В Сибири в Российское правительство адмирала Колчака входил член Национального центра В. Н. Пепеляев, а позднее прибывшие с Юга России П. А. Бурышкин, С. Н. Третьяков, А. А. Червен — Водали.
Представители центра принимали участие в работе нескольких координационных структур и совещаний Белого движения: Ясском совещании, Русском политическом совещании, Русском комитете, Блоке четырнадцати.
Национальный центр поддерживал белое военное командование везде, где возникала вооружённая борьба с большевиками. В частности, московское отделение Национального центра ("Политическая комиссия") готовило вооружённое восстание в Москве, начало которого было приурочено к захвату деникинцами Тулы.
Начало разгрома "Национального центра" было следующим. В июне 1919 г. при попытке перейти линию фронта на Лужском направлении фронта красноармейским патрулем был убит офицер А. Никитенко, пробиравшийся из Петрограда в расположение белых. При обыске у Никитенко в мундштуке папиросы нашли записку за подписью "ВИК" следующего содержания: "Генералу Родзянко или полковнику С. При вступлении в Петроградскую губернию вверенных вам войск могут выйти ошибки, и тогда пострадают лица, секретно оказывающие нам весьма большую пользу. Во избежание подобных ошибок просим вас, не найдете ли возможным выработать свой пароль. Предлагаем следующее: кто в какой-либо форме или фразе скажет слова "во что бы то ни стало" и слово "ВИК" и в то же время дотронется рукой до правого уха, тот будет известен нам, и до применения к нему наказания не откажитесь снестись со мной. Я известен господину Карташеву, у которого обо мне можете предварительно справиться. В случае согласия вашего благоволите дать, ответ по адресу, который даст податель сего". (газета "Известия ВЦИК" от 25 сентября 1919 года).
В июле 1919, на финляндской границе задержали изменников: начальника сестрорецкого разведывательного пункта А. Самойлова и агента того же пункта Н. Борового-Федотова, намеревавшихся бежать на сторону противника. При аресте Боровой — Федотов пытался выбросить находившийся при нем пакет, в котором оказалось зашифрованное письмо от 14 июля 1919, содержащее сведения о дислокации войск Красной Армии и другие шпионские данные. Кроме того, в нем сообщалось о группировках контрреволюционных сил в Петрограде ("Национальном центре" и других) и их деятельности, наконец, о представителе генерала Юденича, с июня 1919, возглавившего белогвардейские силы Северо-Запада, — генерале Махрове. Допросив Борового-Федотова и Самойлова, чекисты выяснили, что это письмо для передачи в штаб Юденича они получили от некоего Штейнингера.
В. И. Штейнингер оказался петроградским инженером, владельцем фирмы "Фосс и Штейнингер", членом партии кадетов. При обыске у него нашли письмо некоего Никольского, антисоветские воззвания, а также пишущую машинку, на которой было напечатано шпионское донесение, обнаруженное у Борового-Федотова. Письмо Никольского от 30 июня было обращено к "дорогому ВИКу" и содержало инструкции, каким образом поддерживать конспиративную связь с находившимися по ту сторону фронта членами организации и кому направлять шпионские донесения.
Арестованный В. Штейнингер сознался в том, что "ВИК" — его конспиративная кличка, и дал объяснения. Выяснилось, что найденное при задержании Борового-Федотова письмо от 14 июля 1919 года, является ответом на письмо Никольского от 30 июня 1919 года. Оно было составлено и отпечатано братом Вильгельма Штейнингера Кальяном Штейнингером и инженером П. Грековым.
В. Штейнингер признался также, что является деятелем петроградского отделения "Национального центра" — политического объединения кадетов и других правых группировок, ставившего своей целью направлять политику всех контрреволюционных групп, боровшихся с Советской властью.
"Национальный центр" имел тесные связи белогвардейскими вооруженными силами под командованием Деникиным, а также с подпольными офицерскими группами, находившимися в Петрограде, Москве и других городах. Как выяснилось, мятежники на "Красной горке" и заговорщики из среды военных специалистов Кронштадта также были участниками "Национального центра".
После ареста В. Штейнингера в его квартире была оставлена засада, и вскоре были арестованы явившийся туда для связи генерал М. Махов и другие лица. Оказалось, что Махов и есть тот самый представитель Юденича Махров, о котором говорилось в письме от 14 июля 1919 года.
Арестованные лица дали весьма скудные показания, назвав имена лишь тех своих соучастников, которых они считали погибшими, разоблаченными или перебравшимися за линию фронта. Поэтому ВЧК, закончившей расследование к началу августа 1919 г., на первых порах удалось обезвредить только небольшую часть заговорщиков. В частности, помимо указанных, были арестованы барон А. Шромберг, князь М. Андронников, князь М. Оболенский, генералы Н. И. Алексеев и А. А. Дмитриев.
В письме от 14 июля 1919, обнаруженном у Борового-Федотова, имелись также сведения о существовании, помимо петроградского, еще и московского отделения "Национального центра", однако ничего существенного в этом отношении при расследовании дела Штейнингера выяснить не удалось.
