В 1958 г. и 1961 г. Сахаров писал непосредственно Хрущёву, предупреждая о непредсказуемом и скорее всего разрушительном воздействии на наследственность термоядерных взрывов. Сахаров призывал Хрущёва прекратить все испытания в атмосфере. Позднее, вспоминая о тех временах, он говорил: «У меня было ужасное чувство бессилия. Я не мог остановить то, что считал неправильным и ненужным. После этого я почувствовал себя другим человеком. Я порвал со своим окружением». Его могущество в науке делало особенно тяжёлым его политическое бессилие.
Учёные и исследователи, которые не обладали таким же авторитетом, как Сахаров, тоже имели основания для разочарований. Они работали в тех областях знания, где жизненно важен быстрый обмен идеями между учёными разных стран, и потому возмущались теми сложностями, которыми сопровождались их встречи с зарубежными коллегами, чтение иностранной периодики и доступ к иностранному оборудованию. Члены партии, — а это было необходимым условием успешной карьеры, — огромное количество времени расходовали на «общественную» работу. Будучи членом парткома Института истории, Александр Некрич тратил, по его словам, 40% времени именно на эту деятельность в ущерб исследовательской работе. Может быть, докучнее всего было полуфеодальное повиновение заведующему отдела или директору института, от которых зависел доступ к оборудованию, публикациям и продвижение по службе. Это были, естественно, номенклатурные работники, причём их назначение находилось в зависимости не столько от их профессионального уровня, сколько от политической благонадёжности. Некоторые из них были «опальными» политиками, которых в послесталинское время больше не ставили к стенке, вместо этого их отправляли на не очень нужную работу. Моральные последствия подобных взаимоотношений хорошо описали двое московских биологов в неопубликованной статье:
«Если учёный знает, что он по праву занимает своё место и заслужил признание со стороны свои коллег, это даёт ему чувство уверенности, независимости, внутренней свободы и равновесия. Иными словами, создаются условия, которые позволяют услышать голос совести… Дело обстоит совсем иначе, если человек занимает не своё место… Он не доверяет ни самому себе, ни собственному мнению. Ему не хватает ни внешней, ни внутренней независимости, и потому он опирается на чужое мнение. Он должен казаться не тем, что он есть на самом деле, играть роль, а не жить, добиваться признания любыми средствами и подбирать сотрудников, которые полностью зависели бы от него. Человек не на своём месте тянет за собой таких же, как он сам, поскольку только им он и может доверять».
Это противопоставление объясняет конфликт, возникший в научной и академической среде. Те, кто соблюдал моральные и профессиональные правила поведения, часто делали это в жёсткой и бескомпромиссной манере, что приводило к постоянным трениям с окружающими и создавало им репутацию людей «ненадёжных».
Некоторые области науки, прежде всего гуманитарные и общественные, были особенно уязвимы для прямого политического вмешательства прежде всего из-за специфики своего предмета. Но то же могло происходить и с некоторыми естественнонаучными дисциплинами — прежде всего с биологией. Поскольку Хрущёв оказывал предпочтение «деревенским учёным», последователи Лысенко в известной мере были под его защитой и смогли вернуться на свои позиции, что привело к возобновлению старых сражений. Именно по этой причине генетик Жорес Медведев стал диссидентом.
Те учёные, что смогли подняться над узкими рамками своих дисциплин и охватить взглядом взаимоотношения науки и общества в целом, были чрезвычайно обеспокоены тенденциями, проявившимися в конце шестидесятых годов. Только десятью годами ранее Советский Союз запустил первый искусственный спутник, и казалось, что в области техники он опережает весь мир. А теперь страна не только не превзошла США, как обещал Хрущёв, но на самом деле отстала во всех передовых областях техники, особенно в автоматизации и кибернетике.
В марте 1970 г. Сахаров, физик Валентин Турчин и историк Рой Медведев (брат Жореса) направили открытое письмо Брежневу, Косыгину и Подгорному, где объясняли глубинные причины отставания. Они критиковали не социалистический строй как таковой, а специфические особенности и условия жизни в СССР, которые противоречили социализму, а также антидемократические традиции и нормы общественной жизни, установленные в сталинскую эпоху и до сих пор решительно не искоренённые. Имелось в виду прежде всего отрицание свободы информации и основных прав человека, которые необходимы интеллигенции, учёным и специалистам для продолжения их деятельности. В письме говорилось, что свобода информации и творчества необходимы интеллигенции из-за самой природы её деятельности и социальных функций. Потому стремление интеллигенции добиться этих свобод законно и естественно. Однако государство подавляет эти попытки административными притеснениями, увольнениями с работы и даже судебными процессами.
