Тщетно приспешники Потея старались набросить на Свято-Духовское братство подозрение в соучастии этому преступлению. Никаких улик не оказалось. Тем не менее сие событие ясно обнаружило сильное возбуждение, в каком находилось тогда православное население белорусского края. Однако никакого взрыва не последовало. Только в следующем, 1610 году мрачное народное настроение совпало со страшным пожаром, который 21 июня истребил центральную, самую лучшую часть Вильны; причем сгорели богатые католические монастыри, Францисканский и Доминиканский, католическая семинария, иезуитская коллегия, кафедральный костел Св. Станислава, собор кальвинистов, еврейская синагога и несколько церквей из числа отобранных на унию. Погоревшие части города вскоре вновь отстроились и оправились; но с пожаром погибло много памятников местной русской старины. Удар, нанесенный в предыдущем году православно-русскому элементу виленского населения, навсегда подорвал его: католичество и уния торжествовали; вместе с их торжеством быстрее пошло ополячение населения. В Вильне только Свято-Духовский монастырь со своим братством неизменно сохранял православие. Архимандрит Сенчило после долгой и тщетной борьбы с Потеем сдался и стал молить о прощении. Его мольбу поддержали сам Рутский, знатные вельможи Тризна и Скумин Тышкевич. Потей потребовал торжественного и письменного покаяния. Сенчило, вероятно, исполнил это требование. Потом мы видим его наместником Супральского монастыря, уже обращенного в унию.
Подобно тому как в Вильне, борьба православия с унией кипела и в других центрах Западной Руси с переменным успехом, но при явном перевесе унии, которую поддерживали король и вообще светские власти Речи Посполитой. В 1607 году скончался епископ Львовский Гедеон Балабан, один из главных столпов православия, в течение десяти лет энергично отстаивавший не только свою епархию от унии, но и заменявший для всей Западнорусской церкви православного митрополита, как экзарх цареградского патриарха. Под конец жизни он примирился с Львовским братством и заодно с ним трудился над основанием училищ и типографий, над печатанием богослужебных и учительных книг. По настояниям братства преемником Гедеона львовское духовенство избрало православного шляхтича Тиссаровского, который получил утверждение от короля, надеявшегося на принятие им унии, но обманувшегося в этой надежде. В 1610 году скончался другой столп православия, перемышльский епископ Михаил Копыстенский; его преемником Ипатию Потею удалось поставить униата Крупецкого. Напрасно православное духовенство и паства не хотели признать его своим пастырем и не пускали в свои церкви и монастыри, даже подвергли его побоям.
С помощью военных людей он насильно водворился на этой кафедре и стал вводить унию[23].
Начавшаяся тотчас после Брестского собора литературная борьба с унией деятельно продолжалась. В эпоху Ипатия Потея на этом поприще со стороны православных наиболее замечательными произведениями являются следующие: во-первых, «Вопросы и ответы православному с папежником» (1603 г.); здесь, под видом беседы двух лиц, неизвестный автор излагает различие между православием и католичеством и доказывает, конечно, превосходство первого. Во-вторых, уже упомянутая выше «Перестрога» (предостережение), искусно, со знанием дела написанная неизвестным священником во Львове (1605 г.) и подробно рассказывающая печальную историю унии. Особенно замечательна та часть этого сочинения, где автор доказательно опровергает предание католической церкви об апостоле Петре, как основателе христианской общины в Риме; причем обнаруживает значительную эрудицию по отношению к Священному Писанию и церковным писателям. В-третьих, знаменитый «Фринос» Мелетия Смотрицкого.
Отец его Герасим Смотрицкий, гродский писарь Каменецкий, был человек очень образованный, а потому когда князь Константин — Василий Острожский основал у себя в Остроге гимназию (около 1580 г.), то упросил Герасима быть ее ректором. Сюда же князь вызвал и ученого грека Кирилла Лукариса. Под их руководством получил свое первоначальное образование Мелетий; в этой школе он обучался языкам: славянскому, греческому и латинскому. Обнаружив блестящие способности, мальчик по смерти отца поступил в опеку князя Острожского, который отдал его для дальнейшего образования в Виленскую иезуитскую коллегию. Потом он вместе с молодым князем Соломерецким был отправлен за границу, где довершил свое образование в немецких протестантских университетах. Таким образом, он близко ознакомился с католическим и протестантским учением и с европейской наукой, оставаясь преданным православию. Когда он воротился на родину, его поразило печальное состояние Русской церкви и народности, угнетаемых униатами и католиками: Ипатий Потей в это время торжествовал свою победу над православным духовенством. Меж тем как русские горожане делались униатами, знатные или дворянские роды переходили прямо в католицизм и примыкали к польским магнатам и шляхте.
