Уложение состоит из 25 глав, в каждой из которых сгруппированы статьи по какой-либо теме. Общее количество статей - 967.
Памятник открывается главой "О богохульниках и церковных мятежниках". В ней светская власть берет под защиту соблюдение чистоты веры, подвергая богохульников жесточайшей каре - сожжению на костре. Статьи главы грозят наказанием молящимся за нарушение порядка и благочинности в храмах. В церкви надлежало "стоять и молиться, а не земная мыслити", запрещались разговоры, подача челобитных и действия, мешавшие отправлению службы. В то же время Уложение ущемляло интересы церкви, ликвидируя ее прежние привилегии и усиливая ее подчинение светской власти. Обе тенденции отражены в двух специальных главах ("О суде патриарших приказных и дворовых всяких людей и крестьян" и "О монастырском приказе" - главы XII и XIII), а также в некоторых статьях XI и XIX глав.
Церковь в конце XVI в. владела третью земельного фонда страны. Экономическое могущество духовных феодалов подкреплялось их некоторыми иммунитетными правами, например автономным управлением. Уложение сохранило автономию в управлении лишь патриаршими владениями, а население всех остальных вотчин передавало в юрисдикцию специально созданному Монастырскому приказу, являвшемуся светским учреждением.
Наибольший протест церковных иерархов вызывали три статьи XVII главы, запрещавшие передавать вотчины в монастыри при пострижении в монахи и в епархии на помин души. Уложение таким образом перекрывало источники роста церковного и монастырского землевладения. Удар по экономическому благосостоянию епархий и монастырей наносили статьи XIX главы, ликвидировавшие на посадах белые слободы и институт закладчиков. Именно по этим причинам Уложение вызвало резкое осуждение патриарха Никона.
К важнейшим в законодательном акте относятся главы, определяющие сословную структуру общества. Глава XI "Суд о крестьянах" удовлетворила требование дворян о праве на бессрочный сыск беглых. Тем самым отменялись урочные лета и крестьяне с их потомством становились навечно собственностью помещиков, дворцового ведомства и духовных владельцев. Статьи главы предусматривали размер штрафа (10 руб. в год) за прием и держание беглых, процедуру передачи их законным владельцам, судьбу прижитых в бегах детей, а также имущества, устанавливали порядок выдачи замуж за крестьян, принадлежавших другим помещикам, наставляли, как поступать в случаях, когда беглый крестьянин изменил имя, и т. д.
Если глава XI навечно прикрепляла крестьян к землевладельцу, то глава XIX распространяла крепостнические отношения на посадское население - она навечно прикрепляла посадского человека к посаду. Одна из главных норм главы - ликвидация белых слобод, принадлежащих крупным светским и духовным феодалам, население которых было освобождено от выполнения посадских повинностей. Сословная привилегия посадского населения - монополия на занятия торгами и промыслами. Крестьянам, доставившим в город продукты своего хозяйства, разрешалось продавать их только с возов и стругов. Глава определяла порядок комплектования посада торгово-промысловым населением: возвращали на посад по "старине", т. е. лиц, ранее в нем живших, по родству и по роду занятий. Уложение обязывало посадских заниматься торгами и промыслами, ибо то и другое являлось источником финансовых поступлений в казну.
Правам и обязанностям дворян (служилых людей по отечеству) посвящены две специальные главы (XVI и XVII), о них прямо или косвенно речь шла и во многих других главах (например в XI, XII и др.). Главы "О поместных землях" и "О вотчинах" до мельчайших подробностей излагают порядок обеспечения служилого человека землей в форме поместий и вотчин, определяют размер пожалования поместьем в зависимости от принадлежности к той или иной прослойке служилого сословия: боярину отводилось 200 четвертей, в то время как провинциальному дворянину - 70. В главах четко прослеживается стирание граней между поместьем и вотчиной. Главное отличие между ними состояло в том, что последняя являлась наследственным владением, в то время как первая - пожизненным. Прекращение службы теоретически влекло за собой изъятие поместья. Поэтому каждый владелец поместья стремился превратить ее в вотчину. Уложение удовлетворяло это желание: оно разрывало непосредственные связи и зависимость службы от владения поместьем - поместья оставлялись "в пожить" дворянам, лишенным возможности продолжать службу по старости или состоянию здоровья. Определение доли поместной земли, причитавшейся вдовам, сыновьям, не достигшим возраста, с которого начиналось несение службы, а также дочерям, следует тоже считать показателем стирания различий между поместьем и вотчиной.