27 июля 1919, сотрудники милиции, проверяя документы граждан, проезжавших через село Вахрушево Слободского уезда, Вятской губернии, задержали неизвестного, назвавшегося Николаем Карасенко. При обыске у него нашли около миллиона рублей и два револьвера. Карасенко объяснил, что везет деньги в Москву по поручению киевского купца Гершмана. 5 августа Карасенко был допрошен Вятской ЧК и здесь уже признался, что в действительности он — Николай Павлович Крашенников, сын бывшего помещика Орловской губернии, и служит в разведывательном отделении штаба Вооруженных сил Колчака. В начале июня ему поручили отвезти деньги в Москву и сдать их там лицу, которое встретит его на Николаевском вокзале, назовет их сумму и воинскую часть, откуда он послан.
Крашенникова отправили в Москву. Находясь под арестом, он передал на свободу две записки, которые попали в руки чекистов. В этих записках арестованный писал о каком-то лице, названном им по инициалам "В. В. М.", а также спрашивал: "арестованы ли Н. Н. Щ. и другие, кого я знаю?". Записки были предъявлены Крашенникову, и ему не оставалось ничего другого, как дать объяснения. Оказалось, что он должен был доставить деньги в Москве организации "Национального центра" и передать их "Н. Н. Щ." то есть Николаю Николаевичу Щепкину или семье Алферовых, а так же что "В. В. М" — это Василий Васильевич Машин, который также должен был доставить из Ставки Колчака для "Национального центра" в Москве еще миллион рублей.
В ночь с 28 на 29 августа 1919, органы ВЧК на основании показаний Крашенникова арестовали бывшего члена Государственной думы третьего и четвертого созывов, крупного домовладельца кадета Н. Н. Щепкина и супругов Алферовых. Как выяснилось, Щепкин являлся виднейшим деятелем московского отделения "Национального центра", а супруги Алферовы содержали конспиративную квартиру, созданную в школе, где они работали в качестве педагогов.
Обыск у Щепкина дал существенные результаты: в стене его дома нашли жестяную коробку, в которой находились шифрованные и нешифрованные записки с важными сведениями о составе и вооружении отдельных соединений Красной Армии, шифр, рецепты проявления химических чернил и фотографические пленки, а также письмо, датированное 17 августа и адресованное начальнику штаба любого отряда прифронтовой полосы: "Прошу в самом срочном порядке протелеграфировать это донесение в штаб Верховного разведывательного отделения, полковнику Халтулари".
В этом документе излагались сведения о советских войсках, предположительном плане действий Красной Армии, данные об имевшихся в Москве силах деникинцев. Было найдено также письмо от 22 августа, составленное Щепкиным на имя членов кадетской партии, находившихся при штабе Деникина. В нем сообщалось о деятельности и надеждах "Национального центра" и входивших в него антисоветских групп "Союз освобождения" и "Совет общественных деятелей". Ожидая в скором времени деникинцев в Москве, Щепкин в этом письме рекомендовал им: "Ваш лозунг должен быть — "Долой гражданскую войну", "Долой коммунистов", "Свободная торговля и частная собственность". О Советах умалчивайте".
На фотографических пленках, найденных у Щепкина, были запечатлены письма политических деятелей кадетской партии, состоявших при штабе Добровольческой армии, — Н. И. Астрова, В. Степанова, князя Долгорукого. Из писем стало ясно, что Щепкин ("Кока") регулярно поставлял шпионские сведения, которые использовались штабом Деникина.
В квартире Щепкина была оставлена засада, и вскоре были арестованы зашедшие туда деникинский курьер Г. Шварц, бывший офицер при штабе главнокомандующего окружной инспектор Всевобуча П. Мартынов, профессор Института путей сообщения кадет А. Волков, видный член партии народных социалистов Волк — Карачевский, жена генерала Н. Стогова и другие лица.
Шварц приехал из Екатеринодара с подложным документом на имя В. Клишина. За несколько дней до этого он передал Щепкину скатанную в трубку фотографическую пленку, когда же пришел за ответом для деникинского штаба, его арестовали.
Волков хранил при себе часть расшифрованных и часть не расшифрованных еще сообщений. На квартире у Волкова нашли его собственноручные записи расшифровки фотографической пленки. После этого он сознался в том, что взялся расшифровать трудные места сообщения, полученного от Шварца.
Исследование военных донесений, обнаруженных при обыске у Щепкина, и сопоставление их с действительными данными командования Красной Армии показали, что сведения собирались шпионами-специалистами, имевшими доступ в военные и гражданские учреждения. ВЧК установила, что сводные донесения, направляемые в штаб Деникина, редактировались генералом Стоговым и полковником В. В. Ступиным. И тот и другой в разное время возглавляли так называемый "Штаб Добровольческой армии Московского района", который по сути являлся военным крылом "Национального центра",