«(1591) — го года, июня в 2 день, государь царь и великий князь Федор Иванович всеа Русии, слушав угалицкова обыску, что обыскивал на Углече боярин князь Василей Иванович Шуйской, да околничей Ондрей Петрович Клешнин, да дьяк Елизарей Вылузгин, и приказал бояром и дьяком с углицким обыском итить на собор к Иеву патриярху всеа Русии, и к митрополитом, и к архиепискупом, и ко владыкам, и ко всему освещенному собору, и велел государь перед патриярхом на соборе тот обыск прочесть.
И по государеву приказу бояре, пришед к патриярху, велели дьяку Василью Щелкалову углеткоя дело на соборе честь.
И как, по государеву приказу, Иеву патриярху всеа Русии и всему собору углетцкое дело прочли, и туто ж на соборе Иеву патриярху Сарский и Подонский Галасея митрополит говорил: „Извещаю тебе, Иеву патриярху и всему освященному собору, которого дни ехати мне с Углича к Москве, и царица Марья, призвав меня к себе, говорила мне с великим прошеньем, как Михаила Битяговского с сыном и жилцов побили, и то дело учинилось грешное, виноватое, чтоб мне челобитье ее донести до государя царя и великого князя, чтоб государь тем бедным червем, Михаилу з братьею, в их вине милость показал".
Да митрополит же Галасея на соборе Иеву патриярху подал челобитную, а ему тое челобитную дал на Углече городовой приказщик Русин Раков, и в той Русинове челобитной пишет: „Великому господину пресветейшему митрополиту Галасею Сарскому и Падонскому и Крутицкому биет челом и плачеца угляцкой городовой приказщик Русинец Раков. В нынешнем, государь, в 99 году, мая в 15 день, в субботу, на шестом часу дни тешился, государь, царевич у себя на дворе з жилцы своими с робятки, тыкал, государь, ножем; и в те поры на него пришла падучая немочь, и зашибло, государь, его о землю и учало ево бита; да как, де, ево било, и в те поры он покололся ножем сам и отого, государь, и умер. И учюл, государь, яз в городе звон и яз, государь, прибежал на звон, ажио в городе многие люди и на дворе на царевичеве; а Михайло Битяговской, да сын ево Данило, да Микита Качалов, да Осип Волохов, да Данило Третьяков, да их люди лежат побиты, и я, государь, прибежал к Спасу, и меня, государь, Михайло да Григорей Нагие изымали, а Михайло, государь, Нагой мертьво пиян, и привели, государь, меня к цолованью и одново, государь, дни велели мне крест шестья цоловать, буде ты наш. А Михаила Битяговского да и сына ево велел убить яз, а Микиту Качалова, да Осипа Волохова, да Данила Третьякова, да и людей их велел побито я же для тово, что они у меня отымали Михаила Битяговскаво сыном. И после, государь, тово в первой вторник, вечеру, приказал Михаиле человеку своему Тимохе, велел принести куря живой, в другом часу ночи вшол в Дьячью избу, а меня послал в ряд — ножов имать, и я собою взял посадцково человека Кондрату Оловянишника и взял в ряду два ножа, у Фили, у дехтярника, нож, а другой нож у посадцково ж человека у Василия у Ильина, а нож мне дал да саблю Григорей Нагой; и послал меня Михаиле Нагой на Михайлов двор Битяговсково, да со мною послал Спасково соборново попа Степана, да посадцких людей: Третьяка Ворожейкина да Кондрашю Оловянишника; а велел мне искати в Михайлове повалуше палицы железной, и яз нашел и к нему привес; и он, государь, меня послал в Дьячью избу и велел мне взять сторожа Овдокима; да взял яз посацково человека Ваську Малафеева; да мне ж велел из Диячьи избы в чюлане курицу зарежать и кровь в таз выпустить, и ножи и палицу кровью измазали; и Михаиле мне Нагой приказал класти к Михаилу Битяговскому нож, сыну ево — нож, Миките Качалову — нож, Осипу Волохову — палицу, Данилу Третьякова — саблю, Михайлову человеку Битяговскому Ивану Кузмину — самопал, Михайлову ж человеку Павлу — нож, Василисину человеку Васке — самопал; а велел, государь, убити Михаиле Нагой Михаила Битяговсково и сыном по недружьбе: многажды с ним бранивался про государево дело, и в тот день с ним бранился о посохе, что велел, государь, с них взять посохи пядесят человек, под город под Гуляй, и он, государь, посохи не дал; и Михаиле, государь, Нагой напился пьян, да велел убити Михаила Битяговсково и сыном; а Микита Качалов, да Осип Волохов, да Даниле Третьяков, да и их люди учали отимать, и он их велел побита туте ж.
