Эта система держала весь среднеазиатский регион в узде — но последствия её были весьма губительны. Средняя Азия все больше изолировалась от остального Союза, если судить по цифрам межнациональных браков и иммиграции переписей 1970 и 1979 гг. Приезжие чувствовали себя в среднеазиатских республиках неуютно, а сами среднеазиаты крайне неохотно отказывались от племенного протекционизма и отправлялись работать в другие регионы СССР. Но, поскольку предпочтение всегда оказывалось соплеменникам, коррупция породила напряжённость в межэтнических отношениях. Особенно бросалось в глаза отторжение этой системой русских — они явно подвергались дискриминации. Хуже всего было другое — хищническое и расточительное использование водных ресурсов на орошение хлопковых плантаций привело к обмелению Аму-Дарьи и Сыр-Дарьи и падению уровня Аральского моря. Началось засоление и опустынивание берегов. Разрушение окружающей среды стало угрожать источникам чистой питьевой воды. Под угрозой оказался климат всего региона, что самым неблагоприятным образом отразилось бы на производстве хлопка, отнимавшего львиную долю воды, используемой для орошения.
Первые попытки искоренить коррупцию предпринимались при Андропове в 1983 г. К концу 1986 г. были заменены все пять первых секретарей республиканских партийных организаций. Расследованием их деятельности и деятельности их ближайших сотрудников занялись следственные органы. Расследование продвигалось трудно — возможной причиной этого стало раскрытие связей среднеазиатских деятелей с коррумпированными московскими чиновниками, что стало очевидным после суда над зятем Брежнева Юрием Чурбановым.
Чужеземные инквизиторы столкнулись в Средней Азии с сопротивлением. Первая вспышка произошла в декабре 1986 г., когда первый секретарь парторганизации Казахстана Кунаев был заменён русским, Геннадием Колбиным. Почему Горбачёв пошёл на столь вопиющее нарушение правила, по которому первым секретарём республиканской партийной организации должен быть представитель местного населения, остаётся непонятным, — может быть, просто потому, что не было ни одного казаха, не замешанного в коррупции. Но какими бы соображениями Горбачёв ни руководствовался, его действия спровоцировали двухдневный бунт в столице Казахстана Алма-Ате. Зачинщиками выступлений были студенты, самый этнически сознательный элемент казахского общества, к тому же чрезвычайно чувствительный к любым покушениям на этнический протекционизм.
Общинные волнения 1989–90 гг. были гораздо серьёзнее. Распределение жилья, вопросы землевладения, водоснабжения и занятости в Средней Азии имели характер куда более взрывоопасный, чем где бы то ни было на территории СССР. В Ферганской долине молодые узбеки напали на турок-месхетинцев, депортированных туда в 1944 г. Сталиным. Месхетинцы считались искусными торговцами, и в последнее время их подозревали в завышении цен. После того как в Душанбе распространились слухи о том, что армянские беженцы получают жильё, которого долго ждали местные жители, толпы таджиков устроили погромы приезжих. В Киргизии, в городе Ош, этнические волнения начались после того, как нескольким киргизам были отданы для поселения участки земли, традиционно возделываемой узбеками. Во всех этих случаях негодование местных жителей по отношению к приезжим, занимавшим доминирующие позиции в обществе и совершенно равнодушным к местным жителям, усиливалось предчувствием нависшей над Средней Азией экологической катастрофы, нехваткой жилья, земель и рабочих мест. Ходили также слухи, что беспорядки специально провоцировались местным партийным начальством и мафией.
Вместе с тем подобные народным фронтам гражданские ассоциации развивались в Средней Азии медленнее, чем где бы то ни было. Это было следствием сельской по преимуществу, слабо урбанизированной социальной структурой региона, продолжавшей оставаться чрезвычайно архаичной. Самым влиятельным среди народных движений такого рода стал «Бирлик» («Единство»), созданный в Ташкенте в мае 1989 г. Его политическая программа была светской и либеральной, однако, под давлением рядовых членов организация стала проводить более популистскую и исламистскую политику, чем это было предусмотрено принятой программой. Но в перспективе самым мощным политическим движением Средней Азии могла стать Партия Исламского Возрождения, основанная в Астрахани в июне 1990 г. Она имела своих членов во всех регионах Советского Союза. Несмотря на фундаменталистский и вполне умеренный характер её политической программы, Партия Исламского Возрождения была запрещена в Средней Азии практически повсеместно.