Значение Уложения в истории России выходит за рамки оформления крепостного права, выразившегося в отмене урочных лет сыска беглых и ликвидации белых слобод. Едва ли не самый важный результат этого законодательного акта состоял в оформлении сословной структуры общества, в определении прав и обязанностей каждого из четырех сословий: духовенства, дворян, посадских и крестьян. В наибольшем выигрыше оказались дворяне, что они прекрасно понимали. Не случайно дворяне требовали от правительства неукоснительного исполнения норм, зарегистрированных в "Крепостном уставе", как они называли Уложение 1649 г.: "И чтоб в твоей государевой державе все люди Божии и твои государевы, каждо от великих и четырех чинов, освященный и служивый, и торговый и земледелательный, в своем уставе и в твоем царском повелении твердо и непоколебимо стояли, и ни един бы ни от единого ничим ни обидим был, и кийждо людие по заповеди Божии от своих прямых трудов питалися".
Крепостнический режим столетиями оказывал пагубное влияние на менталитет русского человека. Крепостным крестьянам он прививал рабское послушание, сковывал личную инициативу и предприимчивость, порождал двоякое отношение к труду при обработке, например, барской и собственной пашни, прививал желание присвоить барское имущество.
Крепостное право пагубно влияло и на помещика: оно приучало барина к лености, освобождало его от забот по добыванию средств к существованию, поскольку ими его обеспечивал крепостной крестьянин, приучало барина к безнаказанности за чинимый произвол, культивировало лесть, угодничество и раболепие, поскольку у дворян существовала своя иерархия зависимости: рядовой дворянин - воевода - вельможа - царь. Спина барина, как и спина крепостного крестьянина, не освобождалась от соприкосновения с кнутом. Достойно удивления, как при этих неблагоприятных условиях русский человек приобщался к цивилизации, проявляя упорство в преодолении трудностей, порожденных крепостничеством, и занял достойное место в семье европейских народов.
Проведенное правительством так называемое посадское строение обеспечило прирост по стране посадского населения на одну треть с 31 567 до 41 662 дворов. Посадская реформа способствовала развитию товарно-денежных отношений. Поскольку реформа проводилась феодальным государством, в ней проявлялись черты, сдерживавшие разложение посадского населения: каждый житель посада был закреплен за посадской общиной и тяглом, под которым подразумевались не только денежные платежи, но и выполнение разнообразных служб в пользу государства, отвлекавших купцов и промысловиков от их занятий. Непоследовательность в проведении реформы проявилась и в том, что далеко не все белые слободы, принадлежавшие духовным феодалам, были ликвидированы: светская власть накануне проведения церковной реформы стремилась не обострять отношений с церковными иерархами.
Восстание в Москве приобрело большой резонанс - волна движений летом 1648 г. охватила многие города: Козлов, Соль Вычегодскую, Курск, Устюг Великий и др. В южных городах (Козлов, Курск), где посады были немногочисленными, главной силой движения выступали мелкие служилые люди, боровшиеся против засилья стрелецких начальников, в то время как в городах Приморья, где жизнь в посадах протекала более интенсивно, опорой движения, направленного против воевод и богатых купцов, были посадские люди.
Самые упорные и продолжительные восстания развернулись в 1650 г. в Пскове и Новгороде. Поводом к восстанию послужило резкое повышение цен на хлеб, вызванное обязательством правительства поставить Швеции зерно в счет компенсации за перебежчиков с территорий, захваченных шведами. Закупки зерна взвинтили цены, что вызвало волнения сначала в Новгороде, а затем и в Пскове. В обоих городах власть перешла в руки земских старост. Если, однако, выборные власти в Новгороде не проявили ни стойкости, ни решительности и открыли ворота карательному отряду кн. И. Н. Хованского, то псковичи отказались повиноваться карателям, в город их не впустили и оказали вооруженное сопротивление.
Началась трехмесячная осада Пскова (июнь - август 1650 г.). Полновластным хозяином города стала Земская изба, распределявшая среди горожан хлеб, изъятый из боярских житниц. Она же осуществляла конфискацию имущества у некоторых богатеев.
Правительство поддалось панике: в Москве был созван экстренный Земский собор, утвердивший состав делегации для уговора псковичей. Они прекратили сопротивление только после того, как добились прощения всем участникам восстания, в том числе и пятерым "заводчикам" во главе с Гавриилом Демидовым, руководившим Земской избой.
Восстание в Москве в 1662 г., известное под названием Медного бунта, было связано с затянувшейся русско-польской войной, вызвавшей серьезные финансовые затруднения. Чтобы выпутаться из них, правительство встало на путь строгого взыскания накопившихся за прошлые годы недоимок и выпуску медных денег.
Денежная реформа вызвала катастрофическое падение курса медного рубля: в начале 1662 г. за рубль серебра платили 4 медных рубля, 1 сентября серебряный рубль стоил уже 9 руб., а в середине 1662 г. - 15 медных рублей. От резко обесценивавшихся медных денег страдали прежде всего люди, получавшие денежное жалованье, солдаты и стрельцы, а также ремесленники и мелкие торговцы.