После этого началось приспособления деятельности как центрального аппарата ВЧК, так и ее местных органов к деятельности в условиях режима красного террора. В связи с этим 10 сентября 1918 Ф. Э. Дзержинский подписал новую инструкцию о губернских и уездных чрезвычайных комиссиях. Особое внимание в ней уделялось необходимости установления самой тесной связи чрезвычайных комиссий с партийными организациями, а также контролю за деятельностью ЧК со стороны партийных комитетов. В связи с этим в этой инструкции указывалось следующее: "В своей работе Чрезвычайная комиссия по борьбе с контрреволюцией, спекуляцией и преступлением по должности должна опираться на местные комитеты партии коммунистов". Для усиления взаимодействия местных ЧК с местными партийными органами при каждой ЧК создавали контрольную коллегию из двух представителей партийной организации и одного представителя данной чрезвычайной комиссии.
В целях обеспечения правильного подбора руководящих кадров губернских ЧК, в центральном аппарате ВЧК решили совместно с губернскими партийными организациями провести партийную аттестацию председателей губернских ЧК.
В ходе продолжения своей розыскной деятельности в условиях режима красного террора, в сентябре-ноябре 1918, ВЧК ликвидировала в Москве целый ряд подпольных контрреволюционных офицерских организаций, а именно "Сокольническую военную организацию", "Орден романовцев", "Объединенную офицерскую организацию" и ряд других.
Все эти контрреволюционные организации имели широко разветвленный разведывательный аппарат. У них были свои агенты в таких советских учреждениях, как Центральное управление по делам пленных и беженцев (Центропленбеж), Красный крест, Всероссийский Совет Народного Хозяйства. Местные ЧК в этот же период разоблачили и ликвидировали контрреволюционные заговоры в Рязани, Костроме, Вышнем Волочке, Велиже, Борисоглебске и ряде других городов.
В результате уже в первые месяцы осуществления политики красного террора часть контрреволюционных организаций вынуждена была временно прекратить свою деятельность. Некоторые организации распались в силу того, что многие их руководители и члены во избежание разоблачения постарались скрыться из крупных городов.
Часть 7. Окончательное оформление структуры ВЧК и её местных органов 26 ноября 1918 года в ходе работы "Второй конференции работников Чрезвычайных комиссий"
26 ноября 1918 года, в Москве состоялась Вторая конференция работников Чрезвычайных комиссий. Конференция заслушала и обсудила доклады о текущем моменте, о кулацких мятежах в деревне и мерах борьбы с ними, о чрезвычайных комиссиях в действующей армии, о взаимоотношениях чрезвычайных комиссий с другими советскими органами, об организации транспортных отделов ЧК, а так же приняла "Инструкцию Чрезвычайным комиссиям на местах".
В ходе работы конференции одним из главных стал вопрос о борьбе с кулацкими мятежами, поскольку от успешности ее во многом зависело обеспечение тыла Красной Армии и значит победа в Гражданской войне. На конференции в связи с этим, было отмечено, что кулацкие мятежи в деревне, нельзя рассматривать как отдельные, изолированные друг от друга вспышки. На самом деле это единый поход кулачества против Советской власти, теснейшим образом связанный со всем контрреволюционным движением в стране и иностранной военной интервенцией. Делегаты конференции отмечали, что кулачество взяло линию на проникновение в Советы и советские органы с тем, чтобы использовать государственный аппарат для достижения своих антисоветских целей.
Серьезное внимание обратила конференция на необходимость решительной борьбы за соблюдение революционной законности и очищение чрезвычайных комиссий от всех "примазавшихся преступных элементов". "Конференция заявляет во всеуслышание, что она резко осуждает и требует беспощадной кары для всех сотрудников ЧК и советских работников вообще, ставших на преступный и губительный для Советской власти путь разнузданности, личной наживы, пьянства, взяточничества, и считает своей очередной задачей основательную очистку нашей среды от всех примазавшихся к нам преступных элементов, самую суровую расправу с ними". (газета "Известия ВЦИК" от 27 ноября 1918, № 259).
Важным условием успешной работы ВЧК и ее органов на местах являлось установление правильных взаимоотношений со всеми советскими организациями, и в первую очередь с органами юстиции. Революционные трибуналы, народные суды, прокуратура значительно окрепли к осени 1918, хотя и имели в своей работе значительные недостатки. При соответствующей реорганизации, а также при относительно спокойном положении в стране они могли бы принять на себя все судебные функции. Поэтому конференция отметила, что чрезвычайные комиссии как административные органы не должны брать на себя функции судебные и все законченные следствием дела должны передаваться в судебные инстанции: в Революционный Трибунал, народные суды и т. д.
В связи с мобилизацией всех сил страны для длительной войны с интервентами и белогвардейцами, в которой транспорт должен был сыграть огромную роль, от ВЧК потребовалось значительно улучшить чекистскую работу на транспорте. Теперь в сферу деятельности чрезвычайных комиссий должны были войти не только железные дороги, но и водные и шоссейные пути сообщения.