Смотрицкий излил свою скорбь целой книгой, которую озаглавил «Фринос» или «Плач единой апостольской Восточной церкви с объяснением догматов веры» и издал ее в Вильне (1610 г.) на польском языке под псевдонимом Феофил Ортолог. Тут в лице этой Восточной церкви он оплакивает ее бедствия, обвиняя в них ее отступников, в том числе и Потея. Не ограничиваясь, собственно, плачем, он входит в опровержение латинского учения о папстве, исхождении Святого Духа, чистилище, опресноках, неполной евхаристии и прочего; умоляет отступников покаяться и воротиться к своей родной матери, то есть Восточной церкви. Между прочим, в этом плаче находится следующее, можно сказать, классическое место. Православная церковь, оплакивая потери своих лучших сынов, ушедших в католичество, восклицает: «Где тот бесценный камень, который и между иными перлами, как солнце между звездами, носила в короне на главе моей? Где дом князей Острожских, сиявший более всех других блеском своей старожитной веры? Где и другие драгоценные камни той же короны: князья Слуцкие, Заславские, Вишневецкие, Збаражские, Сангушки, Чарторыйские, Пронские, Рожинские, Соломерецкие, Головчинские, Красинские, Масальские, Горские, Соколинские, Лукомские, Пузыны и прочие, которых перечислять было бы слишком долго? Где и иные мои драгоценности — где древние, знатные, мощные, в целом свете славные своим мужеством и доблестию: Ходкевичи, Глебовичи, Кишки, Сапеги, Дорогостайские, Войны, Воловичи, Зеновичи, Пацы, Халецкие, Тышкевичи, Корсаки, Хребтовичи, Тризны, Горностаи, Мышки, Гойские, Семашки, Гулевичи, Ярмолинские, Калиновские, Кирдеи, Загоровские, Мелешки, Боговитины, Павловичи, Сосновские, Скумины, Поцеи?»
Красноречивый «Плач» произвел большое впечатление на современников и высоко поставил Смотрицкого в глазах православных. Наиболее крупные писатели противного лагеря пытались ослабить это впечатление своими возражениями. Так, знаменитый Скарга ответил сочинением, которое назвал: «Предостережение Руси греческой веры против Плача Феофила Ортолога»; а потом Илья Мороховский издал «Утоление Плача Восточной церкви, измышленного Феофилом Ортологом». Они защищали Римскую церковь от его нападок и старались выставить автора не столько православным, сколько последователем Лютера и Кальвина, так как он действительно пользовался ими в своих сильных и ядовитых нападках на римское папство. Не довольствуясь литературной борьбой, католики и униаты постарались добыть от короля Сигизмунда повеление взять из друкарни Виленского братства оставшиеся экземпляры «Фриноса» и сжечь, а самую друкарню тоже отобрать. Тогда братство на время перенесло типографию из Вильны в имение одного из своих членов, князя Богдана Огинского (местечко Евве), и там продолжало печатать священные и богослужебные книги.
В 1613 году умер Ипатий Потей во Владимире-Волынском. Никто из униатских иерархов не превзошел его своей энергией и не сделал столько для успехов унии. Преемником себе на митрополию он сам назначил Велямина Рутского. Король особой грамотой подтвердил это назначение. А потом папа прислал утверждение чрез своего нунция в Польше. Но, получив митрополию с ее имуществом, Рутский не наследовал богатое епископство Владимирское, которое, по желанию того же Потея, король передал Мороховскому. В первую эпоху своей деятельности в качестве униатского митрополита Рутский особенное внимание обратил на устройство монастырей. Он постарался объединить все униатское монашество, сообщив ему один общий устав св. Василия и сделав из него особый Базильянский орден, по образцу ордена Иезуитского. Он освободил монашество от власти епархиальных архиереев и подчинил его выборному из его же среды протоархимандриту с советом из четырех лиц; сами униатские архиереи впредь должны быть выбираемы из членов этого Базильянского ордена. Одежду свою униатские монахи устроили по образцу католических; вместо клобука или каптура они стали ходить с открытой головой, закинув назад капу.
Наименее успеха в эту эпоху имела уния в южной половине Западной Руси, и особенно в Киевщине. Пока был жив киевский воевода знаменитый князь Константин — Василий Острожский, он энергично противился введению унии в своем воеводстве. Но в 1608 году скончался этот подвижник православия с лишком восьмидесятилетним старцем; а после него киевским воеводою был назначен известный гетман Станислав Жолкевский. Теперь Ипатий Потей успел фактически завладеть кафедральным Софийским собором (находившимся, впрочем, уже в состоянии запустения и разрушения) и назначил в Киев своим наместником протопопа Антония Грековича, бывшего иеродиаконом виленского Свято-Духовского братства, но изменившего православию; его же Потей сделал игуменом Выдубецкого монастыря, чтобы тот мог пользоваться для своего содержания имениями сего монастыря. Но киевские священники не признали его своим протопопом, а запорожские казаки грозили его убить. (Эту угрозу они исполнили десять лет спустя, утопив его в Днепре.) Монастыри Михайловский, Межигорский и Кирилловский также отказались подчиниться власти униатского митрополита. Тщетно Потей жаловался королю и вносил свои протестации в судебные книги.