В целом по мере того, как грядущий распад СССР становился все более очевидным, лидеры среднеазиатских республик попадали во все более затруднительное положение. Раньше они всегда могли рассчитывать на поддержку из Москвы — теперь такой поддержки почти не было. Но и движения, выступавшие за независимость, были слишком слабы и не могли выдвинуть альтернативных лидеров. Единственным исключением была Киргизия, где прежний коммунистический лидер был крайне непопулярен, и потому к власти смог прийти Аскар Акаев, президент Академии наук Киргизии. Высшие аппаратчики Средней Азии не хотели выходить из состава СССР. Но действия, которые они предприняли, чтобы избежать такого развития событий, нельзя признать удачными — они, так сказать, оседлали одновременно лебедя, рака и щуку, направление движения коих, как известно, сильно разнится. Используя для поддержки своей политики традиционную систему клиентелы, манипулирование местным национализмом, они умоляли специалистов славянского происхождения не покидать их республики. Заигрывая с Исламом, они в то же время не давали ему слишком усилиться.
В Белоруссии и на Украине близость местных народов к русскому наложила отпечаток на развитие национального движения. Русские рассматривали представителей обоих народов как своего рода почётных великороссов, которым по странному стечению обстоятельств случилось говорить на особом «диалекте». Эти три народа составляли славянское большинство населения СССР, насчитывающее почти три четверти от общей численности населения страны. Сами же по себе русские составляли едва лишь половину населения СССР. Соответственно, государство поощряло тихую русификацию, используя естественное желание родителей отправлять детей в русские школы, где они овладевали «имперским» языком.
В 1987 г. Союз писателей Украины начал кампанию против эрозии украинского языка. Вскоре были подняты и другие, не менее болезненные вопросы — защита окружающей среды (особенно злободневная после Чернобыльской катастрофы), преследования Униатской церкви, проблема «белых пятен» в украинской истории и культуре. Последнее относилось не только к жестокостям сталинского времени, но также и к российской политике по отношению к Украине вообще, на протяжении веков направленной на упразднение отличительных черт украинской культуры.
До тех пор события в целом развивались так же, как и в Прибалтике. Следующим этапом должно было стать создание Народного фронта. Но тогда власти Украины, которыми всё ещё руководил последыш брежневского Политбюро Щербицкий, предприняли действия, прямо противоположные тому, что в своё время совершили их прибалтийские коллеги. Надолго посадить активистов национального движения, как это делалось в семидесятых годах, было уже невозможно. Поэтому их изводили мелкими придирками, запрещали митинги или за незначительные правонарушения осуждали на небольшие сроки. Но даже в таких условиях после большого съезда участников экологического движения, состоявшегося в Киеве в ноябре 1988 г., смогла собраться инициативная группа, в состав которой входили представители Союза писателей и неформальных ассоциаций. Они опубликовали проект программы Народного фронта в газете, издававшейся Союзом писателей (вероятно, единственной, которая пошла на это). Проект был очень похож на аналогичные прибалтийские документы — в нём поддерживалась перестройка и содержался призыв добиться «подлинного суверенитета Украины». В программе также имелись требования соблюдения в полном объёме прав человека, предоставления украинскому языку статуса государственного на территории Украинской ССР. По этому поводу отмечалось, что практика предоставления родителям свободы в выборе языка обучения для своих детей ведёт к национальному нигилизму.
Первый съезд фронта, получившего название «Рух», смог состояться только в сентябре 1989 г. Тогда же была принята программа движения. Одного этого хватило, чтобы убрать Щербицкого. Но всё же Коммунистическая партия пока оставалась достаточно сильной, чтобы затягивать его регистрацию до того момента, когда выдвижение кандидатов «Руха» на выборы 1990 г. стало уже невозможно. Таким образом, в этих выборах «Рух» смог принять участие только в качестве участника демократического блока, отстаивавшего полную независимость Украины, переход к рыночной экономике и свободу вероисповедания, что подразумевало легализацию Униатской церкви. Приблизительно в то же время Горбачёв встретился с Папой и подтвердил, что униатские приходы могут отныне регистрироваться и требовать возвращения культовых зданий.
Демократический блок потерпел поражение на выборах в Одессе и в Восточной Украине, но кое-где добился значительного успеха, получив большую часть мест, на которые вообще мог рассчитывать, — около трети от общего числа. Демократы получили большинство мест в городских советах Киева и Львова (там мэром стал старый диссидент Вячеслав Чорновил). В ознаменование этого события над львовской ратушей был поднят национальный украинский флаг, благословленный епископами Униатской церкви. Это сопровождалось национальным гимном в исполнении хора Львовского общества (названного так по имени города).
Успех «Руха» на выборах и последовавшее вслед за тем общенациональное ликование ускорили события, которые за два года до того происходили в Прибалтике: установление дружеских отношений между националистическим крылом номенклатурной элиты и Народным фронтом. В то же время «империалистическое» крыло Коммунистической партии, которое хотело сохранить лояльность Москве, попадало во все большую изоляцию по мере того, как ухудшалось положение в экон