В начале 1904 года в чине капитана перешёл на службу в Отдельный корпус жандармов, где ему был присвоен соответствующий жандармский чин — ротмистр. Сразу же после окончании курсов при Штабе корпуса, в мае 1904, Комиссаров получает назначение в Санкт — Петербургское губернское жандармское управление, а уже в августе 1904, благодаря тому, что как бывший артиллерист, он хорошо знал математику, и поэтому мог быстро освоить процесс шифровки и дешифровки его откомандировали в Департамент полиции Министерства внутренних дел, где он совместно с чиновником особых поручений И. Ф. Манасевичем — Мануйловым, возглавил образованное при МВД "Секретное отделение по наблюдению за иностранными посольствами и военными атташе".
Выдвижению Комиссарова на этот ответственный пост помимо хорошего знания математики способствовало так же знание иностранных языков (важное достоинство при работе с иностранной агентурой) и отличные организаторские способности.
Работа по расшифровке дипломатической переписки иностранных посольств была организована исключительно конспиративно (малейшая неудача могла вызвать европейский скандал) и была чрезвычайно сложной. Впоследствии, отвечая на вопросы Чрезвычайной следственной комиссии Временного правительства, Комиссаров так охарактеризовал результаты этой деятельности: "Все документы, получаемые от агентов, доставлялись ко мне на конспиративную квартиру, где я жил под видом иностранца. Там их фотографировали и наутро уносили в Департамент полиции МВД. По линии МВД императору ежедневно посылались один-два доклада на основании контролируемой посольской переписки".
Так, известно, что во время заключения Портсмутского мира с Японией, отделение Комиссарова узнавало американские условия раньше, чем посол США в Санкт-Петербурге.
За работу в секретном бюро Комиссарову присвоили звание подполковника Отдельного Корпуса жандармов, и в этом звании уже в апреле 1908, он принял участие в I съезде начальников районных охранных отделений, находясь на тот момент в должности помощника начальника Петербургского охранного (Северного районного охранного) отделения.
В 1909–1915 годах Комиссаров занимал посты начальника Енисейского, Пермского, Саратовского, Вятского губернских жандармских управлений. В октябре 1915, был назначен начальником Варшавского губернского жандармского управления, которое вскоре было эвакуировано из Варшавы и расформировано после отступления русских войск из Польши.
Вернувшись в конце 1915 года, в Петроград, Комиссаров становится помощником начальника Петроградского охранного отделения и назначается заведовать охраной Григория Распутина. В результате интриг вокруг Распутина (а именно, после фактического отказа Комиссарова, выполнить поручение министра внутренних дел А. Н. Хвостова организовать убийство Распутина и последовавшего за этим скандала), в марте 1916, Комиссаров был отстранён от охраны Распутина и получил назначение градоначальником города Ростов — на — Дону. В августе 1916, был уволен в отставку в чине генерал-майора артиллерии.
После Февральской революции был арестован, находился в заключении сначала в Петропавловской крепости, а затем на гауптвахте, устроенной в бывшем помещении штаба Отдельного корпуса жандармов на Фурштадтской улице, № 40. Допрашивался Чрезвычайной следственной комиссией. Находясь в заключении Комиссаров свёл знакомство в большевиками, оказавшимися в тюрьме после их июльского выступления. Когда большевики были освобождены, они попросили министра юстиции Временного правительства социалиста Малянтовича освободить и Комиссарова. По другим данным Комисаров вступил в контакт с большевиками ещё после Первой Русской революции.
После прихода большевиков к власти участвовал в организации оперативно-розыскной деятельности, а так же создании шифровальной и дешифровальной (криптографической) службы в составе Всероссийской Чрезвычайной Комиссии.
В 1920 году, Комиссаров был отправлен руководством ВЧК для ведения разведки в Германию, где выдавал себя за представителя генерала Врангеля. Он обманул нескольких баварских монархистов, сообщив им, что Врангель хочет создать единый фронт с Германией. Поехав с баварцами якобы в Крым, к Врангелю и получив от них под фальшивым предлогом 100 000 марок, Комиссаров отстал от них в Будапеште. Баварских же монархистов, которые всё — таки добрались до Крыма, Врангель принять отказался, так как он никогда не давал Комиссарову никаких поручений.
В 1921–1922 годах Комиссаров работал по заданию ВЧК в Болгарии, где благодаря его влиянию болгарское правительство провело целый ряд арестов белоэмигрантов из бывшей армии генерала Врангеля.
Продолжая в 20-е годы находится в Европе, Комиссаров, по заданию ОГПУ занимается организации широкой кампании по дезинформации и дискредитации белоэмигрантского движения, став одним из главных теоретиков постановки такой работы. Только после раскрытия белыми эмигрантами его действительной роли, Комиссарову и его помощнику Чайкину пришлось уехать из Европы в Америку с тем же заданием. Находясь в США, Комиссаров публикует в 1930 году воспоминания. Погиб в Чикаго 20 октября 1933 года, попав под трамвай. Возможно, что это было убийство.
