Ельцин действительно был шокирован ужасным состоянием своих военных и некомпетентным планированием. 4 января он встретился с Грачёвым, министром внутренних дел Ериным и председателем Совета безопасности Лобовым и засыпал их сердитыми вопросами. Он стал заложником, как позже писал, «стереотипа могущества русской армии». Но, предоставив Грачёву всего несколько дней, чтобы спланировать нападение, у него не было причин удивляться. 19 декабря Грачёв отстранил от командования командующего операцией генерала Алексея Митюхина после того, как тот сообщил, что войска не были готовы. Заменивший его генерал Эдуард Воробьёв подал в отставку, когда увидел, какая неразбериха творится с планами. Другие ведущие генералы также открыто выступали против операции. Ливен пишет, что 557 офицеров всех рангов были наказаны, уволены или подали в отставку в знак протеста.
Проблема была не просто в плохой подготовке. Существовали разногласия между целью операции и инструментами, при помощи которых она достигалась. На данный момент российские вооруженные силы знали, как сделать три вещи: запустить ядерную армаду, продолжить Сталинградскую битву и войти строем в мятежную столицу (в Будапешт в 1956 году, в Прагу в 1968 году), чтобы запугать местных жителей. Ни одна из них не была полезной для заключения сделки с разрушенным государством, превратившимся в убежище для террористов. После того как их танкам не удалось запугать чеченских правозащитников, генералы вернулись ко второму варианту. Не могло быть ничего более неэффективного. Кроме огромной человеческой трагедии наступление в духе Второй мировой войны гарантировало ускорение распада, разрушение последних основ старого порядка, дальнейшую милитаризацию населения, потерю доверия, а также усиление эмоциональной травмы.
Все крупные державы сталкивались с проблемами повстанцев, и все они сталкивались с ударом терроризма. Но существовало решение проблемы предложенное личными советниками Ельцина. Москва могла бы ужесточить экономическое давление на Дудаева, ограничив внешнее финансирование и оказав помощь местным лидерам в Чечне. Создавая островки безопасности и относительного экономического процветания, можно было бы побороться за сердца и умы чеченцев за пределами Грозного. Для защиты от террористических нападений, возможно, нужно было усилить милицейский патруль в прилегающих районах, улучшить сбор разведданных, а также провести переподготовку групп немедленного реагирования «Альфа». Вместо этого массово была использована устаревшая военная сила, с ужасными последствиями для гражданского населения, причинением гораздо больших разрушений, чем за все предыдущие теракты, и фактически усугублением угрозы безопасности Ставрополя и Дагестана. Применение силы было оправдано угрозой, которую Чечня представляла для своих соседей. Но не было никакого оправдания тому, каким образом была применена сила. Это было величайшей ошибкой Ельцина, и, извиняясь перед Талейраном, это было хуже, чем ошибка: это было преступление.
В Чечне окончание войны пробудило надежду. Граждане стояли в очереди на январском холоде, чтобы проголосовать на вторых президентских выборах в республике. Результаты, объявленные свободными и справедливыми наблюдателями ОБСЕ, казалось, уступали мандат прагматизму. Относительно сдержанный военачальник Аслан Масхадов победил набрав 59,3 % голосов, далеко опережая Басаева на 23,5 %, а Яндарбиева на 10,1 % голосов. В мае того же года Ельцин и Масхадов подписали Договор согласия, «навсегда отказавшись от применения силы или угрозы применения силы с целью урегулирования любых споров».
В Чечне окончание войны пробудило всплеск надежды.
Проблемы Масхадова были огромны. Экономика республики была уничтожена российскими бомбами. Те социальные и политические институты, которые реорганизовал Дудаев, разрушила война. Сотни тысяч людей были вынуждены покинуть свои дома. Насилие было децентрализовано среди десятков полевых командиров, которые показали, что не желают, чтобы оно снова стало монополией государства. Идеалы современности и развития, культивируемые советской властью, исчезли вместе с большинством профессоров, учителей, врачей, инженеров. Около 250 000 человек были вынуждены покинуть Чечню в период между 1994 и 1996 годом. Население Грозного сократилось с 400 000 человек в 1989 году до 186 000 в 1996 году.
Несмотря на массовый отъезд интеллигенции, ученые, которые остались, сделали несколько важных открытий. Исследователи обнаружили, что Чечня, по сути, старейшее государство в мире; что викинги были выходцами не из Скандинавии, а с Кавказа, что названия «Киев» и «Днепр» происходят из чеченского языка; что слово «Русь» имеет, германскую этимологию, и что лучшие генералы в иорданской, иранской и турецкой армиях были чеченской национальности.
