Александр деятельно принялся уничтожать следы последнего татарского нашествия на Суздальскую землю: возобновлял храмы, укреплял города и собирал жителей, укрывшихся в леса и дебри. Но времена были тяжелые, неблагоприятные для мирной гражданской деятельности. Все десятилетнее великое княжение свое Александр I Невский провел в непрерывных трудах и тревогах, причиненных внутренними и внешними врагами. Более всего доставили ему беспокойства дела новгородские. Хотя монгольское иго, сильно тяготевшее над Суздальской землей, сначала и ослабило ее преобладание над Новгородом Великим, однако при первой возможности повторились прежние взаимные отношения этих двух половин Северной Руси. Утвердясь на великом княжении владимирском, Александр возобновил политику своих предшественников, то есть старался постоянно держать Новгород под своей рукой и назначать туда князем, в сущности же своим наместником, кого-либо из собственных сыновей. Это место занял его сын Василий. Юноша шел по стопам отца и вскоре успел отличиться в борьбе с литвой и ливонскими немцами, которые вновь открыли враждебные действия против новгородцев и псковичей. Но большинство граждан Великого Новгорода более всего дорожили своими вечевыми порядками и вольностями, они снова стали тяготиться зависимостью от сильного суздальского князя. В связи с этими отношениями происходила обыкновенная смена посадников. В 1243 году умер Степан Твердиславич; он представляет собой единственный известный нам пример посадника, который сохранял свое место тринадцать лет и умер спокойно при своей должности. Когда Василий Александрович занимал новгородский стол, посадником был Анания, любимый народом как ревностный защитник новгородских вольностей. Но семья Твердислава не оставляла своих притязаний на посадничество; внук его Михалко Степанович, по-видимому, добивался этого сана уже с помощью суздальских сторонников. Торжество народной стороны, однако, высказалось в том, что она изгнала Василия Александровича, а на княжение к себе призвала Ярослава Ярославича, младшего брата Александрова.
Великий князь не замедлил показать, что не намерен терпеть такое своеволие. Он быстро явился с суздальскими полками в Торжок, где еще держался его сын Василий; а отсюда двинулся на Новгород. Ярослав поспешил уехать; в городе произошли обычные смятения и бурные веча. Меньшие люди, то есть простонародье, руководимые посадником, вооружились, одержали верх на главном вече и присягнули стоять всем как один человек и никого не выдавать князю, если тот потребует выдачи своих противников. А вятшие, или более зажиточные, держали сторону князя и замышляли передать посадничество Михалку Степановичу. Последний с толпой вооруженных людей удалился в Юрьевский монастырь, в соседство Городища, или княжеской резиденции. Чернь хотела было ударить на двор Михалка и разграбить его; но великодушный посадник Анания удержал ее от насилия. Между тем некоторые переветчики уходили к великому князю и извещали его о том, что делалось в Новгороде. Расположив свою рать вокруг Городища, Александр прислал на вече требование о выдаче посадника Анании, грозя в противном случае ударить на город. Граждане отправили к великому князю владыку Далмата и тысяцкого Клима с мольбой не слушать наветов злых людей, отложить гнев на Новгород и на Ананию и занять вновь их стол. Александр не склонялся на эти просьбы. Три дня обе стороны стояли друг против друга с оружием в руках. На четвертый день Александр велел сказать на вече: пусть Анания лишится посадничества, и тогда он отложит свой гнев. Анания удалился, и великий князь торжественно вступил в Новгород, встреченный владыкой и духовенством с крестами (1255). Посадничество получил Михалко Степанович, а на княжеский стол воротился Василий Александрович.
В это время шведы попытались было снова отнять финское прибрежье у Новгорода и вместе с подручным себе народцем емью начали строить крепость на реке Нарове. Но при одном слухе о движении Александра с суздальскими и новгородскими полками они удалились. Однако Александр хотел дать им новый урок и продолжал поход вглубь страны, обитаемой емью; причем много народу избил или взял в полон. По словам летописи, русская рать должна была преодолевать большие трудности на этом походе в холодную, туманную погоду, в краю, наполненном скалами и болотами. Цель была достигнута; долгое время после того шведы не отваживались нападать на пределы новгородские.
Уже в следующем, 1257 году новгородские смуты возобновились. Причиной их на этот раз был слух, что татары хотят ввести в Новгороде свои тамги и десятины.
В 1253 году умер Батый, а вслед за ним и Сартак. В Кипчакской Орде воцарился брат Батыя Берке. Около того времени великий хан Менгу велел произвести общую перепись жителей во всех татарских владениях, дабы более точным способом определить количество дани с покоренных народов. Такое распоряжение тяжело отозвалось в Русской земле. Конечно, в связи с этим делом и для смягчения его условий Александр Ярославич летом 1257 года ездил с подарками в Орду, сопровождаемый некоторыми удельными суздальскими князьями, в том числе братом Андреем, который успел воротиться из Швеции и примириться с татарами. А следующей зимой приехали из Орды численники; сосчитали население в землях Суздальской, Рязанской, Муромской и поставили своих десятников, сотников, тысячников и темников. Только чернецы, священники и прочие церковнослужители не были записаны в число, потому что татары духовенство всех религий освобождали от даней. Такое изъятие было установлено еще Чингисханом и Огодаем, которые руководились при этом не одной монгольской веротерпимостью, но, вероятно, и политическими соображениями. Так как духовенство у всех народов составляло самый влиятельный класс, то основатели великой Татарской империи избегали возбуждать религиозный фанатизм, опасное действие которого они могли заметить особенно у мусульманских народов. Татары обыкновенно переписывали всех мужчин, начиная с десятилетнего возраста, и собирали дани отчасти деньгами, отчасти наиболее ценными естественными произведениями каждой страны; с Руси, как известно, они получали огромное количество мехов. Главные дани были: десятина, то есть десятая часть хлебного сбора, тамга и мыт, вероятно, пошлины с торгующих купцов и провозимых товаров. Кроме того, жители обложены были разнообразными повинностями, каковы, например, ям и корм, то есть обязанности давать подводы и съестные припасы татарским послам, гонцам и всяким чиновникам, особенно поборы на ханское войско, ханскую охоту и прочее.
