г.) и награжденного от короля поместьями; по одному из них, Руту (в Новгородском воеводстве), он получил название Рутского. В молодости своей Иосиф обнаружил охоту к учению и увлекался протестантизмом; но попал в руки иезуитов и отправился для довершения своего образования в Рим. Ввиду выдающихся способностей иезуиты отклонили явный переход его в католичество; они рассчитали сделать из него ревностного, полезного для унии деятеля и не ошиблись. Потей желал преобразовать русские монастыри в духе католических орденов, по образцу грекоуниатской конгрегации св. Василия в Риме. Когда Рутский воротился в отечество, иезуиты указали на него Потею как на человека вполне знакомого с устройством этой конгрегации. Потей сам постриг его в иноки (1606 г.), поместил в Троицком монастыре и поручил ему ведение новооткрытой монастырской школой вместе с надзором за послушниками и молодыми монахами.
Здесь, в Троицком монастыре, Рутский сошелся и подружился с другим будущим знаменитым деятелем унии, Иосафатом Кунцевичем. Последний был родом из Владимира-Волынского, сын сапожника. Отец думал сделать из него торговца и поместил его на службу к одному виленскому купцу. Но молодой Иван Кунцевич любил читать книги и стал посещать уроки иезуитской академии, чтобы пополнить свое скудное образование. Наконец, отдаваясь влечению к церкви, он вступил в Троицкий монастырь и принял пострижение от самого Потея, который нарек его Иоасафом (1604 г.). Руководители-иезуиты направили его, так же как и Рутского, не в католичество, а именно в унию, предуготовляя в нем ревностного ее подвижника. Кунцевич не владел такой ученостью и таким изворотливым умом, как его друг Рутский, но превосходил его своей дерзостью и пламенным красноречием, благодаря которому он так успешно потом совращал православных в унию, что получил от них прозвание «душехвата».
Пребывая сам в своей Владимирской епархии, Потей назначил своего любимца Иосифа Рутского митрополичьим наместником в Виленской епархии (1608 г.). Деятельность его, конечно, наиболее почувствовалась в самом городе Вильне и белым и черным духовенством, а в особенности Троицким монастырем, доходы которого митрополит отдавал в его распоряжение. Понятно, что такое назначение сильно задело интересы и самолюбие как троицкого архимандрита Сенчила, так и протопопа Жашковского. Они немедленно соединились для общей оппозиции и начали возбуждать виленских священников к непризнанию власти нового наместника.
Со стороны виленского духовенства последовали протесты против его назначения, обращенные и в русское отделение лавицы (часть магистрата), и к самому Потею, и в Виленский гродский суд. В городе началось сильное волнение. Тщетно призывая Сенчила к своему суду, митрополит заочно приговорил его к лишению сана и отлучению от церкви. В ответ на этот приговор протестующие вписались в православное Свято-Духовское братство и объявили, что более не признают Потея своим архипастырем; ибо он сам нарушил свою присягу: обязавшись не вводить никаких новых порядков, противных Восточной церкви, он, наоборот, стал постепенно подчинять ее духовным латинским властям, назначил своим наместником ксендза Рутского, который отказал в повиновении своему архимандриту, и так далее. Таким образом, большая часть виленского духовенства, принявшего унию, отказывалась от нее и возвращалась в православие.
По одному не совсем достоверному рассказу, чтобы удалить Рутского из Троицкого монастыря и очистить этот монастырь от униатов, духовенство втайне составило такой план: во время ночной службы с 5 на 6 декабря собраться православным братчикам в возможно большем числе; архимандрит Сенчило в полном облачении соборне, имея с собой Рутского, выйдет для великого славословия на средину церкви; тут он толкнет Рутского в толпу со словами: «Иди вон, еретик», а толпа подхватит его и выпроводит за дверь. Но участники сего заговора будто бы вздумали привлечь на свою сторону Кунцевича и умоляли его оказать им свое содействие. Это обстоятельство погубило их план. Кунцевич предупредил иезуитов и своего друга. Разумеется, против заговорщиков были приняты все меры со стороны светских и духовных (католических) властей города; о чем усердно хлопотал присланный Потеем в Вильну его секретарь Моховский. Означенную ночь с субботы на воскресенье магистрат провел в заседании с готовой стражей под рукой; цехи вооружились и расхаживали по улицам с выстрелами и угрозами против православных (святодуховских) братчиков; подвоевода прислал из замка военный отряд в Троицкий монастырь. Таким образом, в эту ночь здесь не произошло никакого движения.