Чтобы заработать деньги, полевые командиры торговали наркотиками, оружием и людьми. Вероятно, самым доходным бизнесом было похищение иностранцев, россиян из соседних регионов и простых чеченцев с целью получения выкупа от их семей. Каждый год исчезали тысячи людей. Сумма выкупа колебалась от 10 000 долларов за обычного российского солдата до миллионов долларов за высокопоставленную личность; а общая сумма выкупа за период с 1997 по 2000 год составила 200 миллионов долларов. Высокопоставленный чиновник Валентин Власов был продан российским властям за 5 миллионов долларов после шести месяцев плена. Заключенные содержались в ямах или подземельях, часто подвергались пыткам, снимаемым на видео, которое затем с частями тела пленников отправляли родственникам, чтобы заставить их платить деньги. Некоторых пленных продавали в рабство (в Грозном и Урус-Мартане рынки работали открыто), чтобы выполнять черную работу для чеченских семей. Четверо западных телефонных мастеров были обезглавлены в декабре 1998 года.
Масхадов сначала попробовал «поглотить» Басаева, но вскоре начал вести с ним и его радикальными союзниками борьбу за власть, которая вылилась в борьбу между различными течениями ислама. Яндарбиев, исполняющий обязанности президента в 1996 году, заменил обычные суды судами шариата. Уголовный кодекс шариата был быстро переведен с суданского языка – в действительности так быстро, что штрафы перечислялись в суданских фунтах, а компенсации за убийства измерялись в верблюдах. В апреле 1997 года начались казни, чеченское телевидение показало сюжет об осужденном убийце с перерезанным горлом. Пьяницы получали 40 ударов розгами.
Борьба за власть вылилась в борьбу между различными течениями ислама.
Такие меры привлекли интерес пуристов из стран Персидского залива, которые помогали финансировать растущее движение фундаменталистов, известное в России как ваххабиты. Ваххабиты, не имеющие четкой связи с саудовской сектой, выступали за буквальное толкование Корана, теократическое правление и обвиняли суфистов, которые поклонялись в храмах святым, в политеизме. Во время первой войны связь чеченцев с «Аль-Каидой» была незначительной, боевик-уроженец Саудовской Аравии и ветеран Афганской войны Эмир аль Хаттаб возглавил арабский батальон. Но позже связи расширились. Хаттаб создал в Чечне лагерь для подготовки боевиков и продал ужасное видео казни русских солдат через Интернет. В 1997 году заместитель бен Ладена Айман аль-Завахири попытался проникнуть в Чечню по подложным документам, но был арестован на границе и заключен в тюрьму на шесть месяцев.
К лету 1998 года Басаев присоединился к Хаттабу и ваххабитам, вступив в открытое противостояние с Масхадовым и суфистами. Их амбиции теперь вышли за пределы Чечни до создания исламского халифата на всем Северном Кавказе. В мае 1998 года ваххабиты, связанные с Басаевым и Хаттабом, заняли несколько горных селений в Дагестане, подняли зеленые флаги над зданием правительства, вытеснив местную милицию и создав революционный анклав, подобный Чьяпасу. Не приняв помощи милиции, чтобы вернуть деревню, ваххабиты создали свои собственные патрули шариата и разместили вокруг деревень знаки с надписями: «Вы входите на независимую исламскую территорию».
В Чечне в конце 1998 года власть Масхадова не распространялась далеко за пределы Грозного. Предприняв последнюю попытку восстановить контроль, он уволил своего вице-президента, распустил парламент и начал сотрудничать с российской властью. По словам Степашина, позже ставшего министром внутренних дел, Москва предоставляла Масхадову разведывательную информацию, необходимую для обучения его охранников, обеспечивала бронежилетами, подарила бронированный лимузин, который, как сообщается, спас ему жизнь не один раз. Дома Масхадов находился почти в полной изоляции. «Вокруг меня полно преступников, – жаловался он золовке. – Я могу ничего не делать». Он потерял даже поддержку Москвы, когда в марте 1999 года еще один высокопоставленный чиновник, генерал-майор Геннадий Шпигун, был похищен из своего самолета на взлетно-посадочной полосе в аэропорту Грозного. Годом позже тело Шпигуна было обнаружено в братской могиле.
События, которые спровоцировали начало второй войны, были запланированы в течение нескольких месяцев обеими сторонами. После наглого похищения генерала Шпигуна федеральные власти начали затягивать петлю вокруг республики. Степашин направил больше внутренних войск МВД к границам в Ставрополе и Дагестане с приказом расстреливать подозреваемых в терроризме на месте; авиасообщения и железнодорожные пути были отрезаны. Планировалось, что войска перейдут Терек в августе или сентябре.
В Чечне любой, кто следил за происходящими событиями, знал, что вскоре должна будет осуществиться крупная операция. В апреле боевики Басаева призвали к «деколонизации Дагестана». В течение всего лета распространялись слухи о готовящемся нападении. Антрополог Валерий Тишков вспоминает разговор с чеченским ученым на конференции в Женеве в июне 1999 года. «Разве вы не знаете, что большая война начнется в Дагестане не позднее сентября? Это совершенно очевидно», – сказал ему ученый. Степашин заявил, что власти получили развединформацию о том, что в июне планируется наступление.