Во всех городах, где имелись окружные железнодорожные управления, при губернских чрезвычайных комиссиях конференция рекомендовала создать окружные транспортные отделы. Являясь составной частью губернских ЧК, они должны были по своей внутренней работе подчиняться непосредственно Транспортному отделу ВЧК.
Помимо функций борьбы с контрреволюцией и спекуляцией, конференция считала необходимым возложить на транспортные отделы и отделения контроль за грузами и пассажирами, а также наблюдение за общим порядком на транспорте и в полосе отчуждения. Кроме того, было решено возложить на транспортные ЧК и функции уголовного розыска, изъяв их от железнодорожной охраны, а также право выдачи пропусков на проезд.
Конференция обратила самое серьезное внимание на то, чтобы транспортные отделы чрезвычайных комиссий при исполнении своих функций ни в коем случае не вмешивались во внутреннюю административно-техническую работу органов, ведающих движением.
Так же конференция рассмотрела вопрос и о деятельности фронтовых и армейских чрезвычайных комиссий и приняла решение о необходимости сосредоточить все функции военной контрразведки в созданном в составе ВЧК Особом отделе.
Кроме того на конференции была принята "Инструкция Чрезвычайным Комиссиям на местах", которая определила их организационную структуру и методы деятельности вплоть до преобразования ВЧК в Государственное Политическое Управление в начале февраля 1922 года.
Инструкция чрезвычайным комиссиям на местах (Принятая в основе на 2-й Всероссийской Конференции Чрезвычайных Комиссий и окончательно проредактированная ВЧК 1 декабря 1918 г).
1. Всеми делами по непосредственной борьбе с контрреволюцией, спекуляцией и преступлением по должности ведают на местах организованные местными Советами или их Исполкомами на одинаковых правах с остальными своими отделами местные Чрезвычайные Комиссии.
2. Члены местных Чрезвычайных Комиссий назначаются и отзываются местными исполкомами и ВЧК, число же членов определяется местными условиями. Примечание 1: Коллегии губернских ЧК состоят из 5 человек, уездных — из 3-х. Примечание 2: В крупных промышленных уездных центрах коллегии могут быть увеличены до пяти человек с согласия губернских ЧК.
3. Председатели и заместители местных ЧК назначаются местными Исполкомами и утверждаются ВЧК. Примечание: Коллегии ЧК должны состоять из коммунистов.
4. Высшие органы ЧК имеют право посылать в низшие органы своих представителей с решающим голосом. Постановления местных ЧК могут быть приостановлены и отменены Чрезвычайными Комиссиями высших инстанций.
5. В задачи комиссии входит следующее:
а) Беспощадная борьба с контрреволюцией, преступлениями по должности и спекуляцией наличными силами, которые имеются в распоряжении Комиссии.
б) Наблюдение за местной буржуазией и за направлением в ее среде контрреволюционной работы.
в) Доведение до сведения местной и центральной власти о совершающихся беспорядках и злоупотреблениях и пресечении их.
г) Производство дознаний по государственным преступлениям.
д) Производство исследований в порядке чрезвычайного положения.
е) Наблюдение за лицами, проезжающими через границу.
ж) Наблюдение за иностранными разведчиками.
з) Розыск и наблюдение за лицами, укрывающимися от властей.
и) Участие в сохранении общественного спокойствия при отсутствии чинов милиции содействие последней в восстановлении нарушенного Революционного Порядка.
к) Выполнение поручений в высших губернских Советских органах по производству дознаний о преступлениях, когда будет признано необходимым.
л) Участие в некоторых нужных для борьбы совещаниях.
м) Наблюдение и регистрация всех проезжающих через границу и тщательная проверка документов на право въезда и выезда и т. п.
н) Строжайшее наблюдение за проведением в жизнь декретов и распоряжений Советской власти.
6. Комиссия из состава своих членов выбирает заведующих отделами и секретаря.
7. Комиссия, наблюдая и выполняя вышеуказанные обязанности и строго следя за нормальным революционным порядком в губернии, принимая для этого меры пресечения и предупреждения в случае всякого рода контрреволюционных выступлений, погромов и черносотенных беспорядков, имеет право делать следующее:
а) предлагать Совету вводить во всей губернии чрезвычайное или военное положение;
б) издавать обязательные постановления, касающиеся внешнего революционного порядка в губернии, и доводить об этом немедленно до сведения высшей инстанции — ЧК и ВЧК;
в) подвергать преступных лиц и организации административному аресту и налагать штрафы в общем порядке; ПРИМЕЧАНИЕ: Уездные ЧК могут подвергать в административном порядке до 3 месяцев. Высшие сроки наказаний в административном порядке могут назначаться с разрешения губернских ЧК.