Тем не менее, вопреки назначению Рутского настоятелем Троицкого монастыря, Сенчило упорствовал и не хотел покинуть его, ссылаясь на королевские привилегии. Вместе с некоторыми священниками и светскими представителями Свято-Духовского братства он явился на Варшавском сейме следующего, 1609 года и представил на его решение свою распрю с Потеем. Напрасно сей последний лично прибыл в Варшаву и повторял свою новую теорию о стародавности унии и отщепенстве православных. Настроенный не в пользу королевско-иезуитской партии, сейм подтвердил те постановления, которые были сделаны два года тому назад. Отпадение священников от унии из Вильны распространилось и на другие города. Положение ее казалось критическим. Но король, возбуждаемый папским нунцием, энергично поспешил ей на помощь. Вопреки сеймовому постановлению, он выдал Потею грамоты, приказавшие отобрать Пречистенский собор и другие виленские церкви у непослушных священников; особыми декретами назначил Рутского архимандритом Троицкого монастыря, а Сенчила объявил баннитом, то есть осудил на изгнание. Православное население Вильны волновалось и готово было силой воспротивиться этим декретам. Православные члены ратуши, державшие сторону Свято-Духовского братства, подали в Трибунальный суд жалобу на незаконные действия Потея и Рутского. Но последние отказались явиться перед ним и требовали суда, смешанного из равного числа светских членов трибунала и духовных лиц католической церкви. Несмотря на отказ светских членов, духовные лица собрались и постановили приговор в пользу Потея и Рутского. Главный трибунал кассировал их решение. Тогда униатская иерархия обратилась к задворному или асессорскому суду, то есть к суду самого короля, который в это время прибыл в Вильну, отправляясь в свой знаменитый поход под Смоленск.
Королевский или задворный суд составился из нескольких сенаторов под председательством литовского канцлера Льва Сапеги. Этот суд отменил приговор Трибунального суда. Затем привлекли к суду за подстрекательство народа к неповиновению и за оскорбление величества двух членов ратуши и вместе Свято-Духовского братства, Ивана Тупеку и Исаака Кононовича, и приговорили их к смертной казни. Король смягчил наказание и только навсегда отрешил их от общественных должностей. Ипатий Потей также прибыл в Вильну. Королевский дворянин с вооруженным отрядом отправился к Пречистенскому собору, отбил замки и ввел в него Потея, которому передал и церковную казну, и митрополичий дом. Потом таким же способом постепенно были отобраны у православных и другие виленские церкви, числом до пятнадцати, и переданы униатскому митрополиту со всеми их скарбами; между прочим, передали ему икону Богоматери (Остробрамской), почитаемую за чудотворную. Эта святыня хранилась в Перенесенском храме Св. Николая, и со стороны униатов было опасение, чтобы протоиерей Жашковский при своем бегстве из Вильны не похитил иконы вместе с другими там же сохранявшимися драгоценностями. Убедясь в их целости и поклонившись образу Богородицы, Ипатий Потей из этого храма отправился в дом католического епископа, где остановился папский нунций, Франческо Симонетта, — чтобы принести ему свою благодарность за усердное содействие делу унии.
В дорогой сутане с золотым крестом на груди и с архипастырской тростью в правой руке, Потей с гордой самодовольной осанкой возвращался от нунция (11 августа 1609 г.). Но когда он проходил по рынку и поравнялся с ратушей, вдруг какой-то гайдук бросился на него и замахнулся саблей. Потей невольно поднял левую руку. Мгновенно два пальца этой руки были отрублены, затем сабля опустилась на шею; но золотая цепь, на которой висел крест, ослабила удар, и на шее осталась только царапина. Гайдук был тотчас схвачен свитой Потея и жестоко избит. Раненого иерарха отнесли в ближний дом; сюда немедленно прибыли король и некоторые вельможи с выражениями своего участия. Велямин Рутский отслужил благодарственный молебен за сохранение жизни Потея, причем его отрубленные пальцы положил на алтаре Троицкой церкви. Несмотря на страшные пытки, преступник не указал никаких соумышленников, утверждая, что он один решился на такое дело по ревности к своей вере, мстя митрополиту за отобрание церквей у православных. Затем его казнили.