Пресветейший государь митрополит! Сам пожалуй, а государю буди печалник, чтобы мне, холопу государеву, подле виноватых в опале не быть, в казни. Государь, пресветейший митрополит! Смилуйся, пожалуй!“
И патриярх Иев, со всем Освященным собором, слушав углетцково дела и сказу митрополита Галасеи и челобитные городового приказщика Русина Ракова, говорил на соборе: „В том во всем воля государя царя и великого князя Федора Ивановича всеа Русии; а преже сего такова лихова дела и такие убойства остались и крови пролитье от Михаила от Нагово и от мужиков николи не было. А перед государем царем и великим князем Федором Ивановичем всеа Русии Михаила и Григорья Нагих и углетцких посадцких людей измена явная, что царевичю Дмитрею смерть учинилась Божьим судом, а он, Михаиле Нагой, государевых приказных людей дияка Михаила Битяговского с сыном и Микиту Кочалова и иных дворян и жилцов и посадцких людей, которые стояли за правду и розговаривали посадцким людем, что они такую измену зделали, велел побита напрасно умышленьем за то, что Михаиле Битяговской с ним, с Михаилом с Нагим, бранился почасту за государя, что он Михаиле Нагой держал у себя ведуна Ондрюшу Мочалова и иных многих ведунов, и за тое великое изменное дело Михаиле Нагой з братьею и мужики углечане по своим винам дошли до всякого наказанья. А то дело земское, градцкое, в том ведает Бог да государь царь и великий князь Федор Иванович всеа Русии; все в его царьской руке: и казнь, и опала, и милость, о том государю, как Бог известит; а наша должная молити Господа Бога и Пречистую Богородицу и великих русских чюдотворцов Петра, и Алексея, и Иону и всех святых о государе царе и великом князе Федоре Ивановиче всеа Русии и о государыне царице и великой княгине Ирине, о их государьском многолетном здравие и о тишине межусобной брани.
И того же дни бояре, быв у патриярха, государю царю и великому князю Федору Ивановичу всеа Русии сказывали патриярховы речи и скаску митрополита Галасеи, и челобитную городового приказщика государю чли.
И государь царь и великий князь приказал бояром и велел углетцкое дело по договору вершити, а по тех людей, которые в деле объявилися, велел государь посылати».
Народное сказание об убиении царевича Дмитрия, которое официальной версии о несчастном случае не верило, передавало эту историю иначе: «И того дни (15 мая), царевич по утру встал дряхл с постели своей, и голова у него, государя, с плеч покатилася, и в четвертом часу дни царевич пошел к обедне и после Евангелия у старцев Кириллова монастыря образы принял, и после обедни пришел к себе в хоромы, и платьицо переменил, и в ту пору с кушаньем взошли и скатерть постлали и Богородицын хлебец священник вынул, и кушал государь царевич по единожды днем, а обычай у него государя царевича был таков: по вся дни причащался хлебу Богородичну; и после того похотел испити, и ему государю поднесли испити; и испивши пошел с кормилицею погуляги; и в седмой час дни, как будет царевич противу церкви царя Константина, и по повелению изменника злодея Бориса Годунова, приспевши душегубцы ненавистники царскому кореню Никитка Качалов да Данилка Битяговский кормилицу его палицею ушибли, и она обмертвев пала на землю, и ему государю царевичу в ту пору киняся перерезали горло ножем, а сами злодеи душегубцы вскричали великим гласом. И услыша шум мати его государя царевича и великая княгиня Мария Федоровна прибегла, и видя царевича мертва и взяла тело его в руки, и они злодеи душегубцы стоят над телом государя царевича, обмертвели, аки псы безгласны, против его государевой матери не могли проглаголати ничтоже; а дяди его государевы в те поры разъехалися по домам кушати, того греха не ведая. И взяв она государыня тело сына своего царевича Димитрия Ивановича и отнесла к церкви Преображения Господня, и повелела государыня ударити звоном великим по всему граду, и услыхал народ звон велик и страшен яко николи не бысть такова, и стекошася вси народы от мала до велика, видя государя своего царевича мертва, и возопи гласом велиим мати его государева Мария Федоровна плачася убиваяся, говорила всему народу, чтоб те окаянные злодеи душегубцы царскому корени живы не были, и крикнули вси народы, тех окаянных кровоядцев камением побили».
Так и жили обе версии с 1591 года до середины правления самого Бориса, когда условия жизни вдруг ухудшились, — погода помогла, сгубила урожай. Костомаров больше склонялся к тому, что Дмитрия убили, пусть и не по прямому приказу Бориса, а по тем опасениям, которые он высказывал: «Быть может, даже они и по собственному соображению решились на убийство, достаточно убеждаясь, что это дело угодно будет правителю и полезно государству. Могла их к этому подстрекать и вражда, возникшая у них с Нагими. Во всяком случае, они совершили то, что было в видах Бориса: без сомнения, для Бориса казалось лучше, чтоб Димитрия не было на свете. Раздраженное чувство матери, лишившейся таким образом сына, не дало убийцам совершить своего дела так, чтоб и им после того пришлось пожить в добре, и Бориса не подвергать подозрению. Убийцы получили за свое злодеяние кару от народа, смерть царевича осталась без свидетелей, за неимением их набрали и подставили таких, которые вовсе ничего не видали; но все жители Углича знали истину, видевши тело убитого, вполне остались убеждены, что царевич не зарезался, а зарезан. Жестоко был наказан Углич за это убеждение; много было казненных, еще более сосланных; угличан, видевших своими глазами зарезанного Димитрия, не оставалось, но зато повсюду на Руси шепотом говорили, что царевич вовсе не убил себя сам, а был зарезан». Но в народе, от Углича более далеком, родилась третья версия, царевич остался чудом жив, его спрятали и спасли, а зарезали совсем другого мальчика. Так родился очень выгодный для борьбы за престол миф.