Тяжесть всех этих налогов и повинностей, а в особенности жестокие способы их сбора, конечно, были известны новгородцам, и потому они сильно взволновались, когда услыхали, что и к ним придут татарские численники. Доселе Новгород не видал татар в своих стенах и не считал себя подчиненным варварскому игу. Начались бурные смуты. Горячие головы, называя изменниками тех, которые советовали покориться необходимости, призывали народ положить свои головы за Святую Софию и Новгород. Среди этих смут был убит нелюбимый посадник Михалко Степанович. Сторону горячих патриотов держал и сам юный князь Новгородский Василий Александрович. Услыхав о приближении отца с ханскими послами, он не стал дожидать его и убежал во Псков. На этот раз новгородцы так и не позволили себя перечислять и, поднеся дары ханским послам, выпроводили их из своего города. Александр сильно разгневался на сына Василия и отправил его на Низ, то есть в Суздальскую землю; а некоторых его дружинников жестоко покарал за их мятежные советы: кого велел ослепить, кому отрезать нос. Варварское иго уже давало себя знать в этих наказаниях.
Напрасно новгородцы думали, что они избавились от татарских численников. Зимой 1259 года Александр снова приехал в Новгород с ханскими сановниками Беркаем и Касачиком, которых сопровождала многочисленная татарская свита. Предварительно пущен был слух, что войско ханское уже стоит в Низовой земле, готовое двинуться на Новгород в случае вторичного неповиновения. Здесь опять произошло раздвоение: бояре и вообще вятшие люди изъявили согласие на перепись; а меньшие, или чернь, вооружились с кликами: «Умрем за Святую Софию и за домы ангельские!» Клики эти напугали татарских сановников; они просили стражу у великого князя, и тот велел стеречь их по ночам всем детям боярским; а новгородцам он грозил опять удалиться и предоставить их в добычу ужасной ханской мести. Угроза подействовала; чернь успокоилась и допустила численников. Татарские чиновники ездили из улицы в улицу, перечисляя дома и жителей и высчитывая количество даней. Чернь злобствовала при этом на бояр, которые сумели устроить таким образом, что дани были налагаемы почти равные на богатых и бедных; следовательно, для первых они были легки, а для последних тяжелы. По окончании переписи сановники татарские удалились. И то уже было немалым благом для Новгорода, что в нем, вероятно, по ходатайству великого князя, не поселились баскаки, как в других стольных городах. Александр поставил здесь князем другого сына своего, Димитрия. Как неприятна и тревожна была для него эта последняя поездка в Новгород, показывают слова, сказанные епископу Кириллу. На обратном пути во Владимир великий князь остановился в Ростове, где его угощали двоюродные племянники, князья Борис Василькович Ростовский и Глеб Васильевич Белозерский со своей матерью Марьей Михайловной (дочерью замученного в Орде Михаила Черниговского). Разумеется, первым делом по приезде сюда было помолиться в соборном Успенском храме и поклониться гробу святого Леонтия. Тут, принимая благословение и целуя крест из рук известного книжника, престарелого епископа Кирилла, Александр сказал ему: «Отче святый! твоею молитвою я здрав поехал в Новгород, твоею же молитвою здрав и сюда приехал».
Спокойствия, однако, не было. Едва в Новгороде затихли волнения, вызванные татарской данью, как еще большие возникли в самой Суздальской земле, и по той же причине.
Около этого времени ордынские властители начали отдавать на откуп дани и налоги магометанским купцам из Средней Азии, то есть хивинским и бухарским; русский народ называл их вообще бесерменами. Заплатив вперед большие суммы в ханскую казну, естественно, откупщики старались потом вознаградить себя с лихвой и выжимали из народа последние его средства. За всякую отсрочку платежей они налагали непомерные росты, или проценты; отнимали скот и все имущество, а у кого нечего было взять, того или детей его брали и потом продавали в рабство. Народ, еще живо помнивший о своей независимости, не вынес такого крайнего угнетения; сюда присоединилось и возбуждение религиозное, так как фанатичные мусульмане начали ругаться над христианской церковью. В 1262 году в больших городах, каковы Владимир, Ростов, Суздаль, Ярославль, Переяславль-Залесский, жители восстали при звоне вечевых колоколов и выгнали от себя татарских сборщиков дани, а некоторых избили. В числе последних находился какой-то отступник Зосима, в городе Ярославле он был монахом, но потом перешел в мусульманство, сделался одним из сборщиков дани и пуще иноплеменников притеснял прежних своих соотчичей. Его убили, а тело бросили на съедение псам и воронам. Во время этого возмущения некоторые из татарских чиновников спасли себя тем, что приняли христианство. Например, так поступил в Устюге знатный татарин Буга, который потом, по словам предания, своей набожностью и добротой приобрел общую любовь.