При рассмотрении особенностей кадровой политики как при создании ВЧК, так в годы её последующей деятельности, возникает вопрос почёму всё же при формировании, как центрального аппарата ВЧК, так и местных ЧК хотя бы на губернском уровне, практически не использовались кадры дореволюционных органов партийной безопасности в лице членов существовавших в период 1908–1914 годов, как в ЦК РСДРП (б), так и её губернских комитетов "Комиссий по борьбе с провокацией"? Ведь большая часть партийцев работавших в этих комиссиях дожила до прихода своей партии к власти.
Результатом, отсутствия чёткой кадровой политики при создании ВЧК стало то обстоятельство, что кроме морально разложившихся и порой с уголовным прошлым, а так же часто просто психически ненормальных людей (особенно это касалось городских и уездных ЧК), среди сотрудников органов ВЧК вплоть до её центрального аппарата было немало враждебных к Советской власти и РКП (б) людей, а так же большое количество агентов иностранных и белогвардейских разведок.
Не буду, по данному поводу повторяться про левых эсеров, служивших в ЧК, поскольку до начала подготовки антибольшевистского переворота руководством партии левых эсеров, они служили в ВЧК достаточно честно и на переворот пошли подчиняясь партийной дисциплине. Поэтому, возьмём для одного из примеров, один из фрагментов из воспоминаний не раз здесь упомянутого одного из основателей ВЧК Якова Петерса.
В своих воспоминаниях Петерс, почему — то, смог вспомнить только один случай вражеского проникновения в центральный аппарат ВЧК. Это было в 1918 году (число и месяц Петерс в своих воспоминаниях не привёл), когда, в ходе ареста одной из анархистких террористических организаций, на её конспиративной квартире, было обнаружено мощное взрывное устройство, которое в здание ВЧК должен был доставить один из оперативных сотрудников центрального аппарата ВЧК и затем установить в той комнате рядом с которой должно было происходить очередное заседание Коллегии ВЧК. В связи с этим делом была так же обвинена в сотрудничестве с анархистким подпольем и арестована одна из машинисток центрального аппарата ВЧК. ("Особое задание"… — с. 19–20).
Что касается агентов белогвардейских разведок в центральном аппарате ВЧК, то самым известным из них являлся Владимир Григорьевич Орлов — бывший царский, а затем белогвардейский контрразведчик. В январе 1918, генерал М. В. Алексеев — командующий, только что созданной на Северном Кавказе белогвардейской "Добровольческой армии", направил его в Петроград с разведывательным заданием. Вскоре находясь в Петрограде, Орлов сумел стать председателем Центральной уголовно-следственной комиссии ВЧК и даже войти в доверие к самому Ф. Э. Дзержинскому.
Находясь в центральном аппарате ВЧК, Орлов создал тайную антибольшевистскую сеть и кроме работы на разведку "Добровольческой армии", наладил контакты с английской, немецкой и французской разведками. После возникшей в октябре 1918, угрозе разоблачения с помощью немецкой разведки бежал из Москвы в Одессу. (В. Г. Орлов "Двойной агент. Записки контрразведчика" — М.: "Современник", 1998).
Прибыв в Одессу В. Г. Орлов 6 февраля 1919, был назначен начальником контрразведывательного отделения штаба командующего войсками Добровольческой армии Одесского района.
Отделение под руководством Орлова добилось крупных успехов, которые приписывались неутомимому усердию его начальника: в Одессе практически в полном составе были разгромлены подпольная большевистская организация и Одесское отделение Иностранного отдела ВЧК.
Сидней Рейли упоминал, что Орлов в своей работе в Одессе не придерживался формальной правовой процедуры — дела арестованных им большевистских агитаторов не всегда передавались судебным органам. Манеру работы Орлова в этот период Рейли описывал как "очень решительную".
Перед занятием большевиками Одессы в апреле 1919, Орлов эвакуировался в Константинополь (Стамбул), затем в начале мая 1919, прибыл в Екатеринодар (ныне Краснодар), где ему предложили поучаствовать в работе комиссии по реформе контрразведывательных органов Вооруженных Сил Юга россии (ВСЮР). На основе рекомендации этого органа произошла реорганизация спецслужб. В сентября 1919, Орлова прикомандировывают к управлению генерал-квартирмейстера Вооруженных сил Юга России (ВСЮР), а 2 декабря 1919, он принял должность начальника контрразведывательной части особого отделения отдела Генерального штаба ВСЮР от профессионального разведчика и контрразведчика полковника Р. Д. Мергина, который стал его заместителем.
После разгрома Деникина — Орлов стал руководителем одной из контрразведок армии генерала Врангеля. На этом посту он добился существенной реорганизации белогвардейских спецслужб, последовательно вёл контрразведывательную работу против ВЧК и Коминтерна, перенеся её главным образом за пределы территории бывшей Российской империи.