В письме предлагалась широкая, но весьма осторожная программа демократизации, что предполагало «информационный обмен» и «участие» в управлении. Проводить демократизацию должны были партия и правительство. Среди прочих мер указывались отмена предварительной цензуры, амнистия политических заключённых, отмена прописки, широкая публикация социологических данных. Предлагалось также улучшить подготовку руководящих кадров, усилить независимость судопроизводства и избирать представителей в партийные и советские органы из многих кандидатур.
Другим основным источником диссидентского движения была литература. Как и учёные, писатели имели возможность — и моральную, и социальную — сделать своё мнение достаточно ощутимым даже в очень репрессивной социальной системе. Традиция быть как бы «альтернативным правительством» возникла среди писателей ещё в царской России. Советское правительство попыталось предотвратить всякую возможность появления подобной «альтернативы», создав при помощи Союза писателей собственную монополию на литературу. Как однажды Осип Мандельштам сказал своей многострадальной жене: «Что ты жалуешься? Поэзию уважают только в этой стране — тут за неё убивают людей».
Кроме того, литература была единственной силой, способной противостоять наиболее опасному оружию советского государства — его способности парализовать творческое мышление человека при помощи смеси террора, апатии, страха и «двоемыслия». Чтобы преодолеть этот гнёт, следовало прежде всего вернуть словам их истинное отношение к реальности — то есть их действительное, а не принудительно навязанное значение. Идеи, если они не могут конкурировать друг с другом, существуют лишь в зачаточной форме. Для их развития и кристаллизации необходим обмен с коллегами информацией, впечатлениями и другими идеями. В этом и состояло действительно подавляющее воздействие партийной монополии в средствах массовой информации, где, как заметила Раиса Орлова, «единственной альтернативой партии, кажется, была изоляция».
Объясняя, почему в течение стольких лет он издавал и, следовательно, писал подпольный политический журнал, Рой Медведев однажды сказал, что это помогало ему определить собственные взгляды на различные события, выражать собственные мысли и точки зрения, не оглядываясь на «внутреннего» цензора или редактора.
В пятидесятых и начале шестидесятых годов некоторые писатели — каждый по-своему — стали находить выход из порочного круга пропаганды, страха и «двоемыслия». Тот период, который начался после смерти Сталина и особенно после XX съезда, был временем неопределённости, когда партийные начальники от идеологии и культуры сами толком не знали, какую линию они должны проводить и что именно надо давать любой ценой. В такой ситуации некоторые журналы смогли снова (впервые после начала тридцатых годов) начать атаку на «лакировку действительности» — т.е., например, на изображение колхозной жизни как гармоничной и изобильной. Они призывали к откровенности и искренности. В 1956 г. романист В. Дудинцев опубликовал роман «Не хлебом единым», который во многих отношениях был ортодоксальным произведением социалистического реализма, но со значительными отличиями, главное из которых состояло в том, что его герой — сражающийся за лучшее будущее одинокий учёный, в то время как его противники — признанные учёные, директора заводов и партийные работники — изображены не как исключения, но как типичные представители своей среды. Таким образом, социалистический реализм можно было обратить против партийно-государственной иерархии.
Немаловажную роль играли и журналы. Их редакции становились дискуссионными центрами, где люди встречались и обсуждали не только последние литературные новости, но также обменивались идеями и мнениями относительно текущих событий. Все толстые журналы публиковали статьи по проблемам политики, экономики, науки, философии и т.д., а равно и произведения художественной литературы, так что подобные контакты очень заметно расширяли кругозор их участников. Особенно отличался этим журнал «Новый мир» при главных редакторах Константине Симонове и особенно Александре Твардовском. Один израильский учёный, который провёл специальное исследование деятельности этого журнала, заметил: «Редакцию «Нового мира», по крайней мере при Твардовском, следует считать не просто конторой, где располагался главный редактор со своим штатом, но также местом встреч сонмища активных, заинтересованных писателей и интеллектуалов, которые собирались, чтобы поговорить, обсудить представляющие взаимный интерес вопросы, принести рукописи, которые, как им казалось, имели всемирное значение, или просто встретиться с приятелями». Поскольку служба безопасности была сокращена, люди могли в большей степени, чем раньше, рассчитывать на то, что их слова, безотносительно к их недопустимости с точки зрения властей, не будут переданы куда следует и не попадут в досье, дожидающееся своего часа. Таким образом, люди начали больше верить друг другу.